BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230H13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 87,645,415 - 87,705,333
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMks1, Epx, Olfr462
Upstream geneYpel2, Gdpd1, 1200011M11Rik, LOC668816, Prr11, 1110001A07Rik, Trim37, Ppm1e, Rad51c, Tex14, Sept4, Mtmr4, Hsf5, Rnf43, Supt4h1, Bzrap1, Mpo, Lpo
Downstream geneOlfr463, Olfr464, Dynll2, Sfrs1, Vezf1, Cuedc1, Mrps23, 1700106J16Rik, LOC668793, Msi2, LOC100038945, Akap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230H13.bB6Ng01-230H13.g
ACCGA043327GA043328
length1,1581,097
definitionB6Ng01-230H13.b B6Ng01-230H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,645,415 - 87,646,566)(87,704,246 - 87,705,333)
sequence
gaattccttctattctggtgggaagctatggagagctaagtggctattcc
ctgattcctttcctcagtgctcaggggacagacatgaggcagggcatctt
tactggcttgctgctttgatcacttgacaaacactctaagcgtgcaccta
cacatgcccttctagtctgcaaggactagagcaggagcaatgctttctta
aaatgccttcaccacagtggacctgctggagcagtgctggagagcttgcc
ctgacgatgtggataagggagagctggcggccgaccagctcagctaacca
ctcaggcctaccatcccggtctttaagtcggctcacccccaaatctacat
catctgtatgtaaactgttggagttcatgaaaggtccggtcttgcttatc
cgaagctgtaggatctccatgacacagggcaacagcaggatagccgtgag
gagtctcagtgaggatccagtactgatggtgtgacagaagccagaggtct
cggaccagaccaacgatgcattacagtgaacatcttgcaagcaaagatgt
gtggatagagcggtatactgtgggacacactgtgacacactacagcttct
acaagatgttttctatgctttgttttgttctgtttatttttctttgtttt
tattttctttggtggaggcggtcacaagggtggaaagcagacatgagggg
acaggagatgagtgagacttgggtgcacaatgtcagtctcacaattaata
acagatgaagaaaaaacaagccccagctgcccttccagaggaccccagtt
ctgagcatgctcattacagcttacaaccatctgtaactcccgtctcagga
atccaacaccttctctaccacctggatacactcagtgcacaggcacacag
ggcaaaatacccatacacctttaaaaaaatgtctctcacactgttataga
aatttagtgtgagaaaccaaaccaccacctcagagtgttggaaaactggg
ggtttaaaatgacaaggagaacccagactgacttaaagcccacaattgtt
tgttagcgttataggccagagcacagtattttgggtccttctgctggcag
tggatcagttttatttagaatttattaatttacttatgtgtattactttg
ggcctaca
gaattctctacacagccacatacagccagcttacattattaatggataat
tcattcatgaagctcgctaacgttattgaaacaacttctaagttgctttg
gttgctgctagattcagtgttaaagaatttaaaatgtagttgatagggac
acagggaaaattcaaagtgcgatggtggggtgtttttaaagtgtctttgg
aacacagagatgaagaagttattctctcacacaggcatttttaaaaaaac
aaacacaacacacatacacacacacacacacatacacacacacacaccag
gagttactagcaaagatatggaaatgaccacgtggaaaccgtccatcctt
tacatagcaaatatgcccttagtgacatgactgcaaaggtaaatggaggt
gacatttatagcctcataagacatactgacagggagcagcatgcatgtgt
gtgcacatgattttctgtagcagctctatgcacagagcattgagtaactg
ctaggaggtgaaggtttaagccatgggcaccagaaagacactgagaacag
tcagatccacattcacgaaggtctcactcattcaggaggcagctgtgaga
agaaagggtatgtggggggagaacacaaggatgtgggggatgagaggata
atggcctctgtagctaacagactgcagtggaccagagaaagagaggttgg
aaagagtcagcgtggacaggggagttgagcacccacacccctcactctgc
ctctccacaccagactaactgcatacatcccttcgagccctttcccccac
tttccactcttcctcttggtctctgtgtatcatgtttccccttcctcgta
atcttcctttactacatccctccctgtttccttgtatccaactcctcccc
tttttctcagctttttgtaaaagtgctggtccttcaaaagtgcttcaagt
gttcccttcggcaaccactcagcatctctcgcttattttgcttgggaacc
ctctcgatcccttgtctcacgtgggtcttacgcatgctctggtggagcct
cacaagcagagcttcatgtcttagtagtggcagccactccattccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_87645415_87646566
seq2: B6Ng01-230H13.b_49_1206

seq1  GAATTCCTTCTATTCTGGTGGGAAGCTATGGAGAGCTAAGTGGCTATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTATTCTGGTGGGAAGCTATGGAGAGCTAAGTGGCTATTCC  50

seq1  CTGATTCCTTTCCTCAGTGCTCAGGGGACAGACATGAGGCAGGGCATCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCCTTTCCTCAGTGCTCAGGGGACAGACATGAGGCAGGGCATCTT  100

seq1  TACTGGCTTGCTGCTTTGATCACTTGACAAACACTCTAAGCGTGCACCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGCTTGCTGCTTTGATCACTTGACAAACACTCTAAGCGTGCACCTA  150

seq1  CACATGCCCTTCTAGTCTGCAAGGACTAGAGCAGGAGCAATGCTTTCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCCCTTCTAGTCTGCAAGGACTAGAGCAGGAGCAATGCTTTCTTA  200

seq1  AAATGCCTTCACCACAGTGGACCTGCTGGAGCAGTGCTGGAGAGCTTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCTTCACCACAGTGGACCTGCTGGAGCAGTGCTGGAGAGCTTGCC  250

seq1  CTGACGATGTGGATAAGGGAGAGCTGGCGGCCGACCAGCTCAGCTAACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACGATGTGGATAAGGGAGAGCTGGCGGCCGACCAGCTCAGCTAACCA  300

seq1  CTCAGGCCTACCATCCCGGTCTTTAAGTCGGCTCACCCCCAAATCTACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCCTACCATCCCGGTCTTTAAGTCGGCTCACCCCCAAATCTACAT  350

seq1  CATCTGTATGTAAACTGTTGGAGTTCATGAAAGGTCCGGTCTTGCTTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTATGTAAACTGTTGGAGTTCATGAAAGGTCCGGTCTTGCTTATC  400

seq1  CGAAGCTGTAGGATCTCCATGACACAGGGCAACAGCAGGATAGCCGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGCTGTAGGATCTCCATGACACAGGGCAACAGCAGGATAGCCGTGAG  450

seq1  GAGTCTCAGTGAGGATCCAGTACTGATGGTGTGACAGAAGCCAGAGGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCAGTGAGGATCCAGTACTGATGGTGTGACAGAAGCCAGAGGTCT  500

seq1  CGGACCAGACCAACGATGCATTACAGTGAACATCTTGCAAGCAAAGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACCAGACCAACGATGCATTACAGTGAACATCTTGCAAGCAAAGATGT  550

seq1  GTGGATAGAGCGGTATACTGTGGGACACACTGTGACACACTACAGCTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATAGAGCGGTATACTGTGGGACACACTGTGACACACTACAGCTTCT  600

seq1  ACAAGATGTTTTCTATGCTTTGTTTTGTTCTGTTTATTTTTCTTTGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATGTTTTCTATGCTTTGTTTTGTTCTGTTTATTTTTCTTTGTTTT  650

seq1  TATTTTCTTTGGTGGAGGCGGTCACAAGGGTGGAAAGCAGACATGAGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTTTGGTGGAGGCGGTCACAAGGGTGGAAAGCAGACATGAGGGG  700

seq1  ACAGGAGATGAGTGAGACTTGGGTGCACAATGTCAGTCTCACAATTAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGATGAGTGAGACTTGGGTGCACAATGTCAGTCTCACAATTAATA  750

seq1  ACAGATGAAGAAAAAACAAGCCCCAGCTGCCCTTCCAGAGGACCCCAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGAAGAAAAAACAAGCCCCAGCTGCCCTTCCAGAGGACCCCAGTT  800

seq1  CTGAGCATGCTCATTACAGCTTACAACCATCTGTAACTCCCGTCTCAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGAGCATGCTCATTACAGCTTACAACCATCTGTAACTCCCGTCTCA-GG  849

seq1  AATCCAACACCTTCTCTACCACCTGGATACACTCAGTGCACAGGCACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAACACCTTCTCTACCACCTGGATACACTCAGTGCACAGGCACACA  899

seq1  -GGCAAAATACCCATACACCTTTAAAAAAAATGTCTCTCACACTGTTATA  949
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAAATACCCATACACCTTT-AAAAAAATGTCTCTCACACTGTTATA  948

seq1  GAAA-TTAGTGTGAGAAACCAAA-CACCA-CTCAGAGTGTTGGAAAACT-  995
      |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  GAAATTTAGTGTGAGAAACCAAACCACCACCTCAGAGTGTTGGAAAACTG  998

seq1  GGGGTTTAAAATGAC-AGGAG-ACCCAGACTGACCTAAAG-CCACAA-TG  1041
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||
seq2  GGGGTTTAAAATGACAAGGAGAACCCAGACTGACTTAAAGCCCACAATTG  1048

seq1  TTTG-TAGCGTTTATAGG-CAGAGCAACAGGTATTTT-GGTCCTTCTGCT  1088
      |||| ||||| ||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TTTGTTAGCG-TTATAGGCCAGAGC-ACA-GTATTTTGGGTCCTTCTGCT  1095

seq1  GCCAGTGGAATCAG-TTTATTTAGATTTATTTATTTTACTTTATGTGTAT  1137
      | |||||| ||||| |||||||||| ||  ||| ||||| ||||||||||
seq2  GGCAGTGG-ATCAGTTTTATTTAGAATTTATTAATTTAC-TTATGTGTAT  1143

seq1  TAGTTTTGGCCTACA  1152
      || ||| ||||||||
seq2  TACTTTGGGCCTACA  1158

seq1: chr11_87704246_87705333
seq2: B6Ng01-230H13.g_65_1161 (reverse)

seq1  ATGGGATGGAGTTGCTTCCCACTCCCTAAGACAGGAGCCTCTTGCTTGGT  50
      |||| ||||||| || | |||||  |||||||| ||  ||| ||||| ||
seq2  ATGGAATGGAGTGGC-TGCCACT-ACTAAGACATGAAGCTC-TGCTT-GT  46

seq1  GAGGCTCCA-CAGGACATGCGT-AGACCACCGTGAGAC-AGAGATCGAGA  97
      ||||||||| |||  ||||||| |||||  |||||||| || ||||||||
seq2  GAGGCTCCACCAGAGCATGCGTAAGACCCACGTGAGACAAGGGATCGAGA  96

seq1  GG---TCCAAGC-AAATAAGCGAGAGATGCTGAGT-GTTGCCGAAGGG-A  141
      ||    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  GGGTTCCCAAGCAAAATAAGCGAGAGATGCTGAGTGGTTGCCGAAGGGAA  146

seq1  CACTTGAAGCACTTTTGAAAGGACAGCACTTTTAC-AAAAGCTGAG-AAA  189
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||| |||
seq2  CACTTGAAGCACTTTTGAAGGACCAGCACTTTTACAAAAAGCTGAGAAAA  196

seq1  AGGGGAGGAGTTGGATACAAGGAAACAGGAAGGGATGTAGTAAAGGAAGA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGGAGTTGGATACAAGGAAACAGGGAGGGATGTAGTAAAGGAAGA  246

seq1  TTACGAGGAA-GGGAAACATGATACACAGAGACCAAGAGGAAGAGTGGAA  288
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGAGGAAGGGGAAACATGATACACAGAGACCAAGAGGAAGAGTGGAA  296

seq1  AGTGGGGGAAAGGGCTCGAAGGGATGTATGCAGTTAGTCTGGTGTGGAGA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGGAAAGGGCTCGAAGGGATGTATGCAGTTAGTCTGGTGTGGAGA  346

seq1  GGCAGAGTGAGGGGTGTGGGTGCTCAACTCCCCTGTCCACGCTGACTCTT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGTGAGGGGTGTGGGTGCTCAACTCCCCTGTCCACGCTGACTCTT  396

seq1  TCCAACCTCTC-TTCTCTGGTCCACTGCAGTCTGTTAGCTACAGAGGCCA  437
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCTCTCTTTCTCTGGTCCACTGCAGTCTGTTAGCTACAGAGGCCA  446

seq1  TTATCCTCTCATCCCCCACATCCTTGTGTTCTCCCCCCACATACCCTTTC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTCTCATCCCCCACATCCTTGTGTTCTCCCCCCACATACCCTTTC  496

seq1  TTCTCACAGCTGCCTCCTGAATGAGTGAGACCTTCGTGAATGTGGATCTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACAGCTGCCTCCTGAATGAGTGAGACCTTCGTGAATGTGGATCTG  546

seq1  ACTGTTCTCAGTGTCTTTCTGGTGCCCATGGCTTAAACCTTCACCTCCTA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCTCAGTGTCTTTCTGGTGCCCATGGCTTAAACCTTCACCTCCTA  596

seq1  GCAGTTACTCAATGCTCTGTGCATAGAGCTGCTACAGAAAATCATGTGCA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTACTCAATGCTCTGTGCATAGAGCTGCTACAGAAAATCATGTGCA  646

seq1  CACACATGCATGCTGCTCCCTGTCAGTATGTCTTATGAGGCTATAAATGT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGCATGCTGCTCCCTGTCAGTATGTCTTATGAGGCTATAAATGT  696

seq1  CACCTCCATTTACCTTTGCAGTCATGTCACTAAGGGCATATTTGCTATGT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCATTTACCTTTGCAGTCATGTCACTAAGGGCATATTTGCTATGT  746

seq1  AAAGGATGGACGGTTTCCACGTGGTCATTTCCATATCTTTGCTAGTAACT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATGGACGGTTTCCACGTGGTCATTTCCATATCTTTGCTAGTAACT  796

seq1  CCTGGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTTGTGTT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTTGTGTT  846

seq1  TGTTTTTTTAAAAATGCCTGTGTGAGAGAATAACTTCTTCATCTCTGTGT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTTAAAAATGCCTGTGTGAGAGAATAACTTCTTCATCTCTGTGT  896

seq1  TCCAAAGACACTTTAAAAACACCCCACCATCGCACTTTGAATTTTCCCTG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGACACTTTAAAAACACCCCACCATCGCACTTTGAATTTTCCCTG  946

seq1  TGTCCCTATCAACTACATTTTAAATTCTTTAACACTGAATCTAGCAGCAA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTATCAACTACATTTTAAATTCTTTAACACTGAATCTAGCAGCAA  996

seq1  CCAAAGCAACTTAGAAGTTGTTTCAATAACGTTAGCGAGCTTCATGAATG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCAACTTAGAAGTTGTTTCAATAACGTTAGCGAGCTTCATGAATG  1046

seq1  AATTATCCATTAATAATGTAAGCTGGCTGTATGTGGCTGTGTAGAGAATT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCCATTAATAATGTAAGCTGGCTGTATGTGGCTGTGTAGAGAATT  1096

seq1  C  1088
      |
seq2  C  1097