BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209G23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 112,326,621 - 112,431,815
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667038
Upstream geneLOC100041559, EG629966, LOC629967, LOC100041589, LOC100043020, EG668396
Downstream geneLOC100041610, LOC671963, LOC667047, BC006965, Sox9, 2610035D17Rik, Slc39a11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209G23.bB6Ng01-209G23.g
ACCGA028052GA028053
length8951,156
definitionB6Ng01-209G23.b B6Ng01-209G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,430,786 - 112,431,815)(112,326,621 - 112,327,781)
sequence
gaattctatatgcaacgtatcatttcagtttaatgcatgctatgtaactc
catcaagtgtaaacaatcatatgataggttggaagaaagaaattctatgg
gaaaatatgtatgatcatgcatagagtttaagaatgctgtgggtagtata
gaatgtcactgaatttaaaaagaaaaaaaaaagtccatgcaggaagtgaa
gttgatatggagaagttggaatctgagtaattcgtgaaggagttggggaa
ggtagccttggggctgcaggcaagagcactccaggcaggaagtagtcaag
agaagtctgaagcagacaggaatgaactgcgaatatggaagattagaggt
caggtgtccagtgacatggtcaatggctgttcatactcttgtcagagtga
gaaccccccagtgcactcatgtttatgtctcaatacatttaagctgatga
tcccaacattttggctcctaaaacaaccctggaaggttgggaggagctgg
tagaattcttcctggtttattggtggtgaaatagagtctcaagactttat
gtggctcacctaaggtcacagcacagcgtctgggagtcaatgtgtttgac
ttagaacaacacctctctgttggaccgtggggcctctttggcaggggaca
gtaaataaagttctgagacaaagagtgggaggacttgtgaaaaggtattc
ctgtgacatcaagactccaggaaatgccatccccaccccattcagtgctc
actgaatgagctacgtgaaacttcgtgaaactgctgacaccatacttagg
aacctgaagtttgctgctggcgtcccaagtgggaacattcatccctccca
gcagatgttctattttcctggtgttgatgggtggtgggaaggatg

gaattcaaacagggatctggagcagaaaccatggaggaactctgacttgt
ttgccgactgactcacactaaaactagctttcttcctatctcccctgctc
agtgggctgggccttctaatatcactcagcaatcaatataatgccccaga
gacatgcccagttacctgtctgatttaggcagtccatcagttgagcctcc
cttttcagatgactctaggtcatgtcaaggtgacagttacagctacctgg
gagctacatttcccttatgttctacagtagagccctgaacatgctgagtc
tgtgcagtgtttctctggcacttcttaatgtttgtgatttgtgggaatat
catgtggttgtctggacatggctgatgtgtggaaccatgtaccatctgcc
acatggctcattagaaacctatctgccctcactcttatcattgtgtgctt
cagttctttacctggttttccccccacctccagcttcttttagctggaag
ccatgagctgctcctccctgactctctgcattccacaccccaccgaagtc
acacaatactttgaaaaggttcattctctaccaagctcaatcacttctac
ttgttctcgtcgccgtttgtcaatcttaagtctttgggttaaaggcagct
taatcagaagagtgcaagcatgaggtcctgagtttcttccccagcacaca
cttgaaaacaacaacacaaacagcagcagcagcagcagcagccgccacaa
tgatggtttaactagtaaattctaaactggagaggcagacacagagagat
ccctgggggattgctggacacccaggctagcctataatcgatgagcttaa
gaccaatggaagaccctgtctcaaaacatgtgatagacagctcctgagga
atgatacccgaggttgatctccagcctctacatgcatgcatatgctaatg
cacagaagtacaccatgcagccccacaaatatacatatgacacttcacac
acacacacaccccacatattatatatattacagaatatttcagatagtcc
ctcattagaagataataagtaatttgtattatcatgaatgaataggcagc
tctgaatgccaataaccaactcctcctctacgtatccagttaacaacttg
gcaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_112430786_112431815
seq2: B6Ng01-209G23.b_45_939 (reverse)

seq1  CATCCTTCAGGATTCGGAGACAAGATCAGACCTGTTCCTCAGGCAAAGAT  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AGATTGGCCACTTTGGTGTCTGAATTAGTGTTCACCCCATGTTGAAGAAA  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACACCATGTCCGGGGAATGAGAGAGAGAACCATATTCATGCCTCCCACCA  150
                                          ||| | ||||||||
seq2  ------------------------------------CATCCTTCCCACCA  14

seq1  CCCATCAACACCAGGAAAATAGAACATCTGCTGGGAGGGATGAATGTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCAACACCAGGAAAATAGAACATCTGCTGGGAGGGATGAATGTTCC  64

seq1  CACTTGGGACGCCAGCAGCAAACTTCAGGTTCCTAAGTATGGTGTCAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGGACGCCAGCAGCAAACTTCAGGTTCCTAAGTATGGTGTCAGCA  114

seq1  GTTTCACGAAGTTTCACGTAGCTCATTCAGTGAGCACTGAATGGGGTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACGAAGTTTCACGTAGCTCATTCAGTGAGCACTGAATGGGGTGGG  164

seq1  GATGGCATTTCCTGGAGTCTTGATGTCACAGGAATACCTTTTCACAAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCATTTCCTGGAGTCTTGATGTCACAGGAATACCTTTTCACAAGTC  214

seq1  CTCCCACTCTTTGTCTCAGAACTTTA-TTACTGTCCCCTGCCAAAGAGGC  399
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACTCTTTGTCTCAGAACTTTATTTACTGTCCCCTGCCAAAGAGGC  264

seq1  CCCACGGTCCAACAGAGAGGTGTTGTTCTAAGTCAAACACATTGACTCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACGGTCCAACAGAGAGGTGTTGTTCTAAGTCAAACACATTGACTCCC  314

seq1  AGACGCTGTGCTGTGACCTTAGGTGAGCCACATAAAGTCTTGAGACTCTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGCTGTGCTGTGACCTTAGGTGAGCCACATAAAGTCTTGAGACTCTA  364

seq1  TTTCACCACCAATAAACCAGGAAGAATTCTACCAGCTCCTCCCAACCTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCACCAATAAACCAGGAAGAATTCTACCAGCTCCTCCCAACCTTC  414

seq1  CAGGGTTGTTTTAGGAGCCAAAATGTTGGGATCATCAGCTTAAATGTATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTGTTTTAGGAGCCAAAATGTTGGGATCATCAGCTTAAATGTATT  464

seq1  GAGACATAAACATGAGTGCACTGGGGGGTTCTCACTCTGACAAGAGTATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATAAACATGAGTGCACTGGGGGGTTCTCACTCTGACAAGAGTATG  514

seq1  AACAGCCATTGACCATGTCACTGGACACCTGACCTCTAATCTTCCATATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCATTGACCATGTCACTGGACACCTGACCTCTAATCTTCCATATT  564

seq1  CGCAGTTCATTCCTGTCTGCTTCAGACTTCTCTTGACTACTTCCTGCCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGTTCATTCCTGTCTGCTTCAGACTTCTCTTGACTACTTCCTGCCTG  614

seq1  GAGTGCTCTTGCCTGCAGCCCCAAGGCTACCTTCCCCAACTCCTTCACGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTCTTGCCTGCAGCCCCAAGGCTACCTTCCCCAACTCCTTCACGA  664

seq1  ATTACTCAGATTCCAACTTCTCCATATCAACTTCACTTCCTGCATGGACT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTCAGATTCCAACTTCTCCATATCAACTTCACTTCCTGCATGGACT  714

seq1  TTTTTTTTTCTTTTTAAATTCAGTGACATTCTATACTACCCACAGCATTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCTTTTTAAATTCAGTGACATTCTATACTACCCACAGCATTC  764

seq1  TTAAACTCTATGCATGATCATACATATTTTCCCATAGAATTTCTTTCTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTCTATGCATGATCATACATATTTTCCCATAGAATTTCTTTCTTC  814

seq1  CAACCTATCATATGATTGTTTACACTTGATGGAGTTACATAGCATGCATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTATCATATGATTGTTTACACTTGATGGAGTTACATAGCATGCATT  864

seq1  AAACTGAAATGATACGTTGCATATAGAATTC  1030
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAAATGATACGTTGCATATAGAATTC  895


seq1: chr11_112326621_112327781
seq2: B6Ng01-209G23.g_65_1220

seq1  GAATTCAAACAGGGATCTGGAGCAGAAACCATGGAGGAACTCTGACTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACAGGGATCTGGAGCAGAAACCATGGAGGAACTCTGACTTGT  50

seq1  TTGCCGACTGACTCACACTAAAACTAGCTTTCTTCCTATCTCCCCTGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCGACTGACTCACACTAAAACTAGCTTTCTTCCTATCTCCCCTGCTC  100

seq1  AGTGGGCTGGGCCTTCTAATATCACTCAGCAATCAATATAATGCCCCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCTGGGCCTTCTAATATCACTCAGCAATCAATATAATGCCCCAGA  150

seq1  GACATGCCCAGTTACCTGTCTGATTTAGGCAGTCCATCAGTTGAGCCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCCCAGTTACCTGTCTGATTTAGGCAGTCCATCAGTTGAGCCTCC  200

seq1  CTTTTCAGATGACTCTAGGTCATGTCAAGGTGACAGTTACAGCTACCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGATGACTCTAGGTCATGTCAAGGTGACAGTTACAGCTACCTGG  250

seq1  GAGCTACATTTCCCTTATGTTCTACAGTAGAGCCCTGAACATGCTGAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACATTTCCCTTATGTTCTACAGTAGAGCCCTGAACATGCTGAGTC  300

seq1  TGTGCAGTGTTTCTCTGGCACTTCTTAATGTTTGTGATTTGTGGGAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGTGTTTCTCTGGCACTTCTTAATGTTTGTGATTTGTGGGAATAT  350

seq1  CATGTGGTTGTCTGGACATGGCTGATGTGTGGAACCATGTACCATCTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGTTGTCTGGACATGGCTGATGTGTGGAACCATGTACCATCTGCC  400

seq1  ACATGGCTCATTAGAAACCTATCTGCCCTCACTCTTATCATTGTGTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCTCATTAGAAACCTATCTGCCCTCACTCTTATCATTGTGTGCTT  450

seq1  CAGTTCTTTACCTGGTTTTCCCCCCACCTCCAGCTTCTTTTAGCTGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTTACCTGGTTTTCCCCCCACCTCCAGCTTCTTTTAGCTGGAAG  500

seq1  CCATGAGCTGCTCCTCCCTGACTCTCTGCATTCCACACCCCACCGAAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGCTGCTCCTCCCTGACTCTCTGCATTCCACACCCCACCGAAGTC  550

seq1  ACACAATACTTTGAAAAGGTTCATTCTCTACCAAGCTCAATCACTTCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATACTTTGAAAAGGTTCATTCTCTACCAAGCTCAATCACTTCTAC  600

seq1  TTGTTCTCGTCGCCGTTTGTCAATCTTAAGTCTTTGGGTTAAAGGCAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCGTCGCCGTTTGTCAATCTTAAGTCTTTGGGTTAAAGGCAGCT  650

seq1  TAATCAGAAGAGTGCAAGCATGAGGTCCTGAGTTTCTTCCCCAGCACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAGAAGAGTGCAAGCATGAGGTCCTGAGTTTCTTCCCCAGCACACA  700

seq1  CTTGAAAACAACAACACAAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCCACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAACAACAACACAAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCCACAA  750

seq1  TGATGGTTTAACTAGTAAATTCTAAACTGGAGAGGCAGACACAGAGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTTTAACTAGTAAATTCTAAACTGGAGAGGCAGACACAGAGAGAT  800

seq1  CCCT-GGGGATTGCTGGACACCCAGGCTAGCCTATAATCGATGAGCTTAA  849
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGGGATTGCTGGACACCCAGGCTAGCCTATAATCGATGAGCTTAA  850

seq1  GACCAATGGAAGACCCTGTCTCAAAACATGTGATAGACAGCTCCTGAGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATGGAAGACCCTGTCTCAAAACATGTGATAGACAGCTCCTGAGGA  900

seq1  ATGATACCCGAGGTTGATCTCCAGCCTCTACATGCATGCATATGCTAATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATACCCGAGGTTGATCTCCAGCCTCTACATGCATGCATATGCTAATG  950

seq1  CACAGAAGTACA-CATGCAGCCACACAAATATACATATGAACACACACAC  998
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||   |||
seq2  CACAGAAGTACACCATGCAGCCCCACAAATATACATATG-ACAC-TTCAC  998

seq1  ACACACACACACACACACATATATATATATATACAAGAAATATTTCAGAA  1048
      |||||||||||| | ||||||| |||||||||   || |||||||||| |
seq2  ACACACACACAC-CCCACATAT-TATATATATTACAG-AATATTTCAG-A  1044

seq1  TAGTCCCTCATTAGAAGATAATAAGTAATTTGTATTATTCATGATAGATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||  
seq2  TAGTCCCTCATTAGAAGATAATAAGTAATTTGTATTA-TCATGAATGAAT  1093

seq1  AGGCAGGCTCTG-ATG-CAATAACCCAACT-CTCCTCTAACGGTAT-CAA  1144
      ||||| |||||| ||| |||||| |||||| ||||||||   |||| || 
seq2  AGGCA-GCTCTGAATGCCAATAA-CCAACTCCTCCTCTA--CGTATCCAG  1139

seq1  TTAACAACTTGGCAAAA  1161
      |||||||||||||||||
seq2  TTAACAACTTGGCAAAA  1156


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |