BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116B22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 55,977,414 - 56,127,033
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040816
Upstream geneSlc36a2, Slc36a1, Fat2, Sparc, Atox1, G3bp, Glra1, Nmur2
Downstream geneLOC624168, Gria1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116B22.bB6Ng01-116B22.g
ACCDH921201DH921202
length4561,110
definitionDH921201|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116B22, 5' end.DH921202|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116B22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,126,572 - 56,127,033)(55,977,414 - 55,978,529)
sequence
tcttccctattataaggtaactagtaaatgctttttaatgtatgcatgtc
taattaattgttcatcttaatacctgcattttcacagtcgcattcagaag
gtttttttttcctgtttcaaatgaattttctatcaaaagtgtggttttgg
tgtccctaagagactaattccatcatcaagcatggtcaagggaacagagt
tcacatataagcccaaagacgtaggtttgaaggtctgtgcctttgtgatc
ttaaaacatggctcagaaagaatggtggcagggatggtgaccaactcacc
tgctgctgtggagacttgtcaggaaggcctgaggacttatgattatcacc
agtttcctcagacttctgttgtatgtgcatgcgtacatgtccatgtgtgt
acacagatatgaacaggttctctctctctctctctctctctctctctctc
tctctc
gaattcttggtttcatctaaaaaaatatctttaacttgaggcttgaaatt
ttctctcctatctttaataaaagacagcacaagggccgacaaactcaata
acctatgatgtgcttaacaccatggctttcattcaatattgatttgtgca
ttaataaacatttcagttcctttgcatccatttcagtctaaagtccatgg
atagccatatcttagaatagatttctgtattacatggttggtggctctgt
aataaccagaggctggagttagatgtttagtgagatagacaaccacactg
gattcctaaagatgactatgcttattaactccaccagcacacacacagca
tatgggctgagtgttggaaaagcttcagagaacaaatcaaagtctccagg
aggctacaatcttgtgggaggaaaccggtcactgaaaatgatgcatttac
tgtattgggaattaaggactgtaataggaagggacaggtgggtgacagac
agaaccacagctcagtggttatgagcacatagcatgctgctcttgcacag
gacctcaggtcagttccaagcactcatacccagcagctcacaactgcctg
aaaccccagctcttggggatctgacattctcttctgatctccacaggctc
atacgcatatgctcacatatgggtgtgcatacacatgtatatggacaccc
acgctcacacactcacataaattaaaaaatatacaccgtaaaaataagag
aaggcgagaggtgacaagcgaggatgaggctttatgtacccagagtgggt
aacttttcccaagtaactgttagaactggagcaaagtaaggtaagaagca
gaaaggtgcccgagaaaagagtgccatggtagaagaaagataagatgtag
tggccctgagaagatgggttggggtgtgccttatgagcaatcaaagatgc
cagcatagccaggggaagtccgagcaggaggaggctaggcagatgctatg
ccataagaggctactatattttcccccttgttgtgagcagaagagtctct
gtggaccgagcaaggagggacacattcagatatagtcacttgctgggtgg
ctattgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_56126572_56127033
seq2: B6Ng01-116B22.b_50_511 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACCTGTTCATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACCTGTTCATAT  50

seq1  CTGTGTACACACATGGACATGTACGCATGCACATACAACAGAAGTCTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTACACACATGGACATGTACGCATGCACATACAACAGAAGTCTGAG  100

seq1  GAAACTGGTGATAATCATAAGTCCTCAGGCCTTCCTGACAAGTCTCCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGGTGATAATCATAAGTCCTCAGGCCTTCCTGACAAGTCTCCACA  150

seq1  GCAGCAGGTGAGTTGGTCACCATCCCTGCCACCATTCTTTCTGAGCCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGGTGAGTTGGTCACCATCCCTGCCACCATTCTTTCTGAGCCATG  200

seq1  TTTTAAGATCACAAAGGCACAGACCTTCAAACCTACGTCTTTGGGCTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGATCACAAAGGCACAGACCTTCAAACCTACGTCTTTGGGCTTAT  250

seq1  ATGTGAACTCTGTTCCCTTGACCATGCTTGATGATGGAATTAGTCTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAACTCTGTTCCCTTGACCATGCTTGATGATGGAATTAGTCTCTTA  300

seq1  GGGACACCAAAACCACACTTTTGATAGAAAATTCATTTGAAACAGGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACCAAAACCACACTTTTGATAGAAAATTCATTTGAAACAGGAAAA  350

seq1  AAAAACCTTCTGAATGCGACTGTGAAAATGCAGGTATTAAGATGAACAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCTTCTGAATGCGACTGTGAAAATGCAGGTATTAAGATGAACAAT  400

seq1  TAATTAGACATGCATACATTAAAAAGCATTTACTAGTTACCTTATAATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGACATGCATACATTAAAAAGCATTTACTAGTTACCTTATAATAG  450

seq1  GGAAGAGAATTC  462
      ||||||||||||
seq2  GGAAGAGAATTC  462

seq1: chr11_55977414_55978529
seq2: B6Ng01-116B22.g_70_1179

seq1  GAATTCTTGGTTTCATCTAAAAAAATATCTTTAACTTGAGGCTTGAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGTTTCATCTAAAAAAATATCTTTAACTTGAGGCTTGAAATT  50

seq1  TTCTCTCCTATCTTTAATAAAAGACAGCACAAGGGCCGACAAACTCAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCCTATCTTTAATAAAAGACAGCACAAGGGCCGACAAACTCAATA  100

seq1  ACCTATGATGTGCTTAACACCATGGCTTTCATTCAATATTGATTTGTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATGATGTGCTTAACACCATGGCTTTCATTCAATATTGATTTGTGCA  150

seq1  TTAATAAACATTTCAGTTCCTTTGCATCCATTTCAGTCTAAAGTCCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAACATTTCAGTTCCTTTGCATCCATTTCAGTCTAAAGTCCATGG  200

seq1  ATAGCCATATCTTAGAATAGATTTCTGTATTACATGGTTGGTGGCTCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCATATCTTAGAATAGATTTCTGTATTACATGGTTGGTGGCTCTGT  250

seq1  AATAACCAGAGGCTGGAGTTAGATGTTTAGTGAGATAGACAACCACACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACCAGAGGCTGGAGTTAGATGTTTAGTGAGATAGACAACCACACTG  300

seq1  GATTCCTAAAGATGACTATGCTTATTAACTCCACCAGCACACACACAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTAAAGATGACTATGCTTATTAACTCCACCAGCACACACACAGCA  350

seq1  TATGGGCTGAGTGTTGGAAAAGCTTCAGAGAACAAATCAAAGTCTCCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGCTGAGTGTTGGAAAAGCTTCAGAGAACAAATCAAAGTCTCCAGG  400

seq1  AGGCTACAATCTTGTGGGAGGAAACCGGTCACTGAAAATGATGCATTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACAATCTTGTGGGAGGAAACCGGTCACTGAAAATGATGCATTTAC  450

seq1  TGTATTGGGAATTAAGGACTGTAATAGGAAGGGACAGGTGGGTGACAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGGGAATTAAGGACTGTAATAGGAAGGGACAGGTGGGTGACAGAC  500

seq1  AGAACCACAGCTCAGTGGTTATGAGCACATAGCATGCTGCTCTTGCACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCACAGCTCAGTGGTTATGAGCACATAGCATGCTGCTCTTGCACAG  550

seq1  GACCTCAGGTCAGTTCCAAGCACTCATACCCAGCAGCTCACAACTGCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCAGGTCAGTTCCAAGCACTCATACCCAGCAGCTCACAACTGCCTG  600

seq1  AAACCCCAGCTCTTGGGGATCTGACATTCTCTTCTGATCTCCACAGGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCAGCTCTTGGGGATCTGACATTCTCTTCTGATCTCCACAGGCTC  650

seq1  ATACGCATATGCTCACATATGGGTGTGCATACACATGTATATGGACACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGCATATGCTCACATATGGGTGTGCATACACATGTATATGGACACCC  700

seq1  ACGCTCACACACTCACATAAATTAAAAAATATACACCGTAAAAATAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTCACACACTCACATAAATTAAAAAATATACACCGTAAAAATAAGAG  750

seq1  AAGGCGAGAGGTGACAAGCGAGGATGAGGCTTTATGTACCCAGAGTGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCGAGAGGTGACAAGCGAGGATGAGGCTTTATGTACCCAGAGTGGGT  800

seq1  AACTTTTCCCAAGTAACTGTTAGAACTGGAGCAAAGTAAGGTAAGAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTCCCAAGTAACTGTTAGAACTGGAGCAAAGTAAGGTAAGAAGCA  850

seq1  GAAAGGTGCCCGAGAAAAGAGTGCCATGGTAGAAGAAAGATAAGATGTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTGCCCGAGAAAAGAGTGCCATGGTAGAAGAAAGATAAGATGTAG  900

seq1  TGGCCCTGAGAAGATGG--TTGGGTGTGCC-TATGAGCAATCAAAGATGC  947
      |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCTGAGAAGATGGGTTGGGGTGTGCCTTATGAGCAATCAAAGATGC  950

seq1  CAGCATAGCCA-GGGAAGTCCGAGCAAGGAGGAGGCTAGGCAAGAATGCT  996
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||
seq2  CAGCATAGCCAGGGGAAGTCCGAGC-AGGAGGAGGCTAGGCA--GATGCT  997

seq1  ATGCCAT-AGAGGCTTACTATATTTCCCCCCTTG-TGTGAGCAGGGAGAA  1044
      ||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||  ||  |
seq2  ATGCCATAAGAGGC-TACTATATTTTCCCCCTTGTTGTGAGCA--GAAGA  1044

seq1  GTCTCTGTGGGACCAGAGGCAAGGAGGGACACATTCAGATATAGTTTCAA  1094
      |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||    |
seq2  GTCTCTGT-GGACC-GA-GCAAGGAGGGACACATTCAGATATAGT---CA  1088

seq1  CTGGCTGGTTGGCTATTGTGTG  1116
      || ||||| |||||||||||||
seq2  CTTGCTGGGTGGCTATTGTGTG  1110