BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-126J06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 89,831,431 - 89,858,099
singlet/doubletdoublet
Overlap genePctp
Upstream gene2210409E12Rik, Coil, LOC100039051, Trim25, Dgke, A930013B10Rik, Gm525, LOC100039114, Nog, LOC100039047, 4932411E22Rik, Ankfn1
Downstream geneTmem100, LOC100039104, Mmd, Hlf, Stxbp4, LOC100039267, Cox11, Tom1l1, LOC638903
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-126J06.bB6Ng01-126J06.g
ACCDH928911DH928912
length1,140863
definitionDH928911|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126J06, 5' end.DH928912|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126J06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,831,431 - 89,832,577)(89,857,234 - 89,858,099)
sequence
gaattctttacccttctttatcacgggtgacagcatactgtttgctctca
cacaacctgttctgccccacacccacaactcaaagggctttcagattccc
agtgtttgtgttattacttcttctttccagaaccctaatccttgttaact
atctgcccttttaactcccatttcactgttttccagacatcttgtgatag
aattccatctagatcgattctagacctatacttttggtctctatagcata
gtactttccagtcatatgttcctaaatatttacatagatatctgccccag
agataaaaccaggtaataactgtttcctaagtgggtgtaaattgcctaac
aggtgctcacttacctacatactaacaaaataacaaagtgggacagtttc
cctttctcatgagaatactgtcacctattatctttctgcctctaattcaa
gaaattacttattacttgttgtttattacttattctgggagagtcatagg
acaccacccagggcacaaatccatgctctctcccgaagcctcacactgta
tccaaggtaccaagaagtgtgtaagcagcttcctttaagtcggttcacac
acacatttcaatctgtcacgctccattccataggtgaaagacctgaacat
gaagtatttggctcttggagagttatggtacaattcttggctcaccttga
taaatattgatcttgtataaattactcaggagaggcagacgattgttctc
tgggcagcacacatacctccccctccccctttatgcaaagacataaatca
cccatgaatagagccccacatgcactatgaataaggcccttggattccag
gatgactgatactcaagtattttactcatttgagggcagacctaaattta
agcaagcaatcagactacagacgctgtgaagttacaatgcccttttgttc
acagtgaggtgagagatgcataatagttttcagggtaaacatcgcatgtt
tcaaaataaacaccattaaatgtgctgcacatggtgcccttatgagctga
tgcagcagaaacctctttagaaaacatcttcgtgtcatgctcattcaatt
taagtcttagccatggtggaaaggggtgttgtgtgaattt
gaattctttctcacttttccttaaactatttgctctactctgtgttcata
tgtccttatttttcggcataagccatgggtttggggttgcattggaacca
gtgatcctcattctggctccccaagtcaccaagctcacagtggtgctttg
aagggtcatgatccccatagagtcataggtttgaacgcttggtccccact
ggtggaaatgtttgggaaggcttaggagaggtggtcttgcttaaggagtc
actttaacacgtgtgtcactgggggcaggctttgacatttcaaaactcaa
aagcatttccatcccctctccacacacacacacactttcgggtgagggta
gaagctttcagctaccttcctctctggcaccatgtctgcttgcctgcctg
cacgcttgctaccagatcctcagcccctgggatggtagtgaagtcattcc
tgagactgtaagcaaacctccaataaacccatctataagttgccttggtc
atggtgtctctgcttagcaatagaaaagtaagatgctcaccaggaatcca
gagaggctccattattctcagagaacctcatggtcctttctctttgcatt
ttaacaaggctttgcattcctctagtgttttagggaagttatacatagtc
acattgtgttccccaatagccgtaagttgtaacattgttctgccattctg
ttttaaagtaatgtgaaataaagactccatccagacctagcagagacttt
cagagtcggtggctcttgcagtggggggcagctctttggctctaagcctt
cagcctggtgacagttaggcatgtgagtttctcttctaaatatagtatct
cgggttagggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_89831431_89832577
seq2: B6Ng01-126J06.b_46_1185

seq1  GAATTCTTTACCCTTCTTTATCACGGGTGACAGCATACTGTTTGCTCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACCCTTCTTTATCACGGGTGACAGCATACTGTTTGCTCTCA  50

seq1  CACAACCTGTTCTGCCCCACACCCACAACTCAAAGGGCTTTCAGATTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCTGTTCTGCCCCACACCCACAACTCAAAGGGCTTTCAGATTCCC  100

seq1  AGTGTTTGTGTTATTACTTCTTCTTTCCAGAACCCTAATCCTTGTTAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTGTGTTATTACTTCTTCTTTCCAGAACCCTAATCCTTGTTAACT  150

seq1  ATCTGCCCTTTTAACTCCCATTTCACTGTTTTCCAGACATCTTGTGATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCCTTTTAACTCCCATTTCACTGTTTTCCAGACATCTTGTGATAG  200

seq1  AATTCCATCTAGATCGATTCTAGACCTATACTTTTGGTCTCTATAGCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCATCTAGATCGATTCTAGACCTATACTTTTGGTCTCTATAGCATA  250

seq1  GTACTTTCCAGTCATATGTTCCTAAATATTTACATAGATATCTGCCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTCCAGTCATATGTTCCTAAATATTTACATAGATATCTGCCCCAG  300

seq1  AGATAAAACCAGGTAATAACTGTTTCCTAAGTGGGTGTAAATTGCCTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAACCAGGTAATAACTGTTTCCTAAGTGGGTGTAAATTGCCTAAC  350

seq1  AGGTGCTCACTTACCTACATACTAACAAAATAACAAAGTGGGACAGTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTCACTTACCTACATACTAACAAAATAACAAAGTGGGACAGTTTC  400

seq1  CCTTTCTCATGAGAATACTGTCACCTATTATCTTTCTGCCTCTAATTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCATGAGAATACTGTCACCTATTATCTTTCTGCCTCTAATTCAA  450

seq1  GAAATTACTTATTACTTGTTGTTTATTACTTATTCTGGGAGAGTCATAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTACTTATTACTTGTTGTTTATTACTTATTCTGGGAGAGTCATAGG  500

seq1  ACACCACCCAGGGCACAAATCCATGCTCTCTCCCGAAGCCTCACACTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACCCAGGGCACAAATCCATGCTCTCTCCCGAAGCCTCACACTGTA  550

seq1  TCCAAGGTACCAAGAAGTGTGTAAGCAGCTTCCTTTAAGTCGGTTCACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGTACCAAGAAGTGTGTAAGCAGCTTCCTTTAAGTCGGTTCACAC  600

seq1  ACACATTTCAATCTGTCACGCTCCATTCCATAGGTGAAAGACCTGAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTCAATCTGTCACGCTCCATTCCATAGGTGAAAGACCTGAACAT  650

seq1  GAAGTATTTGGCTCTTGGAGAGTTATGGTACAATTCTTGGCTCACCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATTTGGCTCTTGGAGAGTTATGGTACAATTCTTGGCTCACCTTGA  700

seq1  TAAATATTGATCTTGTATAAATTACTCAGGAGAGGCAGACGATTGTTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTGATCTTGTATAAATTACTCAGGAGAGGCAGACGATTGTTCTC  750

seq1  TGGGCAGCACACATACCTCCCCCTCCCCCTTTATGCAAAGACATAAATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGCACACATACCTCCCCCTCCCCCTTTATGCAAAGACATAAATCA  800

seq1  CCCATGAATAGAGCCCCACATGCACTATGAATAAGGCCCTTGGATTCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGAATAGAGCCCCACATGCACTATGAATAAGGCCCTTGGATTCCAG  850

seq1  GATGACTGATACTCAAGTATTTTACTCATTTGAGGGCAGACCTAAATTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTGATACTCAAGTATTTTACTCATTTGAGGGCAGACCTAAATTTA  900

seq1  AGCAAGCAATCAGACTACAGACGCTGTGAAGTTACAATGCCCTTTTGTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCAATCAGACTACAGACGCTGTGAAGTTACAATGCCCTTTTGTTC  950

seq1  ACAGTGAGGTGAGAGATGCATAATAGGTTTTCAAGGGTAAACATCGCATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAGGTGAGAGATGCATAATA-GTTTTC-AGGGTAAACATCGCATG  998

seq1  TTTCAAAATAAACACCATTAAATGTGCCTGCACATTGGTGCCCTTAATGA  1050
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| 
seq2  TTTCAAAATAAACACCATTAAATGTG-CTGCACA-TGGTGCCCTT-ATG-  1044

seq1  AGCTGATGGCAGGCAGAAAACTCTTTAG-AAACATC-TCGTGTCATGCTC  1098
      ||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  AGCTGAT-GCA-GCAGAAACCTCTTTAGAAAACATCTTCGTGTCATGCTC  1092

