BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184A18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 112,236,537 - 112,407,601
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668396, EG667038
Upstream geneLOC100041559, EG629966, LOC629967, LOC100041589, LOC100043020
Downstream geneLOC100041610, LOC671963, LOC667047, BC006965, Sox9, 2610035D17Rik, Slc39a11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184A18.bB6Ng01-184A18.g
ACCGA009521GA009522
length5331,107
definitionB6Ng01-184A18.b B6Ng01-184A18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,407,063 - 112,407,601)(112,236,537 - 112,237,649)
sequence
ctgtctgcacagagaacccaggaagtcaggagaaaagagtgagaccatca
gaccctccagcctttacacatgcttgtccattggtgatttcatatgtcac
tgggagtagcccttgaaagctcgcctaacaatgctgaagcccaaaccaca
ctctcagcaaagtcaccctttactctggctccggtgtccagtgcatggcg
gtctccaggaagttttgttcattttcaaggcatattttagagcacagtca
tgtgttttcatattcctgcatccttattgcttcagtggcaatcagtggca
agcaagcttaacttcttagttcttgcatcaaataaaaaaaaatctgagtt
actgcttgtgtattcaatccagcattcagcagtttccccctagattgccc
tagtgacctcttctgcttccagctggtagcttggagcattcattaagcta
cttaggatagctctcttgaatacttgcagatgggctgagatctaagtcag
aaaaaacaaatccaaaccctcagtggtgtgtgt

gaattccagcatgtcagacacgaatttctaattacaagagaactgacata
tatcgttagacattctgaacaggagaaagagtgatggctcagcagttcag
agccttttttactttcctagagcactcatatggtggcttgaagccatcca
tacctccaactccagggtatcagacaacttttccagcttctgtggcactg
catgtacgtgtgcacatacctgcatgcaggcaaaacactcatatgcacaa
aataaacataaatacagctttaaaaacttatggtaaagaacttctgagca
aagagaatatttgaacattgaatcagttatgcaaagggatctcacgtcac
ttcggcacctgtaatttgtcattattattaagccatgaaacaagaaggtg
agccaggcagtatgtgttctcctgcggtaagtttatgttggaatgagata
ctaggccaccagagccgctaaaatattttttaatgaattcataaagaaaa
tccagacacttaaaaataacaaggcctacaacagtgagttccaacagggt
ttgctgaagggcgatcaatatttttccttgagactttcttcccctcattt
tctcttgcaagcacagacattaagaggtgaagagatcattagttgcatct
taaatactaatgagttcaaagccagatgttttaaatttaaggcttcaatt
tctgatagaacaaccttcccaaccaggcaaccgtacctccgaacttccag
ggtttgaaacagcaggtgttatttttcatacgttccctaagtagataaaa
tgacacatggacacaaaaatgtcatcatggagttaaaagtgatcacagtt
ctgaataaattacaaaaacataaaaggatcgcactcccaagtcttagatt
ttatgggaaatgcatagcacagtatcaacagccctccaagaaatgctaat
cagtatagcttcactaacatttatagagcagtgaattaatattggtgatt
aattctaaaaatatataggcccttcattacttcactacgaactgtacaat
ttataccaccaacacacagtacatcaaccttaaaacagccccatgaaaag
gtcttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_112407063_112407601
seq2: B6Ng01-184A18.b_44_582 (reverse)

seq1  ACACACACCACTGAGGGTTTGGATTTGTTTTTTCTGACTTAGATCTCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACCACTGAGGGTTTGGATTTGTTTTTTCTGACTTAGATCTCAGC  50

seq1  CCATCTGCAAGTATTCAAGAGAGCTATCCTAAGTAGCTTAATGAATGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGCAAGTATTCAAGAGAGCTATCCTAAGTAGCTTAATGAATGCTC  100

seq1  CAAGCTACCAGCTGGAAGCAGAAGAGGTCACTAGGGCAATCTAGGGGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTACCAGCTGGAAGCAGAAGAGGTCACTAGGGCAATCTAGGGGGAA  150

seq1  ACTGCTGAATGCTGGATTGAATACACAAGCAGTAACTCAGATTTTTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGAATGCTGGATTGAATACACAAGCAGTAACTCAGATTTTTTTTT  200

seq1  ATTTGATGCAAGAACTAAGAAGTTAAGCTTGCTTGCCACTGATTGCCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATGCAAGAACTAAGAAGTTAAGCTTGCTTGCCACTGATTGCCACT  250

seq1  GAAGCAATAAGGATGCAGGAATATGAAAACACATGACTGTGCTCTAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAATAAGGATGCAGGAATATGAAAACACATGACTGTGCTCTAAAAT  300

seq1  ATGCCTTGAAAATGAACAAAACTTCCTGGAGACCGCCATGCACTGGACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTGAAAATGAACAAAACTTCCTGGAGACCGCCATGCACTGGACAC  350

seq1  CGGAGCCAGAGTAAAGGGTGACTTTGCTGAGAGTGTGGTTTGGGCTTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGCCAGAGTAAAGGGTGACTTTGCTGAGAGTGTGGTTTGGGCTTCAG  400

seq1  CATTGTTAGGCGAGCTTTCAAGGGCTACTCCCAGTGACATATGAAATCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTAGGCGAGCTTTCAAGGGCTACTCCCAGTGACATATGAAATCAC  450

seq1  CAATGGACAAGCATGTGTAAAGGCTGGAGGGTCTGATGGTCTCACTCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGACAAGCATGTGTAAAGGCTGGAGGGTCTGATGGTCTCACTCTTT  500

seq1  TCTCCTGACTTCCTGGGTTCTCTGTGCAGACAGGAATTC  539
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGACTTCCTGGGTTCTCTGTGCAGACAGGAATTC  539


seq1: chr11_112236537_112237649
seq2: B6Ng01-184A18.g_67_1173

seq1  GAATTCCAGCATGTCAGACACGAATTTCTAATTACAAGAGAACTGACATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCATGTCAGACACGAATTTCTAATTACAAGAGAACTGACATA  50

seq1  TATCGTTAGACATTCTGAACAGGAGAAAGAGTGATGGCTCAGCAGTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTTAGACATTCTGAACAGGAGAAAGAGTGATGGCTCAGCAGTTCAG  100

seq1  AGCCTTTTTTACTTTCCTAGAGCACTCATATGGTGGCTTGAAGCCATCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTTTTACTTTCCTAGAGCACTCATATGGTGGCTTGAAGCCATCCA  150

seq1  TACCTCCAACTCCAGGGTATCAGACAACTTTTCCAGCTTCTGTGGCACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCAACTCCAGGGTATCAGACAACTTTTCCAGCTTCTGTGGCACTG  200

seq1  CATGTACGTGTGCACATACCTGCATGCAGGCAAAACACTCATATGCACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACGTGTGCACATACCTGCATGCAGGCAAAACACTCATATGCACAA  250

seq1  AATAAACATAAATACAGCTTTAAAAACTTATGGTAAAGAACTTCTGAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACATAAATACAGCTTTAAAAACTTATGGTAAAGAACTTCTGAGCA  300

seq1  AAGAGAATATTTGAACATTGAATCAGTTATGCAAAGGGATCTCACGTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAATATTTGAACATTGAATCAGTTATGCAAAGGGATCTCACGTCAC  350

seq1  TTCGGCACCTGTAATTTGTCATTATTATTAAGCCATGAAACAAGAAGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGCACCTGTAATTTGTCATTATTATTAAGCCATGAAACAAGAAGGTG  400

seq1  AGCCAGGCAGTATGTGTTCTCCTGCGGTAAGTTTATGTTGGAATGAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGCAGTATGTGTTCTCCTGCGGTAAGTTTATGTTGGAATGAGATA  450

seq1  CTAGGCCACCAGAGCCGCTAAAATATTTTTTAATGAATTCATAAAGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCACCAGAGCCGCTAAAATATTTTTTAATGAATTCATAAAGAAAA  500

seq1  TCCAGACACTTAAAAATAACAAGGCCTACAACAGTGAGTTCCAACAGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACACTTAAAAATAACAAGGCCTACAACAGTGAGTTCCAACAGGGT  550

seq1  TTGCTGAAGGGCGATCAATATTTTTCCTTGAGACTTTCTTCCCCTCATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAAGGGCGATCAATATTTTTCCTTGAGACTTTCTTCCCCTCATTT  600

seq1  TCTCTTGCAAGCACAGACATTAAGAGGTGAAGAGATCATTAGTTGCATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGCAAGCACAGACATTAAGAGGTGAAGAGATCATTAGTTGCATCT  650

seq1  TAAATACTAATGAGTTCAAAGCCAGATGTTTTAAATTTAAGGCTTCAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACTAATGAGTTCAAAGCCAGATGTTTTAAATTTAAGGCTTCAATT  700

seq1  TCTGATAGAACAACCTTCCCAACCAGGCAACCGTACCTCCGAACTTCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATAGAACAACCTTCCCAACCAGGCAACCGTACCTCCGAACTTCCAG  750

seq1  GGTTTGAAACAGCAGGTGTTATTTTTCATACGTTCCCTAAGTAGATAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGAAACAGCAGGTGTTATTTTTCATACGTTCCCTAAGTAGATAAAA  800

seq1  TGACACATGGACACAAAAATGTCATCATGGAGTTAAAAGTGATCACAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACATGGACACAAAAATGTCATCATGGAGTTAAAAGTGATCACAGTT  850

seq1  CTGAATAAATTACAAAAACATAAAAGGATCGCACTCCCAAGTCTTAGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATAAATTACAAAAACATAAAAGGATCGCACTCCCAAGTCTTAGATT  900

seq1  TTAT-GGAAATGCATAGCACAGTATCAAACAGCCCTCCAAGAAATGCTAA  949
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGAAATGCATAGCACAGTATC-AACAGCCCTCCAAGAAATGCTAA  949

seq1  TCAGTATAGCTTCAACTAACATTTATAGAGCAGTGAATTAATA-TGGTGA  998
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCAGTATAGCTTC-ACTAACATTTATAGAGCAGTGAATTAATATTGGTGA  998

seq1  TTAATTCTAAAATATTAATA-GCCCTTCATTTACTTTCACTACGAACTGG  1047
      |||||||||||| ||  ||| |||||||| |||| |||||||||||||| 
seq2  TTAATTCTAAAA-ATATATAGGCCCTTCA-TTAC-TTCACTACGAACTG-  1044

seq1  TTACAATTTAATACACC-ACACACAGTACATTCAACCCTTAAAACAGCCC  1096
       |||||||||   |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  -TACAATTTATACCACCAACACACAGTACA-TCAA-CCTTAAAACAGCCC  1091

seq1  CATGGAAAAAGTCTTAT  1113
      ||| ||||| |||||||
seq2  CAT-GAAAAGGTCTTAT  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |