BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178D10
Chromosome11 (Build37)
Map Location 61,174,050 - 61,356,042
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1300013J15Rik, LOC100042602, LOC626150, Zfp179, Mfap4, Mapk7, 3110043A19Rik, Eppb9, Epn2
Upstream geneLrrc48, Atpaf2, 4933439F18Rik, LOC674310, Drg2, Myo15, Alkbh5, LOC100042448, LOC624403, LOC624424, OTTMUSG00000007757, LOC668206, Llgl1, Flii, Smcr7, Top3a, LOC100042517, Smcr8, Shmt1, LOC625958, LOC637900, Dhrs7b, Tmem11, Gtlf3b, Map2k3, Kcnj12, LOC668228, Tnfrsf13b, Usp22, LOC668239, Aldh3a1, Aldh3a2, 4933429E10Rik
Downstream geneGrap, Slc5a10, 2310040C09Rik, Prpsap2, Ulk2, Akap10, D630015H07, LOC626325, LOC100041558, Specc1, Adora2b, 2410012H22Rik, Ttc19, Ncor1, Pigl, Prr6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178D10.bB6Ng01-178D10.g
ACCGA005269GA005270
length9511,178
definitionB6Ng01-178D10.b B6Ng01-178D10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,355,092 - 61,356,042)(61,174,050 - 61,175,218)
sequence
gaattcctctggttggaggttggcagagctggactaggaggccttactga
ctggaggatgaggggcctggtagcttaataggcaggaagcaaccagtcct
tggatttgttctagagaagacccaagaaggcttattggaggcctggatca
tgctgatgtggagaggagatgaaggcagctttaagggctcaaaactcagt
gtccaagaggcagggaagagagagggttgtggctatagcagtttggggct
gcttgttgaagtacagagaggcagttctgttccagtgcttccagctttgc
actgttagcttccccatagtcacataaaagctattcctcagaaagactgg
gcccctgtgtctctctgttggccacctgtccaagtatgcagttggtgctt
gagactgctgtgtccacagaagccgtgtagatcaggggagtctctcaggc
tcagaaggttggagtttgtttcagatcataaagatgacagctatcttgga
ttagagtacagatgtgagcagtccacctgttgggcctacttgaggcacta
gccaccaagtactgtgggactagcaaagctacagttgtgaagagatcaag
caagttgttggtaaggggttgagagtctgcaccaaatgtggcagaggggg
atgggagaatccttctttattcaaaaacaaggcctggggaagaagactgc
tatagtctaattggacagtgtcagctcaggtacagccagtgttcctccct
cctccctcctgtttgtcctgcctgctatggtgcacagcccaccaatgtca
tgggttactttgctgttctcctgaatctgcctctggagccagagctgctg
ctatatcctgataaaagccaggaaagcagttccttggtgtctggtattgt
gggagagttattgttctttaaagtaaggaagcagatgaaggaggatgggg
a
gaattccctccacaaagatgagtctggatgtactgagaatgaaacagcta
taacactttcaggggaaatgacacagttgagagagacaaagaaaggtcaa
gcaagattgtagtcccaattacaggacattaatgattaaaagactttaac
aggacatgtctcctttatgccaggggggaaagttactgagactatattag
aacaagtaatgacaaacagacagggagtccataaacatgatgttgtgcac
acatctacagatgtggcacatctatagagaaggtttatatccttctttta
actggagagaaatatgaatatgctcttctgagcttgtagtgggcagagga
caagatatgtaaaaaaacatatacatagttctacatggatctataggcat
ttatcttaaagataaaaaggttaggaaatcacataaagatatttgtccta
ggaggcatcctggggtgttgctgatcttattgaaaaattatgaatttaaa
tactgggcagtgagagactaacttaaagataatgggctcatggacttcag
gcactgataaatgtacttaactaaatttgctaaaatatgagatgtataaa
catgaggtacaggttaaaaatgtcttctacaaacagtgaaaataaaaata
tatgcccccaaatagagggagagcattgacctgtcgtgctggatccccaa
cagtgccagaaaaaaacaaaaaacaaacaaacaaaaaaccaagaaagtgt
atatactctgtatattttaaatataaacaacagatggtaaaatgtcagct
ggctgagtccttctccatactataaataccccttcctctcctctaaattt
ttttttttttttttttgcattgtcctgggcatgagccctcaagtatgcta
ggtattctctactaccagccccgccacccttttgttcccttctttagctt
tccgtctcaagaagatgcatgctaataaaatcctaggcccttcagaattt
ccagttggagttttcttgtgaaacaaagtgacagagaagcctctaacatg
tattttcttagcacgtcagatgtccttcacttttaaggtgaacgactttt
ctcttatggcccatgctccaacttttcctctgtgccatgctcccactttt
ctctgtgccaatgctcatacttgcccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_61355092_61356042
seq2: B6Ng01-178D10.b_49_999 (reverse)

seq1  TCCCC-TCCTCC-TCATCCTGCTTCCTTACTTTTAAAGAACAGTAACTCT  48
      ||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  TCCCCATCCTCCTTCAT-CTGCTTCCTTAC-TTTAAAGAACAATAACTCT  48

seq1  CCCCACAATACCAGACACCAAGGAACTGC-TTCCTGGCTTTTATCAGGAT  97
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -CCCACAATACCAGACACCAAGGAACTGCTTTCCTGGCTTTTATCAGGAT  97

seq1  ATAGCAGCAGCTCTGGCTCCAGAGGCAGATTCAGGAGAACAGCAAAGTAA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGCAGCTCTGGCTCCAGAGGCAGATTCAGGAGAACAGCAAAGTAA  147

seq1  CCCATGACATTGGTGGGCTGTGCACCATAGCAGGCAGGACAAACAGGAGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGACATTGGTGGGCTGTGCACCATAGCAGGCAGGACAAACAGGAGG  197

seq1  GAGGAGGGAGGAACACTGGCTGTACCTGAGCTGACACTGTCCAATTAGAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGGAGGAACACTGGCTGTACCTGAGCTGACACTGTCCAATTAGAC  247

seq1  TATAGCAGTCTTCTTCCCCAGGCCTTGTTTTTGAATAAAGAAGGATTCTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCAGTCTTCTTCCCCAGGCCTTGTTTTTGAATAAAGAAGGATTCTC  297

seq1  CCATCCCCCTCTGCCACATTTGGTGCAGACTCTCAACCCCTTACCAACAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCCCTCTGCCACATTTGGTGCAGACTCTCAACCCCTTACCAACAA  347

seq1  CTTGCTTGATCTCTTCACAACTGTAGCTTTGCTAGTCCCACAGTACTTGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGATCTCTTCACAACTGTAGCTTTGCTAGTCCCACAGTACTTGG  397

seq1  TGGCTAGTGCCTCAAGTAGGCCCAACAGGTGGACTGCTCACATCTGTACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGTGCCTCAAGTAGGCCCAACAGGTGGACTGCTCACATCTGTACT  447

seq1  CTAATCCAAGATAGCTGTCATCTTTATGATCTGAAACAAACTCCAACCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCCAAGATAGCTGTCATCTTTATGATCTGAAACAAACTCCAACCTT  497

seq1  CTGAGCCTGAGAGACTCCCCTGATCTACACGGCTTCTGTGGACACAGCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCTGAGAGACTCCCCTGATCTACACGGCTTCTGTGGACACAGCAG  547

seq1  TCTCAAGCACCAACTGCATACTTGGACAGGTGGCCAACAGAGAGACACAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGCACCAACTGCATACTTGGACAGGTGGCCAACAGAGAGACACAG  597

seq1  GGGCCCAGTCTTTCTGAGGAATAGCTTTTATGTGACTATGGGGAAGCTAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCAGTCTTTCTGAGGAATAGCTTTTATGTGACTATGGGGAAGCTAA  647

seq1  CAGTGCAAAGCTGGAAGCACTGGAACAGAACTGCCTCTCTGTACTTCAAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCAAAGCTGGAAGCACTGGAACAGAACTGCCTCTCTGTACTTCAAC  697

seq1  AAGCAGCCCCAAACTGCTATAGCCACAACCCTCTCTCTTCCCTGCCTCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCCCCAAACTGCTATAGCCACAACCCTCTCTCTTCCCTGCCTCTT  747

seq1  GGACACTGAGTTTTGAGCCCTTAAAGCTGCCTTCATCTCCTCTCCACATC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTGAGTTTTGAGCCCTTAAAGCTGCCTTCATCTCCTCTCCACATC  797

seq1  AGCATGATCCAGGCCTCCAATAAGCCTTCTTGGGTCTTCTCTAGAACAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATCCAGGCCTCCAATAAGCCTTCTTGGGTCTTCTCTAGAACAAA  847

seq1  TCCAAGGACTGGTTGCTTCCTGCCTATTAAGCTACCAGGCCCCTCATCCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGACTGGTTGCTTCCTGCCTATTAAGCTACCAGGCCCCTCATCCT  897

seq1  CCAGTCAGTAAGGCCTCCTAGTCCAGCTCTGCCAACCTCCAACCAGAGGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCAGTAAGGCCTCCTAGTCCAGCTCTGCCAACCTCCAACCAGAGGA  947

seq1  ATTC  951
      ||||
seq2  ATTC  951

seq1: chr11_61174050_61175218
seq2: B6Ng01-178D10.g_66_1243

seq1  GAATTCCCTCCACAAAGATGAGTCTGGATGTACTGAGAATGAAACAGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCCACAAAGATGAGTCTGGATGTACTGAGAATGAAACAGCTA  50

seq1  TAACACTTTCAGGGGAAATGACACAGTTGAGAGAGACAAAGAAAGGTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTTTCAGGGGAAATGACACAGTTGAGAGAGACAAAGAAAGGTCAA  100

seq1  GCAAGATTGTAGTCCCAATTACAGGACATTAATGATTAAAAGACTTTAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATTGTAGTCCCAATTACAGGACATTAATGATTAAAAGACTTTAAC  150

seq1  AGGACATGTCTCCTTTATGCCAGGGGGGAAAGTTACTGAGACTATATTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATGTCTCCTTTATGCCAGGGGGGAAAGTTACTGAGACTATATTAG  200

seq1  AACAAGTAATGACAAACAGACAGGGAGTCCATAAACATGATGTTGTGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTAATGACAAACAGACAGGGAGTCCATAAACATGATGTTGTGCAC  250

seq1  ACATCTACAGATGTGGCACATCTATAGAGAAGGTTTATATCCTTCTTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTACAGATGTGGCACATCTATAGAGAAGGTTTATATCCTTCTTTTA  300

seq1  ACTGGAGAGAAATATGAATATGCTCTTCTGAGCTTGTAGTGGGCAGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGAGAAATATGAATATGCTCTTCTGAGCTTGTAGTGGGCAGAGGA  350

seq1  CAAGATATGTAAAAAAACATATACATAGTTCTACATGGATCTATAGGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATATGTAAAAAAACATATACATAGTTCTACATGGATCTATAGGCAT  400

seq1  TTATCTTAAAGATAAAAAGGTTAGGAAATCACATAAAGATATTTGTCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTAAAGATAAAAAGGTTAGGAAATCACATAAAGATATTTGTCCTA  450

seq1  GGAGGCATCCTGGGGTGTTGCTGATCTTATTGAAAAATTATGAATTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCATCCTGGGGTGTTGCTGATCTTATTGAAAAATTATGAATTTAAA  500

seq1  TACTGGGCAGTGAGAGACTAACTTAAAGATAATGGGCTCATGGACTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGCAGTGAGAGACTAACTTAAAGATAATGGGCTCATGGACTTCAG  550

seq1  GCACTGATAAATGTACTTAACTAAATTTGCTAAAATATGAGATGTATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGATAAATGTACTTAACTAAATTTGCTAAAATATGAGATGTATAAA  600

seq1  CATGAGGTACAGGTTAAAAATGTCTTCTACAAACAGTGAAAATAAAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGTACAGGTTAAAAATGTCTTCTACAAACAGTGAAAATAAAAATA  650

seq1  TATGCCCCCAAATAGAGGGAGAGCATTGACCTGTCGTGCTGGATCCCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCCCCAAATAGAGGGAGAGCATTGACCTGTCGTGCTGGATCCCCAA  700

seq1  CAGTGCCAGAAAAAAACAAAAAACAAACAAACAAAAAACCAAGAAAGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCAGAAAAAAACAAAAAACAAACAAACAAAAAACCAAGAAAGTGT  750

seq1  ATATACTCTGTATATTTTAAATATAAACAACAGATGGTAAAATGTCAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTCTGTATATTTTAAATATAAACAACAGATGGTAAAATGTCAGCT  800

seq1  GGCTGAGTCCTTCTCCATACTATAAATACCCCTTCCTCTCCTCTAAATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGTCCTTCTCCATACTATAAATACCCCTTCCTCTCCTCTAAATTT  850

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTGCATTGTCCTGGGCATGAG-CCTCAAGTATGCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTGCATTGTCCTGGGCATGAGCCCTCAAGTATGCTA  900

seq1  GGTATTCTCTACTA-CAG-CCCGCCACC--TTTG-TCCCTTCTTTAGCTT  944
      |||||||||||||| ||| |||||||||  |||| |||||||||||||||
seq2  GGTATTCTCTACTACCAGCCCCGCCACCCTTTTGTTCCCTTCTTTAGCTT  950

seq1  TCCGTCTCAAG-AGATGCATGCT-ATAAAAT-CTAGG-CCTTCAGAATTT  990
      ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  TCCGTCTCAAGAAGATGCATGCTAATAAAATCCTAGGCCCTTCAGAATTT  1000

seq1  CAGGTTGGAGTTTTC-TGTGAAACAAAGTGACAGAGAAGCCTCTAACAAT  1039
      |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAGTTGGAGTTTTCTTGTGAAACAAAGTGACAGAGAAGCCTCTAAC-AT  1049

seq1  GTATTTTC-TAGCACGTCAGAGTGTCCTTCACTTTTAAGGGTGACCAACT  1088
      |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||
seq2  GTATTTTCTTAGCACGTCAGA-TGTCCTTCACTTTTAA-GGTGAACGACT  1097

seq1  TTTCTC-TAT-GCGCATGCTCCAACTTTT-CTCTGTGCGCATGCTCCAAC  1135
      |||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||
seq2  TTTCTCTTATGGCCCATGCTCCAACTTTTCCTCTGTGC-CATGCTCCCAC  1146

seq1  TTTTCTCTGTGCGCATGCTCCATACTTGGCCCAC  1169
      ||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||
seq2  TTTTCTCTGTGCCAATGCT-CATACTT-GCCCAC  1178