BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140J11
Chromosome11 (Build37)
Map Location 46,409,024 - 46,547,171
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDppa1, EG237749, Timd2, LOC620678
Upstream geneLOC633082, Clint1, Lsm11, Thg1l, Sox30, LOC667037, LOC100039624, Adam19, 9530066K23Rik, Cyfip2, C030019I05Rik, LOC100038833, LOC100039577, Itk, OTTMUSG00000005491, Crsp9, LOC100039730, Havcr2, LOC210535, LOC675689, LOC435256, BC053393
Downstream geneHavcr1, Timd4, Sgcd, LOC628753, LOC100039647
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140J11.bB6Ng01-140J11.g
ACCDH939276DH939277
length988801
definitionDH939276|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140J11, 5' end.DH939277|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140J11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,409,024 - 46,410,016)(46,546,370 - 46,547,171)
sequence
gaattcattaatgtttgggctcacagaggacacaatggaatgggaagtgt
ttgaaaagggagtcatgatttcatacatgtgttatatggcttgactgctt
tcctatttaaatgtgtatatataagtacatcgaaaggaatttatgttaag
catttaaaaagtaccctgagtactttcgaatgtacacacttcttatttgt
caagtttttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttcattttattgg
ggtggttcagtcacctcttctttggctaatgaacagaaaactagctcaga
tcccagatcattgggctattttcatgagcaaccatgcccattttcctgaa
tgtcaacttccattagcctgtcactttatgtcaaaataaatgatgcacaa
ttctccccaaggttctgtatgtgaagagccaggagcccagtatatgggag
ctgacagccatgccacagactcagcccctgactaattgagctagaagccc
tgcacttatctcaagccagcctcaaactatccagcccaggttgggctgaa
actcatggtaatcctcctgcttcagcctcctgaatgctaagactgcaggt
gtgatccaacatacattacttgtttgttttgggagaaagtgtctcatttg
ttcatgacctctaacttgcttatgtagctcctctggctttaacttctcca
tgcttctgtttccacctccctcctgacccccaggatagatagacatcagg
ggaggtaacagtagagtaactgggagagctaaagaggtgcctacacagtg
ctggccattaaatttttcctgtcatgtacacagttttcatgactttcatt
taattgtatcctgctgatgctactacaaagcttaagtagggtctggactt
tttcattgcagaatgttattttacagtcagaaagagagagatacaggatg
gtcaagtgttactattgcatagcatatgattgcaagca
gaattcttatcttaaaaatgcatgggggggagggcatggtgcctctttgt
ataggaacctgtacatgcgcatgctgtccagaagagggcatctggtatcc
tcttcaatcactctgcctattcctatgagacatggtctggtcttgagatc
tgatgtaaaaatccgtcatgagaacaagcatgtagaaaattgctcattat
aactggtcccctttaatgaaaagctgtgtgaacaagttcagtgcacaact
gagctgcactgactgagctgtgtaagggtttggctctgtcagagctgact
ccgaggaaataaccaaacatctgaccataaactgcagatgtcgtatcagt
gacacaggcagatggatctccgtgagttcaaggccagcctggtctacatc
tgaggtcatccagggctacatagtgagaacctacctaaaagtaaaataaa
taaaataattaacgtgagcatcatcatccagtgagccttctgtctctgac
cctctctgagctggagtcacaggtgcatgcatgacatcttgtttgttttg
ggggtgccgggatctacaaatctgaggctcaggattgtacagcaaacgct
ttgaactaccgagccatgtagcaagccctgtcttctttgtttcttttaaa
tatggatagtagagaaataaaaactgcctatgtagttctcattgcattag
agctggagagtgccagtctagaagtacaaagccattacacagatggcccc
tgggctgtgggagtgataaatgggaatgacagagaatgtgaggaggtggg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_46409024_46410016
seq2: B6Ng01-140J11.b_46_1033

seq1  GAATTCATTAATGTTTGGGCTCACAGAGGACACAATGGAATGGGAAGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAATGTTTGGGCTCACAGAGGACACAATGGAATGGGAAGTGT  50

seq1  TTGAAAAGGGAGTCATGATTTCATACATGTGTTATATGGCTTGACTGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAGGGAGTCATGATTTCATACATGTGTTATATGGCTTGACTGCTT  100

seq1  TCCTATTTAAATGTGTATATATAAGTACATCGAAAGGAATTTATGTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATTTAAATGTGTATATATAAGTACATCGAAAGGAATTTATGTTAAG  150

seq1  CATTTAAAAAGTACCCTGAGTACTTTCGAATGTACACACTTCTTATTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAAAGTACCCTGAGTACTTTCGAATGTACACACTTCTTATTTGT  200

seq1  CAAGTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTCATTTTATTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTCATTTTATTGG  250

seq1  GGTGGTTCAGTCACCTCTTCTTTGGCTAATGAACAGAAAACTAGCTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTCAGTCACCTCTTCTTTGGCTAATGAACAGAAAACTAGCTCAGA  300

seq1  TCCCAGATCATTGGGCTATTTTCATGAGCAACCATGCCCATTTTCCTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGATCATTGGGCTATTTTCATGAGCAACCATGCCCATTTTCCTGAA  350

seq1  TGTCAACTTCCATTAGCCTGTCACTTTATGTCAAAATAAATGATGCACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACTTCCATTAGCCTGTCACTTTATGTCAAAATAAATGATGCACAA  400

seq1  TTCTCCCCAAGGTTCTGTATGTGAAGAGCCAGGAGCCCAGTATATGGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCCAAGGTTCTGTATGTGAAGAGCCAGGAGCCCAGTATATGGGAG  450

seq1  CTGACAGCCATGCCACAGACTCAGCCCCTGACTAATTGAGCTAGAAGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGCCATGCCACAGACTCAGCCCCTGACTAATTGAGCTAGAAGCCC  500

seq1  TGCACTTATCTCAAGCCAGCCTCAAACTATCCAGCCCAGGTTGGGCTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTATCTCAAGCCAGCCTCAAACTATCCAGCCCAGGTTGGGCTGAA  550

seq1  ACTCATGGTAATCCTCCTGCTTCAGCCTCCTGAATGCTAAGACTGCAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGGTAATCCTCCTGCTTCAGCCTCCTGAATGCTAAGACTGCAGGT  600

seq1  GTGATCCAACATACATTACTTGTTTGTTTTGGGAGAAAGTGTCTCATTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCCAACATACATTACTTGTTTGTTTTGGGAGAAAGTGTCTCATTTG  650

seq1  TTCATGACCTCTAACTTGCTTATGTAGCTCCTCTGGCTTTAACTTCTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGACCTCTAACTTGCTTATGTAGCTCCTCTGGCTTTAACTTCTCCA  700

seq1  TGCTTCTGTTTCCACCTCCCTCCTGACCCCCAGGATAGATAGACATCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTGTTTCCACCTCCCTCCTGACCCCCAGGATAGATAGACATCAGG  750

seq1  GGAGGTAACAGTAGAGTAACT-GGAGAGCTAAAGAGGTGCCTACACAGTG  799
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTAACAGTAGAGTAACTGGGAGAGCTAAAGAGGTGCCTACACAGTG  800

seq1  CTGGCCATT-AATTTTCCTTGTCATGTACACAGTTTTCATGACTTTCATT  848
      ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCATTAAATTTTTCCTGTCATGTACACAGTTTTCATGACTTTCATT  850

seq1  TAATTGTATCCTGCTGATGCTACTACAAAGCTTAAGTAGGGGCCTGGACC  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| 
seq2  TAATTGTATCCTGCTGATGCTACTACAAAGCTTAAGTA-GGGTCTGGACT  899

seq1  TTTTCAATTGCAGAAGGGTTATTTTACAGTCAGAAAGAGAGAGATACAAG  948
      ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTC-ATTGCAGAA-TGTTATTTTACAGTCAGAAAGAGAGAGATAC-AG  946

seq1  GATGGTCATAGTGGTACTATTTGTAATAGCATATGATTGCAAGCA  993
      |||||||| |||| |||||||    ||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCA-AGTGTTACTATT--GCATAGCATATGATTGCAAGCA  988

seq1: chr11_46546370_46547171
seq2: B6Ng01-140J11.g_68_868 (reverse)

seq1  CCCCACCCTCCTCACATTCTCTGTCATTCCCATTTATCACTCCCACAGCC  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCA-CCTCCTCACATTCTCTGTCATTCCCATTTATCACTCCCACAGCC  49

seq1  CAGGGGCCATCTGTGTAATGGCTTTGTACTTCTAGACTGGCACTCTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCCATCTGTGTAATGGCTTTGTACTTCTAGACTGGCACTCTCCAG  99

seq1  CTCTAATGCAATGAGAACTACATAGGCAGTTTTTATTTCTCTACTATCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATGCAATGAGAACTACATAGGCAGTTTTTATTTCTCTACTATCCA  149

seq1  TATTTAAAAGAAACAAAGAAGACAGGGCTTGCTACATGGCTCGGTAGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAAAGAAACAAAGAAGACAGGGCTTGCTACATGGCTCGGTAGTTC  199

seq1  AAAGCGTTTGCTGTACAATCCTGAGCCTCAGATTTGTAGATCCCGGCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCGTTTGCTGTACAATCCTGAGCCTCAGATTTGTAGATCCCGGCACC  249

seq1  CCCAAAACAAACAAGATGTCATGCATGCACCTGTGACTCCAGCTCAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAACAAACAAGATGTCATGCATGCACCTGTGACTCCAGCTCAGAGA  299

seq1  GGGTCAGAGACAGAAGGCTCACTGGATGATGATGCTCACGTTAATTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGAGACAGAAGGCTCACTGGATGATGATGCTCACGTTAATTATTT  349

seq1  TATTTATTTTACTTTTAGGTAGGTTCTCACTATGTAGCCCTGGATGACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTTACTTTTAGGTAGGTTCTCACTATGTAGCCCTGGATGACCT  399

seq1  CAGATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCACGGAGATCCATCTGCCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCACGGAGATCCATCTGCCTGTG  449

seq1  TCACTGATACGACATCTGCAGTTTATGGTCAGATGTTTGGTTATTTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGATACGACATCTGCAGTTTATGGTCAGATGTTTGGTTATTTCCTC  499

seq1  GGAGTCAGCTCTGACAGAGCCAAACCCTTACACAGCTCAGTCAGTGCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCAGCTCTGACAGAGCCAAACCCTTACACAGCTCAGTCAGTGCAGC  549

seq1  TCAGTTGTGCACTGAACTTGTTCACACAGCTTTTCATTAAAGGGGACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGTGCACTGAACTTGTTCACACAGCTTTTCATTAAAGGGGACCAG  599

seq1  TTATAATGAGCAATTTTCTACATGCTTGTTCTCATGACGGATTTTTACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATGAGCAATTTTCTACATGCTTGTTCTCATGACGGATTTTTACAT  649

seq1  CAGATCTCAAGACCAGACCATGTCTCATAGGAATAGGCAGAGTGATTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTCAAGACCAGACCATGTCTCATAGGAATAGGCAGAGTGATTGAA  699

seq1  GAGGATACCAGATGCCCTCTTCTGGACAGCATGCGCATGTACAGGTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATACCAGATGCCCTCTTCTGGACAGCATGCGCATGTACAGGTTCCT  749

seq1  ATACAAAGAGGCACCATGCCCTCCCCCCCATGCATTTTTAAGATAAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAGAGGCACCATGCCCTCCCCCCCATGCATTTTTAAGATAAGAAT  799

seq1  TC  802
      ||
seq2  TC  801