BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228G02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 106,827,583 - 106,951,210
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666873, Kpna2, 1810010H24Rik, Bptf
Upstream geneAce, EG217246, Kcnh6, Wdr68, Ccdc44, Map3k3, Limd2, 2610019A05Rik, 2610204L23Rik, Ddx42, Ftsj3, Psmc5, Smarcd2, Tcam1, Gh, Cd79b, Scn4a, 2310007L24Rik, Icam2, Ern1, LOC100041277, Tex2, Pecam1, Gm885, Polg2, Ddx5, Ccdc45, Smurf2
Downstream geneLOC100042899, Nol11, LOC671692, Pitpnc1, Psmd12, A830035A12Rik, Helz, Cacng1, Cacng4, Cacng5, Prkca
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228G02.bB6Ng01-228G02.g
ACCGA041806GA041807
length7011,055
definitionB6Ng01-228G02.b B6Ng01-228G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,827,583 - 106,828,282)(106,950,169 - 106,951,210)
sequence
gaattcatctgggaataaaacaataaaatacttgacaaagattgatctca
gaaatcctaggacagtattaaaatgataacagtaaaatggcttcccggga
tatcctgctagcatgttcaggttgagatgctgaaaatctctgggatatta
cgtacagagggaggcctttgcgagctcaaagaaacaggaatgcttaaatg
gatcactcacatatgacctctcagccaatcaaaaccatctctcctggcct
ttctcctgcccccaactcccccaggcctagaggatatattgtcttactaa
ggctttgagaacgtctggtatagtggtacaagtctttaatcccagcactt
gagaggcagaggcaagtgaatctttgtgagttcaaagtcagcctggtcta
catagtgagttccaggataactagagctatagagtgagatcctgtcttgg
aagaaaaaaaaaaaaaaacaaaacaaaacaaaaggagacatgcactgtgc
caggagcatcaggatcctttcttgcctatgccgtgactgttgtcatgagt
tagagatgaggtcacggatgctgcagggatgtttggggcccttgttattt
tttttcatgtgtatgtatgtaatacatgttatcctgtgtcataatgagta
ttatttctgtgtcaggggagtgtaagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
t
gaattcctgtgttgtctttgaacgttccaatctcatagtccttgattaaa
tgcagcttggctgtgatatttgttttttatacattactgcattaaatttc
ttaatattttggttaggacttcacacatactttcataagtgagattagct
tataatttccttgcagatatccttatctctctctagaaatgagattattt
tatctttataaaaataatcttagggtctggtgagatggctcagtgtgtaa
aagcacttgctgttcaaggctaagttcaagtctggaaacccatggtggga
agcggtagccagctcccgagggctgtgctctactgcacatgtctgctgtg
gcaagtacatgtctgcacacacaccctccccacactaataacactccaac
ttaaagaacaacagtggtcttgagctgagatagctcagccattgattccg
agttcttgccccagaatgaaagtcatgtgtgatgatggatcatcttagta
ctgggaagactggccagtcagtctaggcagtgagaaacttgtctcagatc
atattggggctggtgagatggctcagtggctcttgatgggcaaggctggc
catgtgagttcagtctgcagaagtcacatagaattaaaggagagaactga
cgcctgactccagcaccttactctggcctacacacccagccattgcatgc
ttttctgtggcgtagtaactccggacatttcctatttcctccccttgatt
tcctttgcttttttgtcccccgtggcccagcttcttaagaccttccaatg
ctggcttttctccttccatggcagctttctcctggaaaaagtttgctgtc
agtgcttcagttttcctcgcactgctgttagctgcagcttacaatttggg
ttttgctgatgtgttaccttttataattggttacttttggggtgatgctg
cgtgtgggacccagggctctacggatcaagaggcaggcacctcttaccac
tgagtcatagcccagcaccagtttgaacactagtaatggtctctcactgt
gtact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_106827583_106828282
seq2: B6Ng01-228G02.b_42_742

seq1  GAATTCATCTGGGAATAAAACAATAAAATACTTGACAAAGATTGATCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTGGGAATAAAACAATAAAATACTTGACAAAGATTGATCTCA  50

seq1  GAAATCCTAGGACAGTATTAAAATGATAACAGTAAAATGGCTTCCCGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCTAGGACAGTATTAAAATGATAACAGTAAAATGGCTTCCCGGGA  100

seq1  TATCCTGCTAGCATGTTCAGGTTGAGATGCTGAAAATCTCTGGGATATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGCTAGCATGTTCAGGTTGAGATGCTGAAAATCTCTGGGATATTA  150

seq1  CGTACAGAGGGAGGCCTTTGCGAGCTCAAAGAAACAGGAATGCTTAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACAGAGGGAGGCCTTTGCGAGCTCAAAGAAACAGGAATGCTTAAATG  200

seq1  GATCACTCACATATGACCTCTCAGCCAATCAAAACCATCTCTCCTGGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACTCACATATGACCTCTCAGCCAATCAAAACCATCTCTCCTGGCCT  250

seq1  TTCTCCTGCCCCCAACTCCCCCAGGCCTAGAGGATATATTGTCTTACTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGCCCCCAACTCCCCCAGGCCTAGAGGATATATTGTCTTACTAA  300

seq1  GGCTTTGAGAACGTCTGGTATAGTGGTACAAGTCTTTAATCCCAGCACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGAGAACGTCTGGTATAGTGGTACAAGTCTTTAATCCCAGCACTT  350

seq1  GAGAGGCAGAGGCAAGTGAATCTTTGTGAGTTCAAAGTCAGCCTGGTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCAGAGGCAAGTGAATCTTTGTGAGTTCAAAGTCAGCCTGGTCTA  400

seq1  CATAGTGAGTTCCAGGATAACTAGAGCTATAGAGTGAGATCCTGTCTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGAGTTCCAGGATAACTAGAGCTATAGAGTGAGATCCTGTCTTGG  450

seq1  AAGAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAACAAAAGGAGACATGCACTGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAAAAAAAAAAACAAAACAAAACAAAAGGAGACATGCACTGTGC  500

seq1  CAGGAGCATCAGGATCCTTTCTTGCCTATGCCGTGACTGTTGTCATGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCATCAGGATCCTTTCTTGCCTATGCCGTGACTGTTGTCATGAGT  550

seq1  TAGAGATGAGGTCACGGATGCTGCAGGGATGTTTGGGGCCCTTGTTATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATGAGGTCACGGATGCTGCAGGGATGTTTGGGGCCCTTGTTATTT  600

seq1  TTTTTCATGTGTATGTATGTAATACATGTTATCCTGTGTCATAATGAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCATGTGTATGTATGTAATACATGTTATCCTGTGTCATAATGAGTA  650

seq1  TTA-TTCTGTGTCAGGGGAGTGTAAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  699
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTGTGTCAGGGGAGTGTAAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  700

seq1  T  700
      |
seq2  T  701

seq1: chr11_106950169_106951210
seq2: B6Ng01-228G02.g_70_1124 (reverse)

seq1  AGTACACA---TGAGACATTTACTAGTG-TCAAACTGGTGCTGGGGCTAT  46
      ||||||||    |||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  AGTACACAGTGAGAGACCATTACTAGTGTTCAAACTGGTGCT-GGGCTAT  49

seq1  GACTCAGTGGT-AGA-GTGCCTGCCTCTTGA-CCGT-GGGCCCTGGGTCC  92
      ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||
seq2  GACTCAGTGGTAAGAGGTGCCTGCCTCTTGATCCGTAGAGCCCTGGGTCC  99

seq1  CACACGCAGCATCA-CCCAAAAGTAACCAATTAT-AAAGGTAACACATCA  140
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACACGCAGCATCACCCCAAAAGTAACCAATTATAAAAGGTAACACATCA  149

seq1  GCAAAA-CCAAATTGTAAGCTGCAGCT-ACAGCAGTGCGAGGAAAACTGA  188
      |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACCCAAATTGTAAGCTGCAGCTAACAGCAGTGCGAGGAAAACTGA  199

seq1  AGCACTGACAGCAAACTTTTTCCAGGAGAAAGCTGCCATGGAAGGAG-AA  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGCACTGACAGCAAACTTTTTCCAGGAGAAAGCTGCCATGGAAGGAGAAA  249

seq1  AGCCAGCA-TGGAAGGTCTTAAGAAGCTGGGCCACGGGGGACAAAAAAGC  286
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCATTGGAAGGTCTTAAGAAGCTGGGCCACGGGGGACAAAAAAGC  299

seq1  AAAGGAAATCAAGGGGAGGAAATAGGAAATGTCCGGAGTTACTACGCCAC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAATCAAGGGGAGGAAATAGGAAATGTCCGGAGTTACTACGCCAC  349

seq1  AGAAAAGCATGCAATGGCTGGGTGTGTAGGCCAGAGTAAGGTGCTGGAGT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGCATGCAATGGCTGGGTGTGTAGGCCAGAGTAAGGTGCTGGAGT  399

seq1  CAGGCGTCAGTTCTCTCCTTTAATTCTATGTGACTTCTGCAGACTGAACT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCGTCAGTTCTCTCCTTTAATTCTATGTGACTTCTGCAGACTGAACT  449

seq1  CACATGGCCAGCCTTGCCCATCAAGAGCCACTGAGCCATCTCACCAGCCC  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGCCAGCCTTGCCCATCAAGAGCCACTGAGCCATCTCACCAGCCC  499

seq1  CAATATGATCTGAGACAAGTTTCTCACTGCCTAGACTGACTGGCCAGTCT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGATCTGAGACAAGTTTCTCACTGCCTAGACTGACTGGCCAGTCT  549

seq1  TCCCAGTACTAAGATGATCCATCATCACACATGACTTTCATTCTGGGGCA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTACTAAGATGATCCATCATCACACATGACTTTCATTCTGGGGCA  599

seq1  AGAACTCGGAATCAATGGCTGAGCTATCTCAGCTCAAGACCACTGTTGTT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCGGAATCAATGGCTGAGCTATCTCAGCTCAAGACCACTGTTGTT  649

seq1  CTTTAAGTTGGAGTGTTATTAGTGTGGGGAGGGTGTGTGTGCAGACATGT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGTTGGAGTGTTATTAGTGTGGGGAGGGTGTGTGTGCAGACATGT  699

seq1  ACTTGCCACAGCAGACATGTGCAGTAGAGCACAGCCCTCGGGAGCTGGCT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCACAGCAGACATGTGCAGTAGAGCACAGCCCTCGGGAGCTGGCT  749

seq1  ACCGCTTCCCACCATGGGTTTCCAGACTTGAACTTAGCCTTGAACAGCAA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCTTCCCACCATGGGTTTCCAGACTTGAACTTAGCCTTGAACAGCAA  799

seq1  GTGCTTTTACACACTGAGCCATCTCACCAGACCCTAAGATTATTTTTATA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTTACACACTGAGCCATCTCACCAGACCCTAAGATTATTTTTATA  849

seq1  AAGATAAAATAATCTCATTTCTAGAGAGAGATAAGGATATCTGCAAGGAA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAAAATAATCTCATTTCTAGAGAGAGATAAGGATATCTGCAAGGAA  899

seq1  ATTATAAGCTAATCTCACTTATGAAAGTATGTGTGAAGTCCTAACCAAAA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAGCTAATCTCACTTATGAAAGTATGTGTGAAGTCCTAACCAAAA  949

seq1  TATTAAGAAATTTAATGCAGTAATGTATAAAAAACAAATATCACAGCCAA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGAAATTTAATGCAGTAATGTATAAAAAACAAATATCACAGCCAA  999

seq1  GCTGCATTTAATCAAGGACTATGAGATTGGAACGTTCAAAGACAACACAG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATTTAATCAAGGACTATGAGATTGGAACGTTCAAAGACAACACAG  1049

seq1  GAATTC  1042
      ||||||
seq2  GAATTC  1055