BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155K22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 78,043,428 - 78,163,491
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSupt6h, Sdf2, 2610507B11Rik, BC030499, LOC100043544, LOC100042648, Spag5, Aldoc, Pigs, Unc119
Upstream geneSsh2, LOC544800, Coro6, Ankrd13b, 2210008F06Rik, Git1, Trp53i13, 1300007F04Rik, Taok1, LOC668641, Nufip2, Cryba1, LOC100043506, Myo18a, Pipox, Sez6, LOC100043518, Phf12, Dhrs13, Flot2, Eral1, BC017647, LOC100043525, Traf4, Nek8, Tlcd1, Rpl23a, Rab34, 4933404M19Rik
Downstream geneFoxn1, OTTMUSG00000000132, Slc13a2, Slc46a1, A830091I15Rik, Vtn, Og9x, AI316787, Poldip2, Tnfaip1, Ift20, Tmem97, Nlk, LOC100043570, LOC100042674, 1810009O10Rik, 1810012P15Rik, Nos2, Lgals9, Ksr1, LOC100042697, Wsb1, Nf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155K22.bB6Ng01-155K22.g
ACCDH950396DH950397
length1,1361,091
definitionDH950396|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155K22, 5' end.DH950397|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155K22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,162,335 - 78,163,491)(78,043,428 - 78,044,533)
sequence
gaattccctccactaaaagaggggcctgggaggggttagaggctaacata
agtactatgcacaggactggccaggctaagggtgttgcaaggcagctaag
tgcagggagatggctctaggcctggccaaagtccttgcccttctctgatg
agggctgagagcacacttaggagtggcctctgggggtcagaggaagtgaa
aaacaaagccacctccctgtatctcttccttccccatcctgagctgatgg
tctttgctgcagcctctgctctgccaagccattacctttataccaaagct
tcccgtcccagaccctgggtctccatcataggaggagtcctatcttgaac
catgccctaaatactcacttagatgttgagaatctgaggccaggaaaagc
cactggccagaggccctgggacatggggggttttattctcttgatcagta
tggctggacataagcattgccccaaaggcttaggtccccagccagtggca
atactgaggtgaccatgagggcttggatgagggagacgaacaaatgtttg
caaggagtatcttgttcctctccctctcccccccttaatacacccccccc
acttctgcttccaggtgagcagtttctacctctgcacactttcccatgat
gctctgcctcaccagaggcccactcggtggccatggactgaaacctctga
actgaagggaaaatcttgcctcttttaagttgattttctcatgtactttc
gtcatgataaaaagcaactaagacaaacccctctcactccactccacccc
ttaccttccctatagacacacaggctggccgcacccagaacagaaaaggt
ttattgaaaactatatacagtttgtccaggtcttacaggctgcgatctgg
acccgcccctctcacactcgggtagttcttggcccctgatggagagccag
ggctcaagcaggtacccactgtggatctttgtctgtgaaccgacactata
atagcctgaggtggtgggcaaggacaggaatggtccttacctgatctagt
acgtcagaatggggcacctactcttgaactcagctcgatggactagcgag
catcatgagtcctcctctgcaggatgccttctgaac
gaattctttttaacgtttatttacatgtacagatgctttgcctgcatgta
tacctgtgtaccaagtgagtgcctggtatccacagaggtcagaagaggga
gcaggacccttagaactacggttacaggtagttgtgaaccaccatgtggg
tgctgggaactaaaccccagttctctgcaagggcaataagcgctcctaac
caccggctttgcagcttctcaagttcaagcttgtgagtacctggagggag
atggtcggtgttgcgaaggcatttctatagatccagtcagcttcctcttc
tagctcatcatcctcagctgccttgactgggatggagcggagctgtaatg
cgttaagagggtgagataactttatgttatattctgcttaggaaaaaaac
atataccacttccacacagcagcatgcgatgcccagggatgcaattctag
tgccatggaatgagcatttttcagatctgctaagaatcccatttcagggc
tgggggtgtatcttggttggcattgcctggcattcacaaaatctcagcac
cacaacctggcaagtggtgtttgcctgtaatcccagcaattcaagaggat
caagaatttaaggtcatccttggctacttattgagtttgaggccaacctg
gaccacatgagagcctgtctcaaaaacaattaaaaaagaaaagaagaggc
aacaaaagaatgccatttcaaagttagtcatgtaatcctagatcctaaga
aggctgagaaaggaggaccccatgtttaagacttgcttgggcgacagagt
cagttggaggccagcctaagttagagtgtttcaaaataaaaagtgtagag
aggaccaaggatctcactcaacagtagccttacccacctatgaggcccta
gttttaattctcagtactgccaggatgatagttggactcattaacctggt
acatgggtttcaagtccataatagatactactcattgtgatctacctgga
acctctcagcaagtcagtgctcggattcatgtctgtctgtgaggtggctg
ctctccagctcactagctcgtaactctcaagatgctcctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_78162335_78163491
seq2: B6Ng01-155K22.b_47_1182 (reverse)

seq1  GTTCAGGAAGGCCTCCTGCAAGAGGAGGACTCCTGGATGCCTCGCTAGGT  50
      ||||| |||||| |||||| |||||||||||| | |||| ||||||| ||
seq2  GTTCA-GAAGGCATCCTGC-AGAGGAGGACTCAT-GATG-CTCGCTA-GT  45

seq1  CCACTGGGCCTGAGTTTCAGAGTA-GTGCCCCCTTCTTGACCGTGACTAG  99
      ||| | |  |||||||  |||||| ||||||| ||| ||| ||| |||||
seq2  CCA-TCGAGCTGAGTTCAAGAGTAGGTGCCCCATTC-TGA-CGT-ACTAG  91

seq1  ATCAGGTTAGGGACCATTTCCTGTCCCTTGCCCACCACCTCCAGGCTATT  149
      |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |
seq2  ATCAGG-TAAGGACCA-TTCCTGT-CCTTGCCCACCACCT-CAGGCTA-T  136

seq1  TATAGTTGTCGGTTCACAGACAAAGATCCACAGTGGGTACCCTGCTCTGA  199
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TATAG-TGTCGGTTCACAGACAAAGATCCACAGTGGGTA-CCTGCT-TGA  183

seq1  GCCCTGGCCTCCTCCATCAGGGGCCAAGAAACTACCCGAGGTGTGAGAGG  249
      ||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GCCCTGGC--TCTCCATCAGGGGCCAAG-AACTACCCGA-GTGTGAGAGG  229

seq1  GGCGGGTCCAGATCGCAGCCTGTAAGACCTGGACAAACTGTATATAGTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGGTCCAGATCGCAGCCTGTAAGACCTGGACAAACTGTATATAGTTT  279

seq1  TCAATAAACCTTTTCTGTTCTTGGGTGCGGCCAGCCTGTGTGTCTATAGG  349
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAACCTTTTCTGTTC-TGGGTGCGGCCAGCCTGTGTGTCTATAGG  328

seq1  GAAGGTAAGGGGTGGAGTGGAGTGAGAGGGGTTTGTCTTAGTTGCTTTTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTAAGGGGTGGAGTGGAGTGAGAGGGGTTTGTCTTAGTTGCTTTTT  378

seq1  ATCATGACGAAAGTACATGAGAAAATCAACTTAAAAGAGGCAAGATTTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGACGAAAGTACATGAGAAAATCAACTTAAAAGAGGCAAGATTTTC  428

seq1  CCTTCAGTTCAGAGGTTTCAGTCCATGGCCACCGAGTGGGCCTCTGGTGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGTTCAGAGGTTTCAGTCCATGGCCACCGAGTGGGCCTCTGGTGA  478

seq1  GGCAGAGCATCATGGGAAAGTGTGCAGAGGTAGAAACTGCTCACCTGGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGCATCATGGGAAAGTGTGCAGAGGTAGAAACTGCTCACCTGGAA  528

seq1  GCAGAAGTGGGGGGGGTGTATTAAGGGGGGGAGAGGGAGAGGAACAAGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGTGGGGGGGGTGTATTAAGGGGGGGAGAGGGAGAGGAACAAGAT  578

seq1  ACTCCTTGCAAACATTTGTTCGTCTCCCTCATCCAAGCCCTCATGGTCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTGCAAACATTTGTTCGTCTCCCTCATCCAAGCCCTCATGGTCAC  628

seq1  CTCAGTATTGCCACTGGCTGGGGACCTAAGCCTTTGGGGCAATGCTTATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTATTGCCACTGGCTGGGGACCTAAGCCTTTGGGGCAATGCTTATG  678

seq1  TCCAGCCATACTGATCAAGAGAATAAAACCCCCCATGTCCCAGGGCCTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCATACTGATCAAGAGAATAAAACCCCCCATGTCCCAGGGCCTCT  728

seq1  GGCCAGTGGCTTTTCCTGGCCTCAGATTCTCAACATCTAAGTGAGTATTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGTGGCTTTTCCTGGCCTCAGATTCTCAACATCTAAGTGAGTATTT  778

seq1  AGGGCATGGTTCAAGATAGGACTCCTCCTATGATGGAGACCCAGGGTCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATGGTTCAAGATAGGACTCCTCCTATGATGGAGACCCAGGGTCTG  828

seq1  GGACGGGAAGCTTTGGTATAAAGGTAATGGCTTGGCAGAGCAGAGGCTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGGGAAGCTTTGGTATAAAGGTAATGGCTTGGCAGAGCAGAGGCTGC  878

seq1  AGCAAAGACCATCAGCTCAGGATGGGGAAGGAAGAGATACAGGGAGGTGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGACCATCAGCTCAGGATGGGGAAGGAAGAGATACAGGGAGGTGG  928

seq1  CTTTGTTTTTCACTTCCTCTGACCCCCAGAGGCCACTCCTAAGTGTGCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTTTCACTTCCTCTGACCCCCAGAGGCCACTCCTAAGTGTGCTC  978

seq1  TCAGCCCTCATCAGAGAAGGGCAAGGACTTTGGCCAGGCCTAGAGCCATC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCTCATCAGAGAAGGGCAAGGACTTTGGCCAGGCCTAGAGCCATC  1028

seq1  TCCCTGCACTTAGCTGCCTTGCAACACCCTTAGCCTGGCCAGTCCTGTGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCACTTAGCTGCCTTGCAACACCCTTAGCCTGGCCAGTCCTGTGC  1078

seq1  ATAGTACTTATGTTAGCCTCTAACCCCTCCCAGGCCCCTCTTTTAGTGGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACTTATGTTAGCCTCTAACCCCTCCCAGGCCCCTCTTTTAGTGGA  1128

seq1  GGGAATTC  1157
      ||||||||
seq2  GGGAATTC  1136

seq1: chr11_78043428_78044533
seq2: B6Ng01-155K22.g_68_1158

seq1  GAATTCTTTTTAACGTTTATTTACATGTACAGATGCTTTGCCTGCATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTAACGTTTATTTACATGTACAGATGCTTTGCCTGCATGTA  50

seq1  TACCTGTGTACCAAGTGAGTGCCTGGTATCCACAGAGGTCAGAAGAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTGTACCAAGTGAGTGCCTGGTATCCACAGAGGTCAGAAGAGGGA  100

seq1  GCAGGACCCTTAGAACTACGGTTACAGGTAGTTGTGAACCACCATGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACCCTTAGAACTACGGTTACAGGTAGTTGTGAACCACCATGTGGG  150

seq1  TGCTGGGAACTAAACCCCAGTTCTCTGCAAGGGCAATAAGCGCTCCTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGAACTAAACCCCAGTTCTCTGCAAGGGCAATAAGCGCTCCTAAC  200

seq1  CACCGGCTTTGCAGCTTCTCAAGTTCAAGCTTGTGAGTACCTGGAGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGGCTTTGCAGCTTCTCAAGTTCAAGCTTGTGAGTACCTGGAGGGAG  250

seq1  ATGGTCGGTGTTGCGAAGGCATTTCTATAGATCCAGTCAGCTTCCTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCGGTGTTGCGAAGGCATTTCTATAGATCCAGTCAGCTTCCTCTTC  300

seq1  TAGCTCATCATCCTCAGCTGCCTTGACTGGGATGGAGCGGAGCTGTAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCATCATCCTCAGCTGCCTTGACTGGGATGGAGCGGAGCTGTAATG  350

seq1  CGTTAAGAGGGTGAGATAACTTTATGTTATATTCTGCTTAGGAAAAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAAGAGGGTGAGATAACTTTATGTTATATTCTGCTTAGGAAAAAAAC  400

seq1  ATATACCACTTCCACACAGCAGCATGCGATGCCCAGGGATGCAATTCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCACTTCCACACAGCAGCATGCGATGCCCAGGGATGCAATTCTAG  450

seq1  TGCCATGGAATGAGCATTTTTCAGATCTGCTAAGAATCCCATTTCAGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGGAATGAGCATTTTTCAGATCTGCTAAGAATCCCATTTCAGGGC  500

seq1  TGGGGGTGTATCTTGGTTGGCATTGCCTGGCATTCACAAAATCTCAGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGTGTATCTTGGTTGGCATTGCCTGGCATTCACAAAATCTCAGCAC  550

seq1  CACAACCTGGCAAGTGGTGTTTGCCTGTAATCCCAGCAATTCAAGAGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCTGGCAAGTGGTGTTTGCCTGTAATCCCAGCAATTCAAGAGGAT  600

seq1  CAAGAATTTAAGGTCATCCTTGGCTACTTATTGAGTTTGAGGCCAACCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATTTAAGGTCATCCTTGGCTACTTATTGAGTTTGAGGCCAACCTG  650

seq1  GACCACATGAGAGCCTGTCTCAAAAACAATTAAAAAAGAAAAGAAGAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACATGAGAGCCTGTCTCAAAAACAATTAAAAAAGAAAAGAAGAGGC  700

seq1  AACAAAAGAATGCCATTTCAAAGTTAGTCATGTAATCCTAGATCCTAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGAATGCCATTTCAAAGTTAGTCATGTAATCCTAGATCCTAAGA  750

seq1  AGGCTGAGAAAGGAGGACCCCATGTTTAAGACTTGCTTGGGCGACAGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGAGAAAGGAGGACCCCATGTTTAAGACTTGCTTGGGCGACAGAGT  800

seq1  CAGTTGGAGGCCAGCCTAAGTTAGAGTGTTTCAAAATAAAAAGTGTAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGGAGGCCAGCCTAAGTTAGAGTGTTTCAAAATAAAAAGTGTAGAG  850

seq1  AGGACCAAGGATCTCACTCAACAGTAGCCTTACCCACCTATGAGGCCCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAAGGATCTCACTCAACAGTAGCCTTACCCACCTATGAGGCCCTA  900

seq1  GTTTTAATTCTCAGTACTGCCAGGATTGATAGTTGGACTCATTAAACCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTTTAATTCTCAGTACTGCCAGGA-TGATAGTTGGACTCATT-AACCTG  948

seq1  GGTTACATGGGTTTCAAAGTCCATAATAGATACTACTCATTGTGGTTCTT  1000
      |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |   |
seq2  G--TACATGGGTTTC-AAGTCCATAATAGATACTACTCATTGTGAT--CT  993

seq1  ACCTGGAACCTCTCAGGCAAGTCAGTGGCTCGGATTTCATTGTCCTGGTC  1050
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||   |||
seq2  ACCTGGAACCTCTCA-GCAAGTCAGT-GCTCGGA-TTCA-TGTC--TGTC  1037

seq1  TGTGAGGTGGCTGCTCTCCAGCTCACTAGGCTCGTACATCTCAAAGATGC  1100
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||
seq2  TGTGAGGTGGCTGCTCTCCAGCTCACTA-GCTCGTAACTCTC-AAGATGC  1085

seq1  TCCTGC  1106
      ||||||
seq2  TCCTGC  1091