BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140L21
Chromosome11 (Build37)
Map Location 121,356,590 - 121,560,455
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbcd, Zfp750, B3gntl1
Upstream geneSlc25a10, LOC667716, Gcgr, BC003940, Dysfip1, P4hb, Arhgdia, LOC100042371, Thoc4, Anapc11, Npb, Pcyt2, Sirt7, Mafg, Pycr1, 1110012N22Rik, 5730593N15Rik, Aspscr1, Stra13, Lrrc45, Rac3, Dcxr, Cbr2, Hmga1-rs1, LOC667778, Rfng, Gps1, Dus1l, Fasn, Ccdc57, LOC100043454, Slc16a3, Csnk1d, Cd7, Sectm1b, Sectm1a, LOC637008, 4921530G04Rik, Tex19, Uts2r, 1110031I02Rik, Hexdc, BC017643, Narf, Foxk2, Wdr45l, Rab40b, BC032265, Fn3k
Downstream geneMetrnl, Ptchd3, LOC667879, LOC674842
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140L21.bB6Ng01-140L21.g
ACCDH939385DH939386
length8971,026
definitionDH939385|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140L21, 5' end.DH939386|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140L21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,356,590 - 121,357,486)(121,559,426 - 121,560,455)
sequence
gaattctaggcctactacggctacataggaagactctgttgatcaaaaaa
atcaatccaaaccaaaacatgactgaatttttgttttgttttgtttgaga
cagttcctctatgtagccctggctatcctggaacctgctttgtagagtag
gctagccttgaactcacaaagtttcccctgtctctgccttccaagtgctg
ggatcaaagggatgagcatggctggctaatgattgaattttaattcaccc
tcttcctatttgttttctcttccttcccccgcccccctttctttccctcc
cctcttaagggaatgggtctcatttatgtaacccagactgaccttgaatt
tgctgttcagatgaccttgaactcctgattctcctgcctgcatctgaagt
gctgggatgatgggcatgcattaccatgcccagttccccttcttatctct
tttatttttaggttcttgttagatctcctaggctactttctacaggtttt
ccccattgcaggtggtgcagtttggtcctcataggctgtgagtgctgggt
gcatccactttcctgtctgctcttagttttgttagtcagttaatctcagt
tctttctctggggtgcagccgtcttctgtagcacaggttttgcttctcat
gtggatcttcttaagtgcgagctggagcttttgatcttctgctggtccca
cttgccagtggccccgacatcccctgagctctgagttctccatgcagctt
ccccttcattgtcctgggtcttttcctgtactttctcattgtggggctta
ctcaggtgcgagggagaccatgtgtgagttctgtgctctttcttagtagc
tgctgcctcgctagtgacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattctgtttccccatagtaatgggactttgtgccacagacacaactta
acaaactgccagtagtgatagcttttgccaaatcttgagatttccagtgt
ttatcaatgatgattctgttgcacaaaatgactatcattaaagaatcatc
tgagaaaaaaatctgccttctttcagcatgtgaaggttttgaaggtagcg
gccatgccctgctttggcccttggtgctaatctgagaacactgccctact
caaccccaacccccaagtcatctgtcaccccagtatcctcctctgagtta
ctctgttgaccttctggcaaggacataattataataattgtggtcaaatg
atgcacagagagccaacgcttgtaatttaacatttagcaactgcactgag
taacctgtaattacgacatgaaacagcctagaggcctcaactcagcaacc
ttcacctagctccccctaacctaatttgctagcaggtttgctgtctatga
gtcagagaaaagtgggagaaagggagtcttggctggctcgaccttcctca
ggtccagagagcaaggggctcaaggtccacagccacagattcaagttcag
gcatactggccaatgtataacctaaagtgtgtaaacacagggcacctaag
tgtgggcagcagtgtggtgcctggacgatcacagcctaaggggcagaaag
atgtagttaccccaccagtgggcacttgactcttgaggaagctctcaagg
gagaaggggtggccataagaggggttcagctacatcagaatttaatacat
gaagaatggacagctgacgtataagcagatcctagttgttaagtcatgtg
accccgaaggcccaggcaagaaacttatgatagaataccaggccatcagc
acgcacctttatccagtacttggaaggcaaagccaggtggatctcctgaa
ttcaaggcagccttgtcccagaatggagtcccaggacgtcagggttcact
aagaaatctgggctaacaaaacaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_121356590_121357486
seq2: B6Ng01-140L21.b_44_940

seq1  GAATTCTAGGCCTACTACGGCTACATAGGAAGACTCTGTTGATCAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCCTACTACGGCTACATAGGAAGACTCTGTTGATCAAAAAA  50

seq1  ATCAATCCAAACCAAAACATGACTGAATTTTTGTTTTGTTTTGTTTGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCCAAACCAAAACATGACTGAATTTTTGTTTTGTTTTGTTTGAGA  100

seq1  CAGTTCCTCTATGTAGCCCTGGCTATCCTGGAACCTGCTTTGTAGAGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCTCTATGTAGCCCTGGCTATCCTGGAACCTGCTTTGTAGAGTAG  150

seq1  GCTAGCCTTGAACTCACAAAGTTTCCCCTGTCTCTGCCTTCCAAGTGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCTTGAACTCACAAAGTTTCCCCTGTCTCTGCCTTCCAAGTGCTG  200

seq1  GGATCAAAGGGATGAGCATGGCTGGCTAATGATTGAATTTTAATTCACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAAAGGGATGAGCATGGCTGGCTAATGATTGAATTTTAATTCACCC  250

seq1  TCTTCCTATTTGTTTTCTCTTCCTTCCCCCGCCCCCCTTTCTTTCCCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTATTTGTTTTCTCTTCCTTCCCCCGCCCCCCTTTCTTTCCCTCC  300

seq1  CCTCTTAAGGGAATGGGTCTCATTTATGTAACCCAGACTGACCTTGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTAAGGGAATGGGTCTCATTTATGTAACCCAGACTGACCTTGAATT  350

seq1  TGCTGTTCAGATGACCTTGAACTCCTGATTCTCCTGCCTGCATCTGAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTCAGATGACCTTGAACTCCTGATTCTCCTGCCTGCATCTGAAGT  400

seq1  GCTGGGATGATGGGCATGCATTACCATGCCCAGTTCCCCTTCTTATCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGATGATGGGCATGCATTACCATGCCCAGTTCCCCTTCTTATCTCT  450

seq1  TTTATTTTTAGGTTCTTGTTAGATCTCCTAGGCTACTTTCTACAGGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTAGGTTCTTGTTAGATCTCCTAGGCTACTTTCTACAGGTTTT  500

seq1  CCCCATTGCAGGTGGTGCAGTTTGGTCCTCATAGGCTGTGAGTGCTGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTGCAGGTGGTGCAGTTTGGTCCTCATAGGCTGTGAGTGCTGGGT  550

seq1  GCATCCACTTTCCTGTCTGCTCTTAGTTTTGTTAGTCAGTTAATCTCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCACTTTCCTGTCTGCTCTTAGTTTTGTTAGTCAGTTAATCTCAGT  600

seq1  TCTTTCTCTGGGGTGCAGCCGTCTTCTGTAGCACAGGTTTTGCTTCTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCTGGGGTGCAGCCGTCTTCTGTAGCACAGGTTTTGCTTCTCAT  650

seq1  GTGGATCTTCTTAAGTGCGAGCTGGAGCTTTTGATCTTCTGCTGGTCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCTTCTTAAGTGCGAGCTGGAGCTTTTGATCTTCTGCTGGTCCCA  700

seq1  CTTGCCAGTGGCCCCGACATCCCCTGAGCTCTGAGTTCTCCATGCAGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCAGTGGCCCCGACATCCCCTGAGCTCTGAGTTCTCCATGCAGCTT  750

seq1  CCCCTTCATTGTCCTGGGTCTTTTCCTGTACTTTCTCATTGTGGGGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCATTGTCCTGGGTCTTTTCCTGTACTTTCTCATTGTGGGGCTTA  800

seq1  CTCAGGTGCGAGGGAGACCATGTGTGAGTTCTGTGCTCTTTCTTAGTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTGCGAGGGAGACCATGTGTGAGTTCTGTGCTCTTTCTTAGTAGC  850

seq1  TGCTGCCTCGCTAGTGACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCTCGCTAGTGACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  897

seq1: chr11_121559426_121560455
seq2: B6Ng01-140L21.g_68_1093 (reverse)

seq1  TTTTGTTTTGTATGACACAGAGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGG  50
      ||||||||||| |  | |||| |||||  ||| | ||||| | |||||||
seq2  TTTTGTTTTGT-TAGCCCAGA-TTTCTTAGTG-AACCCTGAC-GTCCTGG  46

seq1  AACT-CATTCTGTGGACCAGGCTGGCCTTGAACTCA-GAGATCCACCTGC  98
       ||| ||||||| |||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||| 
seq2  GACTCCATTCTG-GGACAAGGCT-GCCTTGAATTCAGGAGATCCACCTGG  94

seq1  CTCTGCCTTCCAAGTACCTGGATTAAAGGTGCGTGCTGATGGCTTGGTAT  148
      || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTTGCCTTCCAAGTA-CTGGA-TAAAGGTGCGTGCTGATGGCCTGGTAT  142

seq1  TCTATCATAGGTTTCTTTGCCTGGGCCTCCGTGGTCACATGACTTAACAA  198
      ||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  TCTATCATAAGTTTC-TTGCCTGGGCCTTCGGGGTCACATGACTTAACAA  191

seq1  CTAAGATCTGCTTATACGTCAGCTGT-CATTC-TCATGTA-TGAATTCTG  245
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||
seq2  CTAGGATCTGCTTATACGTCAGCTGTCCATTCTTCATGTATTAAATTCTG  241

seq1  ATGTAGCTGAACCCCTCCTATGGCCACCCCTTCTCCCTTGAGAGCTTCCT  295
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCTGAACCCCTCTTATGGCCACCCCTTCTCCCTTGAGAGCTTCCT  291

seq1  CAAGAGTCAAGTGCCCACTGGTGGGGTAACTACATCTTTCTGCCCCTTAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTCAAGTGCCCACTGGTGGGGTAACTACATCTTTCTGCCCCTTAG  341

seq1  GCTGTGATCGTCCAGGCACCACACTGCTGCCCACACTTAGGTGCCCTGTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGATCGTCCAGGCACCACACTGCTGCCCACACTTAGGTGCCCTGTG  391

seq1  TTTACACACTTTAGGTTATACATTGGCCAGTATGCCTGAACTTGAATCTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACACTTTAGGTTATACATTGGCCAGTATGCCTGAACTTGAATCTG  441

seq1  TGGCTGTGGACCTTGAGCCCCTTGCTCTCTGGACCTGAGGAAGGTCGAGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTGGACCTTGAGCCCCTTGCTCTCTGGACCTGAGGAAGGTCGAGC  491

seq1  CAGCCAAGACTCCCTTTCTCCCACTTTTCTCTGACTCATAGACAGCAAAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAAGACTCCCTTTCTCCCACTTTTCTCTGACTCATAGACAGCAAAC  541

seq1  CTGCTAGCAAATTAGGTTAGGGGGAGCTAGGTGAAGGTTGCTGAGTTGAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGCAAATTAGGTTAGGGGGAGCTAGGTGAAGGTTGCTGAGTTGAG  591

seq1  GCCTCTAGGCTGTTTCATGTCGTAATTACAGGTTACTCAGTGCAGTTGCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTAGGCTGTTTCATGTCGTAATTACAGGTTACTCAGTGCAGTTGCT  641

seq1  AAATGTTAAATTACAAGCGTTGGCTCTCTGTGCATCATTTGACCACAATT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTAAATTACAAGCGTTGGCTCTCTGTGCATCATTTGACCACAATT  691

seq1  ATTATAATTATGTCCTTGCCAGAAGGTCAACAGAGTAACTCAGAGGAGGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAATTATGTCCTTGCCAGAAGGTCAACAGAGTAACTCAGAGGAGGA  741

seq1  TACTGGGGTGACAGATGACTTGGGGGTTGGGGTTGAGTAGGGCAGTGTTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGGTGACAGATGACTTGGGGGTTGGGGTTGAGTAGGGCAGTGTTC  791

seq1  TCAGATTAGCACCAAGGGCCAAAGCAGGGCATGGCCGCTACCTTCAAAAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTAGCACCAAGGGCCAAAGCAGGGCATGGCCGCTACCTTCAAAAC  841

seq1  CTTCACATGCTGAAAGAAGGCAGATTTTTTTCTCAGATGATTCTTTAATG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACATGCTGAAAGAAGGCAGATTTTTTTCTCAGATGATTCTTTAATG  891

seq1  ATAGTCATTTTGTGCAACAGAATCATCATTGATAAACACTGGAAATCTCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCATTTTGTGCAACAGAATCATCATTGATAAACACTGGAAATCTCA  941

seq1  AGATTTGGCAAAAGCTATCACTACTGGCAGTTTGTTAAGTTGTGTCTGTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGGCAAAAGCTATCACTACTGGCAGTTTGTTAAGTTGTGTCTGTG  991

seq1  GCACAAAGTCCCATTACTATGGGGAAACAGAATTC  1030
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAGTCCCATTACTATGGGGAAACAGAATTC  1026