BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136N24
Chromosome11 (Build37)
Map Location 57,219,014 - 57,365,108
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667878, 1810073G14Rik, Mfap3
Upstream geneLOC624168, Gria1
Downstream geneGalnt10, Sap30l, Hand1, LOC624605, Larp1, LOC676527, LOC667947, Cnot8, Gemin5, Mrpl22, Irgb10, Igtp, LOC263305, LOC100041816, EG668249, 4930438A08Rik, Zfp692, Zfp672, 1700047K16Rik, Sh3bp5l, 2210415F13Rik, LOC624814, 1810065E05Rik, OTTMUSG00000005737, 4930504O13Rik, Olfr30, Olfr333-ps1, Olfr332, Olfr331, Olfr330, Olfr329, Olfr328
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136N24.bB6Ng01-136N24.g
ACCDH936533DH936534
length1,0491,208
definitionDH936533|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136N24, 5' end.DH936534|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136N24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,364,045 - 57,365,108)(57,219,014 - 57,220,196)
sequence
gaattcccaaaattcaacataaaggtcttttctctctgagttaggttcac
tcctctaagaaggcagttttaaagataaccctgaaaaccatgtctaagag
gactggttccaaaaagctgccctctgctttgtatgcataagaccgagtat
gtgaacacaactaactatggagccagtcatagacacaaagggttctggga
aaggaagtcttatagagaaacgacagagggaagctttaggacgcgagtgt
ttgcctaaagaaggtaccttagtgtcgaccctgcctaaagttacccaggg
attaaaacaatcctggtggggccaagtgcccccaccacagccttgactga
gtcatgtttcaggtcatgtttccacggttccagtcgtgttagaaggaact
gtaaggtcatctgagtcagagtggtaacaggcagagctggggtggggcgc
ggtggaggtcaggacatagggtgctgaggctggtgtggccaataggagcc
tcctgatgtacaactcatgacatcccttgatacaatcttctaagcatgaa
gctttcctgaaattaaatgctcactaaggcattttgcagctggcatacca
aaagccatctacactgtcactgtactgtgtactactgctgtgcccaagtg
ggtagcttagcgctaagaggctcttgattggagagtgggcagccccagtc
tcccccccccccctttctcattcacccttctctccactttaattctcttg
atgactagggcagcttttagcctttcctagccttatttctccgttcaaat
ctcagagtgggagtagaaaaggtgagctagtaggaggggacagtggctaa
acaatgactgtcctcaggatcccacagctgtggggagcatggctccaact
tcaccacgagcagctgggaaatccaggctcagaccatcatagcacgagat
gttttattagagatggtctgtggtatggctgtaaagctgaggacacattg
agaaggtgagtcaagtgcttgcctctcaagcttgggactcttactttta
gaattctggcactcaagaggctgagacaggagaatgaacatgagttcaag
gtcatctcaacataccttccccagacaaaaagaagaaaaaacaataaaaa
tagatgtgactcacagactgggtatgatggcacatgcctgtaatcccgac
acttaggacactgaaacaggtgacccgtgatttcccagccagctgagaaa
ctataaggggattttgaactcttaggaagtggagcctagtgaaggaagtt
gagtaattgtgaacatgccaccgaagggctacagggacttggagatgctt
catatggcttgtcagcttgacatgatctagagtcaccctggagacaaacc
cctgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacactggatag
aatgcacatgtactgtcactgaattctcacatcattcctctctatcaaag
gtcttgtgacccagcagtgttttgctgccttgcttctcaattgtctgctc
tactccagaagtttcatgagaacaggaaccagacctgcctctctattccc
agtgctttgaagactttcgggtaaactgcaggcatttagcatctgtttgc
tgaatgtgcagtaagtggggaataaatggactccccttcccgtactcatg
catgggggaatgggtgggatggagaactcagaggctgtttcaagacttta
gcaaataccaaggagagacatttgaccaggagatgggctgccttgctagt
gacctagcattgtggcatgcccagagagggtggccatcacagagatgctt
gggcatcataagagaagctggactagttatgtgttaggtcactgctctat
ttgctgtgaagagacacaatgaccaaggcaacacttgtgaatgaaagcat
tttaattagggggcttggttaccactttcaaggtcaacccactctgcttc
gtggtgggagcatgggcagtacacagaagtgctacagtagcagctaagca
gtgcatccttgattcatagccagcaggcagaaatggggggtgggttctgg
ccatggagcttcttgaacctctctcaaagcccacgccagtgaactagctt
tctctcaacaagagccacccctcctaatccttttaagaaatgccctcccg
tagtatataagcagttctaataattagagacctatgaaagggccatctct
ttttcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_57364045_57365108
seq2: B6Ng01-136N24.b_47_1095 (reverse)

seq1  TAAAAGGTAAGAGTCCCAAAGCTCTGAGAGGCAAGCACTTTGGCCTCACC  50
      ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  | ||||||
seq2  TAAAA-GTAAGAGTCCC-AAGCT-TGAGAGGCAAGCACTT--GACTCACC  45

seq1  -TCTCAATGTGTCCCCTCAGGCTTTACAGCCATACCACAGACCATTCTCT  99
       |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCTCAATGTGT--CCTCA-GCTTTACAGCCATACCACAGACCA-TCTCT  91

seq1  AAATAAAAACATCCTCGTGCTATGATTGGTCTGAGGCCTTGGATTTCCCC  149
      ||   ||||||| |||||||||||| |||||||||  | ||||||| |||
seq2  AA--TAAAACAT-CTCGTGCTATGA-TGGTCTGAG--CCTGGATTT-CCC  134

seq1  AGCTTGCTCGTGGTGAAGTTGGAGCCATGCTCCCCACAGCTGTGGGATCC  199
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGC-TGCTCGTGGTGAAGTTGGAGCCATGCTCCCCACAGCTGTGGGATCC  183

seq1  TGA-GACAGTCATTGTTTAGCCACTGTCCCCTCCTACTAGCTCACCTTTT  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACAGTCATTGTTTAGCCACTGTCCCCTCCTACTAGCTCACCTTTT  233

seq1  CTACTCCCACTCTGAGATTTGAACGGAGAAATAAGGCTAGGAAAGGCTAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCCCACTCTGAGATTTGAACGGAGAAATAAGGCTAGGAAAGGCTAA  283

seq1  AAGCTGCCCTAGTCATCAAGAGAATTAAAGTGGAGAGAAGGGTGAATGAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCCCTAGTCATCAAGAGAATTAAAGTGGAGAGAAGGGTGAATGAG  333

seq1  AAAGGGGGGGGGGGGAGACTGGGGCTGCCCACTCTCCAATCAAGAGCCTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGGGGGGGGGAGACTGGGGCTGCCCACTCTCCAATCAAGAGCCTC  383

seq1  TTAGCGCTAAGCTACCCACTTGGGCACAGCAGTAGTACACAGTACAGTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCGCTAAGCTACCCACTTGGGCACAGCAGTAGTACACAGTACAGTGA  433

seq1  CAGTGTAGATGGCTTTTGGTATGCCAGCTGCAAAATGCCTTAGTGAGCAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTAGATGGCTTTTGGTATGCCAGCTGCAAAATGCCTTAGTGAGCAT  483

seq1  TTAATTTCAGGAAAGCTTCATGCTTAGAAGATTGTATCAAGGGATGTCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTCAGGAAAGCTTCATGCTTAGAAGATTGTATCAAGGGATGTCAT  533

seq1  GAGTTGTACATCAGGAGGCTCCTATTGGCCACACCAGCCTCAGCACCCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTACATCAGGAGGCTCCTATTGGCCACACCAGCCTCAGCACCCTA  583

seq1  TGTCCTGACCTCCACCGCGCCCCACCCCAGCTCTGCCTGTTACCACTCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTGACCTCCACCGCGCCCCACCCCAGCTCTGCCTGTTACCACTCTG  633

seq1  ACTCAGATGACCTTACAGTTCCTTCTAACACGACTGGAACCGTGGAAACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGATGACCTTACAGTTCCTTCTAACACGACTGGAACCGTGGAAACA  683

seq1  TGACCTGAAACATGACTCAGTCAAGGCTGTGGTGGGGGCACTTGGCCCCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGAAACATGACTCAGTCAAGGCTGTGGTGGGGGCACTTGGCCCCA  733

seq1  CCAGGATTGTTTTAATCCCTGGGTAACTTTAGGCAGGGTCGACACTAAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATTGTTTTAATCCCTGGGTAACTTTAGGCAGGGTCGACACTAAGG  783

seq1  TACCTTCTTTAGGCAAACACTCGCGTCCTAAAGCTTCCCTCTGTCGTTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCTTTAGGCAAACACTCGCGTCCTAAAGCTTCCCTCTGTCGTTTC  833

seq1  TCTATAAGACTTCCTTTCCCAGAACCCTTTGTGTCTATGACTGGCTCCAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAGACTTCCTTTCCCAGAACCCTTTGTGTCTATGACTGGCTCCAT  883

seq1  AGTTAGTTGTGTTCACATACTCGGTCTTATGCATACAAAGCAGAGGGCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTTGTGTTCACATACTCGGTCTTATGCATACAAAGCAGAGGGCAG  933

seq1  CTTTTTGGAACCAGTCCTCTTAGACATGGTTTTCAGGGTTATCTTTAAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGGAACCAGTCCTCTTAGACATGGTTTTCAGGGTTATCTTTAAAA  983

seq1  CTGCCTTCTTAGAGGAGTGAACCTAACTCAGAGAGAAAAGACCTTTATGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTCTTAGAGGAGTGAACCTAACTCAGAGAGAAAAGACCTTTATGT  1033

seq1  TGAATTTTGGGAATTC  1064
      ||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTGGGAATTC  1049

seq1: chr11_57219014_57220196
seq2: B6Ng01-136N24.g_68_1275

seq1  GAATTCTGGCACTCAAGAGGCTGAGACAGGAGAATGAACATGAGTTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCACTCAAGAGGCTGAGACAGGAGAATGAACATGAGTTCAAG  50

seq1  GTCATCTCAACATACCTTCCCCAGACAAAAAGAAGAAAAAACAATAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTCAACATACCTTCCCCAGACAAAAAGAAGAAAAAACAATAAAAA  100

seq1  TAGATGTGACTCACAGACTGGGTATGATGGCACATGCCTGTAATCCCGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTGACTCACAGACTGGGTATGATGGCACATGCCTGTAATCCCGAC  150

seq1  ACTTAGGACACTGAAACAGGTGACCCGTGATTTCCCAGCCAGCTGAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGACACTGAAACAGGTGACCCGTGATTTCCCAGCCAGCTGAGAAA  200

seq1  CTATAAGGGGATTTTGAACTCTTAGGAAGTGGAGCCTAGTGAAGGAAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAGGGGATTTTGAACTCTTAGGAAGTGGAGCCTAGTGAAGGAAGTT  250

seq1  GAGTAATTGTGAACATGCCACCGAAGGGCTACAGGGACTTGGAGATGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAATTGTGAACATGCCACCGAAGGGCTACAGGGACTTGGAGATGCTT  300

seq1  CATATGGCTTGTCAGCTTGACATGATCTAGAGTCACCCTGGAGACAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGCTTGTCAGCTTGACATGATCTAGAGTCACCCTGGAGACAAACC  350

seq1  CCTGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTGGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTGGATAG  400

seq1  AATGCACATGTACTGTCACTGAATTCTCACATCATTCCTCTCTATCAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACATGTACTGTCACTGAATTCTCACATCATTCCTCTCTATCAAAG  450

seq1  GTCTTGTGACCCAGCAGTGTTTTGCTGCCTTGCTTCTCAATTGTCTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTGACCCAGCAGTGTTTTGCTGCCTTGCTTCTCAATTGTCTGCTC  500