seq1  ATTCAATTTTAAGTCTTAGCCATTGGTGGAAAGGGGTG-TGTGTGAATGT  1147
      |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  ATTCAA-TTTAAGTCTTAGCCA-TGGTGGAAAGGGGTGTTGTGTGAATTT  1140

seq1: chr11_89857234_89858099
seq2: B6Ng01-126J06.g_66_928 (reverse)

seq1  TCTCCCTAACCCGAGATACTATTATTTAGAAGAGAAACTCACATGCCTAA  50
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTAACCCGAGATACTA-TATTTAGAAGAGAAACTCACATGCCTAA  49

seq1  CTGTCACCAGGCTGAAGGCCTTAGAGCCAAAGAGCTG-CCCCCACTGCAA  99
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGTCACCAGGCTGAAGG-CTTAGAGCCAAAGAGCTGCCCCCCACTGCAA  98

seq1  GAGCCACCCGACTCCTGAAAGTCTCTGCTAGGTCTGGATGGAGTCTTTAT  149
      |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCA-CCGACT-CTGAAAGTCTCTGCTAGGTCTGGATGGAGTCTTTAT  146

seq1  TTCACATTACTTTAAAACAGAATGGCAGAACAATGTTACAACTTACGGCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATTACTTTAAAACAGAATGGCAGAACAATGTTACAACTTACGGCT  196

seq1  ATTGGGGAACACAATGTGACTATGTATAACTTCCCTAAAACACTAGAGGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGGAACACAATGTGACTATGTATAACTTCCCTAAAACACTAGAGGA  246

seq1  ATGCAAAGCCTTGTTAAAATGCAAAGAGAAAGGACCATGAGGTTCTCTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAGCCTTGTTAAAATGCAAAGAGAAAGGACCATGAGGTTCTCTGA  296

seq1  GAATAATGGAGCCTCTCTGGATTCCTGGTGAGCATCTTACTTTTCTATTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATGGAGCCTCTCTGGATTCCTGGTGAGCATCTTACTTTTCTATTG  346

seq1  CTAAGCAGAGACACCATGACCAAGGCAACTTATAGATGGGTTTATTGGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCAGAGACACCATGACCAAGGCAACTTATAGATGGGTTTATTGGAG  396

seq1  GTTTGCTTACAGTCTCAGGAATGACTTCACTACCATCCCAGGGGCTGAGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTACAGTCTCAGGAATGACTTCACTACCATCCCAGGGGCTGAGG  446

seq1  ATCTGGTAGCAAGCGTGCAGGCAGGCAAGCAGACATGGTGCCAGAGAGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTAGCAAGCGTGCAGGCAGGCAAGCAGACATGGTGCCAGAGAGGA  496

seq1  AGGTAGCTGAAAGCTTCTACCCTCACCCGAAAGTGTGTGTGTGTGTGGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCTGAAAGCTTCTACCCTCACCCGAAAGTGTGTGTGTGTGTGGAG  546

seq1  AGGGGATGGAAATGCTTTTGAGTTTTGAAATGTCAAAGCCTGCCCCCAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATGGAAATGCTTTTGAGTTTTGAAATGTCAAAGCCTGCCCCCAGT  596

seq1  GACACACGTGTTAAAGTGACTCCTTAAGCAAGACCACCTCTCCTAAGCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACGTGTTAAAGTGACTCCTTAAGCAAGACCACCTCTCCTAAGCCT  646

seq1  TCCCAAACATTTCCACCAGTGGGGACCAAGCGTTCAAACCTATGACTCTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAACATTTCCACCAGTGGGGACCAAGCGTTCAAACCTATGACTCTA  696

seq1  TGGGGATCATGACCCTTCAAAGCACCACTGTGAGCTTGGTGACTTGGGGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATCATGACCCTTCAAAGCACCACTGTGAGCTTGGTGACTTGGGGA  746

seq1  GCCAGAATGAGGATCACTGGTTCCAATGCAACCCCAAACCCATGGCTTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAATGAGGATCACTGGTTCCAATGCAACCCCAAACCCATGGCTTAT  796

seq1  GCCGAAAAATAAGGACATATGAACACAGAGTAGAGCAAATAGTTTAAGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAAAAATAAGGACATATGAACACAGAGTAGAGCAAATAGTTTAAGGA  846

seq1  AAAGTGAGAAAGAATTC  866
      |||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAGAAAGAATTC  863