BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175L04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 81,809,755 - 81,951,677
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcl2, Ccl7, Ccl11, Ccl12, Ccl8
Upstream geneAccn1, 1700071K01Rik, 5530401A14Rik
Downstream geneCcl1, Tmem132e, Cct6b, Ccdc16, Lig3, Rffl, Rad51l3, Fndc8, Nle1, Unc45b, Slfn5, Set8-ps, Slfn9, Slfn8, LOC668706, Slfn10, Slfn2, Slfn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175L04.bB6Ng01-175L04.g
ACCGA003435GA003436
length7381,045
definitionB6Ng01-175L04.b B6Ng01-175L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,809,755 - 81,810,492)(81,950,631 - 81,951,677)
sequence
gaattcttcctccttgagatctctagaaagctcttctgtaactaatctct
tctaccataaggtggcaccggagagcacacagagctgtcatgcctatcca
ggccaccagggggcagcaaggccccaccaacttctgctcccagactccac
agagccttcccttgcctctttcctccagttgtggctgttgtcagcccaga
cacctgcctggcagaaaagggagacttaaatgaaagaggatgggaattca
cccaagtcctccgtacacaacaagcaccgctctccaggtttaataagccg
tatctcattacctcttaaccccacatcatgggcatgatttctcatcaagt
taaacaagcaggctctgaggaggacacgcttcccatcgctgagctctaag
taatagagacacggtttaaatccaatctttccgctataatgctgcccaga
cctgaagccccaaatgccctgagtgtagtgtgccagggtgtgagtggaaa
cagtttctacttcacctgctttttgcttgttaactcttcctgactagacg
aggcagagactgtaatgcgctttaaaggtagggaagctgggtgggaagct
aacaaacctgcaaagagcccactgttggcagagctggagccactgctgga
atcagggtctggcttccaatcttggaattcaacctctgaacagatatagg
gagcttattgggggtttgtgagatggtaggggttagga
gaattcaaggcagaaaccttgaggcagaaactgaagcagaggccaaggaa
gaacagtgcttaatggcttggtctccagtgttttcttagctagctctttt
tttaaaaaaaaaaaaaaaaaaacagaacccatgacctcctacctaggggt
gtcatgatccccagtggtatgggcctctcacttcaataattaatcaagaa
aacggccctagaaacctacctacaggtcaatttgatagatgcaatccctc
aattaagatccctctttctcagatacccctagttcgtgtcaagttaacat
aaattaaccaacacaccagaattggcaaaacattttaaagcttgacagat
cttccttagcaatgtccaattggtcacatgtggtatgtcttgtcattgtt
tctctgaagtggaaaggaggccagctacttgatggccactcactactctt
cctgggagtcatcctggctctcttgctttcctgggggccattaaggcctt
tctttgtttgtcaatgaagggaagaggtgaggtcagagtcttgtccacag
ggcagtcatcttacagcagtgctgagctgtacagatctgacttctctgat
tctgaaagcctctcggaggtgatgtgatatctgctggttaccattacttt
cctatgccatgtatgctcccacttaaagcctccagattcttgaaggaatg
gctaagtattctcctaggtattagatcatgggtgacctgtccctattagt
tcttggtagtgggtcaggggaggagtttgctgctgcctggagttgggcag
gttccattgctggtaggaagctctccatatcactaggctatggctggcaa
caccattaccttggagttcctgctacaagccagggttcacttttacagct
ttactcaatagcctctcaggatctccttgaaagaaattctgtcaccacca
cacctcaactcgccccagcagctctctaactgtgaaggagaggccatgcc
tctgatggggatgttatatttataaagctgccaaactcacatgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_81809755_81810492
seq2: B6Ng01-175L04.b_46_783

seq1  GAATTCTTCCTCCTTGAGATCTCTAGAAAGCTCTTCTGTAACTAATCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTCCTTGAGATCTCTAGAAAGCTCTTCTGTAACTAATCTCT  50

seq1  TCTACCATAAGGTGGCACCGGAGAGCACACAGAGCTGTCATGCCTATCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCATAAGGTGGCACCGGAGAGCACACAGAGCTGTCATGCCTATCCA  100

seq1  GGCCACCAGGGGGCAGCAAGGCCCCACCAACTTCTGCTCCCAGACTCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCAGGGGGCAGCAAGGCCCCACCAACTTCTGCTCCCAGACTCCAC  150

seq1  AGAGCCTTCCCTTGCCTCTTTCCTCCAGTTGTGGCTGTTGTCAGCCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTTCCCTTGCCTCTTTCCTCCAGTTGTGGCTGTTGTCAGCCCAGA  200

seq1  CACCTGCCTGGCAGAAAAGGGAGACTTAAATGAAAGAGGATGGGAATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCCTGGCAGAAAAGGGAGACTTAAATGAAAGAGGATGGGAATTCA  250

seq1  CCCAAGTCCTCCGTACACAACAAGCACCGCTCTCCAGGTTTAATAAGCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTCCTCCGTACACAACAAGCACCGCTCTCCAGGTTTAATAAGCCG  300

seq1  TATCTCATTACCTCTTAACCCCACATCATGGGCATGATTTCTCATCAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCATTACCTCTTAACCCCACATCATGGGCATGATTTCTCATCAAGT  350

seq1  TAAACAAGCAGGCTCTGAGGAGGACACGCTTCCCATCGCTGAGCTCTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAGCAGGCTCTGAGGAGGACACGCTTCCCATCGCTGAGCTCTAAG  400

seq1  TAATAGAGACACGGTTTAAATCCAATCTTTCCGCTATAATGCTGCCCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGAGACACGGTTTAAATCCAATCTTTCCGCTATAATGCTGCCCAGA  450

seq1  CCTGAAGCCCCAAATGCCCTGAGTGTAGTGTGCCAGGGTGTGAGTGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGCCCCAAATGCCCTGAGTGTAGTGTGCCAGGGTGTGAGTGGAAA  500

seq1  CAGTTTCTACTTCACCTGCTTTTTGCTTGTTAACTCTTCCTGACTAGACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCTACTTCACCTGCTTTTTGCTTGTTAACTCTTCCTGACTAGACG  550

seq1  AGGCAGAGACTGTAATGCGCTTTAAAGGTAGGGAAGCTGGGTGGGAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGACTGTAATGCGCTTTAAAGGTAGGGAAGCTGGGTGGGAAGCT  600

seq1  AACAAACCTGCAAAGAGCCCACTGTTGGCAGAGCTGGAGCCACTGCTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACCTGCAAAGAGCCCACTGTTGGCAGAGCTGGAGCCACTGCTGGA  650

seq1  ATCAGGGTCTGGCTTCCAATCTTGGAATTCAACCTCTGAACAGATATAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGTCTGGCTTCCAATCTTGGAATTCAACCTCTGAACAGATATAGG  700

seq1  GAGCTTATTGGGGGTTTGTGAGATGGTAGGGGTTAGGA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTATTGGGGGTTTGTGAGATGGTAGGGGTTAGGA  738

seq1: chr11_81950631_81951677
seq2: B6Ng01-175L04.g_65_1109 (reverse)

seq1  TGCATGTGAGTTTGCCAGCTTTTATAATATAACATCCCCATTCAGGGGCA  50
      |||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TGCATGTGAGTTTGGCAGCTTTATAAATATAACATCCCCA-TCAGAGGCA  49

seq1  TGGCCTCTTCCTCCACAGTTTAGAGAGCTGCTGGGGCGAGTTTGAGTGTG  100
      ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  TGGCCTC-TCCTTCACAG-TTAGAGAGCTGCTGGGGCGAGTTGAGGTGTG  97

seq1  GTGGTGACAGAA-TTCCTTCAAGGAGATCCTGAGAGGCTATTGAGTAAAG  149
      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGACAGAATTTCTTTCAAGGAGATCCTGAGAGGCTATTGAGTAAAG  147

seq1  CTGTAAAAGTGAACCCTGGCTTGTAGCAGGAACTCCAAGGTATTGGTGTT  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGTAAAAGTGAACCCTGGCTTGTAGCAGGAACTCCAAGGTAATGGTGTT  197

seq1  GCCAGCCATAGCCTAGTGATATGGAGAGCTTCCTACCAGCAATGGAACCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCATAGCCTAGTGATATGGAGAGCTTCCTACCAGCAATGGAACCT  247

seq1  GCCCAACTCCAGGCAGCAGCAAACTCCTCCCCTGACCCACTACCAAGAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACTCCAGGCAGCAGCAAACTCCTCCCCTGACCCACTACCAAGAAC  297

seq1  TAATAGGGACAGGTCACCCATGATCTAATACCTAGGAGAATACTTAGCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGGACAGGTCACCCATGATCTAATACCTAGGAGAATACTTAGCCA  347

seq1  TTCCTTCAAGAATCTGGAGGCTTTAAGTGGGAGCATACATGGCATAGGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCAAGAATCTGGAGGCTTTAAGTGGGAGCATACATGGCATAGGAA  397

seq1  AGTAATGGTAACCAGCAGATATCACATCACCTCCGAGAGGCTTTCAGAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGGTAACCAGCAGATATCACATCACCTCCGAGAGGCTTTCAGAAT  447

seq1  CAGAGAAGTCAGATCTGTACAGCTCAGCACTGCTGTAAGATGACTGCCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGTCAGATCTGTACAGCTCAGCACTGCTGTAAGATGACTGCCCT  497

seq1  GTGGACAAGACTCTGACCTCACCTCTTCCCTTCATTGACAAACAAAGAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAAGACTCTGACCTCACCTCTTCCCTTCATTGACAAACAAAGAAA  547

seq1  GGCCTTAATGGCCCCCAGGAAAGCAAGAGAGCCAGGATGACTCCCAGGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTAATGGCCCCCAGGAAAGCAAGAGAGCCAGGATGACTCCCAGGAA  597

seq1  GAGTAGTGAGTGGCCATCAAGTAGCTGGCCTCCTTTCCACTTCAGAGAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGTGAGTGGCCATCAAGTAGCTGGCCTCCTTTCCACTTCAGAGAAA  647

seq1  CAATGACAAGACATACCACATGTGACCAATTGGACATTGCTAAGGAAGAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACAAGACATACCACATGTGACCAATTGGACATTGCTAAGGAAGAT  697

seq1  CTGTCAAGCTTTAAAATGTTTTGCCAATTCTGGTGTGTTGGTTAATTTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAAGCTTTAAAATGTTTTGCCAATTCTGGTGTGTTGGTTAATTTAT  747

seq1  GTTAACTTGACACGAACTAGGGGTATCTGAGAAAGAGGGATCTTAATTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACTTGACACGAACTAGGGGTATCTGAGAAAGAGGGATCTTAATTGA  797

seq1  GGGATTGCATCTATCAAATTGACCTGTAGGTAGGTTTCTAGGGCCGTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTGCATCTATCAAATTGACCTGTAGGTAGGTTTCTAGGGCCGTTTT  847

seq1  CTTGATTAATTATTGAAGTGAGAGGCCCATACCACTGGGGATCATGACAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTAATTATTGAAGTGAGAGGCCCATACCACTGGGGATCATGACAC  897

seq1  CCCTAGGTAGGAGGTCATGGGTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGGTAGGAGGTCATGGGTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAA  947

seq1  AAGAGCTAGCTAAGAAAACACTGGAGACCAAGCCATTAAGCACTGTTCTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTAGCTAAGAAAACACTGGAGACCAAGCCATTAAGCACTGTTCTT  997

seq1  CCTTGGCCTCTGCTTCAGTTTCTGCCTCAAGGTTTCTGCCTTGAATTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCCTCTGCTTCAGTTTCTGCCTCAAGGTTTCTGCCTTGAATTC  1045