BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235F18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 83,740,508 - 83,872,337
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdx52, Ap1gbp1, Dusp14
Upstream geneUnc45b, Slfn5, Set8-ps, Slfn9, Slfn8, LOC668706, Slfn10, Slfn2, Slfn1, Slfn4, Slfn3, LOC100043636, LOC435271, Slfn14, Pex12, Ap2b1, Rasl10b, OTTMUSG00000000934, 1700020L24Rik, Mmp28, Taf15, OTTMUSG00000000990, Ccl5, Ccl9, Ccl6, LOC194905, Ccl3, Ccl4, OTTMUSG00000000971, Expi, 1100001G20Rik, 2700008B19Rik, LOC676191, Tcf2
Downstream geneTada2l, OTTMUSG00000000997, Acaca, LOC100043671, Aatf, Lhx1, Mrm1, BC022224, Ggnbp2, Pigw, Znhit3, Car4, Usp32
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235F18.bB6Ng01-235F18.g
ACCGA046854GA046855
length1,1631,165
definitionB6Ng01-235F18.b B6Ng01-235F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,740,508 - 83,741,673)(83,871,164 - 83,872,337)
sequence
gaattctgttttcttccctgtaaaacagtcaccctggacagcaccaggta
gcaatgactagcaaaaaaaaaaaaaaaaccctgacatacttttatggcta
acagccctcacaacttccccatacataggagctatgctccgcattttaag
gagaaggaaactaagacttaagaaactaacccagatgggcgaagaggcag
tcagccttaagttcttgtattgctcttgcaaaggacctgagttctggtca
cagcattcacatccagctggtcacaactgcctgcaactccagggaatgtg
cgccctcttctggcctccatgggcactgcacacatatacacaaactcaca
cctgtacatattacataattttttaaaaatgtaaaagaaaccaacccagg
ccatacatagctcccaagtagaggaactaagattctaatctgaatctgct
tgactccacaaatcctgtgtttcttccaaattcctacactataaaaatta
cctcaaaggggttggaagagatggctcagcagctgaaggcactgactgct
cttccagaggacccatgttcaaatcccagcacccacatggcatctcacaa
cttgtctgtaattccaagatctgactctcacgtagacatacatgcaagta
atacaccaatgcacataaaataaacataaatacatttttaaaggcctttg
gaaaatatggcatatacatacgtatatacatatatgtgtgtgtatataca
tacacataggataacaggaagagagggacaaagaaggtaaattcccatca
aggggagcaaggacagctttatgaggaatataaagattcattctcttggt
ggaaattcaccttaattccagaagagcttacaatgctaatataagggtca
tccaactatgtaactgtattgatagtaaagaagcaagccacatctttaat
cgtagctctgcccatctgcagtagggcaggacttgtatctgattcaccat
gatctaccctttcccctgtctatcaccaccccaataggcccagcatagag
ccatacatgaacaaggctctggatcaggacttttccacaactaggtgagg
acacttgcttaggattggcctgggtgccctgctggcttggggagtactgc
aaccgaagcttga
gaattccaggttaccccgtaattacttagtgtgatggctattcctggttg
tcaacttgattacatctggaatgaactacaacccagaaatggaaggcacg
cctgtgatccagaccttgaggctggaagattcaggtttctgacctggatc
ttgccatagagatcttgagacacagtggtcataaacttaggcccaggcaa
ggtaatacatgcctttaattccaggagattgaggcaagcaggtccctgag
ttcaaggtcagccttggacaaagtaagttttagatccaggtgtggtggca
catacctttaatttgaggtggtgtcacaccttctgctgggggcctacata
gggacattggaagaaggaagacgtcttcagcagcttgcacttgcttgcca
gcatatctatctgttggaacctacttctacagaagactagcttggtggga
ctgagcgactactaattcttagccttcccatccacagctgcccattgttg
ggctagttggactgcagcctgtaagtcattacaatagatccccttaatat
acacattccttaagttctgtcattctagagaaccctgacgaagacaccca
ggtcaccccatggtacctgaatgaatgcaccgttcattttacatagctcc
ttgcagtcttttccccttgctcattgtatcctagtgaggaagttcaatgg
attgatcacagagaaccagggcctcactctttagcccatgctggcctgga
acgcacagcagtcttcctggcagtctcctgagtcctgggattacagggat
gagatactatgcctggcctagagccaaacatcttcagatttgtgtatcac
tattgactttttaagtttttattgttttatttttatttacctgcatgtct
gcgtaaagatgttgaatcccttggaactggagttacagacagttgtgagc
tgccatgtggtgctaggaattgaacctgggtccctggaaaagcagccagg
gctcttttctagcttctgagcatctctcagcctcttatttgctttcttag
ctcctgagcccatcaatggagtggcattcttctctgtaaagagaagtgtc
tccagttgcaattagctggatcattcactggcctagcagatgtgtcaata
ggagagtcaaagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_83740508_83741673
seq2: B6Ng01-235F18.b_45_1207

