BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182L18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 70,928,398 - 71,061,604
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c
Upstream geneMgl2, Mgl1, Slc16a11, Slc16a13, Bcl6b, 0610010K14Rik, D11Bwg0434e, Alox12, Alox12e, Alox15, LOC668466, Pelp1, Arrb2, Med11, Cxcl16, Zmynd15, Tm4sf5, Vmo1, C730027E14Rik, Psmb6, Pld2, Mink1, Chrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11, Rnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3, A430084P05Rik, Rabep1, LOC668461, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik, LOC382536
Downstream geneLOC100043249, 9230020A06Rik, Wscd1, Aipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182L18.bB6Ng01-182L18.g
ACCGA008547GA008548
length1,0121,068
definitionB6Ng01-182L18.b B6Ng01-182L18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,928,398 - 70,929,384)(71,060,544 - 71,061,604)
sequence
gaattcagataggcttcctctctttgatgtgagaacacctgctttccttt
ggaccacatttcttgagtctcatgatggaactggaaaactggaaggaaaa
gagctcaggagaggcagttgagaatgacttcatgatggtatgttaagcat
gatcacacactctgtatactatagctgtgttggttcacatggtccttgaa
ttcttccaaggatacaaggatacaaggaggaccatagggagaggagagag
aagggatagttgacactctccctcccagagagagagacagagagagacag
agagagacagagagagagacagagagagacagagagagagacagagagag
agagacagataaagacagagacagaaagacagagatagagggacagagac
aaacagagagagacacagatacacagagacacacagacacacagacacac
agagacacagagagagatagagatacagataaattcacaacaccaaagaa
atattagggaaaccaagtagtaaatttcaaagaatgattattttaaaaag
tatttatatctttttaatttgtatgtatgatagtttgcctgcttgtctgt
gccttatatgaatgtaggagctggcagagcataggagctgggattggtat
cttcaggaactccagtttaaggtagtgtgggccatctaatgtgggtgctt
ggaatggatccacattttttgaagagcagcaaatgtttcttccttgctga
tccacttccctaggatggcagttttgatgcatttgtcagtatttacactg
aatgaatgtggaaatccagaatatattatttaaaaaagcatgagtttgcc
atttatgagccacacacagatacaattgttcactgccatttttcttgatg
cctttaattttcctgagctagtccttttatcttttttcttgtctttggct
aatttctacctttgaacttattttttccttgttgtgttaatggacactcc
cttagtttttat
gaattctactgagaatgattccggctgtcggacacttcatccccatcact
tccatcacactgatctactatcacctctatctcgaggatgtcacctttca
cctttacttggtccccaatgactgcactattcggaaagtgacactgagga
ccccaaatgtggggccatggtgggcaaacagaaattttgagttatagcta
gtgagccccttggagagattctaaactaagagttgggatacatttccata
tggggaacctggtgtgcctatacaatttgcctttttcttcccctccctcc
cccagagtctcactcaactgtttttgatgccaacttactaataccagaac
agcttctggagtatctttccacccaccaaaaggatgaaaatgcactatgc
acaacctatagcaactcccttcttctgtggcagttaccctgttcccaaaa
tgaacatgaatggggccaataattcatatatccgtgtgtcaaaacagaag
atagagggagctcatgaggtgtcatcaccctatcccacaaaatgtactga
tcaatcgccttactttattcatatcagccataaatctagataaatcactg
tctgtgatgttccctaggccattgatgatgaagaaatgaagtttcagttt
gtgcgcataaacaagctacccccagtagatgctctttatcttggttcccg
ctatattgtgtctggctccaaaaaggtggaaattatccccaaggtgagca
tccaggtatttctgatgccaggcttgggaaacctgtggggctagttataa
gggctctgtagaaaactgagattggggagaaagcaattaagatttgagat
gagtaagaatgtgtaaaagatgggtgagaattaatttaaggaactcaaca
ggaatgcagagtagacctggggattggagaaattttacctccatctgatg
caaagaagagcccaggctgaggatttgtgagcaggacctggcagatgagc
cttcactcatctggtggcctgttatgggtttgaatggtgaaaatgtcttc
ctacaggtgtcaatgcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_70928398_70929384
seq2: B6Ng01-182L18.b_47_1058

seq1  GAATTCAGATAGGCTTCCTCTCTTTGATGTGAGAACACCTGCTTTCCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATAGGCTTCCTCTCTTTGATGTGAGAACACCTGCTTTCCTTT  50

seq1  GGACCACATTTCTTGAGTCTCATGATGGAACTGGAAAACTGGAAGGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACATTTCTTGAGTCTCATGATGGAACTGGAAAACTGGAAGGAAAA  100

seq1  GAGCTCAGGAGAGGCAGTTGAGAATGACTTCATGATGGTATGTTAAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCAGGAGAGGCAGTTGAGAATGACTTCATGATGGTATGTTAAGCAT  150

seq1  GATCACACACTCTGTATACTATAGCTGTGTTGGTTCACATGGTCCTTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACACACTCTGTATACTATAGCTGTGTTGGTTCACATGGTCCTTGAA  200

seq1  TTCTTCCAAGGATACAAGGATACAAGGAGGACCATAGGGAGAGGAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCAAGGATACAAGGATACAAGGAGGACCATAGGGAGAGGAGAGAG  250

seq1  AAGGGATAGTTGACACTCTCCCTCCCAGAGAGAGAGACAGAGAGAGACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATAGTTGACACTCTCCCTCCCAGAGAGAGAGACAGAGAGAGACAG  300

seq1  AGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGAGAG  350

seq1  AGAGACAGATAAAGACAGAGACAGAAAGACAGAGATAGAGGGACAGAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGATAAAGACAGAGACAGAAAGACAGAGATAGAGGGACAGAGAC  400

seq1  AAACAGAGAGAGACACAGATACACAGAGACACACAGACACACAGACACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGAGAGACACAGATACACAGAGACACACAGACACACAGACACAC  450

seq1  AGAGACACAGAGAGAGATAGAGATACAGATAAATTCACAACACCAAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACACAGAGAGAGATAGAGATACAGATAAATTCACAACACCAAAGAA  500

seq1  ATATTAGGGAAACCAAGTAGTAAATTTCAAAGAATGATTATTTTAAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGGGAAACCAAGTAGTAAATTTCAAAGAATGATTATTTTAAAAAG  550

seq1  TATTTATATCTTTTTAATTTGTATGTATGATAGTTTGCCTGCTTGTCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATATCTTTTTAATTTGTATGTATGATAGTTTGCCTGCTTGTCTGT  600

seq1  GCCTTATATGAATGTAGGAGCTGGCAGAGCATAGGAGCTGGGATTGGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATATGAATGTAGGAGCTGGCAGAGCATAGGAGCTGGGATTGGTAT  650

seq1  CTTCAGGAACTCCAG-TTAAGGTAGTGTGGGCCATCTAATGTGGGTGCTT  699
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGAACTCCAGTTTAAGGTAGTGTGGGCCATCTAATGTGGGTGCTT  700

seq1  GGAATGGATCCACATTTTTTGAAGAGCAGCAAATG-TTCTTCCTTGCTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGAATGGATCCACATTTTTTGAAGAGCAGCAAATGTTTCTTCCTTGCTGA  750

seq1  TCCACTTCCCTAGGATGGCAGTTTTGATGCA-TTGTCAGTATTTACACTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTCCCTAGGATGGCAGTTTTGATGCATTTGTCAGTATTTACACTG  800

seq1  AATGAATGTGGAAATCCAGAATATATTATTT-AAAAAGCATGAG-TTGCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  AATGAATGTGGAAATCCAGAATATATTATTTAAAAAAGCATGAGTTTGCC  850

seq1  A-TTATGAGCCACACACAGATAC-ATTGTTCACTGCCATTT---CTGATG  890
      | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||
seq2  ATTTATGAGCCACACACAGATACAATTGTTCACTGCCATTTTTCTTGATG  900

seq1  CCTT--AATTTCCTGAGCTAGTCC-TTTATC--TTCTCTTGTCTTTGGCT  935
      ||||  | |||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||
seq2  CCTTTAATTTTCCTGAGCTAGTCCTTTTATCTTTTTTCTTGTCTTTGGCT  950

seq1  AA-TTCTACCTTTGAAC---TATTTTCCTTG-TGTG-TAATGG--ACTCC  977
      || ||||||||||||||   | ||||||||| |||| ||||||  |||||
seq2  AATTTCTACCTTTGAACTTATTTTTTCCTTGTTGTGTTAATGGACACTCC  1000

seq1  --TAGTTTTTTT  987
        |||||||| |
seq2  CTTAGTTTTTAT  1012

seq1: chr11_71060544_71061604
seq2: B6Ng01-182L18.g_63_1130 (reverse)

seq1  AAGCATTGACACCTGTAGG-AGACA-TTTCA-CATTCAAA-CCATAACA-  45
      | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| 
seq2  ATGCATTGACACCTGTAGGAAGACATTTTCACCATTCAAACCCATAACAG  50

seq1  GCCA-CAGATGAGTGAGAGCTCATCCTGCAAGTCCTGCTCACAAATCCTC  94
      |||| |||||||||||  |||||||   || |||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAGATGAGTGAAGGCTCATCTGCCAGGTCCTGCTCACAAATCCTC  100

seq1  AGCCTGGGCTTCTTCTCTGCATCAGATGGA-GTTAAATTTCTCCAATCCC  143
      ||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGGC-TCTTCTTTGCATCAGATGGAGGTAAAATTTCTCCAATCCC  149

seq1  CAGGTCTACTCTGCATTCCTGTTGAGTTCCTTAAATTAATTCTCACCCAT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTACTCTGCATTCCTGTTGAGTTCCTTAAATTAATTCTCACCCAT  199

seq1  CTTTTACACATTCTTACTCATCTCAAATCTTAATTGCTTTCTCCCCAATC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACACATTCTTACTCATCTCAAATCTTAATTGCTTTCTCCCCAATC  249

seq1  TCAGTTTTCTACAGAG-CCTTATAACTAGCCCCACAGGTTTCCCAAGCCT  292
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTCTACAGAGCCCTTATAACTAGCCCCACAGGTTTCCCAAGCCT  299

seq1  GGCATCAGAAATACCTGGATGCTCACCTTGGGGATAATTTCCACCTTTTT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCAGAAATACCTGGATGCTCACCTTGGGGATAATTTCCACCTTTTT  349

seq1  GGAGCCAGACACAATATAGCGGGAACCAAGATAAAGAGCATCTACTGGGG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAGACACAATATAGCGGGAACCAAGATAAAGAGCATCTACTGGGG  399

seq1  GTAGCTTGTTTATGCGCACAAACTGAAACTTCATTTCTTCATCATCAATG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTGTTTATGCGCACAAACTGAAACTTCATTTCTTCATCATCAATG  449

seq1  GCCTAGGGAACATCACAGACAGTGATTTATCTAGATTTATGGCTGATATG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGGGAACATCACAGACAGTGATTTATCTAGATTTATGGCTGATATG  499

seq1  AATAAAGTAAGGCGATTGATCAGTACATTTTGTGGGATAGGGTGATGACA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGTAAGGCGATTGATCAGTACATTTTGTGGGATAGGGTGATGACA  549

seq1  CCTCATGAGCTCCCTCTATCTTCTGTTTTGACACACGGATATATGAATTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGAGCTCCCTCTATCTTCTGTTTTGACACACGGATATATGAATTA  599

seq1  TTGGCCCCATTCATGTTCATTTTGGGAACAGGGTAACTGCCACAGAAGAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCCCATTCATGTTCATTTTGGGAACAGGGTAACTGCCACAGAAGAA  649

seq1  GGGAGTTGCTATAGGTTGTGCATAGTGCATTTTCATCCTTTTGGTGGGTG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTGCTATAGGTTGTGCATAGTGCATTTTCATCCTTTTGGTGGGTG  699

seq1  GAAAGATACTCCAGAAGCTGTTCTGGTATTAGTAAGTTGGCATCAAAAAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATACTCCAGAAGCTGTTCTGGTATTAGTAAGTTGGCATCAAAAAC  749

seq1  AGTTGAGTGAGACTCTGGGGGAGGGAGGGGAAGAAAAAGGCAAATTGTAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGTGAGACTCTGGGGGAGGGAGGGGAAGAAAAAGGCAAATTGTAT  799

seq1  AGGCACACCAGGTTCCCCATATGGAAATGTATCCCAACTCTTAGTTTAGA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACACCAGGTTCCCCATATGGAAATGTATCCCAACTCTTAGTTTAGA  849

seq1  ATCTCTCCAAGGGGCTCACTAGCTATAACTCAAAATTTCTGTTTGCCCAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCCAAGGGGCTCACTAGCTATAACTCAAAATTTCTGTTTGCCCAC  899

seq1  CATGGCCCCACATTTGGGGTCCTCAGTGTCACTTTCCGAATAGTGCAGTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCCCACATTTGGGGTCCTCAGTGTCACTTTCCGAATAGTGCAGTC  949

seq1  ATTGGGGACCAAGTAAAGGTGAAAGGTGACATCCTCGAGATAGAGGTGAT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGGACCAAGTAAAGGTGAAAGGTGACATCCTCGAGATAGAGGTGAT  999

seq1  AGTAGATCAGTGTGATGGAAGTGATGGGGATGAAGTGTCCGACAGCCGGA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATCAGTGTGATGGAAGTGATGGGGATGAAGTGTCCGACAGCCGGA  1049

seq1  ATCATTCTCAGTAGAATTC  1061
      |||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCTCAGTAGAATTC  1068