BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170F01
Chromosome11 (Build37)
Map Location 66,208,404 - 66,343,914
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm879
Upstream geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9
Downstream geneLOC668323, A530088H08Rik, 9130409J20Rik, A730055C05Rik, 2310004I24Rik, Sco1, Myh3, Myh2, Myh1, Myh4, Myh8, Myh13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170F01.bB6Ng01-170F01.g
ACCDH961059DH961060
length1,1691,122
definitionDH961059|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170F01, 5' end.DH961060|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170F01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,342,716 - 66,343,914)(66,208,404 - 66,209,532)
sequence
gaattcaaggccagcctggtctacagagtggtttccaggacagccagggc
tacacagagaaaccctgtcttggaggttggagggaagaaaaggaaaggac
gaaaaatgaaaaacaaagctaaagtatgtattttatcattcatgctatgt
ctgcttaggtcagttaaggacctcgggtagcaaaagcactgtcatacaga
agcttgctagtctttttgtgtcagaaggaaacagggactgtgtgatgtgg
tgccactgcaatttgatgctctgcttcaaaaacaccacagacaatttcta
gtcacaacccactgaacgagcactacttgtctatttatcttactgtctta
gggtttctcttgctatgaggaaaaaaaaaagccaccatgcctaaaagcaa
gttggcataggatagagtttattttatcttacccttatacatctgagtcc
ctcctcaaaggaagtcagggcagaaacagaagcagaggctacagggaagt
gctgctcactgttttgctccccacatcttgcctagtctgctttgtcatag
accatgactgtctgcccaagcgtagcatcacccataatgggttggttttt
ccatatcaatcactaaattaagaaaatgctccacaggcttgcctataggc
cagccttatcaaagcattttgcttcgttgtggtttcctctagcttgtgtt
aataaaacaaaaacaaataaacaaacaagcaaacaaaaaaagaggcaggg
cactggccttttacaagaggacttctggttgcaactccactgcatgctag
aagggcagagacatccagtaagcagtaccaatgaataatatcaagccaac
tggaaatcacctccaacttaccccctgccatccagagtaagcatgcttag
aagaggtaaattttccctattttaacatcaaggaaatccacccaaacgcc
cttctcccaacagatacctttattacacaagctagactaatcatatacca
ctgctactaactactcttgttagaaaagctgctagaccaattgaacacac
tttttaaaatagatggggccactttcctcacagcttgggcctcagaagtt
gcgtgttttaggaagacgccttcatctctggactttaatggccaatccta
ttaagaggtttcaactgtc
gaattccacagccattatgctagggggagagcttagtggtagagagtgcg
cttctcatgcatgaggctatgggttcgaggccccagcgctgtgaagcctg
tattcagggatacaagccaaatagtcctttattcacttgcttagcaaaat
gctgagtggagattaactttgtatgtcctttgtttaataacaaagaggct
caagttttcagagcccatgctatttttataaagaaaatgtcagggggtgg
agagacagctcagaagtttaactcactttttgccaagtttgactcctggc
atcatcaaggtagctcacaaccatccctaacttcaaatttccagggaacc
agatgcactcttctctcctcctcatgtatcaggcatgcgtgtagcacaca
tacatacatacatacatacatacatacatacatacaggcaaaacattcaa
atgcataaaataaaataaccttaaaatagaaaactttaaaatgacttttt
attcaaaaataaatagaaagaaagtttataagttgtaattttccttaaaa
actaatgaaactttgattaatttcaagacaattcttataagaaaaatgta
tatgaactgaaggataaaaagactccatcaaaagttgaagtggaatgagg
ctggagaggtgactctatagttaagagtactggctgttctgccaaagaac
cagtgttcaattccagcacccaaatggagttcacaactacctagaactcc
agtcccaagggatttgacattctcttctgaccactgcacacgcagggtga
acagacatatgtactgagcactctcacacagaaaaataatagtcttttaa
gttgttgtgaaaaacaaaccaaaaccaaccagccaaccaacacctgggtg
tcagaaagaagtaagtaatttggaagagaatgtaatcaggtcttgcacca
gggaacatgaattataaaagcagagtgtatgggtgcataataggtaaatg
gaagaaaacagataggcagggaagagatgtagttagcttaaggagtgaca
tagagtaagaatattcactggaggtcaaagatagaggcaaaattgataag
aagctaactgattaggcctaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_66342716_66343914
seq2: B6Ng01-170F01.b_46_1214 (reverse)

seq1  GACAGTATTTGAAACCTCCTTTATTTGTGGATCTGACCCATTTAAATGTT  50
      |||||   ||||||||||  ||| |   ||||  |  ||||| ||    |
seq2  GACAG---TTGAAACCTC--TTAAT--AGGATTGG--CCATTAAA---GT  38

seq1  CCAGAGATGAA-GCGTCTTTCCCTAAACCACGCCAACTTTCCTGAGCCCC  99
      ||||||||||| |||||||  |||||| |||| ||||||  ||||| |||
seq2  CCAGAGATGAAGGCGTCTT--CCTAAAACACG-CAACTT--CTGAGGCCC  83

seq1  AAGGCTGTGGGGAAAGTGCCCCAATCCTTATTTTTAAAAAGTGTGTTCCA  149
      || |||||| |||||||| ||| |||  || |||||||||||||||| ||
seq2  AA-GCTGTGAGGAAAGTGGCCCCATC--TA-TTTTAAAAAGTGTGTT-CA  128

seq1  ATTGGTCTGAGCCAGCTTTTCTAACAAGGAGTAGTTAGTTAGCAGTGGTT  199
      |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |
seq2  ATTGGTCT-AG-CAGCTTTTCTAACAA-GAGTAGTTAG-TAGCAGTGG-T  173

seq1  ATATGATTTAGTTCTAGCTTGTGTAAATAAAGGTATTCTGTTGGG-GGAG  248
      |||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||
seq2  ATATGA-TTAG-TCTAGCTTGTGT-AATAAAGGTA-TCTGTTGGGAGAAG  219

seq1  GGCGTTTGGGTGGATTTCCTTGATGTTAAAAATAGGGATAATTTACCTCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  GGCGTTTGGGTGGATTTCCTTGATGTT-AAAATAGGGAAAATTTACCTCT  268

seq1  TCTAAGCATGCTTACTCTGGATGGCAGGGGGTAAGTTGGAGGTGATTTCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCATGCTTACTCTGGATGGCAGGGGGTAAGTTGGAGGTGATTTCC  318

seq1  AGTTGGCTTGATATTATTCATTGGTACTGCTTACTGGATGTCTCTGCCCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCTTGATATTATTCATTGGTACTGCTTACTGGATGTCTCTGCCCT  368

seq1  TCTAGCATGCAGTGGAGTTGCAACCAGAAGTCCTCTTGTAAAAGGCCAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCATGCAGTGGAGTTGCAACCAGAAGTCCTCTTGTAAAAGGCCAGT  418

seq1  GCCCTGCCTCTTTTTTTGTTTGCTTGTTTGTTTATTTGTTTTTGTTTTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCTCTTTTTTTGTTTGCTTGTTTGTTTATTTGTTTTTGTTTTAT  468

seq1  TAACACAAGCTAGAGGAAACCACAACGAAGCAAAATGCTTTGATAAGGCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACAAGCTAGAGGAAACCACAACGAAGCAAAATGCTTTGATAAGGCT  518

seq1  GGCCTATAGGCAAGCCTGTGGAGCATTTTCTTAATTTAGTGATTGATATG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTATAGGCAAGCCTGTGGAGCATTTTCTTAATTTAGTGATTGATATG  568

seq1  GAAAAACCAACCCATTATGGGTGATGCTACGCTTGGGCAGACAGTCATGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACCAACCCATTATGGGTGATGCTACGCTTGGGCAGACAGTCATGG  618

seq1  TCTATGACAAAGCAGACTAGGCAAGATGTGGGGAGCAAAACAGTGAGCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGACAAAGCAGACTAGGCAAGATGTGGGGAGCAAAACAGTGAGCAG  668

seq1  CACTTCCCTGTAGCCTCTGCTTCTGTTTCTGCCCTGACTTCCTTTGAGGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCCTGTAGCCTCTGCTTCTGTTTCTGCCCTGACTTCCTTTGAGGA  718

seq1  GGGACTCAGATGTATAAGGGTAAGATAAAATAAACTCTATCCTATGCCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCAGATGTATAAGGGTAAGATAAAATAAACTCTATCCTATGCCAA  768

seq1  CTTGCTTTTAGGCATGGTGGCTTTTTTTTTTCCTCATAGCAAGAGAAACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTTAGGCATGGTGGCTTTTTTTTTTCCTCATAGCAAGAGAAACC  818

seq1  CTAAGACAGTAAGATAAATAGACAAGTAGTGCTCGTTCAGTGGGTTGTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACAGTAAGATAAATAGACAAGTAGTGCTCGTTCAGTGGGTTGTGA  868

seq1  CTAGAAATTGTCTGTGGTGTTTTTGAAGCAGAGCATCAAATTGCAGTGGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAATTGTCTGTGGTGTTTTTGAAGCAGAGCATCAAATTGCAGTGGC  918

seq1  ACCACATCACACAGTCCCTGTTTCCTTCTGACACAAAAAGACTAGCAAGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATCACACAGTCCCTGTTTCCTTCTGACACAAAAAGACTAGCAAGC  968

seq1  TTCTGTATGACAGTGCTTTTGCTACCCGAGGTCCTTAACTGACCTAAGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTATGACAGTGCTTTTGCTACCCGAGGTCCTTAACTGACCTAAGCA  1018

seq1  GACATAGCATGAATGATAAAATACATACTTTAGCTTTGTTTTTCATTTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGCATGAATGATAAAATACATACTTTAGCTTTGTTTTTCATTTTT  1068

seq1  CGTCCTTTCCTTTTCTTCCCTCCAACCTCCAAGACAGGGTTTCTCTGTGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTTTCCTTTTCTTCCCTCCAACCTCCAAGACAGGGTTTCTCTGTGT  1118

seq1  AGCCCTGGCTGTCCTGGAAACCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAATT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGGCTGTCCTGGAAACCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAATT  1168

seq1  C  1199
      |
seq2  C  1169

seq1: chr11_66208404_66209532
seq2: B6Ng01-170F01.g_66_1187

seq1  GAATTCCACAGCCATTATGCTAGGGGGAGAGCTTAGTGGTAGAGAGTGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGCCATTATGCTAGGGGGAGAGCTTAGTGGTAGAGAGTGCG  50

seq1  CTTCTCATGCATGAGGCTATGGGTTCGAGGCCCCAGCGCTGTGAAGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCATGCATGAGGCTATGGGTTCGAGGCCCCAGCGCTGTGAAGCCTG  100

seq1  TATTCAGGGATACAAGCCAAATAGTCCTTTATTCACTTGCTTAGCAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGGGATACAAGCCAAATAGTCCTTTATTCACTTGCTTAGCAAAAT  150

seq1  GCTGAGTGGAGATTAACTTTGTATGTCCTTTGTTTAATAACAAAGAGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTGGAGATTAACTTTGTATGTCCTTTGTTTAATAACAAAGAGGCT  200

seq1  CAAGTTTTCAGAGCCCATGCTATTTTTATAAAGAAAATGTCAGGGGGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTTCAGAGCCCATGCTATTTTTATAAAGAAAATGTCAGGGGGTGG  250

seq1  AGAGACAGCTCAGAAGTTTAACTCACTTTTTGCCAAGTTTGACTCCTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGCTCAGAAGTTTAACTCACTTTTTGCCAAGTTTGACTCCTGGC  300

seq1  ATCATCAAGGTAGCTCACAACCATCCCTAACTTCAAATTTCCAGGGAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCAAGGTAGCTCACAACCATCCCTAACTTCAAATTTCCAGGGAACC  350

seq1  AGATGCACTCTTCTCTCCTCCTCATGTATCAGGCATGCGTGTAGCACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCACTCTTCTCTCCTCCTCATGTATCAGGCATGCGTGTAGCACACA  400

seq1  TACATACATACATACATACATACATACATACATACAGGCAAAACATTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACATACATACATACATACATACATACAGGCAAAACATTCAA  450

seq1  ATGCATAAAATAAAATAACCTTAAAATAGAAAACTTTAAAATGACTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAAAATAAAATAACCTTAAAATAGAAAACTTTAAAATGACTTTTT  500

seq1  ATTCAAAAATAAATAGAAAGAAAGTTTATAAGTTGTAATTTTCCTTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAAATAAATAGAAAGAAAGTTTATAAGTTGTAATTTTCCTTAAAA  550

seq1  ACTAATGAAACTTTGATTAATTTCAAGACAATTCTTATAAGAAAAATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGAAACTTTGATTAATTTCAAGACAATTCTTATAAGAAAAATGTA  600

seq1  TATGAACTGAAGGATAAAAAGACTCCATCAAAAGTTGAAGTGGAATGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACTGAAGGATAAAAAGACTCCATCAAAAGTTGAAGTGGAATGAGG  650

seq1  CTGGAGAGGTGACTCTATAGTTAAGAGTACTGGCTGTTCTGCCAAAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAGGTGACTCTATAGTTAAGAGTACTGGCTGTTCTGCCAAAGAAC  700

seq1  CAGTGTTCAATTCCAGCACCCAAATGGAGTTCACAACTACCTAGAACTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTCAATTCCAGCACCCAAATGGAGTTCACAACTACCTAGAACTCC  750

seq1  AGTCCCAAGGGATTTGACATTCTCTTCTGACCACTGCACACGCAGGGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCAAGGGATTTGACATTCTCTTCTGACCACTGCACACGCAGGGTGA  800

seq1  ACAGACATATGTACTGAGCACTCTCACACAGAAAAATAATAGTCTTTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATATGTACTGAGCACTCTCACACAGAAAAATAATAGTCTTTTAA  850

seq1  GTTGTTGTGAAAAACAAACCAAAACCAACCAGCCAACCAAACACCTGGGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTTGTTGTGAAAAACAAACCAAAACCAACCAGCCAACC-AACACCTGGGT  899

seq1  GTCAGAAAGAAGTAAGTAATTTGGAAGAGAATGTAATCAGGTCTTGCACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAAGAAGTAAGTAATTTGGAAGAGAATGTAATCAGGTCTTGCACC  949

seq1  AGGGAACATGAATTATAAAAAGCAGAGTGGTATGGGTGCAATAATAGGTA  1000
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  AGGGAACATGAATTAT-AAAAGCAGAGT-GTATGGGTGC-ATAATAGGTA  996

seq1  AATGGAAGAAAACAGATAAGGCAGGGAAGAGATGTTAGTAAGCTTAAGGA  1050
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  AATGGAAGAAAACAGAT-AGGCAGGGAAGAGATG-TAGTTAGCTTAAGGA  1044

seq1  GTGAACATAGAGTAAAGATA-TCACT-GAGGTCAAAGATAGAGGGAAAAA  1098
      ||| |||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||   |||
seq2  GTG-ACATAGAGTAAGAATATTCACTGGAGGTCAAAGATAGAGG--CAAA  1091

seq1  ATGGATAAG-AGCTAACTGATTAGGCCATAAA  1129
      || |||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  ATTGATAAGAAGCTAACTGATTAGGCC-TAAA  1122