seq1  GAATTCTGTTTTCTTCCCTGTAAAACAGTCACCCTGGACAGCACCAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTTTCTTCCCTGTAAAACAGTCACCCTGGACAGCACCAGGTA  50

seq1  GCAATGACTAGCAAAAAAAAAAAAAAAACCCTGACATACTTTTATGGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGACTAGCAAAAAAAAAAAAAAAACCCTGACATACTTTTATGGCTA  100

seq1  ACAGCCCTCACAACTTCCCCATACATAGGAGCTATGCTCCGCATTTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCTCACAACTTCCCCATACATAGGAGCTATGCTCCGCATTTTAAG  150

seq1  GAGAAGGAAACTAAGACTTAAGAAACTAACCCAGATGGGCGAAGAGGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGAAACTAAGACTTAAGAAACTAACCCAGATGGGCGAAGAGGCAG  200

seq1  TCAGCCTTAAGTTCTTGTATTGCTCTTGCAAAGGACCTGAGTTCTGGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTTAAGTTCTTGTATTGCTCTTGCAAAGGACCTGAGTTCTGGTCA  250

seq1  CAGCATTCACATCCAGCTGGTCACAACTGCCTGCAACTCCAGGGAATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTCACATCCAGCTGGTCACAACTGCCTGCAACTCCAGGGAATGTG  300

seq1  CGCCCTCTTCTGGCCTCCATGGGCACTGCACACATATACACAAACTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCTCTTCTGGCCTCCATGGGCACTGCACACATATACACAAACTCACA  350

seq1  CCTGTACATATTACATAATTTTTTAAAAATGTAAAAGAAACCAACCCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTACATATTACATAATTTTTTAAAAATGTAAAAGAAACCAACCCAGG  400

seq1  CCATACATAGCTCCCAAGTAGAGGAACTAAGATTCTAATCTGAATCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACATAGCTCCCAAGTAGAGGAACTAAGATTCTAATCTGAATCTGCT  450

seq1  TGACTCCACAAATCCTGTGTTTCTTCCAAATTCCTACACTATAAAAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCACAAATCCTGTGTTTCTTCCAAATTCCTACACTATAAAAATTA  500

seq1  CCTCAAAGGGGTTGGAAGAGATGGCTCAGCAGCTGAAGGCACTGACTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAGGGGTTGGAAGAGATGGCTCAGCAGCTGAAGGCACTGACTGCT  550

seq1  CTTCCAGAGGACCCATGTTCAAATCCCAGCACCCACATGGCATCTCACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGAGGACCCATGTTCAAATCCCAGCACCCACATGGCATCTCACAA  600

seq1  CTTGTCTGTAATTCCAAGATCTGACTCTCACGTAGACATACATGCAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTGTAATTCCAAGATCTGACTCTCACGTAGACATACATGCAAGTA  650

seq1  ATACACCAATGCACATAAAATAAACATAAATACATTTTTAAAGGCCTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACCAATGCACATAAAATAAACATAAATACATTTTTAAAGGCCTTTG  700

seq1  GAAAATATGGCATATACATACGTATATACATATATGTGTGTGTATATACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATGGCATATACATACGTATATACATATATGTGTGTGTATATACA  750

seq1  TACACATAGGATAACAGGAAGAGAGGGACAAAGAAGGTAAATTCCCATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATAGGATAACAGGAAGAGAGGGACAAAGAAGGTAAATTCCCATCA  800

seq1  AGGGGAGCAAGGACAGCTTTATGAGGAATATAAAGATTCATTCTCTTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGCAAGGACAGCTTTATGAGGAATATAAAGATTCATTCTCTTGGT  850

seq1  GGAAATTCACCTTAATTCCAGAAGAGCTTACAATGCTAATATAA-GGTCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGAAATTCACCTTAATTCCAGAAGAGCTTACAATGCTAATATAAGGGTCA  900

seq1  TCCAACTATGTAACTGTATTGATAGTAAAGAAGCAAGCCACATCTTT-AT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCCAACTATGTAACTGTATTGATAGTAAAGAAGCAAGCCACATCTTTAAT  950

seq1  CGTAGCCCTGCCCAACTGCAGTAAGGCAGGGACTGTATCTGATTCACCAT  998
      |||||| ||||||| |||||||| ||||||   |||||||||||||||||
seq2  CGTAGCTCTGCCCATCTGCAGTAGGGCAGGACTTGTATCTGATTCACCAT  1000

seq1  GATCTACCCTTCCCCCTTGTCTATCA-CACCCCAATAGCCCCAGCATAGA  1047
      ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GATCTACCCTTTCCCC-TGTCTATCACCACCCCAATAGGCCCAGCATAGA  1049

seq1  GCCATACATGAACAAGGCTCTTGATCAGAACTTTCCAACCAAACTAGTGA  1097
      ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||  ||||||   
seq2  GCCATACATGAACAAGGCTCTGGATCAGGACTTTTCCAC--AACTAGGTG  1097

seq1  AGGACACCTTGCTAAGGATTTGGCTGGTGGCCTTGCTGGCTTTGGGAGTA  1147
      |||||| |||||| |||||| | ||||  ||| ||||||||| |||||||
seq2  AGGACA-CTTGCTTAGGATTGGCCTGGGTGCCCTGCTGGCTTGGGGAGTA  1146

seq1  CTGCAACCCCAAAGCTTGA  1166
      ||||||  || ||||||||
seq2  CTGCAA--CCGAAGCTTGA  1163

seq1: chr11_83871164_83872337
seq2: B6Ng01-235F18.g_69_1233 (reverse)

seq1  CCCCCTTGAC-CTCCTATGGACACATCTGCTAAGCCCAGTGAATGATACC  49
      |||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||| ||
seq2  CCCCTTTGACTCTCCTATTGACACATCTGCT-AGGCCAGTGAATGAT-CC  48

seq1  AGCTAAATGCAACTGGAGAACACTTCTCTTTACAG-GAAGAGATGGCCAC  98
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||
seq2  AGCTAATTGCAACTGGAG-ACACTTCTCTTTACAGAGAAGA-AT-GCCAC  95

seq1  TCCATTTGATGGGCTCAGGGAGCT-AGAAAGCCAAAATAGGAGCTGGAGA  147
      |||| |||||||||||| |||||| |||||||  ||||| |||   ||||
seq2  TCCA-TTGATGGGCTCA-GGAGCTAAGAAAGC--AAATAAGAGGCTGAGA  141

seq1  GATGGCTCAGAGGCTAAGAAAGAGCCCTGGCTGCTTTTCCAGGGGACCCA  197
      ||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAT-GCTCAGAAGCTAGAAAAGAGCCCTGGCTGCTTTTCCA-GGGACCCA  189

seq1  GGTTCAATTCCTAGCACCCACATGGCAGCTCACAACTGTCTGTAACTCCA  247
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAATTCCTAGCA-CCACATGGCAGCTCACAACTGTCTGTAACTCCA  238

seq1  GTTCCAAGGGATTCAACATCCTTACGCAGACATGCAGGTAAATAAAAATA  297
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAAGGGATTCAACATCTTTACGCAGACATGCAGGTAAATAAAAATA  288

seq1  AAACAATAAAAACTTAAAAAGTCAATAGTGATACACAAATCTGAAGATGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATAAAAACTTAAAAAGTCAATAGTGATACACAAATCTGAAGATGT  338

seq1  TTGGCTCTAGGCCAGGCATAGTATCTCATCCCTGTAATCCCAGGACTCAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCTAGGCCAGGCATAGTATCTCATCCCTGTAATCCCAGGACTCAG  388

seq1  GAGACTGCCAGGAAGACTGCTGTGCGTTCCAGGCCAGCATGGGCTAAAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGCCAGGAAGACTGCTGTGCGTTCCAGGCCAGCATGGGCTAAAGA  438

seq1  GTGAGGCCCTGGTTCTCTGTGATCAATCCATTGAACTTCCTCACTAGGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCCCTGGTTCTCTGTGATCAATCCATTGAACTTCCTCACTAGGAT  488

seq1  ACAATGAGCAAGGGGAAAAGACTGCAAGGAGCTATGTAAAATGAACGGTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAGCAAGGGGAAAAGACTGCAAGGAGCTATGTAAAATGAACGGTG  538

seq1  CATTCATTCAGGTACCATGGGGTGACCTGGGTGTCTTCGTCAGGGTTCTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATTCAGGTACCATGGGGTGACCTGGGTGTCTTCGTCAGGGTTCTC  588

seq1  TAGAATGACAGAACTTAAGGAATGTGTATATTAAGGGGATCTATTGTAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGACAGAACTTAAGGAATGTGTATATTAAGGGGATCTATTGTAAT  638

seq1  GACTTACAGGCTGCAGTCCAACTAGCCCAACAATGGGCAGCTGTGGATGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTACAGGCTGCAGTCCAACTAGCCCAACAATGGGCAGCTGTGGATGG  688

seq1  GAAGGCTAAGAATTAGTAGTCGCTCAGTCCCACCAAGCTAGTCTTCTGTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTAAGAATTAGTAGTCGCTCAGTCCCACCAAGCTAGTCTTCTGTA  738

seq1  GAAGTAGGTTCCAACAGATAGATATGCTGGCAAGCAAGTGCAAGCTGCTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGGTTCCAACAGATAGATATGCTGGCAAGCAAGTGCAAGCTGCTG  788

seq1  AAGACGTCTTCCTTCTTCCAATGTCCCTATGTAGGCCCCCAGCAGAAGGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGTCTTCCTTCTTCCAATGTCCCTATGTAGGCCCCCAGCAGAAGGT  838

seq1  GTGACACCACCTCAAATTAAAGGTATGTGCCACCACACCTGGATCTAAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACCACCTCAAATTAAAGGTATGTGCCACCACACCTGGATCTAAAA  888

seq1  CTTACTTTGTCCAAGGCTGACCTTGAACTCAGGGACCTGCTTGCCTCAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTTGTCCAAGGCTGACCTTGAACTCAGGGACCTGCTTGCCTCAAT  938

seq1  CTCCTGGAATTAAAGGCATGTATTACCTTGCCTGGGCCTAAGTTTATGAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGAATTAAAGGCATGTATTACCTTGCCTGGGCCTAAGTTTATGAC  988

seq1  CACTGTGTCTCAAGATCTCTATGGCAAGATCCAGGTCAGAAACCTGAATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGTCTCAAGATCTCTATGGCAAGATCCAGGTCAGAAACCTGAATC  1038

seq1  TTCCAGCCTCAAGGTCTGGATCACAGGCGTGCCTTCCATTTCTGGGTTGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCCTCAAGGTCTGGATCACAGGCGTGCCTTCCATTTCTGGGTTGT  1088

seq1  AGTTCATTCCAGATGTAATCAAGTTGACAACCAGGAATAGCCATCACACT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATTCCAGATGTAATCAAGTTGACAACCAGGAATAGCCATCACACT  1138

seq1  AAGTAATTACGGGGTAACCTGGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTACGGGGTAACCTGGAATTC  1165