BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155C05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 64,053,400 - 64,172,255
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG544785
Upstream geneLOC433423, LOC100042799, LOC100041690, LOC654442, LOC668297, Hs3st3b1, Cox10, 2810001G20Rik
Downstream geneHs3st3a1, LOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155C05.bB6Ng01-155C05.g
ACCDH950000DH950001
length1,1311,065
definitionDH950000|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155C05, 5' end.DH950001|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155C05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,053,400 - 64,054,552)(64,171,186 - 64,172,255)
sequence
gaattcattaatttgaggagtttgggggacatgggaagagttggaggagg
agcaaatggggtggaaattatgtcaatacagtacttatctgtgagattct
caaaaataataaaataaatgtaaaaaaatcacacattcatgtcttgcttg
gtcttatggaagcttcagaagtaatctgtggtttattctaagatggtaga
gaaatgacgtagacataagctttatcgttgcatagtgtaaccatgtaaag
tgctcattatttaaaaggcccgcattaaaatcctagactttggccagtgg
taagtttattttccaattataactacttacttaaaaagaaaaaaaatgat
aaaattcgtcatatcaagagattcctgcaaataaagataatgtttgtttt
gctttttgaacccttctcagccttccctcattggtctccttcaccctcca
tgaaggacactacccctgaagcttgagagatggactcaggggtgaagaac
atgtgctgctgttacagatgacccaaaatcagttcccagctcacataccc
agtagctcacaagtgcctgtagttccagctccagggggcctgatgccatt
tcttccatggacacttgtagtcacgtacacataccatgcacagacaaaca
ggtgggcatagaacaaacacacgtgcacataattaaaaataaaaaccaat
gctagaaaaccacactgtccaggaagatgaaaggagcaacggctggcagt
gtttgtcatggaaaccttggctgtctgactgaggtttatggaacgccagg
aaacaccatggctagcgtttacagcctccatgactgtgtttagctgtcag
tccctgacaatctgttgtaggtcgggtcgagtctcctctgtgctttgtgc
tgcctgcccaggagagctgtaccacatggctagatgtcacacggctctta
gtcatgaggaagctggaggacatccttcctgtctgtgctgatgtctttca
gtctcaccactgtctgtctcggtctgtttatgattttgtttgttgtttgc
ctgtgcttgttttctttgtttgggagaagcgtctacccgaattctgatgc
cgaatcaattcaagtgtactgcttaatgggg
gaattccatttacatgaagctcaggtcacgaatgtagttgaagccattat
gaactctatatgccaccttcccaacaccccctgcatcattgtaaagataa
ccacaactctgacctgtgatggcttctaatgtgttatcaggattgctaca
ctttagctcttcggggtcttataaaggctatgcattgaaggcttggccac
cagcttagaatcaacacgaggaagtagaacctttaggaggtggagccaac
agaaggaaattaggtcaatggaggagtggctttgcaagagatactgggat
tctggcctcttcccatgtctttgcttcctgaccatggcaaggtaagcaac
tcgactctaccagccaaatagataatcataatattctgacttacaataga
agcaaagcaacagagccaattaatcagtcatgggttgatactaggacccc
aaataaatgttccttataaagtttattacctctaaattttttttcccagc
aattaaaatctgactaatactggcgtatctttttttttctatgttgtatt
ctttgtgatatgggagattgaactcagtgcctctctcacagcaggcaaac
ataattctactgaggcagagtcaatcatcaagattggtgttttgaggtag
atgattaagagtctaatatcttattccagcccacctgtgtaatcctgagc
acagtattgtctgtgtcatgtgtctttagatattttaattatatatatac
tatatatacatacatatatatatctacatagatcaatagagcatttataa
gtaatgagtttaaaatgtatgtgtgtgtatataatgaaaatctttcagtt
atttggtgtttaaacacctgtttttctgcatgcagataatgatggcatat
tttggttgcttggttttaatcctcaagatttttcagatacacctaattag
attaagtgactaaagttgctgcatatgcatctgaaataaggtctggtcat
ttaaagtagagtattaggctgatttatagcatcacttctcagataacatt
ttattgctcagtgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_64053400_64054552
seq2: B6Ng01-155C05.b_45_1175

seq1  GAATTCATTAATTTGAGGAGTTTGGGGGACATGGGAAGAGTTGGAGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAATTTGAGGAGTTTGGGGGACATGGGAAGAGTTGGAGGAGG  50

seq1  AGCAAATGGGGTGGAAATTATGTCAATACAGTACTTATCTGTGAGATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATGGGGTGGAAATTATGTCAATACAGTACTTATCTGTGAGATTCT  100

seq1  CAAAAATAATAAAATAAATGTAAAAAAATCACACATTCATGTCTTGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATAATAAAATAAATGTAAAAAAATCACACATTCATGTCTTGCTTG  150

seq1  GTCTTATGGAAGCTTCAGAAGTAATCTGTGGTTTATTCTAAGATGGTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATGGAAGCTTCAGAAGTAATCTGTGGTTTATTCTAAGATGGTAGA  200

seq1  GAAATGACGTAGACATAAGCTTTATCGTTGCATAGTGTAACCATGTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGACGTAGACATAAGCTTTATCGTTGCATAGTGTAACCATGTAAAG  250

seq1  TGCTCATTATTTAAAAGGCCCGCATTAAAATCCTAGACTTTGGCCAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATTATTTAAAAGGCCCGCATTAAAATCCTAGACTTTGGCCAGTGG  300

seq1  TAAGTTTATTTTCCAATTATAACTACTTACTTAAAAAGAAAAAAAATGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTATTTTCCAATTATAACTACTTACTTAAAAAGAAAAAAAATGAT  350

seq1  AAAATTCGTCATATCAAGAGATTCCTGCAAATAAAGATAATGTTTGTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCGTCATATCAAGAGATTCCTGCAAATAAAGATAATGTTTGTTTT  400

seq1  GCTTTTTGAACCCTTCTCAGCCTTCCCTCATTGGTCTCCTTCACCCTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTGAACCCTTCTCAGCCTTCCCTCATTGGTCTCCTTCACCCTCCA  450

seq1  TGAAGGACACTACCCCTGAAGCTTGAGAGATGGACTCAGGGGTGAAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGACACTACCCCTGAAGCTTGAGAGATGGACTCAGGGGTGAAGAAC  500

seq1  ATGTGCTGCTGTTACAGATGACCCAAAATCAGTTCCCAGCTCACATACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGCTGTTACAGATGACCCAAAATCAGTTCCCAGCTCACATACCC  550

seq1  AGTAGCTCACAAGTGCCTGTAGTTCCAGCTCCAGGGGGCCTGATGCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTCACAAGTGCCTGTAGTTCCAGCTCCAGGGGGCCTGATGCCATT  600

seq1  TCTTCCATGGACACTTGTAGTCACGTACACATACCATGCACAGACAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCATGGACACTTGTAGTCACGTACACATACCATGCACAGACAAACA  650

seq1  GGTGGGCATAGAACAAACACACGTGCACATAATTAAAAATAAAAACCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCATAGAACAAACACACGTGCACATAATTAAAAATAAAAACCAAT  700

seq1  GCTAGAAAACCACACTGTCCAGGAAGATGAAAGGAGCAACGGCTGGCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAAACCACACTGTCCAGGAAGATGAAAGGAGCAACGGCTGGCAGT  750

seq1  GTTTGTCATGGAAACCTTGGCTGTCTGACTGAGGTTTATGGAACGCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCATGGAAACCTTGGCTGTCTGACTGAGGTTTATGGAACGCCAGG  800

seq1  AAACACCATGGCTAGCGTTTACAGCCTCCATGACTGTGTTTAGCTGTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCATGGCTAGCGTTTACAGCCTCCATGACTGTGTTTAGCTGTCAG  850

seq1  TCCCTGACAATCTGTTGTAGGTCGGGTCGAGTCTCCTCTGTGCTTTGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGACAATCTGTTGTAGGTCGGGTCGAGTCTCCTCTGTGCTTTGTGC  900

seq1  TGCCTGCCCAGGAGAGCTGTACCACATGGCTAAGATGTCACACGGCTCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCCAGGAGAGCTGTACCACATGGCT-AGATGTCACACGGCTCTT  949

seq1  AGTCATGAGGAAGCTGGAGGACATCCTTCCTGTCTGTGCTGATTGTCTTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGTCATGAGGAAGCTGGAGGACATCCTTCCTGTCTGTGCTGA-TGTCTTT  998

seq1  CAGTCTCACCACTGTTCTGTCTTCGGTTCTGTTTTATTGATTTTTTGTTT  1050
      |||||||||||||| |||||| |||| |||||||   |||  ||||||||
seq2  CAGTCTCACCACTG-TCTGTC-TCGG-TCTGTTT--ATGA--TTTTGTTT  1041

seq1  GTTTGTTTGCCTGTGCTTTGTTTTCTTTTGTTTTGTGTAGAAGCGTCTTA  1100
      | |||||||||||||| |||||||| |||||||   | ||||||||| ||
seq2  G-TTGTTTGCCTGTGC-TTGTTTTC-TTTGTTT--GGGAGAAGCGTC-TA  1085

seq1  CCCAGAATTCTTGATGCCCGAAATCAAAATCCAAGTGTACTTGCTTAATG  1150
      ||| |||||| |||||||   ||||  ||| ||||||||| |||||||||
seq2  CCC-GAATTC-TGATGCC--GAATC--AATTCAAGTGTAC-TGCTTAATG  1128

seq1  GGG  1153
      |||
seq2  GGG  1131

seq1: chr11_64171186_64172255
seq2: B6Ng01-155C05.g_66_1130 (reverse)

seq1  GGCACTGAGCATAAAAATGTTATCCCTTGAG-AGTGATGCTATTAAATCA  49
      |||||||||||  |||||||||||   |||| |||||||||| |||||||
seq2  GGCACTGAGCAATAAAATGTTATC---TGAGAAGTGATGCTA-TAAATCA  46

seq1  GGCTTATTACTCTACTTTTAAATGGACCAGACCTTATTTCAGATGCATAT  99
       || || |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GCCTAATACTCTAC-TTTAAAT-GACCAGACCTTATTTCAGATGCATAT  93

seq1  GCAGCAACTTTAGTCACTTAATCTAATTAGGTTGTATCTGAAAAATCTTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAACTTTAGTCACTTAATCTAATTAGG-TGTATCTGAAAAATCTTG  142

seq1  AGGATTAAAACCAAGCAA-CAAAATATGCCATCATTATCTGCATGCAGAA  198
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTAAAACCAAGCAACCAAAATATGCCATCATTATCTGCATGCAGAA  192

seq1  AAACAGGTGTTTAAACACCAATTAACTG-AAGATTTTCATTATATACACA  247
      ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGTGTTTAAACACCAAATAACTGAAAGATTTTCATTATATACACA  242

seq1  CACATACATTTTAAACTCATTACTTATAAATGCTCTATTGATCTATGTAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACATTTTAAACTCATTACTTATAAATGCTCTATTGATCTATGTAG  292

seq1  ATATATATATGTATGTATATATAGTATATATATAATTAAAATATCTAAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATGTATGTATATATAGTATATATATAATTAAAATATCTAAAG  342

seq1  ACACATGACACAGACAATACTGTGCTCAGGATTACACAGGTGGGCTGGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGACACAGACAATACTGTGCTCAGGATTACACAGGTGGGCTGGAA  392

seq1  TAAGATATTAGACTCTTAATCATCTACCTCAAAACACCAATCTTGATGAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATATTAGACTCTTAATCATCTACCTCAAAACACCAATCTTGATGAT  442

seq1  TGACTCTGCCTCAGTAGAATTATGTTTGCCTGCTGTGAGAGAGGCACTGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTGCCTCAGTAGAATTATGTTTGCCTGCTGTGAGAGAGGCACTGA  492

seq1  GTTCAATCTCCCATATCACAAAGAATACAACATAGAAAAAAAAAGATACG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATCTCCCATATCACAAAGAATACAACATAGAAAAAAAAAGATACG  542

seq1  CCAGTATTAGTCAGATTTTAATTGCTGGGAAAAAAAATTTAGAGGTAATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATTAGTCAGATTTTAATTGCTGGGAAAAAAAATTTAGAGGTAATA  592

seq1  AACTTTATAAGGAACATTTATTTGGGGTCCTAGTATCAACCCATGACTGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTATAAGGAACATTTATTTGGGGTCCTAGTATCAACCCATGACTGA  642

seq1  TTAATTGGCTCTGTTGCTTTGCTTCTATTGTAAGTCAGAATATTATGATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGGCTCTGTTGCTTTGCTTCTATTGTAAGTCAGAATATTATGATT  692

seq1  ATCTATTTGGCTGGTAGAGTCGAGTTGCTTACCTTGCCATGGTCAGGAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTTGGCTGGTAGAGTCGAGTTGCTTACCTTGCCATGGTCAGGAAG  742

seq1  CAAAGACATGGGAAGAGGCCAGAATCCCAGTATCTCTTGCAAAGCCACTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACATGGGAAGAGGCCAGAATCCCAGTATCTCTTGCAAAGCCACTC  792

seq1  CTCCATTGACCTAATTTCCTTCTGTTGGCTCCACCTCCTAAAGGTTCTAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTGACCTAATTTCCTTCTGTTGGCTCCACCTCCTAAAGGTTCTAC  842

seq1  TTCCTCGTGTTGATTCTAAGCTGGTGGCCAAGCCTTCAATGCATAGCCTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCGTGTTGATTCTAAGCTGGTGGCCAAGCCTTCAATGCATAGCCTT  892

seq1  TATAAGACCCCGAAGAGCTAAAGTGTAGCAATCCTGATAACACATTAGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACCCCGAAGAGCTAAAGTGTAGCAATCCTGATAACACATTAGAA  942

seq1  GCCATCACAGGTCAGAGTTGTGGTTATCTTTACAATGATGCAGGGGGTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCACAGGTCAGAGTTGTGGTTATCTTTACAATGATGCAGGGGGTGT  992

seq1  TGGGAAGGTGGCATATAGAGTTCATAATGGCTTCAACTACATTCGTGACC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGGTGGCATATAGAGTTCATAATGGCTTCAACTACATTCGTGACC  1042

seq1  TGAGCTTCATGTAAATGGAATTC  1070
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTCATGTAAATGGAATTC  1065