BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193E08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 81,072,489 - 81,296,950
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAccn1
Upstream geneRhot1, Rhbdl3, 5730455P16Rik, Zfp207, LOC100043601, LOC100042726, Psmd11, Cdk5r1, Myo1d, Tmem98, Spaca3
Downstream gene1700071K01Rik, 5530401A14Rik, Ccl2, Ccl7, Ccl11, Ccl12, Ccl8, Ccl1, Tmem132e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193E08.bB6Ng01-193E08.g
ACCGA016291GA016292
length9221,029
definitionB6Ng01-193E08.b B6Ng01-193E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,296,030 - 81,296,950)(81,072,489 - 81,073,523)
sequence
gaattccactcggtcctttaaggcccagcccagatgttgactgaatgtca
gtaagctttcaaactctctcctccattctcccatcacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacaccaccttcaacaaaagtcat
tttctaacaacccttgaatctcagatgcctagtgctatgtcaagcaccta
gtaggaccatgcaaagcacatataggaggaaagaaggaatgaaggaaaga
agggaagatgaaatagaaaggaagaaggaagatgggggaagagtcataca
gaaataatagaatttaagacaatgcaattagtgagcatgacgctgacagc
caacatttattgagatacttggcagtctatgctctgttctgggtgtttaa
tgtgtatcatctcatttaatgcttgcaataaccctgaggtaagtactatt
atcaccccaattaagcagattaaatttctctttcaaagctacacagctaa
ttaaaagatttttagtagaagatttagaagataaatctaaaagatttaga
aggaatgttttagtagaagatctaattagtggaagattagtagaaaataa
ttaaaagtttgaaccccagcaatttggaagcagagcttttccaagacctg
tatgtctgtgctgtttagactacagagacaggaacaagtgctctggtcct
aaggtgcagctttgccaggtcttactcacttagctttgcacatcagtgtc
agctggtttagctggataatcttctgcttccccatctaaactgtggtatc
aatcctatctacccttgaagggttgtagaaaggatgatacatctatcata
atgagctgccaagtaccagcctctgcttggaagaggggttgagggagggg
tgtctgggaacagcaaaacaaa
gaattccatcacatgtgaaaaattgcaggacaggctttctgtcaatatgt
cagcagagaaaggcaacatgaagaagctatcatgctagctcccacgaatg
aagctgactaggtaattaatgatggctcccccaggaccaagatacctaac
cattcattaaatctgtcagtagaagatctggtgagaggtcttgaaagaat
gtgccacaatatccccaacaaagactgggacatgcgtatgttctcttctt
tgcttcctccagctgattccttctcttaagaatatacaactctgttgttc
tgtttatgttcatacagtttatattatatgtgctgcataacaaacattcc
ccaaagtcagtgatgtaaaatgcaagggattagcaaggggaaaagtatct
taagacacagttggtgtagctgtgaaagaacacactgaaaactgtctcag
cataagctgcaaactggtttacagtggaaattgtcatggtgattcctcaa
cacactagaggtggaactacagtatgaccaagctctaacaattctggaca
taaaaccaaaggaggaaacattgtcttatgatagagacccatgtcttttg
tggcactcttcacaatatctaaagtatggaatcaccttaggtatccatca
gtggatgaataggtaaagaaattatggtatgtttatacaatagagtatta
ttcagacacaaataagaagaaaattatcatctgtgataatgtgaatggga
ctagaaaacaagttaagtgaagtaaattaatctcataaagccaagttgca
tgtgcttcaggaacttcctaagattgtatgttctgtttacttcatgaatg
tagtgggtcggcctaaggctgcttgtattctaatgctaatttgagggccc
caaaactgattggcccaaagagagttctgcatgagacactgagtgacctg
cccccaggtaattgtgattggttaaataaagatgcaccgcaaatatcttg
gcagaagagacaagttgggttgagtttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_81296030_81296950
seq2: B6Ng01-193E08.b_47_968 (reverse)

seq1  TTTGTTTTGCTGCTCCCAGACACCCCTTCCTCAACCCCTC-TCCAAGCAG  49
      |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  TTTGTTTTGCTGTTCCCAGACACCCCTCCCTCAACCCCTCTTCCAAGCAG  50

seq1  AGGCTGGTACTTGGCAGCTCATTATGATAGATGTATCATCCTTTCTACAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGTACTTGGCAGCTCATTATGATAGATGTATCATCCTTTCTACAA  100

seq1  CCCTTCAA-GGTAGATAGGATTGATACCACAGTTTAGATGGGGAAGCAGA  148
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAAGGGTAGATAGGATTGATACCACAGTTTAGATGGGGAAGCAGA  150

seq1  AGATTATCCAGCTAAACCAGCTGACACCTGATGTGCAAAGCTAAGTGAGT  198
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATCCAGCTAAACCAGCTGACA-CTGATGTGCAAAGCTAAGTGAGT  199

seq1  AAGACCTGGCAAAGCTGCACCTTAGGACCAGAGCACTTGTTCCTGTCTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTGGCAAAGCTGCACCTTAGGACCAGAGCACTTGTTCCTGTCTCT  249

seq1  GTAGTCTAAACAGCACAGACATACAGGTCTTGGAAAAGCTCTGCTTCCAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCTAAACAGCACAGACATACAGGTCTTGGAAAAGCTCTGCTTCCAA  299

seq1  ATTGCTGGGGTTCAAACTTTTAATTATTTTCTACTAATCTTCCACTAATT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGGGGTTCAAACTTTTAATTATTTTCTACTAATCTTCCACTAATT  349

seq1  AGATCTTCTACTAAAACATTCCTTCTAAATCTTTTAGATTTATCTTCTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTCTACTAAAACATTCCTTCTAAATCTTTTAGATTTATCTTCTAA  399

seq1  ATCTTCTACTAAAAATCTTTTAATTAGCTGTGTAGCTTTGAAAGAGAAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTACTAAAAATCTTTTAATTAGCTGTGTAGCTTTGAAAGAGAAAT  449

seq1  TTAATCTGCTTAATTGGGGTGATAATAGTACTTACCTCAGGGTTATTGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTGCTTAATTGGGGTGATAATAGTACTTACCTCAGGGTTATTGCA  499

seq1  AGCATTAAATGAGATGATACACATTAAACACCCAGAACAGAGCATAGACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTAAATGAGATGATACACATTAAACACCCAGAACAGAGCATAGACT  549

seq1  GCCAAGTATCTCAATAAATGTTGGCTGTCAGCGTCATGCTCACTAATTGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGTATCTCAATAAATGTTGGCTGTCAGCGTCATGCTCACTAATTGC  599

seq1  ATTGTCTTAAATTCTATTATTTCTGTATGACTCTTCCCCCATCTTCCTTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTTAAATTCTATTATTTCTGTATGACTCTTCCCCCATCTTCCTTC  649

seq1  TTCCTTTCTATTTCATCTTCCCTTCTTTCCTTCATTCCTTCTTTCCTCCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCTATTTCATCTTCCCTTCTTTCCTTCATTCCTTCTTTCCTCCT  699

seq1  ATATGTGCTTTGCATGGTCCTACTAGGTGCTTGACATAGCACTAGGCATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGCTTTGCATGGTCCTACTAGGTGCTTGACATAGCACTAGGCATC  749

seq1  TGAGATTCAAGGGTTGTTAGAAAATGACTTTTGTTGAAGGTGGTGTGTGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTCAAGGGTTGTTAGAAAATGACTTTTGTTGAAGGTGGTGTGTGT  799

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATGGGAGAATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATGGGAGAATG  849

seq1  GAGGAGAGAGTTTGAAAGCTTACTGACATTCAGTCAACATCTGGGCTGGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGAGTTTGAAAGCTTACTGACATTCAGTCAACATCTGGGCTGGG  899

seq1  CCTTAAAGGACCGAGTGGAATTC  921
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAGGACCGAGTGGAATTC  922

seq1: chr11_81072489_81073523
seq2: B6Ng01-193E08.g_64_1092

seq1  GAATTCCATCACATGTGAAAAATTGCAGGACAGGCTTTCTGTCAATATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCACATGTGAAAAATTGCAGGACAGGCTTTCTGTCAATATGT  50

seq1  CAGCAGAGAAAGGCAACATGAAGAAGCTATCATGCTAGCTCCCACGAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAGAAAGGCAACATGAAGAAGCTATCATGCTAGCTCCCACGAATG  100

seq1  AAGCTGACTAGGTAATTAATGATGGCTCCCCCAGGACCAAGATACCTAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGACTAGGTAATTAATGATGGCTCCCCCAGGACCAAGATACCTAAC  150

seq1  CATTCATTAAATCTGTCAGTAGAAGATCTGGTGAGAGGTCTTGAAAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATTAAATCTGTCAGTAGAAGATCTGGTGAGAGGTCTTGAAAGAAT  200

seq1  GTGCCACAATATCCCCAACAAAGACTGGGACATGCGTATGTTCTCTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACAATATCCCCAACAAAGACTGGGACATGCGTATGTTCTCTTCTT  250

seq1  TGCTTCCTCCAGCTGATTCCTTCTCTTAAGAATATACAACTCTGTTGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCTCCAGCTGATTCCTTCTCTTAAGAATATACAACTCTGTTGTTC  300

seq1  TGTTTATGTTCATACAGTTTATATTATATGTGCTGCATAACAAACATTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGTTCATACAGTTTATATTATATGTGCTGCATAACAAACATTCC  350

seq1  CCAAAGTCAGTGATGTAAAATGCAAGGGATTAGCAAGGGGAAAAGTATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTCAGTGATGTAAAATGCAAGGGATTAGCAAGGGGAAAAGTATCT  400

seq1  TAAGACACAGTTGGTGTAGCTGTGAAAGAACACACTGAAAACTGTCTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACACAGTTGGTGTAGCTGTGAAAGAACACACTGAAAACTGTCTCAG  450

seq1  CATAAGCTGCAAACTGGTTTACAGTGGAAATTGTCATGGTGATTCCTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGCTGCAAACTGGTTTACAGTGGAAATTGTCATGGTGATTCCTCAA  500

seq1  CACACTAGAGGTGGAACTACAGTATGACCAAGCTCTAACAATTCTGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTAGAGGTGGAACTACAGTATGACCAAGCTCTAACAATTCTGGACA  550

seq1  TAAAACCAAAGGAGGAAACATTGTCTTATGATAGAGACCCATGTCTTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCAAAGGAGGAAACATTGTCTTATGATAGAGACCCATGTCTTTTG  600

seq1  TGGCACTCTTCACAATATCTAAAGTATGGAATCACCTTAGGTATCCATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTCTTCACAATATCTAAAGTATGGAATCACCTTAGGTATCCATCA  650

seq1  GTGGATGAATAGGTAAAGAAATTATGGTATGTTTATACAATAGAGTATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGAATAGGTAAAGAAATTATGGTATGTTTATACAATAGAGTATTA  700

seq1  TTCAGACACAAATAAGAAGAAAATTATCATCTGTGATAATGTGAATGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACACAAATAAGAAGAAAATTATCATCTGTGATAATGTGAATGGGA  750

seq1  CTAGAAAACAAGTTAAGTGAAGTAAATTAATCTCATAAAGCCAAGTTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAACAAGTTAAGTGAAGTAAATTAATCTCATAAAGCCAAGTTGCA  800

seq1  TGTGCTTCAGGAACTTCCTAAGATTGTATGTTCTGTTTACTTCATGAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTCAGGAACTTCCTAAGATTGTATGTTCTGTTTACTTCATGAATG  850

seq1  TAGTGGGTCGGCCTAAGGCTGCTTGTATTCTAATGCTAATTTGAGGGCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGTCGGCCTAAGGCTGCTTGTATTCTAATGCTAATTTGAGGGCCC  900

seq1  CAAAACTGATTGGCCCAAAGAGAG-TCTGCATGGAAGACACTGAGTGACC  949
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |
seq2  CAAAACTGATTGGCCCAAAGAGAGTTCTGCATG--AGACACTGAGTGA-C  947

seq1  CTGCCCCCAGGTAATTGTGATTGG-TAAATAAAGATGCCAACCGCCAATA  998
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||
seq2  CTGCCCCCAGGTAATTGTGATTGGTTAAATAAAGATGC--ACCGCAAATA  995

seq1  TCTGGGCAGAAGAGACATAGGTGGGGTTGAGGTTTCC  1035
      ||| ||||||||||||  | || ||||||| ||||||
seq2  TCTTGGCAGAAGAGAC--AAGTTGGGTTGA-GTTTCC  1029