BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172B14
Chromosome11 (Build37)
Map Location 77,140,018 - 77,297,767
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSsh2, Coro6, Ankrd13b
Upstream geneNxn, Timm22, Abr, LOC100043483, A830053O21Rik, Tusc5, Gosr1, Cpd, Tmigd1, Blmh, Slc6a4, Ccdc55, Efcab5, LOC628108, LOC544800
Downstream gene2210008F06Rik, Git1, Trp53i13, 1300007F04Rik, Taok1, LOC668641, Nufip2, Cryba1, LOC100043506, Myo18a, Pipox, Sez6, LOC100043518, Phf12, Dhrs13, Flot2, Eral1, BC017647, LOC100043525, Traf4, Nek8, Tlcd1, Rpl23a, Rab34, 4933404M19Rik, Supt6h, Sdf2, 2610507B11Rik, BC030499, LOC100043544, LOC100042648, Spag5, Aldoc, Pigs, Unc119, Foxn1, OTTMUSG00000000132, Slc13a2, Slc46a1, A830091I15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172B14.bB6Ng01-172B14.g
ACCGA000806GA000807
length639940
definitionB6Ng01-172B14.b B6Ng01-172B14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,140,018 - 77,140,654)(77,296,826 - 77,297,767)
sequence
gaattcagaaacaaagtgtggtggtttgaatatgcttggcccatgggatg
tgacactataaggcagtgtggccttgttagagtagggtaggccttgttgg
aggaagtatgtcactgtggggggtggaggcatgtgttcgaatcttctttc
agccctgggacctcatctggtgcagacccttacaggccccatgcaaactg
ccttactctctatgagtttaccagccttgtagttaaaaaaccttgattct
ttggtcttctccgtcccctttaagaaagtagtaaggtcaggcatggtgaa
gtgcacctttaatcccagcgctctggatacagaggcaggcagatttctgg
gagttcaaggctagcctggtctacagaacaagttccaggacagccagggc
tacatagagaaaccctgtctcaagaaaacaaaacagtaaaaacaacaaca
aaaggaaatgtacttaatgtgtcatacatagggtctggcacattgtacat
gctcaggaagtgggcacccattatgatgatggcactggtgatttctgtga
gcacttggaaagggttgttaattacttaggttgttcttcgtggatcagaa
tcataggtcatttttggtgatgctgttggtagtaatgag
gaattcatttccatggtttaaaatacttagttgtttataggaggttttct
ttttaagttaaaaatatttattttattttaaaattgtgtgtctgcatgtg
ggtatgtgccttgagtgcaggtgtctgaggaggccggagcaaggcaggag
ctcctctggggctgctcagtctgggcgtggcctccagagcagtgctttca
gcacccactctctctccccagctcttgggtttctactgagacagcttcct
gtcttcaactactcaccgcgtgtactcactgggctcaactctgtaattac
aaatacttccggaagtatacctcttggtttatcactcatgcttttttata
ttattattactctctcctgaccctcgatgtagtcatctgtgcatttcttt
aacaaatgtgcattagccactggttacatgccagatgctgtccagggcct
gggaagacattgatgagcaaaataggcaggatccagccttgcagcgtgca
gagcctgggcgagggacactgagagcaaacaagcctggggtgctgcagag
attgagacaggataagggacagcggagagataagcagcgactgtcacctc
aggttggttgtcagggcagactaagctaaggatgtgacatttggtggcaa
ccagatgtgagaaagaaaggttctataggcactcggttttgtttgtgttg
ctgtgacagaattcttgatggcttagggctgtggccctgtggtacagcac
ttgcctagcagacagcaagacataccctggctttgatcccccacaccacc
aaaacaaaacaagaaccctttagcattactgaagacttcacaagggaaag
gggttgttgtaggtcacaggattccataactctgggaactggaaggtcaa
agggagaggggagagttcaaggacacaatgtagcatctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_77140018_77140654
seq2: B6Ng01-172B14.b_46_684

seq1  GAATTCAGAAACAAAGTGTGGTGGTTTGAATATGCTTGGCCCATGGGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAACAAAGTGTGGTGGTTTGAATATGCTTGGCCCATGGGATG  50

seq1  TGACACTATAAGGCAGTGTGGCCTTGTTAGAGTAGGGTAGGCCTTGTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTATAAGGCAGTGTGGCCTTGTTAGAGTAGGGTAGGCCTTGTTGG  100

seq1  AGGAAGTATGTCACTGTGGGGGGTGGAGGCATGTGTTCGAATCTTCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTATGTCACTGTGGGGGGTGGAGGCATGTGTTCGAATCTTCTTTC  150

seq1  AGCCCTGGGACCTCATCTGGTGCAGACCCTTACAGGCCCCATGCAAACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGGGACCTCATCTGGTGCAGACCCTTACAGGCCCCATGCAAACTG  200

seq1  CCTTACTCTCTATGAGTTTACCAGCCTTGTAGTTAAAAAACCTTGATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACTCTCTATGAGTTTACCAGCCTTGTAGTTAAAAAACCTTGATTCT  250

seq1  TTGGTCTTCTCCGTCCCCTTTAAGAAAGTAGTAAGGTCAGGCATGGTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTTCTCCGTCCCCTTTAAGAAAGTAGTAAGGTCAGGCATGGTGAA  300

seq1  GTGCACCTTTAATCCCAGCGCTCTGGATACAGAGGCAGGCAGATTTCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACCTTTAATCCCAGCGCTCTGGATACAGAGGCAGGCAGATTTCTGG  350

seq1  GAGTTCAAGGCTAGCCTGGTCTACAGAACAAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAAGGCTAGCCTGGTCTACAGAACAAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  400

seq1  TACATAGAGAAACCCTGTCTCAAGAAAACAAAACAGTAAAAACAACAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGAGAAACCCTGTCTCAAGAAAACAAAACAGTAAAAACAACAACA  450

seq1  AAAGGAAATGTACTTAATGTGTCATACATAGGGTCTGGCACATTGTACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAATGTACTTAATGTGTCATACATAGGGTCTGGCACATTGTACAT  500

seq1  GCTCAGGAAGTGGGCACCCATTATGATGATGGCACTGGTGATTTCTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGAAGTGGGCACCCATTATGATGATGGCACTGGTGATTTCTGTGA  550

seq1  GCACTTGG-AAGGGTTGTTAATTACTTAGGTTGTTCTTCGTGGATCAGAA  599
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGGAAAGGGTTGTTAATTACTTAGGTTGTTCTTCGTGGATCAGAA  600

seq1  TCATAGGTCA-TTTTGGTGATGCTGTTGGTAGTAATGAG  637
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGTCATTTTTGGTGATGCTGTTGGTAGTAATGAG  639

seq1: chr11_77296826_77297767
seq2: B6Ng01-172B14.g_64_1003 (reverse)

seq1  CCAGATGCTACCTCTGTGCTCCTTGAACTCTCCCCTCTCCCCTTTGACCT  50
      ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCAGATGCTACAT-TGTG-TCCTTGAACTCTCCCCTCT-CCCTTTGACCT  47

seq1  TCCCAGTTCCCAGAGTTATGG-ATCCTGTGACCTACAACAACCCCTTTTC  99
      | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  T-CCAGTTCCCAGAGTTATGGAATCCTGTGACCTACAACAACCCCTTTCC  96

seq1  CTTGTGAAGTCTTCAGTTATGCTAAAGGGTTCTTGTTTTGTTTTGGTGGT  149
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAAGTCTTCAGTAATGCTAAAGGGTTCTTGTTTTGTTTTGGTGGT  146

seq1  GTGGGGGATCAAAGCCAGGGTATGTCTTGCTGTCTGCTAGGCAAGTGCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGATCAAAGCCAGGGTATGTCTTGCTGTCTGCTAGGCAAGTGCTG  196

seq1  TACCACAGGGCCACAGCCCTAAGCCATCAAGAATTCTGTCACAGCAACAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACAGGGCCACAGCCCTAAGCCATCAAGAATTCTGTCACAGCAACAC  246

seq1  AAAC-AAACCGAGTGCCTATAGAACCTTTCTTTCTCACATCTGGTTGCCA  298
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACCGAGTGCCTATAGAACCTTTCTTTCTCACATCTGGTTGCCA  296

seq1  CCAAATGTCACATCCTTAGCTTAGTCTGCCCTGACAACCAACCTGAGGTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGTCACATCCTTAGCTTAGTCTGCCCTGACAACCAACCTGAGGTG  346

seq1  ACAGTCGCTGCTTATCTCTCCGCTGTCCCTTATCCTGTCTCAATCTCTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCGCTGCTTATCTCTCCGCTGTCCCTTATCCTGTCTCAATCTCTGC  396

seq1  AGCACCCCAGGCTTGTTTGCTCTCAGTGTCCCTCGCCCAGGCTCTGCACG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCCAGGCTTGTTTGCTCTCAGTGTCCCTCGCCCAGGCTCTGCACG  446

seq1  CTGCAAGGCTGGATCCTGCCTATTTTGCTCATCAATGTCTTCCCAGGCCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGGCTGGATCCTGCCTATTTTGCTCATCAATGTCTTCCCAGGCCC  496

seq1  TGGACAGCATCTGGCATGTAACCAGTGGCTAATGCACATTTGTTAAAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGCATCTGGCATGTAACCAGTGGCTAATGCACATTTGTTAAAGAA  546

seq1  ATGCACAGATGACTACATCGAGGGTCAGGAGAGAGTAATAATAATATAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACAGATGACTACATCGAGGGTCAGGAGAGAGTAATAATAATATAAA  596

seq1  AAAGCATGAGTGATAAACCAAGAGGTATACTTCCGGAAGTATTTGTAATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGAGTGATAAACCAAGAGGTATACTTCCGGAAGTATTTGTAATT  646

seq1  ACAGAGTTGAGCCCAGTGAGTACACGCGGTGAGTAGTTGAAGACAGGAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTTGAGCCCAGTGAGTACACGCGGTGAGTAGTTGAAGACAGGAAG  696

seq1  CTGTCTCAGTAGAAACCCAAGAGCTGGGGAGAGAGAGTGGGTGCTGAAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAGTAGAAACCCAAGAGCTGGGGAGAGAGAGTGGGTGCTGAAAG  746

seq1  CACTGCTCTGGAGGCCACGCCCAGACTGAGCAGCCCCAGAGGAGCTCCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCTGGAGGCCACGCCCAGACTGAGCAGCCCCAGAGGAGCTCCTG  796

seq1  CCTTGCTCCGGCCTCCTCAGACACCTGCACTCAAGGCACATACCCACATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTCCGGCCTCCTCAGACACCTGCACTCAAGGCACATACCCACATG  846

seq1  CAGACACACAATTTTAAAATAAAATAAATATTTTTAACTTAAAAAGAAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACACAATTTTAAAATAAAATAAATATTTTTAACTTAAAAAGAAAA  896

seq1  CCTCCTATAAACAACTAAGTATTTTAAACCATGGAAATGAATTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTATAAACAACTAAGTATTTTAAACCATGGAAATGAATTC  940