BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-141K23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 9,437,295 - 9,599,167
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAbca13
Upstream geneTns3, LOC638720, Pkd1l1, LOC624800, Hus1, Sunc1, OTTMUSG00000005148, Upp1, LOC626887, LOC100041469
Downstream geneLOC665435, LOC382483
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-141K23.bB6Ng01-141K23.g
ACCDH940080DH940081
length8381,076
definitionDH940080|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141K23, 5' end.DH940081|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141K23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,437,295 - 9,438,129)(9,598,083 - 9,599,167)
sequence
gaattcttacacttaattactgggatctggggagtgtcagactgccaggg
agcaatgtctaccttgaagtgcgaggtccttctgtccctttgagagggcc
acttagctaaacacttgctctgaaataagaaactctcagcatcttgctta
gaaacctccaacacaggtctgctgggcagtttctgtactttgtcttcaga
gataccataggtgacacttttgacaaatgtacacctctctgtaataagga
cacacatttatcagtggtccacagagactatcttgccacttttccaagca
cttctgcacctttctcctcctattttcaaattcctacaagcttctcttgt
gaccacagtgctactcctaaagtggtgcctgtattttcagtttctgtgac
agtctcaccttctgccggtgttaattgctatgtcagttatctggacccat
ataaatactcaatgctaaagtttctaaacatcaatggcctgaacaaaaga
catttattcaactcagagtctgtaaagttctgctgctgtcatcttcactg
ggctcactgtgggaaggaatgaggatgtgtgtagttaactggctgttggc
ttctgataggaggaagatggataatttaatttagaatatttaaggaagga
aaatatccttcatatgagtgggggaacttgaaatgaaaatagttgcttta
ttacttgcttggccttgagaaatgtattgcataccccaaagccacatact
tcagaagagtggaacaagagaggttatggagatagacaaacacacattat
ggatcagtgtctcttattacttcgaatatatatttata

gaattccaggtccaggccttggtgtaagagaagctgcaccatccactatc
cacaccccacccaagccaagtaagtgatggcacagtgtaaaagcacccac
accttctattatccacacacaccaaaccaggcaatgctgctacaccttcc
actgtccacattcaatccaaaccagacaatgggcagtgactttctgtgtg
gtcacttggagacatgtggaaaaagacaaagaatggttataatttccatc
ctaaaatctgcttaaaattgattgtaaggaactaattagagtttgacacg
gtgacacacatctgtgatcccaatactcaagagagaatttcagaccaact
taggcaacctagcaagagtttgtttcataggaaaaaacacacacactcat
acacacaagcatacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acatgaacgcatgcacaaatgcatgtgtacatgcacatacaaagaatggc
agataaatgaaaataagaacatttggtcaatcaataaagtacttcttcaa
taaagagcatcttcaagcatgatgacctaaattcaattcccagaacttct
gtatttaaaaaaaatgagtatgaaatgtgtttgtaatctcaaagttggga
cagtagagataaatccttgaggtacactgaccagccagtctagtctagct
ggtgagcaccaggctagcaatagtccctgtctcaaaagcaaggtgaatgg
cccctgaagaataacaccctagtggggtctctaacctccatacctgtaag
cgcttgtgtgtgctcacacaccaacacaaatatatttatatatttcaatc
tatgcaaatatatacagttacaaagactcctgctgaggtcaggtgaagga
agtttcatctctgtgggcaacacaagaatctttcattgaaattgtccttg
gagtctgcttacttaaaagaccatttcttctgtttagcactaatctttaa
tgtaagaattcagctgtcaatactgaaaagagtggactagaatgaaaagt
tctttctgggagttgtcaattggcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_9437295_9438129
seq2: B6Ng01-141K23.b_50_887

seq1  GAATTCTTACACTTAATTACTGGGATCTGGGGAGTGTCAGACTGCCAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACACTTAATTACTGGGATCTGGGGAGTGTCAGACTGCCAGGG  50

seq1  AGCAATGTCTACCTTGAAGTGCGAGGTCCTTCTGTCCCTTTGAGAGGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTCTACCTTGAAGTGCGAGGTCCTTCTGTCCCTTTGAGAGGGCC  100

seq1  ACTTAGCTAAACACTTGCTCTGAAATAAGAAACTCTCAGCATCTTGCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGCTAAACACTTGCTCTGAAATAAGAAACTCTCAGCATCTTGCTTA  150

seq1  GAAACCTCCAACACAGGTCTGCTGGGCAGTTTCTGTACTTTGTCTTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTCCAACACAGGTCTGCTGGGCAGTTTCTGTACTTTGTCTTCAGA  200

seq1  GATACCATAGGTGACACTTTTGACAAATGTACACCTCTCTGTAATAAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCATAGGTGACACTTTTGACAAATGTACACCTCTCTGTAATAAGGA  250

seq1  CACACATTTATCAGTGGTCCACAGAGACTATCTTGCCACTTTTCCAAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATTTATCAGTGGTCCACAGAGACTATCTTGCCACTTTTCCAAGCA  300

seq1  CTTCTGCACCTTTCTCCTCCTATTTTCAAATTCCTACAAGCTTCTCTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCACCTTTCTCCTCCTATTTTCAAATTCCTACAAGCTTCTCTTGT  350

seq1  GACCACAGTGCTACTCCTAAAGTGGTGCCTGTATTTTCAGTTTCTGTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAGTGCTACTCCTAAAGTGGTGCCTGTATTTTCAGTTTCTGTGAC  400

seq1  AGTCTCACCTTCTGCCGGTGTTAATTGCTATGTCAGTTATCTGGACCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCACCTTCTGCCGGTGTTAATTGCTATGTCAGTTATCTGGACCCAT  450

seq1  ATAAATACTCAATGCTAAAGTTTCTAAACATCAATGGCCTGAACAAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATACTCAATGCTAAAGTTTCTAAACATCAATGGCCTGAACAAAAGA  500

seq1  CATTTATTCAACTCAGAGTCTGTAAAGTTCTGCTGCTGTCATCTTCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTCAACTCAGAGTCTGTAAAGTTCTGCTGCTGTCATCTTCACTG  550

seq1  GGCTCACTGTGGGAAGGAATGAGGATGTGTGTAGTTAACTGGCTGTTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACTGTGGGAAGGAATGAGGATGTGTGTAGTTAACTGGCTGTTGGC  600

seq1  TTCTGATAGGAGGAAGATGGATAATTTAATTTAGAATATTTAAGGAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATAGGAGGAAGATGGATAATTTAATTTAGAATATTTAAGGAAGGA  650

seq1  AAATATCCTTCATATGAGTGGGGGAACTTGAAATGAAAATAGTTGCTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCCTTCATATGAGTGGGGGAACTTGAAATGAAAATAGTTGCTTTA  700

seq1  TTACTTGC-TGGCCTTGAGAAATGTATTGCATACCCCAAAGCCACATAC-  748
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTACTTGCTTGGCCTTGAGAAATGTATTGCATACCCCAAAGCCACATACT  750

seq1  TCAGAAGAGTGGAACAAGAGAGGTTATGGAGATAGACAAACACACA-TAT  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCAGAAGAGTGGAACAAGAGAGGTTATGGAGATAGACAAACACACATTAT  800

seq1  GGATCAGTGTCT-TTATTACTTCTGTATATATATTTATA  835
      |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||
seq2  GGATCAGTGTCTCTTATTACTTC-GAATATATATTTATA  838


seq1: chr11_9598083_9599167
seq2: B6Ng01-141K23.g_70_1145 (reverse)

seq1  TAGCCAATTTGACAACTTCCCAGAAAGAACTTTTCTATTCTAGTCCACTC  50
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAGCCAA-TTGACAAC-TCCCAGAAAGAACTTTTC-ATTCTAGTCCACTC  47

seq1  TTTTTCAGTAATGACAAGCTGATTTCTTTACAATTAAAGATAAGTTGCTA  100
       ||||||||| |||| |||||| ||| |||| ||||||||| || |||||
seq2  -TTTTCAGTATTGAC-AGCTGAATTC-TTAC-ATTAAAGATTAG-TGCTA  92

seq1  AACAGAAGGAAATGGTC-TCTGAGT-AGCAGACTTCCAGGGACAATTTCA  148
      ||||||| ||||||||| | | ||| ||||||| |||| |||||||||||
seq2  AACAGAA-GAAATGGTCTTTTAAGTAAGCAGAC-TCCAAGGACAATTTCA  140

seq1  ATGGAAGGTTCCTGTGTTGCCCACAGAGGTGAAACTTCCTTCACCTGACC  198
      ||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGATTCTTGTGTTGCCCACAGAGATGAAACTTCCTTCACCTGACC  190

seq1  TTCAGCAGG-GTCTTTTGTAACTGTATATATTTGCATAGATTGAAATATA  247
       |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TCAGCAGGAGTC-TTTGTAACTGTATATATTTGCATAGATTGAAATATA  238

seq1  TAAATATATTTGTGTTGGTGTGTGAGCACACACAAGCGCTTACAGGTATG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATATTTGTGTTGGTGTGTGAGCACACACAAGCGCTTACAGGTATG  288

seq1  GAGGTTAGAGACCCCACTAGGGTGTTATTCTTCAGGGGCCATTCACCTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTAGAGACCCCACTAGGGTGTTATTCTTCAGGGGCCATTCACCTTG  338

seq1  CTTTTGAGACAGGGACTATTGCTAGCCTGGTGCTCACCAGCTAGACTAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGACAGGGACTATTGCTAGCCTGGTGCTCACCAGCTAGACTAGA  388

seq1  CTGGCTGGTCAGTGTACCTCAAGGATTTATCTCTACTGTCCCAACTTTGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGGTCAGTGTACCTCAAGGATTTATCTCTACTGTCCCAACTTTGA  438

seq1  GATTACAAACACATTTCATACTCATTTTTTTTAAATACAGAAGTTCTGGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACAAACACATTTCATACTCATTTTTTTTAAATACAGAAGTTCTGGG  488

seq1  AATTGAATTTAGGTCATCATGCTTGAAGATGCTCTTTATTGAAGAAGTAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATTTAGGTCATCATGCTTGAAGATGCTCTTTATTGAAGAAGTAC  538

seq1  TTTATTGATTGACCAAATGTTCTTATTTTCATTTATCTGCCATTCTTTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGATTGACCAAATGTTCTTATTTTCATTTATCTGCCATTCTTTGT  588

seq1  ATGTGCATGTACACATGCATTTGTGCATGCGTTCATGTGTGTGTGTGTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATGTACACATGCATTTGTGCATGCGTTCATGTGTGTGTGTGTGT  638

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCTTGTGTGTATGAGTGTGTGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCTTGTGTGTATGAGTGTGTGT  688

seq1  GTTTTTTCCTATGAAACAAACTCTTGCTAGGTTGCCTAAGTTGGTCTGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTCCTATGAAACAAACTCTTGCTAGGTTGCCTAAGTTGGTCTGAA  738

seq1  ATTCTCTCTTGAGTATTGGGATCACAGATGTGTGTCACCGTGTCAAACTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTCTTGAGTATTGGGATCACAGATGTGTGTCACCGTGTCAAACTC  788

seq1  TAATTAGTTCCTTACAATCAATTTTAAGCAGATTTTAGGATGGAAATTAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGTTCCTTACAATCAATTTTAAGCAGATTTTAGGATGGAAATTAT  838

seq1  AACCATTCTTTGTCTTTTTCCACATGTCTCCAAGTGACCACACAGAAAGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTCTTTGTCTTTTTCCACATGTCTCCAAGTGACCACACAGAAAGT  888

seq1  CACTGCCCATTGTCTGGTTTGGATTGAATGTGGACAGTGGAAGGTGTAGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCCATTGTCTGGTTTGGATTGAATGTGGACAGTGGAAGGTGTAGC  938

seq1  AGCATTGCCTGGTTTGGTGTGTGTGGATAATAGAAGGTGTGGGTGCTTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGCCTGGTTTGGTGTGTGTGGATAATAGAAGGTGTGGGTGCTTTT  988

seq1  ACACTGTGCCATCACTTACTTGGCTTGGGTGGGGTGTGGATAGTGGATGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTGCCATCACTTACTTGGCTTGGGTGGGGTGTGGATAGTGGATGG  1038

seq1  TGCAGCTTCTCTTACACCAAGGCCTGGACCTGGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTTCTCTTACACCAAGGCCTGGACCTGGAATTC  1076


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |