BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162K23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 80,968,574 - 81,026,164
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAccn1
Upstream geneCenta2, Rnf135, Rhot1, Rhbdl3, 5730455P16Rik, Zfp207, LOC100043601, LOC100042726, Psmd11, Cdk5r1, Myo1d, Tmem98, Spaca3
Downstream gene1700071K01Rik, 5530401A14Rik, Ccl2, Ccl7, Ccl11, Ccl12, Ccl8, Ccl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162K23.bB6Ng01-162K23.g
ACCDH955463DH955464
length1,1181,136
definitionDH955463|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162K23, 5' end.DH955464|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162K23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,025,048 - 81,026,164)(80,968,574 - 80,969,729)
sequence
gaattcttgaagataataagggcttaggtattgacaaagcatccatgagg
agctggaagtcactgagatgcctggtggacatgtcaggacatgatgcaca
ggtgagtagaggcctgacccggggagaagcaactgggatggttagacaga
ggagaaagctggaggctaatcaagtgttctctggcttccctccttgcatc
ctatcatctcaagcacaaggccctgggtttggtcctcggctctggaaaaa
gaaaaaaaaagacaaaataacaaaaagagccagactgatggctatcagat
catgccatatttgtatccctgcttacattccttgtatattgagagcaaaa
tgcaaccccggggattatgacacccattataactcattcttctcttcctt
ctccaacttcagtcatgtgacacctccaaccccaccccctccactaattg
actgagtgagtatacttcttttcctccttggcacctctgaaccatttctc
tcttctctctgcgcttcgctgcccttgtgatctggctgcctcgtcaaaag
tagccaagacaacaagggccttgagcatgcctgtctgtagaaaatctgtt
ccatactttccaggcatggtttacttaattattgaccatcaccagtcact
agaccataaagcacgcgtgagcaagaggccttgccttcatctgtgctgtg
cttagcacagtacctggggatccaaaagaacccaataactgtttgtggag
agaaacatgaaagaacgttattaccaaaaaatgctaatctccaacactgc
aggggtgatattttgtccactcaggagaacaaagcctttttttttaacaa
cctgcgcaccttgctgcatttgaatacaaatggccatttactaattacaa
attagtcttatctgtatagacagccttccaggcaagacctctaacagcaa
acgttctgtagtcaggagttcagtgattctaacttggaagctctttaaga
gtttctttacattttactttaaaaacattctccttggtttgctcattcaa
actttctgtctttcagtgtaataaacaggtggtggcttttatacaggtga
catgaattccttaagact
gaattcacagcttttgtgggatttaggaagatttgtgaaatgaccaggag
gtttctatgaaggatgcagaggactagagtggatattctattcccactgg
cctgggggctttctttccatgaagcaactccttgtatctaaacactggag
aagatggtctctgagcccctcatctcccattcatacaccacacatatgca
ctcagcacacatgtccatgtacccaagcacacactatatatacacatgcc
ctaccaggttcacacaactgcacaaatacatttgacacataatacaaaat
ttgacacatttgaacatacatacaaacatacatgctgcaatcttgcatgt
gcattcaatgcatactgtatattgtgtgtatatatacacacagtatataa
atatacacaaccatacaaccatatattacccacaatgaattcattcacaa
tcatgtatatatacacacgatgcacacgtattatgtatatggatgtccgt
gctcactctctagggcacagctacacatacctgaagacctccacctcttc
ctcctcctctttttcctcttcttcctcttcctcccccttcttcctctcct
cctccttcttctgtttttcaagacagtgtttttctgtgtagctttggctg
tcctgaaacttgcactgtagaccaggctggcctcaaactcagagatctac
ttgcctctgccgctagagtgctgagatgaaagttgtgtgccaccactacc
ttgctcatattcctggagaagaaactgttgctgctgagcaatgctgagat
tcagctgtggatttggtttccctgaaagcacctgtcagttgttggctttg
gcaggaagttctgaaggtgccagtgtactgtactcccaacaaaacctcct
tattctaataattctggcttagaccgaggatccctgcctgggaattcagg
acctcttctagcccagtggtagcctagaggcctggagcagctactgtaaa
ggagctaaacagcatgtgacatcctcccagcatcttactctggagtgact
atgctctgttttgtcagaagtcatctggttgattctgggtatagctttct
ttctggctgttactctgagaacacatgccagggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_81025048_81026164
seq2: B6Ng01-162K23.b_46_1163 (reverse)

seq1  AGTCTTAA-GAATTCATGTCA-CTGTAT-AGAGCAACACCTTGTTTATTT  47
      |||||||| |||||||||||| |||||| | ||| ||  | |||||| ||
seq2  AGTCTTAAGGAATTCATGTCACCTGTATAAAAGCCACCACCTGTTTA-TT  49

seq1  ACAACTG-AAGACAG-AAGTTTGAATGAGCAAACCAA-GAGAATGTTTTT  94
      || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AC-ACTGAAAGACAGAAAGTTTGAATGAGCAAACCAAGGAGAATGTTTTT  98

seq1  AAAGTAAAATGTAAAGAAACTCTTAAAGAGCCTTCCAAGTTAGAATCCAC  144
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  AAAGTAAAATGTAAAGAAACTCTTAAAGAG-CTTCCAAGTTAGAAT-CAC  146

seq1  TGAACTCCTGACTACAGAACGTTTGCTGTTAGAGGTCTTGCCTGGGAGGC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGAACTCCTGACTACAGAACGTTTGCTGTTAGAGGTCTTGCCTGGAAGGC  196

seq1  TGTCTTATACAGATAAGACTAATTTGTAATTAGTAAATGGCCATTTGTAT  244
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTC-TATACAGATAAGACTAATTTGTAATTAGTAAATGGCCATTTGTAT  245

seq1  TCAAATGCAGCAAGGTGCGCAGGTTGTTAAAAAAAAAGGCTTTGTTCTCC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGCAGCAAGGTGCGCAGGTTGTTAAAAAAAAAGGCTTTGTTCTCC  295

seq1  TGAGTGGACAAAATATCACCCCTGCAGTGTTGGAGATTAGCATTTTTTGG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGACAAAATATCACCCCTGCAGTGTTGGAGATTAGCATTTTTTGG  345

seq1  TAATAACGTTCTTTCATGTTTCTCTCCACAAACAGTTATTGGGTTCTTTT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAACGTTCTTTCATGTTTCTCTCCACAAACAGTTATTGGGTTCTTTT  395

seq1  GGATCCCCAGGTACTGTGCTAAGCACAGCACAGATGAAGGCAAGGCCTCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCCAGGTACTGTGCTAAGCACAGCACAGATGAAGGCAAGGCCTCT  445

seq1  TGCTCACGCGTGCTTTATGGTCTAGTGACTGGTGATGGTCAATAATTAAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACGCGTGCTTTATGGTCTAGTGACTGGTGATGGTCAATAATTAAG  495

seq1  TAAACCATGCCTGGAAAGTATGGAACAGATTTTCTACAGACAGGCATGCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCATGCCTGGAAAGTATGGAACAGATTTTCTACAGACAGGCATGCT  545

seq1  CAAGGCCCTTGTTGTCTTGGCTACTTTTGACGAGGCAGCCAGATCACAAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCCTTGTTGTCTTGGCTACTTTTGACGAGGCAGCCAGATCACAAG  595

seq1  GGCAGCGAAGCGCAGAGAGAAGAGAGAAATGGTTCAGAGGTGCCAAGGAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCGAAGCGCAGAGAGAAGAGAGAAATGGTTCAGAGGTGCCAAGGAG  645

seq1  GAAAAGAAGTATACTCACTCAGTCAATTAGTGGAGGGGGTGGGGTTGGAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAGTATACTCACTCAGTCAATTAGTGGAGGGGGTGGGGTTGGAG  695

seq1  GTGTCACATGACTGAAGTTGGAGAAGGAAGAGAAGAATGAGTTATAATGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACATGACTGAAGTTGGAGAAGGAAGAGAAGAATGAGTTATAATGG  745

seq1  GTGTCATAATCCCCGGGGTTGCATTTTGCTCTCAATATACAAGGAATGTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCATAATCCCCGGGGTTGCATTTTGCTCTCAATATACAAGGAATGTA  795

seq1  AGCAGGGATACAAATATGGCATGATCTGATAGCCATCAGTCTGGCTCTTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGATACAAATATGGCATGATCTGATAGCCATCAGTCTGGCTCTTT  845

seq1  TTGTTATTTTGTCTTTTTTTTTCTTTTTCCAGAGCCGAGGACCAAACCCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATTTTGTCTTTTTTTTTCTTTTTCCAGAGCCGAGGACCAAACCCA  895

seq1  GGGCCTTGTGCTTGAGATGATAGGATGCAAGGAGGGAAGCCAGAGAACAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTGTGCTTGAGATGATAGGATGCAAGGAGGGAAGCCAGAGAACAC  945

seq1  TTGATTAGCCTCCAGCTTTCTCCTCTGTCTAACCATCCCAGTTGCTTCTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTAGCCTCCAGCTTTCTCCTCTGTCTAACCATCCCAGTTGCTTCTC  995

seq1  CCCGGGTCAGGCCTCTACTCACCTGTGCATCATGTCCTGACATGTCCACC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGGTCAGGCCTCTACTCACCTGTGCATCATGTCCTGACATGTCCACC  1045

seq1  AGGCATCTCAGTGACTTCCAGCTCCTCATGGATGCTTTGTCAATACCTAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCTCAGTGACTTCCAGCTCCTCATGGATGCTTTGTCAATACCTAA  1095

seq1  GCCCTTATTATCTTCAAGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTATTATCTTCAAGAATTC  1118

seq1: chr11_80968574_80969729
seq2: B6Ng01-162K23.g_67_1202

seq1  GAATTCACAGCTTTTGTGGGATTTAGGAAGATTTGTGAAATGACCAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGCTTTTGTGGGATTTAGGAAGATTTGTGAAATGACCAGGAG  50

seq1  GTTTCTATGAAGGATGCAGAGGACTAGAGTGGATATTCTATTCCCACTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTATGAAGGATGCAGAGGACTAGAGTGGATATTCTATTCCCACTGG  100

seq1  CCTGGGGGCTTTCTTTCCATGAAGCAACTCCTTGTATCTAAACACTGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGGCTTTCTTTCCATGAAGCAACTCCTTGTATCTAAACACTGGAG  150

seq1  AAGATGGTCTCTGAGCCCCTCATCTCCCATTCATACACCACACATATGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGTCTCTGAGCCCCTCATCTCCCATTCATACACCACACATATGCA  200

seq1  CTCAGCACACATGTCCATGTACCCAAGCACACACTATATATACACATGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCACACATGTCCATGTACCCAAGCACACACTATATATACACATGCC  250

seq1  CTACCAGGTTCACACAACTGCACAAATACATTTGACACATAATACAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGGTTCACACAACTGCACAAATACATTTGACACATAATACAAAAT  300

seq1  TTGACACATTTGAACATACATACAAACATACATGCTGCAATCTTGCATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACATTTGAACATACATACAAACATACATGCTGCAATCTTGCATGT  350

seq1  GCATTCAATGCATACTGTATATTGTGTGTATATATACACACAGTATATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCAATGCATACTGTATATTGTGTGTATATATACACACAGTATATAA  400

seq1  ATATACACAACCATACAACCATATATTACCCACAATGAATTCATTCACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACAACCATACAACCATATATTACCCACAATGAATTCATTCACAA  450

seq1  TCATGTATATATACACACGATGCACACGTATTATGTATATGGATGTCCGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTATATATACACACGATGCACACGTATTATGTATATGGATGTCCGT  500

seq1  GCTCACTCTCTAGGGCACAGCTACACATACCTGAAGACCTCCACCTCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTCTCTAGGGCACAGCTACACATACCTGAAGACCTCCACCTCTTC  550

seq1  CTCCTCCTCTTTTTCCTCTTCTTCCTCTTCCTCCCCCTTCTTCCTCTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCTCTTTTTCCTCTTCTTCCTCTTCCTCCCCCTTCTTCCTCTCCT  600

seq1  CCTCCTTCTTCTGTTTTTCAAGACAGTGTTTTTCTGTGTAGCTTTGGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCTTCTGTTTTTCAAGACAGTGTTTTTCTGTGTAGCTTTGGCTG  650

seq1  TCCTGAAACTTGCACTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGATCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAACTTGCACTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGATCTAC  700

seq1  TTGCCTCTGCCGCTAGAGTGCTGAGATGAAAGTTGTGTGCCACCACTACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCTGCCGCTAGAGTGCTGAGATGAAAGTTGTGTGCCACCACTACC  750

seq1  TTGCTCATATTCCTGGAGAAGAAACTGTTGCTGCTGAGCAATGCTGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCATATTCCTGGAGAAGAAACTGTTGCTGCTGAGCAATGCTGAGAT  800

seq1  TCAGCTGTGGATTTGGTTTCCCTGAAAGCACCTGTCAGTTGTTGGCTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGTGGATTTGGTTTCCCTGAAAGCACCTGTCAGTTGTTGGCTTTG  850

seq1  GCAGGAAGTTCTGAAGGTGCCAGTGTACTGTACTCCCAACAAAAACCTCC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCAGGAAGTTCTGAAGGTGCCAGTGTACTGTACTCCCAAC-AAAACCTCC  899

seq1  -TATTCTAATAATTCTGGCTTAGACCGAGGATCCCTGCCTGGGAATTCAG  949
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTATTCTAATAATTCTGGCTTAGACCGAGGATCCCTGCCTGGGAATTCA-  948

seq1  GGACCTCTTCTAGCCAAGGTGGTAGCCTAGAGGCCTGGAAGCAGCTACTG  999
      ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGACCTCTTCTAGCCCA-GTGGTAGCCTAGAGGCCTGG-AGCAGCTACTG  996

seq1  TTAAAGGAGCTAAAACAAGCATGTGACAT-CTCCCAGCATCCTTACTCTG  1048
       |||||||||||||   |||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  -TAAAGGAGCTAAA--CAGCATGTGACATCCTCCCAGCAT-CTTACTCTG  1042

seq1  GAGTGGAACTATGCTCTGTTTTGTCAGAAGTCATTCTGGTTGATTCTGCG  1098
      |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |
seq2  GAGTG--ACTATGCTCTGTTTTGTCAGAAGTCA-TCTGGTTGATTCT--G  1087

seq1  GTTATAGGCTTTTCTTTCCTGGCTGTATACTTCTTGAGGTATACACATGC  1148
      | |||||   ||||||| |||||||| ||||   ||||    ||||||||
seq2  GGTATAG--CTTTCTTT-CTGGCTGT-TACT--CTGAG---AACACATGC  1128

seq1  CAGTGAGG  1156
      ||| ||||
seq2  CAGGGAGG  1136