seq1  TACTCCAGAAGTTTCATGAGAACAGGAACCAGACCTGCCTCTCTATTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCAGAAGTTTCATGAGAACAGGAACCAGACCTGCCTCTCTATTCCC  550

seq1  AGTGCTTTGAAGACTTTCGGGTAAACTGCAGGCATTTAGCATCTGTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTTGAAGACTTTCGGGTAAACTGCAGGCATTTAGCATCTGTTTGC  600

seq1  TGAATGTGCAGTAAGTGGGGAATAAATGGACTCCCCTTCCCGTACTCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTGCAGTAAGTGGGGAATAAATGGACTCCCCTTCCCGTACTCATG  650

seq1  CATGGGGGAATGGGTGGGATGGAGAACTCAGAGGCTGTTTCAAGACTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGGAATGGGTGGGATGGAGAACTCAGAGGCTGTTTCAAGACTTTA  700

seq1  GCAAATACCAAGGAGAGACATTTGACCAGGAGATGGGCTGCCTTGCTAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATACCAAGGAGAGACATTTGACCAGGAGATGGGCTGCCTTGCTAGT  750

seq1  GACCTAGCATTGTGGCATGCCCAGAGAGGGTGGCCATCACAGAGATGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAGCATTGTGGCATGCCCAGAGAGGGTGGCCATCACAGAGATGCTT  800

seq1  GGGCATCATAAGAGAAGCTGGACTAGTTATGTGTTA-GTCACTGCTCTA-  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  GGGCATCATAAGAGAAGCTGGACTAGTTATGTGTTAGGTCACTGCTCTAT  850

seq1  TTGCTGTGAAGAGACACAATGACCAAGGCAACACTTGTGAATGAAAGCA-  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTGCTGTGAAGAGACACAATGACCAAGGCAACACTTGTGAATGAAAGCAT  900

seq1  TTTAATTA-GGGGCTTGGTTA-CACTTTC-AGGTCAACCCACTCTGC-TC  943
      |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TTTAATTAGGGGGCTTGGTTACCACTTTCAAGGTCAACCCACTCTGCTTC  950

seq1  GTGGTGGGAGCAT-GGCAGCACACAG-AGTGCTACAGTAGCAGCTAAGCA  991
      ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGGAGCATGGGCAGTACACAGAAGTGCTACAGTAGCAGCTAAGCA  1000

seq1  GTGCATCC-TGATCCATAG-CAGCAGGCAGAA---TGGGGTTGG-TCT-G  1034
      |||||||| |||| ||||| ||||||||||||    ||||| || ||| |
seq2  GTGCATCCTTGATTCATAGCCAGCAGGCAGAAATGGGGGGTGGGTTCTGG  1050

seq1  CCAT-GAGCTTC-TGAAACCCTCTCGAAGCCCACGCCCAGTG-ACATGCT  1081
      |||| ||||||| |||| | ||||| ||||||||| |||||| ||  |||
seq2  CCATGGAGCTTCTTGAACCTCTCTCAAAGCCCACG-CCAGTGAACTAGCT  1099

seq1  TCCTC-CAACAAG-GCCACACCCCCTAGTCCTTTTCAAAGAGTGCCACTC  1129
      | ||| ||||||| ||||| || |||| ||||||| ||  | |||| |||
seq2  TTCTCTCAACAAGAGCCACCCCTCCTAATCCTTTT-AAGAAATGCC-CTC  1147

seq1  CCTGATGAT-TAAGCA-TTCTAAT-ATATGAG-CCTATG--AGGGCCAT-  1172
      ||  |  || |||||| ||||||| ||  ||| ||||||  |||||||| 
seq2  CCGTAGTATATAAGCAGTTCTAATAATTAGAGACCTATGAAAGGGCCATC  1197

seq1  TCTTTTTCAAA  1183
      |||||||||||
seq2  TCTTTTTCAAA  1208