BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222O02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 93,872,496 - 94,007,884
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpag9, LOC100039431, LOC100039440
Upstream geneLOC100039286, Car10, LOC629636, Utp18, Mbtd1, Nme2, Nme1
Downstream geneTob1, Wfikkn2, 3300001P08Rik, Ankrd40, Abcc3, Cacna1g, Spata20, Epn3, Mycbpap, Rsad1, BC018371, Chad, Lrrc59, Eme1, Mrpl27, Xylt2, OTTMUSG00000002038, Cdc34-ps, A430060F13Rik, Tmem92, LOC100039410, LOC544807, LOC544808, LOC665174, LOC432591, LOC100039739, Col1a1, Sgca, Hils1, Ppp1r9b, Samd14, Pdk2, Itga3, Dlx3, Dlx4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222O02.bB6Ng01-222O02.g
ACCGA037776GA037777
length1,104860
definitionB6Ng01-222O02.b B6Ng01-222O02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,006,780 - 94,007,884)(93,872,496 - 93,873,212)
sequence
gaattctggcaaacttcaggtgagcaggagaaattcaaggtatgagaaaa
gcagaagccagctcagctgtgagataggaaagggcccagccatcctgcca
aaaagatgtgaacattgggtagggcggcagacttgccagagcgggtgtgt
ggggcctccttgactgtgggcatcggcacacatgtgctcatgcctaggca
catacccacagagccacacacgtaagctcacacattagccagccagcaca
tctctgcaagagcatgcacacaacttgtgggagtctctcccagaatcctc
tcacccacgaaaacagaggagcttcgcacacgttctacatccacataaac
ccacgcaccatacacgctcacactcaaaacggcgaggaagccaagcacaa
agcagccaaatggacgcacggggccatgctttggagctcaagcaagcaca
gacaggtacactgcaacaccaacttgtgcacactggggctcctccagatg
cggagcaaggggacctgtgtgtggacactcagatgacacaggttcatcct
tacagcatgaatgaggccgtggaaatgggaccctggggtgggggtggaat
cttggtttctaggggagctgaaggccccaggaagcacgcggaccactttc
cagaggcacatattctttgcatatttttatccttggcactcaaatgtcac
acagcctccgggtagttttcgtgttgctaccgtgaaggaagacagagtgg
caggatttgaaagcagatggctcctaagtgcaaaacgtagggtacccttt
gtttgccctattacacacacacacacacactaacatattgggtcccctga
ggcctgcccaggtcaccagcagaacaggtatggtgcagcacctgccccgt
cttgtgcaaggccctgggtcccatcttatggaaatcagacacagtggcag
aaaaatagctgactgctcccagcccacaatctgcctgcctttctggggct
tagcttctcagagccctgtgtcaagggacatctttctgtgctgctgtgac
cattctgagtggcacttgcctttgtgtatgcacccaagtgtttttcccac
agtg
gaattctataacaagaattcatacagtagatattggtggcacagatcagg
ttgtggtagagagaatgaaaggtggtcagatatgagatagatttgctgat
agatgtgataagagccattagagaagagtcaaagttgattccaaagtttt
agacttggatacagtcatttagtgaaccagagacctggagaggatcaggt
ttcaacaagctcagtttaaggtgtttattagaatccaaattatgttgccc
agaaagtagactgtggacatgcaaatttgaagttcaggtttggactagag
atagaaaattggaagttgtcagcatagttattatctcaagtaatggaaat
agttgagttcataaagagtgaatgaggggtggggagatggctgcctggta
aagaggctgctgcatgagggtaaggatctgagtttgaatcctaggagccc
atgtaagacccaggtaaggagtacaggttggcaattccagtgttcctata
gtgagatgggttcccacacaggagactcactggagacttgtgggccagct
cgatggtcacaagcagtagtgaacaacaaaaagacatcctgacaatacct
gaagttgtcctctgacttacacaggtacacatgccctcacacgtgatgga
cacaaacacacacaagcacacccctacagagtgaacaaggaggaagccag
ttgctatggcattgaaatttttacctatttgtgggggaggctgaggcagg
gggattgtgagctttacgctactttgacaacatagtaaggtcttccttca
aaaaataatttaaagggctattaagatagctaagtgtgtatgggattggg
tggagggcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_94006780_94007884
seq2: B6Ng01-222O02.b_46_1149 (reverse)

seq1  CACTGTGG--AAAACAC-TGTGTGCATACAC-AAGGC-AGTGCCACTCAG  45
      ||||||||  ||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  CACTGTGGGAAAAACACTTGGGTGCATACACAAAGGCAAGTGCCACTCAG  50

seq1  AATGGGTCACAGCCAGGCACAGAAAGATGTCCCTGGACCACAGGGCTCTG  95
      ||| |||||||||   |||||||||||||||||| || ||||||||||||
seq2  AAT-GGTCACAGC--AGCACAGAAAGATGTCCCTTGA-CACAGGGCTCTG  96

seq1  AGAAGCTAAGCCCCAAGAAAGGGCAGGCAGATTGTGGGCTGGGAGCAGTC  145
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTAAGCCCC-AGAAA-GGCAGGCAGATTGTGGGCTGGGAGCAGTC  144

seq1  AGCTATTTTTCTGCCACTGTTGTCTGATTTCCATAAGATGGGACCCAGGG  195
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTTTTCTGCCACTG-TGTCTGATTTCCATAAGATGGGACCCAGGG  193

seq1  CCTTGCACAGGAC-GGGCAGGTGCTGCACCATACCTGTTCTGCTGGTGAC  244
      ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCACAAGACGGGGCAGGTGCTGCACCATACCTGTTCTGCTGGTGAC  243

seq1  CTGGGCAGGCCTCAGGGGACCCAATATGTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAGGCCTCAGGGGACCCAATATGTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  293

seq1  ATAGGGCAAACAAAGGGTACCCTACGTTTTGCACTTAGGAGCCATCTGCT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGCAAACAAAGGGTACCCTACGTTTTGCACTTAGGAGCCATCTGCT  343

seq1  TTCAAATCCTGCCACTCTGTCTTCCTTCACGGTAGCAACACGAAAACTAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATCCTGCCACTCTGTCTTCCTTCACGGTAGCAACACGAAAACTAC  393

seq1  CCGGAGGCTGTGTGACATTTGAGTGCCAAGGATAAAAATATGCAAAGAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGGCTGTGTGACATTTGAGTGCCAAGGATAAAAATATGCAAAGAAT  443

seq1  ATGTGCCTCTGGAAAGTGGTCCGCGTGCTTCCTGGGGCCTTCAGCTCCCC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCTCTGGAAAGTGGTCCGCGTGCTTCCTGGGGCCTTCAGCTCCCC  493

seq1  TAGAAACCAAGATTCCACCCCCACCCCAGGGTCCCATTTCCACGGCCTCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACCAAGATTCCACCCCCACCCCAGGGTCCCATTTCCACGGCCTCA  543

seq1  TTCATGCTGTAAGGATGAACCTGTGTCATCTGAGTGTCCACACACAGGTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCTGTAAGGATGAACCTGTGTCATCTGAGTGTCCACACACAGGTC  593

seq1  CCCTTGCTCCGCATCTGGAGGAGCCCCAGTGTGCACAAGTTGGTGTTGCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCTCCGCATCTGGAGGAGCCCCAGTGTGCACAAGTTGGTGTTGCA  643

seq1  GTGTACCTGTCTGTGCTTGCTTGAGCTCCAAAGCATGGCCCCGTGCGTCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACCTGTCTGTGCTTGCTTGAGCTCCAAAGCATGGCCCCGTGCGTCC  693

seq1  ATTTGGCTGCTTTGTGCTTGGCTTCCTCGCCGTTTTGAGTGTGAGCGTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCTGCTTTGTGCTTGGCTTCCTCGCCGTTTTGAGTGTGAGCGTGT  743

seq1  ATGGTGCGTGGGTTTATGTGGATGTAGAACGTGTGCGAAGCTCCTCTGTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGCGTGGGTTTATGTGGATGTAGAACGTGTGCGAAGCTCCTCTGTT  793

seq1  TTCGTGGGTGAGAGGATTCTGGGAGAGACTCCCACAAGTTGTGTGCATGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGGGTGAGAGGATTCTGGGAGAGACTCCCACAAGTTGTGTGCATGC  843

seq1  TCTTGCAGAGATGTGCTGGCTGGCTAATGTGTGAGCTTACGTGTGTGGCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAGAGATGTGCTGGCTGGCTAATGTGTGAGCTTACGTGTGTGGCT  893

seq1  CTGTGGGTATGTGCCTAGGCATGAGCACATGTGTGCCGATGCCCACAGTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGTATGTGCCTAGGCATGAGCACATGTGTGCCGATGCCCACAGTC  943

seq1  AAGGAGGCCCCACACACCCGCTCTGGCAAGTCTGCCGCCCTACCCAATGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGCCCCACACACCCGCTCTGGCAAGTCTGCCGCCCTACCCAATGT  993

seq1  TCACATCTTTTTGGCAGGATGGCTGGGCCCTTTCCTATCTCACAGCTGAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCTTTTTGGCAGGATGGCTGGGCCCTTTCCTATCTCACAGCTGAG  1043

seq1  CTGGCTTCTGCTTTTCTCATACCTTGAATTTCTCCTGCTCACCTGAAGTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTCTGCTTTTCTCATACCTTGAATTTCTCCTGCTCACCTGAAGTT  1093

seq1  TGCCAGAATTC  1105
      |||||||||||
seq2  TGCCAGAATTC  1104

seq1: chr11_93872496_93873212
seq2: B6Ng01-222O02.g_209_926

seq1  AAAGTTTTAGACTTGGATACAGTCATTTAGTGAACCAGAGACCTGGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTTAGACTTGGATACAGTCATTTAGTGAACCAGAGACCTGGAGAG  50

seq1  GATCAGGTTTCAACAAGCTCAGTTTAAGGTGTTTATTAGAATCCAAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGGTTTCAACAAGCTCAGTTTAAGGTGTTTATTAGAATCCAAATTA  100

seq1  TGTTGCCCAGAAAGTAGACTGTGGACATGCAAATTTGAAGTTCAGGTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCCAGAAAGTAGACTGTGGACATGCAAATTTGAAGTTCAGGTTTG  150

seq1  GACTAGAGATAGAAAATTGGAAGTTGTCAGCATAGTTATTATCTCAAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGAGATAGAAAATTGGAAGTTGTCAGCATAGTTATTATCTCAAGTA  200

seq1  ATGGAAATAGTTGAGTTCATAAAGAGTGAATGAGGGGTGGGGAGATGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAATAGTTGAGTTCATAAAGAGTGAATGAGGGGTGGGGAGATGGCT  250

seq1  GCCTGGTAAAGAGGCTGCTGCATGAGGGTAAGGATCTGAGTTTGAATCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTAAAGAGGCTGCTGCATGAGGGTAAGGATCTGAGTTTGAATCCT  300

seq1  AGGAGCCCATGTAAGACCCAGGTAAGGAGTACAGGTTGGCAATTCCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCCATGTAAGACCCAGGTAAGGAGTACAGGTTGGCAATTCCAGTG  350

seq1  TTCCTATAGTGAGATGGGTTCCCACACAGGAGACTCACTGGAGACTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATAGTGAGATGGGTTCCCACACAGGAGACTCACTGGAGACTTGTG  400

seq1  GGCCAGCTCGATGGTCACAAGCAGTAGTGAACAACAAAAAGACATCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCTCGATGGTCACAAGCAGTAGTGAACAACAAAAAGACATCCTGA  450

seq1  CAATACCTGAAGTTGTCCTCTGACTTACACAGGTACACATGCCCTCACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACCTGAAGTTGTCCTCTGACTTACACAGGTACACATGCCCTCACAC  500

seq1  GTGATGGACACAAACACACACAAGCACACCCCTACAGAGTGAACAAGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGACACAAACACACACAAGCACACCCCTACAGAGTGAACAAGGAG  550

seq1  GAAGCCAGTTGCTATGGCATTGAAA-TTTTACCTATTTGTGGGGGAGGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGTTGCTATGGCATTGAAATTTTTACCTATTTGTGGGGGAGGCT  600

seq1  GAGGCAGGGGGATTGTGAGCTTTACGCTACTTTGACAACATAGTAAGGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGGGGATTGTGAGCTTTACGCTACTTTGACAACATAGTAAGGTC  650

seq1  TTCCTTCAAAAAATAATTTAAAGGGCTATTAAGATAGCTAAGTGTGTATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCAAAAAATAATTTAAAGGGCTATTAAGATAGCTAAGTGTGTATG  700

seq1  GGATTGGGTGGAGGGCAG  717
      ||||||||||||||||||
seq2  GGATTGGGTGGAGGGCAG  718