BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183C19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 23,445,097 - 23,581,951
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA730027B03Rik, 0610010F05Rik, Pex13, 4933435A13Rik
Upstream geneLOC100042827, LOC100042846, LOC666078, B3gnt2, 9130230N09Rik, Commd1, Zrsr1, Cct4, 4930430E16Rik, LOC100042875, Xpo1, LOC100042202, Ahsa2, 1700093K21Rik
Downstream geneRel, Papolg, A830031A19Rik, LOC100042256, Bcl11a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183C19.bB6Ng01-183C19.g
ACCGA008872GA008873
length1,173864
definitionB6Ng01-183C19.b B6Ng01-183C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,580,793 - 23,581,951)(23,445,097 - 23,445,850)
sequence
gaattcaatccccagggcccacatggtaggagagagccaactcccagaag
ttgccttctgaccagtacatatgcactatgtcatgcacacatgtacactc
atacatgatgaataaataaataaatgtatgtcatacgaattttaaaacaa
ttggcagatggcttggagggtaaacgtttactgtgcaagcctggcaaagt
gggatggatccctggagcctatataaaggcaggagaaaactgatgttaca
gttgtcctcagacctccacacactgtggcatgggctccctcccccaatac
agaacacacacatacacaggaacactgagaattttcaaatcatttaaaga
gtgaccatcgaaggtcactttttatgtgctaaggtcaggaactcacagac
tttcttgcagtcattctcaaaaggtaagaacgggtttgcacctggagagg
tgttctctccagggctgtgataaatcacaacaatgtacacataactatca
tcctttaaattcaatgccaggaaaagctagggagccctgttctacgtgac
taggaaggtgtcttcaagccctatgagtccatgactcttatttgtgtgtg
catgggcattgtgcatgccatggtgtgcatgctgaggtcagaagacaatt
tgtgagcactggttctctcttttccaccatgtgggtccaaggaactgagc
tcggagctttggacttggggactcgtgttaacttgatgagtcacctcact
ggcttttccatgtctcttaaaagtgcaaaattgcatatgctggaaacctc
ttggagtcacatctttacagaaagatggatttggatggctgcataaacat
acttgtgtgctatgaaggtttttaaagttgtagcctggggactggaaaga
tggtccagtgggcaagagcacttgctgttcaagcaggaaaaaagagttca
atcccaggctcctaattaggaggccaactgtgctgcatatgaatgggtag
ccccagtcctgagagaggggggagacaggaggcttgttgtgcttgctggt
tgttatctagcttcagattccattgagaggctgtctcaaagctattaggg
ccaggagtttaatggtaagaaccacctcaaaacccctctcctctgggagt
gccacctctccacaggcctgtgt
gaattcaattcatggagttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagcaagagagagcg
ccacagtgcttgtatggaggccagaggataattctgtggtgtcacttcac
tccctcagcctttgcacggggacttggaagggtggaactcaagttgtgga
gcttctgcagcaaagcactttctgttcactgaatcatcttttctggcttc
aaagatcattttaaaaataacaatgattaatatgctcaagaaatagacaa
gagcagaacgctggacaccataataaatgtaagttctactactgaaaaat
acagcaacaaattaaaaagccagtaaatatgatgtagcagaaaatatttg
tggtggtttaaatcactccatgccagccacggtctctcttcctgctgctt
gcagattcagatgtagaactctcagatcttccagcaccatgtctgcctgc
atgccaccatgctccccaccacgatgacaatggactaaacctctaaagct
gtatgcaaatgctagttaaatgctttcctttataggagttgccaaggtca
tgatgtctcttcatagccaaagaacactgactgagacaaaatttggtacc
gggaatggaatatgactgtaaaaggcctaactgcttcttggaagatagac
tctgaaattttggattaggaaagcagtttgaatgtttttaagtggagtac
actaataagcttagtggatcatcctagtaggaacatgaaagacagtggtg
ctgagagcaaatgtagattatgacagaaaagtgaaaagcagcttcataag
ggacaaatgtggcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_23580793_23581951
seq2: B6Ng01-183C19.b_45_1217 (reverse)

seq1  ACACA-GCCTGT---GAG--TGCACT-CCAGAGGA---GGGTTTTGA-GT  39
      ||||| ||||||   |||   ||||| ||||||||   ||||||||| ||
seq2  ACACAGGCCTGTGGAGAGGTGGCACTCCCAGAGGAGAGGGGTTTTGAGGT  50

seq1  G--TCTTACCATT-AACTCCCTGCCCT-ATAGCTTTGAGACAGCCTCTC-  84
      |  |||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  GGTTCTTACCATTAAACTCCTGGCCCTAATAGCTTTGAGACAGCCTCTCA  100

seq1  ATTGAATCTGAAGCTAGATAACAACCAGCAAGCACCAACAAGCCTCCTGT  134
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGGAATCTGAAGCTAGATAACAACCAGCAAGCA-CAACAAGCCTCCTGT  149

seq1  CTCCCCCCTCTCCTCAGGACTGGGGCTACCCATTCATATGCAGCACAGTT  184
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCCTCT-CTCAGGACTGGGGCTACCCATTCATATGCAGCACAGTT  198

seq1  GGCCTCCTAATTAGGAGCCTGGGATTTGAACTCTTTTTTCCTGCTTGAAC  234
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCCTAATTAGGAGCCTGGGA-TTGAACTCTTTTTTCCTGCTTGAAC  247

seq1  AGCAAGTGCTCTTGCCCACTGGACCATCTTTCCAGTCCCCAGGCTACAAC  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTGCTCTTGCCCACTGGACCATCTTTCCAGTCCCCAGGCTACAAC  297

seq1  TTTAAAAACCTTCATAGCACACAAGTATGTTTATGCAGCCATCCAAATCC  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAACCTTCATAGCACACAAGTATGTTTATGCAGCCATCCAAATCC  347

seq1  ATCTTTCTGT-AAGATGTGACTCCAAGAGGTTTCCAGCATATGCAATTTT  383
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCTGTAAAGATGTGACTCCAAGAGGTTTCCAGCATATGCAATTTT  397

seq1  GCACTTTTAAGAGACATGGAAAAGCCAGTGAGGTGACTCATCAAGTTAAC  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTTAAGAGACATGGAAAAGCCAGTGAGGTGACTCATCAAGTTAAC  447

seq1  ACGAGTCCCCAAGTCCAAAGCTCCGAGCTCAGTTCCTTGGACCCACATGG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGTCCCCAAGTCCAAAGCTCCGAGCTCAGTTCCTTGGACCCACATGG  497

seq1  TGGAAAAGAGAGAACCAGTGCTCACAAATTGTCTTCTGACCTCAGCATGC  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAGAGAGAACCAGTGCTCACAAATTGTCTTCTGACCTCAGCATGC  547

seq1  ACACCATGGCATGCACAATGCCCATGCACACACAAATAAGAGTCATGGAC  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATGGCATGCACAATGCCCATGCACACACAAATAAGAGTCATGGAC  597

seq1  TCATAGGGCTTGAAGACACCTTCCTAGTCACGTAGAACAGGGCTCCCTAG  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGGCTTGAAGACACCTTCCTAGTCACGTAGAACAGGGCTCCCTAG  647

seq1  CTTTTCCTGGCATTGAATTTAAAGGATGATAGTTATGTGTACATTGTTGT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTGGCATTGAATTTAAAGGATGATAGTTATGTGTACATTGTTGT  697

seq1  GATTTATCACAGCCCTGGAGAGAACACCTCTCCAGGTGCAAACCCGTTCT  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATCACAGCCCTGGAGAGAACACCTCTCCAGGTGCAAACCCGTTCT  747

seq1  TACCTTTTGAGAATGACTGCAAGAAAGTCTGTGAGTTCCTGACCTTAGCA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTTGAGAATGACTGCAAGAAAGTCTGTGAGTTCCTGACCTTAGCA  797

seq1  CATAAAAAGTGACCTTCGATGGTCACTCTTTAAATGATTTGAAAATTCTC  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAAGTGACCTTCGATGGTCACTCTTTAAATGATTTGAAAATTCTC  847

seq1  AGTGTTCCTGTGTATGTGTGTGTTCTGTATTGGGGGAGGGAGCCCATGCC  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCCTGTGTATGTGTGTGTTCTGTATTGGGGGAGGGAGCCCATGCC  897

seq1  ACAGTGTGTGGAGGTCTGAGGACAACTGTAACATCAGTTTTCTCCTGCCT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGTGGAGGTCTGAGGACAACTGTAACATCAGTTTTCTCCTGCCT  947

seq1  TTATATAGGCTCCAGGGATCCATCCCACTTTGCCAGGCTTGCACAGTAAA  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAGGCTCCAGGGATCCATCCCACTTTGCCAGGCTTGCACAGTAAA  997

seq1  CGTTTACCCTCCAAGCCATCTGCCAATTGTTTTAAAATTCGTATGACATA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTACCCTCCAAGCCATCTGCCAATTGTTTTAAAATTCGTATGACATA  1047

seq1  CATTTATTTATTTATTCATCATGTATGAGTGTACATGTGTGCATGACATA  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTTATTTATTCATCATGTATGAGTGTACATGTGTGCATGACATA  1097

seq1  GTGCATATGTACTGGTCAGAAGGCAACTTCTGGGAGTTGGCTCTCTCCTA  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATATGTACTGGTCAGAAGGCAACTTCTGGGAGTTGGCTCTCTCCTA  1147

seq1  CCATGTGGGCCCTGGGGATTGAATTC  1159
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGGGCCCTGGGGATTGAATTC  1173

seq1: chr11_23445097_23445850
seq2: B6Ng01-183C19.g_66_820

seq1  GAATTCAATTCATGGAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCATGGAGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAG  50

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAGAGAGAGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAAGAGAGAGCG  100

seq1  CCACAGTGCTTGTATGGAGGCCAGAGGATAATTCTGTGGTGTCACTTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTGCTTGTATGGAGGCCAGAGGATAATTCTGTGGTGTCACTTCAC  150

seq1  TCCCTCAGCCTTTGCACGGGGACTTGGAAGGGTGGAACTCAAGTTGTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCAGCCTTTGCACGGGGACTTGGAAGGGTGGAACTCAAGTTGTGGA  200

seq1  GCTTCTGCAGCAAAGCACTTTCTGTTCACTGAATCATCTTTTCTGGCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGCAGCAAAGCACTTTCTGTTCACTGAATCATCTTTTCTGGCTTC  250

seq1  AAAGATCATTTTAAAAATAACAATGATTAATATGCTCAAGAAATAGACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCATTTTAAAAATAACAATGATTAATATGCTCAAGAAATAGACAA  300

seq1  GAGCAGAACGCTGGACACCATAATAAATGTAAGTTCTACTACTGAAAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAACGCTGGACACCATAATAAATGTAAGTTCTACTACTGAAAAAT  350

seq1  ACAGCAACAAATTAAAAAGCCAGTAAATATGATGTAGCAGAAAATATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAACAAATTAAAAAGCCAGTAAATATGATGTAGCAGAAAATATTTG  400

seq1  TGGTGGTTTAAATCACTCCATGCCAGCCACGGTCTCTCTTCCTGCTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTTTAAATCACTCCATGCCAGCCACGGTCTCTCTTCCTGCTGCTT  450

seq1  GCAGATTCAGATGTAGAACTCTCAGATCTTCCAGCACCATGTCTGCCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTCAGATGTAGAACTCTCAGATCTTCCAGCACCATGTCTGCCTGC  500

seq1  ATGCCACCATGCTCCCCACCACGATGACAATGGACTAAACCTCTAAAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACCATGCTCCCCACCACGATGACAATGGACTAAACCTCTAAAGCT  550

seq1  GTATGCAAATGCTAGTTAAATGCTTTCCTTTATAGGAGTTGCCAAGGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCAAATGCTAGTTAAATGCTTTCCTTTATAGGAGTTGCCAAGGTCA  600

seq1  TGATGTCTCTTCATAGCCAAAGAACACTGACTGAGACAAAATTTGGTACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTCTTCATAGCCAAAGAACACTGACTGAGACAAAATTTGGTACC  650

seq1  GGGAATGGAATATGACTGTAAAAGGCCTAACTGCTTCTTGGAAGATAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGGAATATGACTGTAAAAGGCCTAACTGCTTCTTGGAAGATAGAC  700

seq1  TCTGAAATTTTGGATTAGGAAAGCAG-TTGAATGTTTTTAAGTGGAGTAC  749
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATTTTGGATTAGGAAAGCAGTTTGAATGTTTTTAAGTGGAGTAC  750

seq1  ACTAA  754
      |||||
seq2  ACTAA  755