BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172L02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 4,568,611 - 4,716,236
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAscc2, 1110020P15Rik, Zmat5, Cabp7, Nf2
Upstream geneMorc2a, LOC664900, Osbp2, LOC664920, 4921536K21Rik, Dusp18, Slc35e4, Tcn2, LOC100041720, Pes1, Gal3st1, Sec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2, Mtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065
Downstream geneNipsnap1, Thoc5, Nefh, Ap1b1, Rasl10a, Gas2l1, Ewsr1, Rhbdd3, Emid1, Kremen1, Znrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik, 2210015D19Rik, Dbnl, Pgam2
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172L02.bB6Ng01-172L02.g
ACCGA001242GA001243
length1,150824
definitionB6Ng01-172L02.b B6Ng01-172L02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,715,091 - 4,716,236)(4,568,611 - 4,569,433)
sequence
gaattctctgcagccatctgttgtcgtccacacatgccattgcctgtctc
cctcattccccctttcaggtgaagaagcagattttggatgaaaaggtcta
ctgccctcccgaggcgtccgtgctcttggcgtcatatgctgtccaggcca
aggtgggtgcaaagaaagggaaatgtgcccttcttcaacattaactccac
aggatggctatggtcttccatttctttgaattttagggacttcagaacaa
cttgcccccaaaaatgagatgtcataaggtttggacatctattgttgctt
cctcaacgtctgtatattttgtatatgtgcatgtgttgtgtactatgtga
caagcatatcattctaatgacttacaattcattctaagtgaattcattta
aaaagatgaattttctgtgtaatctcattatgcacatgtggctcattaaa
ttcatcacatcagcttcattttattagtcaggagaagtgaatttatggtc
tctaattatgatcaaatgaggcctttaggtcagcaagacccagatcctcc
atccaaactcatctttccagagactgcattcttagaaaccacactcctgg
tgaggctctggtgggcatattttgtgcatgtggctagatactgcaggagc
tgggtctgctgagcctgtctgacccagtgacgctgtctcattagcctaaa
atcattcctttttgcatagacagtggaccaggggtagttggagaggaaca
tctttgagtattgggttttcatcccatctttaagttcagttgagtttcag
ccagagtgttccatgaccctttggatttcctacctcaatcacatttttaa
tgcaacttcagatcaaagctaggaatggcttgcttgtcatttgggttggg
aaatgagttttgaaatgtgtatgctgggtcaggccagtagaagcacagtg
agtttaatcatttgatgactcattagtgtctgctgagtagtcaacaggat
ggaacatggggcttgttaactgtcagatgcagcactagagcaactttctg
cctcagtgattctccacgtcattgggtacccttcacaaggttaaggcttg
agaactgattctaatggcttagagttgtacttctttatggccttccttga


gaattccttcaaatcttcagctctttactgcaggaaaaaaggtgagcagg
actgagccgggaccagctctgggacaggcctgtgtcttcccctccagtcc
catgaggccttgctcagtggagccactaatatacacttaccatggcacag
aggctctgcagcctgtgtttgggtactgacacagggtgatttgctgaagg
acattgatcttagggtcccatccctgaccctcctttctgtgctctgccct
acagattcctccgtgactacgacacattctcccctgtagctgaagatatc
agcttgctgcagcaagcttcatcagccttgtatcctactacagctactgg
gccaaggcctggctaggtcagacatgacattatgggacccagaggggtag
agggtaaccctggaatactcacatctagaagtctaacgaggccccagttc
ctctttctggaagtggcacctgccctgatagagaacaaggggaaggctcc
tctccaagtgtgtcctgagggtctgggcctgtgtgttcatgttgtactct
agaaaccttgagccccgttgaaggagatgaggacagataaatgggcacgt
aggaaatgtcacgtgagaagaccctggactgcaggtcacatagcagagct
cagggtagggtcagaggaaaacagccaagccaaagataggacagatagaa
aatggcctggcctgagtcaggttgaggacaagagtgttctcaggggttgg
aggacaaagagaattggctctttgaagagtccttcaatatcatgtgacac
tgtgtgtggcagtggggggaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_4715091_4716236
seq2: B6Ng01-172L02.b_41_1190 (reverse)

seq1  TCAAGGAAGG-CATAAAGAAAGTACAACTCTAAAGCCA-TAG-ATCCTGT  47
      |||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||   |
seq2  TCAAGGAAGGCCATAAAG-AAGTACAACTCT-AAGCCATTAGAATCAGTT  48

seq1  CTCCAGCTTTA--CCTGTGAA-GGTA-CCAATGACCTTGGAGAATCACTG  93
      ||| ||| |||  | |||||| |||| ||||||| | |||||||||||||
seq2  CTCAAGCCTTAACCTTGTGAAGGGTACCCAATGA-CGTGGAGAATCACTG  97

seq1  AGGGCAG-AAGTTGCTCTAGTGCCTGCATCTGACAGTTAACAAGCCCCAT  142
      | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGCAGAAAGTTGCTCTAGTG-CTGCATCTGACAGTTAACAAGCCCCAT  145

seq1  GTTCCATCCTTGTGACTACTCAGCAGACACTAATGAGTCATCAAATGATT  192
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCATCCTGTTGACTACTCAGCAGACACTAATGAGTCATCAAATGATT  195

seq1  AAACTCACTGTGCTTCTACTGGCCTGA-CCAGCATACACATTTCAAAACT  241
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCACTGTGCTTCTACTGGCCTGACCCAGCATACACATTTCAAAACT  245

seq1  CATTTCCCAACCCAAATGACAAGCAAGCCATTCCTAGCTTTGATCTGAAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCCAACCCAAATGACAAGCAAGCCATTCCTAGCTTTGATCTGAAG  295

seq1  TTGCATTAAAAATGTGATTGAGGTAGGAAATCC-AAGGGTCATGGAACAC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGCATTAAAAATGTGATTGAGGTAGGAAATCCAAAGGGTCATGGAACAC  345

seq1  TCTGGCTGAAACTCAACCTGAACTTAAAGATGGGATGAAAACCCAATACT  390
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTGAAACTCAA-CTGAACTTAAAGATGGGATGAAAACCCAATACT  394

seq1  CAAAGATGTTCCTCTCCAACTACCCCTGGTCCACTGTCTATGCAAAAAGG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGTTCCTCTCCAACTACCCCTGGTCCACTGTCTATGCAAAAAGG  444

seq1  AATGATTTTAGGCTAATGAGACAGCGTCACTGGGTCAGACAGGCTCAGCA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTTTAGGCTAATGAGACAGCGTCACTGGGTCAGACAGGCTCAGCA  494

seq1  GACCCAGCTCCTGCAGTATCTAGCCACATGCACAAAATATGCCCACCAGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGCTCCTGCAGTATCTAGCCACATGCACAAAATATGCCCACCAGA  544

seq1  GCCTCACCAGGAGTGTGGTTTCTAAGAATGCAGTCTCTGGAAAGATGAGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACCAGGAGTGTGGTTTCTAAGAATGCAGTCTCTGGAAAGATGAGT  594

seq1  TTGGATGGAGGATCTGGGTCTTGCTGACCTAAAGGCCTCATTTGATCATA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATGGAGGATCTGGGTCTTGCTGACCTAAAGGCCTCATTTGATCATA  644

seq1  ATTAGAGACCATAAATTCACTTCTCCTGACTAATAAAATGAAGCTGATGT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGACCATAAATTCACTTCTCCTGACTAATAAAATGAAGCTGATGT  694

seq1  GATGAATTTAATGAGCCACATGTGCATAATGAGATTACACAGAAAATTCA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATTTAATGAGCCACATGTGCATAATGAGATTACACAGAAAATTCA  744

seq1  TCTTTTTAAATGAATTCACTTAGAATGAATTGTAAGTCATTAGAATGATA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTAAATGAATTCACTTAGAATGAATTGTAAGTCATTAGAATGATA  794

seq1  TGCTTGTCACATAGTACACAACACATGCACATATACAAAATATACAGACG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTCACATAGTACACAACACATGCACATATACAAAATATACAGACG  844

seq1  TTGAGGAAGCAACAATAGATGTCCAAACCTTATGACATCTCATTTTTGGG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAAGCAACAATAGATGTCCAAACCTTATGACATCTCATTTTTGGG  894

seq1  GGCAAGTTGTTCTGAAGTCCCTAAAATTCAAAGAAATGGAAGACCATAGC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTTGTTCTGAAGTCCCTAAAATTCAAAGAAATGGAAGACCATAGC  944

seq1  CATCCTGTGGAGTTAATGTTGAAGAAGGGCACATTTCCCTTTCTTTGCAC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGTGGAGTTAATGTTGAAGAAGGGCACATTTCCCTTTCTTTGCAC  994

seq1  CCACCTTGGCCTGGACAGCATATGACGCCAAGAGCACGGACGCCTCGGGA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTGGCCTGGACAGCATATGACGCCAAGAGCACGGACGCCTCGGGA  1044

seq1  GGGCAGTAGACCTTTTCATCCAAAATCTGCTTCTTCACCTGAAAGGGGGA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGTAGACCTTTTCATCCAAAATCTGCTTCTTCACCTGAAAGGGGGA  1094

seq1  ATGAGGGAGACAGGCAATGGCATGTGTGGACGACAACAGATGGCTGCAGA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGAGACAGGCAATGGCATGTGTGGACGACAACAGATGGCTGCAGA  1144

seq1  GAATTC  1146
      ||||||
seq2  GAATTC  1150


seq1: chr11_4568611_4569433
seq2: B6Ng01-172L02.g_64_887

seq1  GAATTCCTTCAAATCTTCAGCTCTTTACTGCAGGAAAAAAGGTGAGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCAAATCTTCAGCTCTTTACTGCAGGAAAAAAGGTGAGCAGG  50

seq1  ACTGAGCCGGGACCAGCTCTGGGACAGGCCTGTGTCTTCCCCTCCAGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCCGGGACCAGCTCTGGGACAGGCCTGTGTCTTCCCCTCCAGTCC  100

seq1  CATGAGGCCTTGCTCAGTGGAGCCACTAATATACACTTACCATGGCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGCCTTGCTCAGTGGAGCCACTAATATACACTTACCATGGCACAG  150

seq1  AGGCTCTGCAGCCTGTGTTTGGGTACTGACACAGGGTGATTTGCTGAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCTGCAGCCTGTGTTTGGGTACTGACACAGGGTGATTTGCTGAAGG  200

seq1  ACATTGATCTTAGGGTCCCATCCCTGACCCTCCTTTCTGTGCTCTGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGATCTTAGGGTCCCATCCCTGACCCTCCTTTCTGTGCTCTGCCCT  250

seq1  ACAGATTCCTCCGTGACTACGACACATTCTCCCCTGTAGCTGAAGATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTCCTCCGTGACTACGACACATTCTCCCCTGTAGCTGAAGATATC  300

seq1  AGCTTGCTGCAGCAAGCTTCATCAGCCTTGTATCCTACTACAGCTACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGCTGCAGCAAGCTTCATCAGCCTTGTATCCTACTACAGCTACTGG  350

seq1  GCCAAGGCCTGGCTAGGTCAGACATGACATTATGGGACCCAGAGGGGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCCTGGCTAGGTCAGACATGACATTATGGGACCCAGAGGGGTAG  400

seq1  AGGGTAACCCTGGAATACTCACATCTAGAAGTCTAACGAGGCCCCAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAACCCTGGAATACTCACATCTAGAAGTCTAACGAGGCCCCAGTTC  450

seq1  CTCTTTCTGGAAGTGGCACCTGCCCTGATAGAGAACAAGGGGAAGGCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTGGAAGTGGCACCTGCCCTGATAGAGAACAAGGGGAAGGCTCC  500

seq1  TCTCCAAGTGTGTCCTGAGGGTCTGGGCCTGTGTGTTCATGTTGTACTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAGTGTGTCCTGAGGGTCTGGGCCTGTGTGTTCATGTTGTACTCT  550

seq1  AGAAACCTTGAGCCCCGTTGAAGGAGATGAGGACAGATAAATGGGCACGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCTTGAGCCCCGTTGAAGGAGATGAGGACAGATAAATGGGCACGT  600

seq1  AGGAAATGTCACGTGAGAAGACCCTGGACTGCAGGTCACATAGCAGAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGTCACGTGAGAAGACCCTGGACTGCAGGTCACATAGCAGAGCT  650

seq1  CAGGGTAGGGTCAGAGGAAAACAGCCAAGCCAAAGATAGGACAGATAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTAGGGTCAGAGGAAAACAGCCAAGCCAAAGATAGGACAGATAGAA  700

seq1  AATGGCCTGGCCTGAGTCAGGTTGAGGACAAGAGTGTTCTCAGGGGTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCCTGGCCTGAGTCAGGTTGAGGACAAGAGTGTTCTCAGGGGTTGG  750

seq1  AGGACAAAGAGAATTGGCTCTTTGAAGAGTCCTTCAATATCATGTGACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAAGAGAATTGGCTCTTTGAAGAGTCCTTCAATATCATGTGACAC  800

seq1  TGTGTGTGGCAGT-GGGGGAGGAA  823
      ||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTGTGTGGCAGTGGGGGGAGGAA  824


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |