BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120C22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 114,607,368 - 114,746,478
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDnaic2, Kif19a, 1500005I02Rik, Gpr142, Gprc5c
Upstream geneCdc42ep4, Sdk2, LOC100041739, LOC634710, 4932435O22Rik, Rpl38, Ttyh2
Downstream geneCd300a, Cd300lb, Cd300c, 4732429D16Rik, Cd300d, LOC629970, LOC100043123, LOC100043125, Clm3, Cd300e, Cd300lf, Rab37, Slc9a3r1, Nat9, Tmem104, Grin2c, Fdxr, Fads6, Otop2, Ush1g, Otop3, C630004H02Rik, Cdr2l, Ict1, Atp5h, Kctd2, 4933422H20Rik, Slc16a5, Armc7, Nt5c, Hn1, Sumo2, Nup85, Gga3, Mrps7, Mif4gd, Slc25a19, Grb2, LOC100043184, 2310067B10Rik, Caskin2, Tsen54, Llgl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120C22.bB6Ng01-120C22.g
ACCDH924193DH924194
length1,1761,113
definitionDH924193|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120C22, 5' end.DH924194|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120C22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,607,368 - 114,608,550)(114,745,355 - 114,746,478)
sequence
gaattccaggccagccaggagtacatagcaagaccatgtctcaaacatac
aaaagcaaagacctataaaaataaaataagcttagagtttatcagagcag
tctcaagagtgcgtcagaagcagaaaatggacgctctccccaaatcaagg
caagaaaatctctttgcagatgggtcgtggcttaggctggtccctcctct
aaatagctgaggctcaagcttggtggccccactcctatgtccttggcagt
gtcacttatttggttcatggtcacatcatgcgtaggacctggggaggctc
tgccctcacacctgcctccagcatccccagccacaggccagaattcactt
gctggaatgatgagtgggaaggcagccactcaccccgaactcagggctta
tctgggggcgttcaagaagacattgtgccctgatgctgcgatttctaggc
cacgtgctgaatgtaatgtcccctcttctccacaatggtccgtgagtaca
caaaggtccgtgagtacacagcctttgccagatgtcggcagctgccatgc
tcctgttaggccggggttttgtccctgcctccccacaaacgagaagagtc
ctggtgacagtaagctgagggccctggcacttggcaaagctgggacttga
gccccaagctctgattctgtgcctaccccatatgtctgaggcaagcaggc
agggggctcttcctcgaccatttataggtacaccgtggctggcctaatgg
cttgcttctcagggccccccaaatttggtctttttacttcatacccagcc
ttagtagctcagtattctctctctctctcctctctctctgtctctctctc
tttctgtctctgtctctatctctgtctctgtgtgcttctctcttgttact
gaatactgaacttggggttcaccttttcaacactaagccacacccctagg
cttatgaatgaaacaacctcgaggtttgaaagctcataaaattatcacct
acttccctttaccattattattcattgatttttaaagatttcttctctgt
gtgtagttcttgcttgcattttgtgtggtgccacatgcattcttgtacct
ggagagaatcgatgagaacaccaggacctagattacgattgttttgtgat
cccatgtgatgtcaggatctccttgg
gaattcttttgagggggtctgttggtggtccctctacctgggatggggtg
ctctcccacccatctctctctgggataaacaagtgtgcccttacatatac
ccaaggattcatggaatggatttgagtctctgactgttccagtgaaagtc
aggggctgggccccaagcaagccttgggaaacaggaagcagtcctgtgtg
gttgtaattcccatgataggaagaaaagctctgtggccatgtgagtatct
aagaaaagcagaaggagcagacttccttctataccccaacacccaagtgc
ttctgctgtgatccaaatgtatgcgacttgggacatgcaatacagggcaa
agatccaggctacacatgacaagctggtaaagaagaggctccactgggga
cagcctgaagacttctgatttctgatttcccttcagcggccaaagccact
ctacaaccatccgggctggcctgccccttttagacctctgggcatttcct
tagcccaccatcctgcccatttctggggaattaaccttggctgccaaatc
cttaaggagcccaggcaacttgaactcatgcccagtgtgtcccttggccc
ccagccacagtacacagtacacatcatggccataatgtgtccctcctagc
cctgggtatcgggatgacagggaagaacaggaacacataggccagcagat
ggataaggttgtatagctatttgtctcttttttgggacaaaagcaactta
agcagggattggtgtggctcatagcatgaaaggcacaggatatcagtgta
agaggtcaccgggctaagtccccgagactgtccacttgaccaatgtcact
ttgttcctcacaggtccagagttaggtggtctgtgcacgtggatggaggg
tggtggcagcctccaacactgatcaacctccccttacatgcacactcaca
cacatacacatacctaagatgcgcaaagacagcagtatccgaagatggct
gccccagcctgacctcaaatggcctctgagtcatgaatgattgtagactc
cctccccagattggtagatgtgaaaggtcagagaagggccactgccctgg
gaaaacccaactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_114607368_114608550
seq2: B6Ng01-120C22.b_48_1223

seq1  GAATTCCAGGCCAGCCAGGAGTACATAGCAAGACCATGTCTCAAACATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGCCAGGAGTACATAGCAAGACCATGTCTCAAACATAC  50

seq1  AAAAGCAAAGACCTATAAAAATAAAATAAGCTTAGAGTTTATCAGAGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAAGACCTATAAAAATAAAATAAGCTTAGAGTTTATCAGAGCAG  100

seq1  TCTCAAGAGTGCGTCAGAAGCAGAAAATGGACGCTCTCCCCAAATCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGAGTGCGTCAGAAGCAGAAAATGGACGCTCTCCCCAAATCAAGG  150

seq1  CAAGAAAATCTCTTTGCAGATGGGTCGTGGCTTAGGCTGGTCCCTCCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAATCTCTTTGCAGATGGGTCGTGGCTTAGGCTGGTCCCTCCTCT  200

seq1  AAATAGCTGAGGCTCAAGCTTGGTGGCCCCACTCCTATGTCCTTGGCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCTGAGGCTCAAGCTTGGTGGCCCCACTCCTATGTCCTTGGCAGT  250

seq1  GTCACTTATTTGGTTCATGGTCACATCATGCGTAGGACCTGGGGAGGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTATTTGGTTCATGGTCACATCATGCGTAGGACCTGGGGAGGCTC  300

seq1  TGCCCTCACACCTGCCTCCAGCATCCCCAGCCACAGGCCAGAATTCACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCACACCTGCCTCCAGCATCCCCAGCCACAGGCCAGAATTCACTT  350

seq1  GCTGGAATGATGAGTGGGAAGGCAGCCACTCACCCCGAACTCAGGGCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAATGATGAGTGGGAAGGCAGCCACTCACCCCGAACTCAGGGCTTA  400

seq1  TCTGGGGGCGTTCAAGAAGACATTGTGCCCTGATGCTGCGATTTCTAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGGCGTTCAAGAAGACATTGTGCCCTGATGCTGCGATTTCTAGGC  450

seq1  CACGTGCTGAATGTAATGTCCCCTCTTCTCCACAATGGTCCGTGAGTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGCTGAATGTAATGTCCCCTCTTCTCCACAATGGTCCGTGAGTACA  500

seq1  CAAAGGTCCGTGAGTACACAGCCTTTGCCAGATGTCGGCAGCTGCCATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTCCGTGAGTACACAGCCTTTGCCAGATGTCGGCAGCTGCCATGC  550

seq1  TCCTGTTAGGCCGGGGTTTTGTCCCTGCCTCCCCACAAACGAGAAGAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTAGGCCGGGGTTTTGTCCCTGCCTCCCCACAAACGAGAAGAGTC  600

seq1  CTGGTGACAGTAAGCTGAGGGCCCTGGCACTTGGCAAAGCTGGGACTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGACAGTAAGCTGAGGGCCCTGGCACTTGGCAAAGCTGGGACTTGA  650

seq1  GCCCCAAGCTCTGATTCTGTGCCTACCCCATATGTCTGAGGCAAGCAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAAGCTCTGATTCTGTGCCTACCCCATATGTCTGAGGCAAGCAGGC  700

seq1  AGGGGGCTCTTCCTCGACCATTTATAGGTACACCGTGGCTGGCCTAATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGCTCTTCCTCGACCATTTATAGGTACACCGTGGCTGGCCTAATGG  750

seq1  CTTGCTTCTCAGGGCCCCCCAAATTTGGTCTTTTTACTTCATACCCAGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTCTCAGGGCCCCCCAAATTTGGTCTTTTTACTTCATACCCAGCC  800

seq1  TTAGTAGCTCAGTATTCTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGCTCAGTATTCTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTC  850

seq1  TTTCTGTCTCTGTCTCTATCTCTGTCTCTGTGTGCTTCTCTCTTGTTACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTCTCTGTCTCTATCTCTGTCTCTGTGTGCTTCTCTCTTGTTACT  900

seq1  GAATACTGAACCTGGGG-TCAACCTTTCAACACTAAGCCACACCCCTAGG  949
      ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTGAACTTGGGGTTCACCTTTTCAACACTAAGCCACACCCCTAGG  950

seq1  C-TATGAATGAAACAAACCTCGAGGTTTGAAAGCTCATAAAATTATCACC  998
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGAATGAAAC-AACCTCGAGGTTTGAAAGCTCATAAAATTATCACC  999

seq1  TAC-TCCCTTAACCATTATTATTCATTGATTTTTAAAGATTTC-TCTCTG  1046
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TACTTCCCTTTACCATTATTATTCATTGATTTTTAAAGATTTCTTCTCTG  1049

seq1  TGTGT-GTTC-TGCTTGCA-TTTGTGT-GTGCCACATGCAATCCTGGTAC  1092
      ||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||| || || ||||
seq2  TGTGTAGTTCTTGCTTGCATTTTGTGTGGTGCCACATGC-ATTCTTGTAC  1098

seq1  CTGGAGAGATCAGAAGAGAACACCCAGGAACTAGAATTACAGATG-TTTG  1141
      |||||||||   || ||||||| |||||| |||| |||||   || ||||
seq2  CTGGAGAGAATCGATGAGAACA-CCAGGACCTAG-ATTACGATTGTTTTG  1146

seq1  TGAATCACCATGTGATGTCAGGAGTCAAACCTGGCTCCTTGG  1183
      || ||| ||||||||||||||||           ||||||||
seq2  TG-ATC-CCATGTGATGTCAGGA----------TCTCCTTGG  1176

seq1: chr11_114745355_114746478
seq2: B6Ng01-120C22.g_68_1180 (reverse)

seq1  CAGTTGGGGTATCTCCCCAGGGGCAGGTGGCCC-TCTCTGACCTTTCACC  49
      ||||||||   | | |||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |
seq2  CAGTTGGG---TTTTCCCA-GGGCA-GTGGCCCTTCTCTGACCTTTCA-C  44

seq1  TTCTACCCATTCTGTGGAGGGAGTCCTGACAACTATCCATGACTCAGAGG  99
       |||| ||| |||| ||||||||||   ||||  || |||||||||||||
seq2  ATCTA-CCAATCTGGGGAGGGAGTC--TACAATCATTCATGACTCAGAGG  91

seq1  CAATGTGAGGTCAGGGCTGGGGGCAGCCATTCTTTCGGATACTGCTGTCT  149
      | || |||||||| |||| |||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  CCATTTGAGGTCA-GGCT-GGGGCAGCCAT--CTTCGGATACTGCTGTCT  137

seq1  TTGCGCATCTTAGGTTATGTGTATGTGTGTGAGTGTGCATGTAA-GGGAG  198
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGCGCATCTTAGG-TATGTGTATGTGTGTGAGTGTGCATGTAAGGGGAG  186

seq1  GTTGATCAGTGGTTGGAGGCTGCCACCACCCTCCATCCACGTGCACAGAC  248
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCAGT-GTTGGAGGCTGCCACCACCCTCCATCCACGTGCACAGAC  235

seq1  CACCTAACTCTGGACCTGTGAGGAACAAAGTGACATTGGTCAAGTGGACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAACTCTGGACCTGTGAGGAACAAAGTGACATTGGTCAAGTGGACA  285

seq1  GTCTCGGGGACTTAG-CCGGTGACCTCTTACACTGATATCCTGTGCC-TT  346
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCTCGGGGACTTAGCCCGGTGACCTCTTACACTGATATCCTGTGCCTTT  335

seq1  CATGCTATGAGCCACACCAATCCCTGCTTAAGTTGCTTTTGTCCCAAAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTATGAGCCACACCAATCCCTGCTTAAGTTGCTTTTGTCCCAAAAA  385

seq1  AGAGACAAATAGCTATACAACCTTATCCATCTGCTGGCCTATGTGTTCCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAAATAGCTATACAACCTTATCCATCTGCTGGCCTATGTGTTCCT  435

seq1  GTTCTTCCCTGTCATCCCGATACCCAGGGCTAGGAGGGACACATTATGGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCCCTGTCATCCCGATACCCAGGGCTAGGAGGGACACATTATGGC  485

seq1  CATGATGTGTACTGTGTACTGTGGCTGGGGGCCAAGGGACACACTGGGCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGTGTACTGTGTACTGTGGCTGGGGGCCAAGGGACACACTGGGCA  535

seq1  TGAGTTCAAGTTGCCTGGGCTCCTTAAGGATTTGGCAGCCAAGGTTAATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCAAGTTGCCTGGGCTCCTTAAGGATTTGGCAGCCAAGGTTAATT  585

seq1  CCCCAGAAATGGGCAGGATGGTGGGCTAAGGAAATGCCCAGAGGTCTAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAAATGGGCAGGATGGTGGGCTAAGGAAATGCCCAGAGGTCTAAA  635

seq1  AGGGGCAGGCCAGCCCGGATGGTTGTAGAGTGGCTTTGGCCGCTGAAGGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCAGGCCAGCCCGGATGGTTGTAGAGTGGCTTTGGCCGCTGAAGGG  685

seq1  AAATCAGAAATCAGAAGTCTTCAGGCTGTCCCCAGTGGAGCCTCTTCTTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGAAATCAGAAGTCTTCAGGCTGTCCCCAGTGGAGCCTCTTCTTT  735

seq1  ACCAGCTTGTCATGTGTAGCCTGGATCTTTGCCCTGTATTGCATGTCCCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTTGTCATGTGTAGCCTGGATCTTTGCCCTGTATTGCATGTCCCA  785

seq1  AGTCGCATACATTTGGATCACAGCAGAAGCACTTGGGTGTTGGGGTATAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGCATACATTTGGATCACAGCAGAAGCACTTGGGTGTTGGGGTATAG  835

seq1  AAGGAAGTCTGCTCCTTCTGCTTTTCTTAGATACTCACATGGCCACAGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTCTGCTCCTTCTGCTTTTCTTAGATACTCACATGGCCACAGAG  885

seq1  CTTTTCTTCCTATCATGGGAATTACAACCACACAGGACTGCTTCCTGTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTCCTATCATGGGAATTACAACCACACAGGACTGCTTCCTGTTT  935

seq1  CCCAAGGCTTGCTTGGGGCCCAGCCCCTGACTTTCACTGGAACAGTCAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGCTTGCTTGGGGCCCAGCCCCTGACTTTCACTGGAACAGTCAGA  985

seq1  GACTCAAATCCATTCCATGAATCCTTGGGTATATGTAAGGGCACACTTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAAATCCATTCCATGAATCCTTGGGTATATGTAAGGGCACACTTGT  1035

seq1  TTATCCCAGAGAGAGATGGGTGGGAGAGCACCCCATCCCAGGTAGAGGGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCAGAGAGAGATGGGTGGGAGAGCACCCCATCCCAGGTAGAGGGA  1085

seq1  CCACCAACAGACCCCCTCAAAAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAACAGACCCCCTCAAAAGAATTC  1113