BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223B09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 120,451,572 - 120,635,553
singlet/doubletdoublet
Overlap geneThoc4, Anapc11, Npb, Pcyt2, Sirt7, Mafg, Pycr1, 1110012N22Rik, 5730593N15Rik, Aspscr1, Stra13, Lrrc45, Rac3, Dcxr, Cbr2, Hmga1-rs1, LOC667778
Upstream gene4932417H02Rik, Chmp6, Baiap2, Aatk, Azi1, 2410002I01Rik, 1810043H04Rik, 1810073N04Rik, 2810410L24Rik, LOC100042332, LOC100043384, LOC100043389, Bahcc1, Actg1, Fscn2, 2310003H01Rik, Nploc4, Tspan10, Pde6g, 1810049H13Rik, 3110023B02Rik, 2600005N12Rik, Hgs, Mrpl12, Slc25a10, LOC667716, Gcgr, BC003940, Dysfip1, P4hb, Arhgdia, LOC100042371
Downstream geneRfng, Gps1, Dus1l, Fasn, Ccdc57, LOC100043454, Slc16a3, Csnk1d, Cd7, Sectm1b, Sectm1a, LOC637008, 4921530G04Rik, Tex19, Uts2r, 1110031I02Rik, Hexdc, BC017643, Narf, Foxk2, Wdr45l, Rab40b, BC032265, Fn3k, Tbcd, Zfp750, B3gntl1, Metrnl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223B09.bB6Ng01-223B09.g
ACCGA037927GA037928
length1,1411,132
definitionB6Ng01-223B09.b B6Ng01-223B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,451,572 - 120,452,707)(120,634,441 - 120,635,553)
sequence
gaattcttatgttatacacttgaggctcaagcttttgcccctatgttact
actacacacaaaactcgaagtcatcctctactatacatggagttcaaagc
cggcctggcctatgagtctctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatcaaaa
aacctaaaaccttggggagatgactctcagtgaagtgcatgcataccacg
caagtgtaaggacctgaatcaagggtcctcagcacacaagatggctcagg
aggtaactacacttgccaccaaacgtagagcaatgaatttaaacctggga
ccaagttttctctggggtccacacgcacacggtggcacatgtgtagcacc
tcctccaagtaagtgtaattttaaataaaagtcacacattcaggagacag
atgtataaagatctgtgaattccaggatgccaggaatacatactatgatt
atctttcaaaattaaaagacaggggggtatagagatggctcagtgagatt
atcttgaaaaagacccaggttcaggtcacagcacccacatcatggcagct
cacaaccatccataattctagttccagagaattttttttctgacatccac
gggtgccacatgtatgtatatgcatcctactttcatctttatgtaattaa
aaataaattcttagacaaaaaaagataggcatggtcactttttttatttt
tggagacaagtctttctatgtagcttggctgaccaggaactccctatgta
atacaggctggcttcaaatcatgcagccgcaccccctcttcctcccgagg
aagaaatcactggaatcacctagctttggacttcagcacccacggctgta
actccaattccaagaaacttgatatcttttttggcctcctgcacatgtat
tgatagacatacataaactcactggggctcagacacatgcatgcacacag
gtgcataggcactcacaatattcacatacatgcacatcaacacacattca
tgtaaatgatatccattgtgataatcagttttcattaccatgaacaaata
atatctgagataatcacttttacaggataaaacatctcattgtctaaagt
tctacacctaagaggctgagccaggggattgttgtccaagt
gaattcacctggtagaccagactggcctcaaactcacagagatccacctg
cctctgcctcccaagtgctgtgattaaggacgagggacacgtccaagaga
ccacgccccgtgagatttagttttgtttttttggtgtgggtaagtttgct
ctgtacatcatagaatgcagtgactgcagaggctagaaggcatcagatcc
cctgggactggagttacagatggttgtagcatctgtagcacgcgggtact
agaaatttaacttaagtcttctgcaaagagcagtcagtgcttttaaccac
tgagtcatctctccagcccctggcagagaaagttgaaattttgtagggac
catgacctgtttttaatttctttgttgtatgggcttttcaaactatttta
ggtttaggtcatttgtttttagacaggaaatttggaatccaaaaagtaag
aaagctcaaggtaccttaaggggctaggtgttgtgcgatctctgtgttaa
tctaagagccctgggaattactggatgtgctatcatggtgcccccaaggg
agagtcccagctgactggtcctctatgaacctctgactcagtagacagtc
atgggagtgagttaagtgtgctgtatggtgtgtcaaggacccagcctcag
cccatggaagcagcaagaccttgtctgagagactgcaaagccttcttctg
gcctgattgggaatgttgacagtgtttacaaagtgttcattgtagctgtc
tgcacctttgtgtgaccaccttaacatggctctcctacagagattagcta
aactgcctccttgttcagctggatacaataaccagcctctcttgttggag
tcctatgtaacaagcgcactgagctgctgctgagctgtggcttctttcac
caggctcctgacccagcttttcctgtttgcacaacatttgtcatttcttc
attttcttactgcccctaggcagcattcaaggatcccaagcctgtgcaag
ggacacagcatagacaaagggatataatttacctaagcgtggacttcttg
aaattgtcatttacccattcccatgtacatgggcatagcctgtctgttag
atcccatatcttgggaagtgactgtctgttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_120451572_120452707
seq2: B6Ng01-223B09.b_42_1182

seq1  GAATTCTTATGTTATACACTTGAGGCTCAAGCTTTTGCCCCTATGTTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATGTTATACACTTGAGGCTCAAGCTTTTGCCCCTATGTTACT  50

seq1  ACTACACACAAAACTCGAAGTCATCCTCTACTATACATGGAGTTCAAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACACACAAAACTCGAAGTCATCCTCTACTATACATGGAGTTCAAAGC  100

seq1  CGGCCTGGCCTATGAGTCTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTGGCCTATGAGTCTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAAA  150

seq1  AACCTAAAACCTTGGGGAGATGACTCTCAGTGAAGTGCATGCATACCACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAAACCTTGGGGAGATGACTCTCAGTGAAGTGCATGCATACCACG  200

seq1  CAAGTGTAAGGACCTGAATCAAGGGTCCTCAGCACACAAGATGGCTCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTAAGGACCTGAATCAAGGGTCCTCAGCACACAAGATGGCTCAGG  250

seq1  AGGTAACTACACTTGCCACCAAACGTAGAGCAATGAATTTAAACCTGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACTACACTTGCCACCAAACGTAGAGCAATGAATTTAAACCTGGGA  300

seq1  CCAAGTTTTCTCTGGGGTCCACACGCACACGGTGGCACATGTGTAGCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTTTCTCTGGGGTCCACACGCACACGGTGGCACATGTGTAGCACC  350

seq1  TCCTCCAAGTAAGTGTAATTTTAAATAAAAGTCACACATTCAGGAGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCAAGTAAGTGTAATTTTAAATAAAAGTCACACATTCAGGAGACAG  400

seq1  ATGTATAAAGATCTGTGAATTCCAGGATGCCAGGAATACATACTATGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAAAGATCTGTGAATTCCAGGATGCCAGGAATACATACTATGATT  450

seq1  ATCTTTCAAAATTAAAAGACAGGGGGGTATAGAGATGGCTCAGTGAGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCAAAATTAAAAGACAGGGGGGTATAGAGATGGCTCAGTGAGATT  500

seq1  ATCTTGAAAAAGACCCAGGTTCAGGTCACAGCACCCACATCATGGCAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGAAAAAGACCCAGGTTCAGGTCACAGCACCCACATCATGGCAGCT  550

seq1  CACAACCATCCATAATTCTAGTTCCAGAGAATTTTTTTTCTGACATCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCATCCATAATTCTAGTTCCAGAGAATTTTTTTTCTGACATCCAC  600

seq1  GGGTGCCACATGTATGTATATGCATCCTACTTTCATCTTTATGTAATTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCCACATGTATGTATATGCATCCTACTTTCATCTTTATGTAATTAA  650

seq1  AAATAAATTCTTAGACAAAAAAAGATAGGCATGGTCACTTTTTTTATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATTCTTAGACAAAAAAAGATAGGCATGGTCACTTTTTTTATTTT  700

seq1  TGGAGACAAGTCTTTCTATGTAGCTTGGCTGACCAGGAACTCCCTATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACAAGTCTTTCTATGTAGCTTGGCTGACCAGGAACTCCCTATGTA  750

seq1  ATACAGGCTGGCTTCAAATCATGCAGCCGCACCCCCTCTTCCTCCCGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGCTGGCTTCAAATCATGCAGCCGCACCCCCTCTTCCTCCCGAGG  800

seq1  AAGAAATCACTGGAATCACCTAGCTTTGGACTTCAGCACCCACGGCTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATCACTGGAATCACCTAGCTTTGGACTTCAGCACCCACGGCTGTA  850

seq1  ACTCCAATTCCAAGAAACTTGATATCTTTTTTGGCCTCCTGCACATGTA-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACTCCAATTCCAAGAAACTTGATATCTTTTTTGGCCTCCTGCACATGTAT  900

seq1  TGATAGACATACATAAACTCACTGGGGCTCAGACACATGCATGCACACAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGACATACATAAACTCACTGGGGCTCAGACACATGCATGCACACAG  950

seq1  GTGCATAGGCACTCAC-ATATTCACATACATGCACATCAACACACATTCA  998
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATAGGCACTCACAATATTCACATACATGCACATCAACACACATTCA  1000

seq1  TGTAAATGATAT-CATTGTGATAATCAGTTTTTCATTACCATG-ACAAAT  1046
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TGTAAATGATATCCATTGTGATAATCAG-TTTTCATTACCATGAACAAAT  1049

seq1  -ATATCTGAGATAATCAACTTTACAGGATAAAACATCTCA-TGTCTAAAG  1094
       ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATATCTGAGATAATCACTTTTACAGGATAAAACATCTCATTGTCTAAAG  1099

seq1  TTCTACACTAAAGAGGCTGAGGCAGGGGGATTGTTGT-CAAGT  1136
      ||||||||  ||||||||||| || |||||||||||| |||||
seq2  TTCTACACCTAAGAGGCTGAGCCA-GGGGATTGTTGTCCAAGT  1141

seq1: chr11_120634441_120635553
seq2: B6Ng01-223B09.g_69_1200 (reverse)

seq1  TTAACAGACAGCTACTTCAC-AGATATGG--ACTAACAGACA-GCTATGC  46
      |||||||||||  ||||| | ||||||||   |||||||||| |||||||
seq2  TTAACAGACAGTCACTTCCCAAGATATGGGATCTAACAGACAGGCTATGC  50

seq1  ACATGTACATGGAAATGG--TAATGACAA-TTCA--GAGTCCACGCTTAG  91
       ||||||||||| |||||   |||||||| ||||   |||||||||||||
seq2  CCATGTACATGGGAATGGGTAAATGACAATTTCAAGAAGTCCACGCTTAG  100

seq1  GTAAATTAT---CCTTTGTCTATTGCTGTGT-CCTTGCACA-GCTT-GGA  135
      |||||||||   |||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||
seq2  GTAAATTATATCCCTTTGTCTA-TGCTGTGTCCCTTGCACAGGCTTGGGA  149

seq1  TCCTTGAATGCTGCCTAGGGGCAGTAAGAAAATGAAGAAATGACAAATG-  184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCCTTGAATGCTGCCTAGGGGCAGTAAGAAAATGAAGAAATGACAAATGT  199

seq1  TGTGCAAACA-GAAAAGCTGGGTCAGGAGCCTGGTG-AAGAAGCCACAGC  232
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGTGCAAACAGGAAAAGCTGGGTCAGGAGCCTGGTGAAAGAAGCCACAGC  249

seq1  TCAGCAGCAGCTCAGTGCGCTTGTTACATA-GACTCCAACAAGAGAGGCT  281
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGCAGCTCAGTGCGCTTGTTACATAGGACTCCAACAAGAGAGGCT  299

seq1  GGTTATTGTATCCAGCTGAACAAGGAGGCAGTTTAGCTAATCTCTGTAGG  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTGTATCCAGCTGAACAAGGAGGCAGTTTAGCTAATCTCTGTAGG  349

seq1  AGAGCCATGTTAAGGTGGTCACAC-AAGGTGCAGACAGCTACAATGAACA  380
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCATGTTAAGGTGGTCACACAAAGGTGCAGACAGCTACAATGAACA  399

seq1  CTTTGTAAACACTGTCAACATTCCCAATCAGGCCAGAAGAAGGCTTTGCA  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAAACACTGTCAACATTCCCAATCAGGCCAGAAGAAGGCTTTGCA  449

seq1  GTCTCTCAGACAAGGTCTTGCTGCTTCCATGGGCTGAGGCTGGGTCCTTG  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCAGACAAGGTCTTGCTGCTTCCATGGGCTGAGGCTGGGTCCTTG  499

seq1  ACACACCATACAGCACACTTAACTCACTCCCATGACTGTCTACTGAGTCA  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCATACAGCACACTTAACTCACTCCCATGACTGTCTACTGAGTCA  549

seq1  GAGGTTCATAGAGGACCAGTCAGCTGGGACTCTCCCTTGGGGGCACCATG  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCATAGAGGACCAGTCAGCTGGGACTCTCCCTTGGGGGCACCATG  599

seq1  ATAGCACATCCAGTAATTCCCAGGGCTCTTAGATTAACACAGAGATCGCA  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACATCCAGTAATTCCCAGGGCTCTTAGATTAACACAGAGATCGCA  649

seq1  CAACACCTAGCCCCTTAAGGTACCTTGAGCTTTCTTACTTTTTGGATTCC  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCTAGCCCCTTAAGGTACCTTGAGCTTTCTTACTTTTTGGATTCC  699

seq1  AAATTTCCTGTCTAAAAACAAATGACCTAAACCTAAAATAGTTTGAAAAG  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCTGTCTAAAAACAAATGACCTAAACCTAAAATAGTTTGAAAAG  749

seq1  CCCATACAACAAAGAAATTAAAAACAGGTCATGGTCCCTACAAAATTTCA  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACAACAAAGAAATTAAAAACAGGTCATGGTCCCTACAAAATTTCA  799

seq1  ACTTTCTCTGCCAGGGGCTGGAGAGATGACTCAGTGGTTAAAAGCACTGA  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTCTGCCAGGGGCTGGAGAGATGACTCAGTGGTTAAAAGCACTGA  849

seq1  CTGCTCTTTGCAGAAGACTTAAGTTAAATTTCTAGTACCCGCGTGCTACA  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTTGCAGAAGACTTAAGTTAAATTTCTAGTACCCGCGTGCTACA  899

seq1  GATGCTACAACCATCTGTAACTCCAGTCCCAGGGGATCTGATGCCTTCTA  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTACAACCATCTGTAACTCCAGTCCCAGGGGATCTGATGCCTTCTA  949

seq1  GCCTCTGCAGTCACTGCATTCTATGATGTACAGAGCAAACTTACCCACAC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCAGTCACTGCATTCTATGATGTACAGAGCAAACTTACCCACAC  999

seq1  CAAAAAAACAAAACTAAATCTCACGGGGCGTGGTCTCTTGGACGTGTCCC  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAACAAAACTAAATCTCACGGGGCGTGGTCTCTTGGACGTGTCCC  1049

seq1  TCGTCCTTAATCACAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGA  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCCTTAATCACAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGA  1099

seq1  GTTTGAGGCCAGTCTGGTCTACCAGGTGAATTC  1113
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGGCCAGTCTGGTCTACCAGGTGAATTC  1132