BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167F24
Chromosome11 (Build37)
Map Location 112,605,230 - 112,764,452
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSox9
Upstream geneLOC100041589, LOC100043020, EG668396, EG667038, LOC100041610, LOC671963, LOC667047, BC006965
Downstream gene2610035D17Rik, Slc39a11, Sstr2, Cog1, D11Wsu99e, D11Wsu47e, D11Ertd636e, Cdc42ep4, Sdk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167F24.bB6Ng01-167F24.g
ACCDH958892DH958893
length1,2021,174
definitionDH958892|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167F24, 5' end.DH958893|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167F24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,763,244 - 112,764,452)(112,605,230 - 112,606,411)
sequence
gaattccagattggctcttggttcgataacccctgtctctagatgaagcg
gaccattgcctggtgcctttttggtgacttcacctagacttgcagagttc
tagaatatatgggactcactcttccacttttggctgtagggtcttcaagt
gcctacctccatcatgacttcttgttcctcagcttccaggaagcttgtgg
tcccctgcagggacagctgcagaaatggggacagatctcaacaggctgac
agagcaggcagggccagcaccaaccttaagaagaaccttaggctagctgc
caagtttcagccaggagacaacatctctcctggagtttataaccctgcaa
aggaggagccaataatgaaagctctccacacccttaacaccacaacatta
ctcacgaacacaatgctgttaattagcagcggtaaataccacagttattt
ctttctgtcacccgctctctcaagaagcaactctgagacaccccaccccc
acccctattggtgggatggatggagcatgtatccccacaaatcactgcaa
gtcttgctcaggggggagttcccacaaactctcaaggggctgctcatcaa
gaggtagatggaagcctggcttggctgcccatcttcctgcagcgaatgta
ggtctatggccatgtcttttctagaagttcaagttggaacctgctgattt
ttgaacactggggcaagtgcttatttgatataaacaagtctccaatcgcc
tttgagcctccctgctccccaagaaggcctcttggatgacggaagatgga
gtagttctcattggtgggacatttgctctcttttgctgcttggaaggtct
aactctgggccattgtcagctctttacacagctggatcattcccagttat
agtagacatgatctcgatgtatactcaaattcaacacagcatctaatact
tatttgttattcatcattcatcattcattcattcatcaaacccatgctct
aagcctttccatacagatactgtaggaatgacagcacttgggcaggacct
ggtttctagaacactggaagtgaaatggggctgatgggtggccacatgtt
tcagccattgtggtaaatcatggagaacatgaatgatctgaatcagcgtc
tatggtagtccccgggaagagcattcgttttttaaggagagagagattaa
at
gaattcagaattctgataaagagacatcaaaaaaaagtgtcagatctcaa
gatggatagagtaaaccatccctacttatcaaccagagctttaactagtg
aaattccggtttttcaatttcaggtagagcaaatatcttccctatttccc
ccagagcgtccctgaagtagcctcatcaggatctaactgtggccagtatt
tgcattcagcagtccttttttgaagagggctgaacagaaaacatagctta
ctgattctgagaggtaggatcagttggagtctgcttctttatcagttggg
ccactcgtttggtggtgtgtttctctgtactgtaagtctcaggttgcatg
aggttcttaattctgctcagatctttaccaggagctgaggaaactatgca
ccttatgggaggatagatagtaagtgtacggtgctgagaaccccccagaa
atcccagccctaaagaatgcattcaacaaatcgagaggctccgcattcag
atccttattcctcgagtttggctgagagttgttattgtttggcttgacaa
agtagaagaaggatgacaataagaatgatgatgatgagatgacgacaatg
acgacggtggcaacgatggcgttcatgacaatggtgacagtgacaatgat
gacgttgatgttgatgacaatggtgataatgatgataataatgatgacta
aaaggaggatgagaaagaagaaataaagctacgaggttatgttgatgagg
tccgggacaaatagaggggagaaataaaggaacgtggaaatgatcattgc
tctttgtgtaagtgtcttagttagagttttactgctgtgaacagatacta
tgaccaaggtaactctaaaaggacagtatttaattgaggctagcttacag
gtgcagatgttcagttcattatcatcaaggtaaaagcttggcagcgtaca
ggcaggcatagtgcagaggagctgaagagctctacatcttcatctgaagc
tgctagcaaaatcctgggcttccagaaactagattgaaggcctaagctca
tgccacagtgacacactacctctgaggttgcaccctccaaagaaccactc
aggaattccctctcttgcggacctccacccctcattcatctaaataaaaa
gctatacagcattgacctttttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_112763244_112764452
seq2: B6Ng01-167F24.b_44_1245 (reverse)

seq1  ATTTAA--TCTCTCTCCTCAAATACTGATTGCTTTCTCCCGTGGGCTACC  48
      ||||||  |||||||||| ||| |  || |||| | ||||| || |||||
seq2  ATTTAATCTCTCTCTCCTTAAAAAACGAATGCTCT-TCCCGGGGACTACC  49

seq1  ATAGGACGCTTGATTCAGATCA-TCATTGTCT-CATGATTTAACACAATG  96
      ||| ||||| |||||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||||
seq2  ATA-GACGC-TGATTCAGATCATTCATGTTCTCCATGATTTACCACAATG  97

seq1  GCTGAAACATGTGGCCACCCATCAGCCCCATTTCACTTCAAGTG-TCTAG  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  GCTGAAACATGTGGCCACCCATCAGCCCCATTTCACTTCCAGTGTTCTAG  147

seq1  AGACCAAGGTCCTGCCCAAGTGGCTGTCATTCCTACAGTATCTGTTATGG  195
      | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAACC-AGGTCCTGCCCAAGT-GCTGTCATTCCTACAGTATCTG-TATGG  194

seq1  AAAAGGCTTAAGAGCATGGGTTTGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAA  245
       |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |
seq2  -AAAGGCTT-AGAGCATGGGTTTG-ATGAATGAATGAATG-ATGAATG-A  239

seq1  TGAATAAACAAATAAGTATTAGATGCTGTGTTGAATTTGAGTATACATCG  295
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAT-AACAAATAAGTATTAGATGCTGTGTTGAATTTGAGTATACATCG  288

seq1  AGATCATGTCTACTATAACTGGGAATGATCCAGCTGTTGTAAAGAGCTGA  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGATCATGTCTACTATAACTGGGAATGATCCAGCTG-TGTAAAGAGCTGA  337

seq1  CAATGG-CCAGAGTTAGACCTTCCAAGCAGCAAAAGAGAGCAAATGTCCC  394
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGCCCAGAGTTAGACCTTCCAAGCAGCAAAAGAGAGCAAATGTCCC  387

seq1  ACCAATGAGAACTACTCCATCTTCCGTCATCCAAGAGGCCTTCTTGGGGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGAGAACTACTCCATCTTCCGTCATCCAAGAGGCCTTCTTGGGGA  437

seq1  GCAGGGAGGCTCAAAGGCGATTGGAGACTTGTTTATATCAAATAAGCACT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGAGGCTCAAAGGCGATTGGAGACTTGTTTATATCAAATAAGCACT  487

seq1  TGCCCCAGTGTTCAAAAATCAGCAGGTTCCAACTTGAACTTCTAGAAAAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAGTGTTCAAAAATCAGCAGGTTCCAACTTGAACTTCTAGAAAAG  537

seq1  ACATGGCCATAGACCTACATTCGCTGCAGGAAGATGGGCAGCCAAGCCAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCCATAGACCTACATTCGCTGCAGGAAGATGGGCAGCCAAGCCAG  587

seq1  GCTTCCATCTACCTCTTGATGAGCAGCCCCTTGAGAGTTTGTGGGAACTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCATCTACCTCTTGATGAGCAGCCCCTTGAGAGTTTGTGGGAACTC  637

seq1  CCCCCTGAGCAAGACTTGCAGTGATTTGTGGGGATACATGCTCCATCCAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGAGCAAGACTTGCAGTGATTTGTGGGGATACATGCTCCATCCAT  687

seq1  CCCACCAATAGGGGTGGGGGTGGGGTGTCTCAGAGTTGCTTCTTGAGAGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAATAGGGGTGGGGGTGGGGTGTCTCAGAGTTGCTTCTTGAGAGA  737

seq1  GCGGGTGACAGAAAGAAATAACTGTGGTATTTACCGCTGCTAATTAACAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGTGACAGAAAGAAATAACTGTGGTATTTACCGCTGCTAATTAACAG  787

seq1  CATTGTGTTCGTGAGTAATGTTGTGGTGTTAAGGGTGTGGAGAGCTTTCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGTTCGTGAGTAATGTTGTGGTGTTAAGGGTGTGGAGAGCTTTCA  837

seq1  TTATTGGCTCCTCCTTTGCAGGGTTATAAACTCCAGGAGAGATGTTGTCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGCTCCTCCTTTGCAGGGTTATAAACTCCAGGAGAGATGTTGTCT  887

seq1  CCTGGCTGAAACTTGGCAGCTAGCCTAAGGTTCTTCTTAAGGTTGGTGCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGAAACTTGGCAGCTAGCCTAAGGTTCTTCTTAAGGTTGGTGCT  937

seq1  GGCCCTGCCTGCTCTGTCAGCCTGTTGAGATCTGTCCCCATTTCTGCAGC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGCCTGCTCTGTCAGCCTGTTGAGATCTGTCCCCATTTCTGCAGC  987

seq1  TGTCCCTGCAGGGGACCACAAGCTTCCTGGAAGCTGAGGAACAAGAAGTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGCAGGGGACCACAAGCTTCCTGGAAGCTGAGGAACAAGAAGTC  1037

seq1  ATGATGGAGGTAGGCACTTGAAGACCCTACAGCCAAAAGTGGAAGAGTGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGAGGTAGGCACTTGAAGACCCTACAGCCAAAAGTGGAAGAGTGA  1087

seq1  GTCCCATATATTCTAGAACTCTGCAAGTCTAGGTGAAGTCACCAAAAAGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCATATATTCTAGAACTCTGCAAGTCTAGGTGAAGTCACCAAAAAGG  1137

seq1  CACCAGGCAATGGTCCGCTTCATCTAGAGACAGGGGTTATCGAACCAAGA  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGGCAATGGTCCGCTTCATCTAGAGACAGGGGTTATCGAACCAAGA  1187

seq1  GCCAATCTGGAATTC  1209
      |||||||||||||||
seq2  GCCAATCTGGAATTC  1202

seq1: chr11_112605230_112606411
seq2: B6Ng01-167F24.g_67_1240

seq1  GAATTCAGAATTCTGATAAAGAGACATCAAAAAAAAGTGTCAGATCTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATTCTGATAAAGAGACATCAAAAAAAAGTGTCAGATCTCAA  50

seq1  GATGGATAGAGTAAACCATCCCTACTTATCAACCAGAGCTTTAACTAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATAGAGTAAACCATCCCTACTTATCAACCAGAGCTTTAACTAGTG  100

seq1  AAATTCCGGTTTTTCAATTTCAGGTAGAGCAAATATCTTCCCTATTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCGGTTTTTCAATTTCAGGTAGAGCAAATATCTTCCCTATTTCCC  150

seq1  CCAGAGCGTCCCTGAAGTAGCCTCATCAGGATCTAACTGTGGCCAGTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCGTCCCTGAAGTAGCCTCATCAGGATCTAACTGTGGCCAGTATT  200

seq1  TGCATTCAGCAGTCCTTTTTTGAAGAGGGCTGAACAGAAAACATAGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCAGCAGTCCTTTTTTGAAGAGGGCTGAACAGAAAACATAGCTTA  250

seq1  CTGATTCTGAGAGGTAGGATCAGTTGGAGTCTGCTTCTTTATCAGTTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCTGAGAGGTAGGATCAGTTGGAGTCTGCTTCTTTATCAGTTGGG  300

seq1  CCACTCGTTTGGTGGTGTGTTTCTCTGTACTGTAAGTCTCAGGTTGCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCGTTTGGTGGTGTGTTTCTCTGTACTGTAAGTCTCAGGTTGCATG  350

seq1  AGGTTCTTAATTCTGCTCAGATCTTTACCAGGAGCTGAGGAAACTATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTTAATTCTGCTCAGATCTTTACCAGGAGCTGAGGAAACTATGCA  400

seq1  CCTTATGGGAGGATAGATAGTAAGTGTACGGTGCTGAGAACCCCCCAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGGGAGGATAGATAGTAAGTGTACGGTGCTGAGAACCCCCCAGAA  450

seq1  ATCCCAGCCCTAAAGAATGCATTCAACAAATCGAGAGGCTCCGCATTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCCCTAAAGAATGCATTCAACAAATCGAGAGGCTCCGCATTCAG  500

seq1  ATCCTTATTCCTCGAGTTTGGCTGAGAGTTGTTATTGTTTGGCTTGACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTATTCCTCGAGTTTGGCTGAGAGTTGTTATTGTTTGGCTTGACAA  550

seq1  AGTAGAAGAAGGATGACAATAAGAATGATGATGATGAGATGACGACAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAGAAGGATGACAATAAGAATGATGATGATGAGATGACGACAATG  600

seq1  ACGACGGTGGCAACGATGGCGTTCATGACAATGGTGACAGTGACAATGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACGGTGGCAACGATGGCGTTCATGACAATGGTGACAGTGACAATGAT  650

seq1  GACGTTGATGTTGATGACAATGGTGATAATGATGATAATAATGATGACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTTGATGTTGATGACAATGGTGATAATGATGATAATAATGATGACTA  700

seq1  AAAGGAGGATGAGAAAGAAGAAATAAAGCTACGAGGTTATGTTGATGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGGATGAGAAAGAAGAAATAAAGCTACGAGGTTATGTTGATGAGG  750

seq1  TCCGGGACAAATAGAGGGGAGAAAT-AAGGAACGTGGAAATGATCATTGC  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGGACAAATAGAGGGGAGAAATAAAGGAACGTGGAAATGATCATTGC  800

seq1  TCTTTGTGTAAGTGTCTTAGTTAGAGTTTTACTGCTGTGAACAGATACTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGTAAGTGTCTTAGTTAGAGTTTTACTGCTGTGAACAGATACTA  850

seq1  TGACCAAGGTAACTCT-AAAGGACAGTATTTAATTGAGGCTAGCTTACAG  898
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGGTAACTCTAAAAGGACAGTATTTAATTGAGGCTAGCTTACAG  900

seq1  GTGCAGATGTTCAGTTCATTATCATCAAGGTAAAAGCTTGGCAGCGTACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGATGTTCAGTTCATTATCATCAAGGTAAAAGCTTGGCAGCGTACA  950

seq1  GGCAGGCATAGTGCAGGAGGAGCTG-AGAGCTCTACATCTTCATCTGAAG  997
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGCAGGCATAGTGCA-GAGGAGCTGAAGAGCTCTACATCTTCATCTGAA-  998

seq1  GCTGCTAGCAGAATCCT-GGCTTCCAGGAAACTAGGATGAGAGTCTTAAG  1046
      |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||  ||| || | ||||
seq2  GCTGCTAGCAAAATCCTGGGCTTCCA-GAAACTAGATTGA-AGGCCTAAG  1046

seq1  CCCATGCCCACAGTGACACACCTACTCTGAGGTTGCA-CCTCCAAATAGT  1095
      | |||| ||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||  || 
seq2  CTCATG-CCACAGTGACACACTACCTCTGAGGTTGCACCCTCCAA--AGA  1093

seq1  ACCACTCCAAGAATTCCTCTCTCTGCCGGAACTCCCACCTCCTATTTCCT  1145
      |||||| || ||||||| ||||||  |||| || ||||| |||  |||  
seq2  ACCACT-CAGGAATTCC-CTCTCTTGCGGACCT-CCACC-CCTCATTC--  1137

seq1  ATCTAAATAAAAAGCTAATAAGCCATTAGCTTTTTGG  1182
      |||||||||||||||||   |||  | | ||||||||
seq2  ATCTAAATAAAAAGCTATACAGCATTGACCTTTTTGG  1174