BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235J22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 66,208,404 - 66,344,333
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm879
Upstream geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9
Downstream geneLOC668323, A530088H08Rik, 9130409J20Rik, A730055C05Rik, 2310004I24Rik, Sco1, Myh3, Myh2, Myh1, Myh4, Myh8, Myh13
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235J22.bB6Ng01-235J22.g
ACCGA047049GA047050
length8661,132
definitionB6Ng01-235J22.b B6Ng01-235J22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,343,470 - 66,344,333)(66,208,404 - 66,209,533)
sequence
gaattctattggatacacttaatagaaaatccacattcaaacaggtttgg
tgagagagagagaggagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagacagagagagagacagagagagagacagacagagacagagaca
cagagagagagacagagagacacagagagagacacagagagaaaacagag
agacacagagagagacaaagaaagcagaggtgaaagggctctgggcataa
gtccatgggtagctatatcactccatccatcatcctcagaacatcagcca
ggatgaattaagatatacaaagttcacagactttaattctagaaccttgt
aaaaagcagaaatgcatgggcatacctttaatcccagcacttgggaggca
gaggcaggtggatctctgtgaattcaaggccagcctggtctacagagtgg
tttccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtcttggaggttgga
gggaagaaaaggaaaggacgaaaaatgaaaaacaaagctaaagtatgtat
tttatcattcatgctatgtctgcttaggtcagttaaggacctcgggtagc
aaaagcactgtcatacagaagcttgctagtctttttgtgtcagaaggaaa
cagggactgtgtgatgtggtgccactgcaatttgatgctctgcttcaaaa
acaccacagacaatttctagtcacaacccactgaacgagcactacttgtc
tatttatcttactgtcttagggtttctcttgctatgaggaaaaaaaaaag
ccaccatgcctaaaagcaagttggcataggatagagttttattttatctt
accctttatacatctg
gaattccacagccattatgctagggggagagcttagtggtagagagtgcg
cttctcatgcatgaggctatgggttcgaggccccagcgctgtgaagcctg
tattcagggatacaagccaaatagtcctttattcacttgcttagcaaaat
gctgagtggagattaactttgtatgtcctttgtttaataacaaagaggct
caagttttcagagcccatgctatttttataaagaaaatgtcagggggtgg
agagacagctcagaagtttaactcactttttgccaagtttgactcctggc
atcatcaaggtagctcacaaccatccctaacttcaaatttccagggaacc
agatgcactcttctctcctcctcatgtatcaggcatgcgtgtagcacaca
tacatacatacatacatacatacatacatacatacaggcaaaacattcaa
atgcataaaataaaataaccttaaaatagaaaactttaaaatgacttttt
attcaaaaataaatagaaagaaagtttataagttgtaattttccttaaaa
actaatgaaactttgattaatttcaagacaattcttataagaaaaatgta
tatgaactgaaggataaaaagactccatcaaaagttgaagtggaatgagg
ctggagaggtgactctatagttaagagtactggctgttctgccaaagaac
cagtgttcaattccagcacccaaatggagttcacaactacctagaactcc
agtcccaaagggatttgacattctcttctgaccactgcacacgcagggtg
aacagacatatgtactgagcactctcacacagaaaaataatagtctttta
agttgttgtgaaaaacaaaccaaaaccaaccagccaaccaaacacctggg
tgtcagaaagaagtaagtaatttggaagagaatgtaatcaggtcttgcac
cagggaacatgaattataaaagcagagtggtatgggtgcataataggtaa
atgggaagaaaaacagaatagcagggaagagaatgtagtagcttaaagag
tgaccatagagtaaagatatccactgaggtccaagaatagaaggtaaaaa
tgattaaagagctacctgaattagcaataaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_66343470_66344333
seq2: B6Ng01-235J22.b_46_911 (reverse)

seq1  CAGATGTAT-AAGGGTAAGATAAAAT-AAACTCTATCCTATGCCAACTTG  48
      ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTATAAAGGGTAAGATAAAATAAAACTCTATCCTATGCCAACTTG  50

seq1  CTTTTAGGCATGGTGGCTTTTTTTTTTCCTCATAGCAAGAGAAACCCTAA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGGCATGGTGGCTTTTTTTTTTCCTCATAGCAAGAGAAACCCTAA  100

seq1  GACAGTAAGATAAATAGACAAGTAGTGCTCGTTCAGTGGGTTGTGACTAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTAAGATAAATAGACAAGTAGTGCTCGTTCAGTGGGTTGTGACTAG  150

seq1  AAATTGTCTGTGGTGTTTTTGAAGCAGAGCATCAAATTGCAGTGGCACCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTCTGTGGTGTTTTTGAAGCAGAGCATCAAATTGCAGTGGCACCA  200

seq1  CATCACACAGTCCCTGTTTCCTTCTGACACAAAAAGACTAGCAAGCTTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACACAGTCCCTGTTTCCTTCTGACACAAAAAGACTAGCAAGCTTCT  250

seq1  GTATGACAGTGCTTTTGCTACCCGAGGTCCTTAACTGACCTAAGCAGACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGACAGTGCTTTTGCTACCCGAGGTCCTTAACTGACCTAAGCAGACA  300

seq1  TAGCATGAATGATAAAATACATACTTTAGCTTTGTTTTTCATTTTTCGTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGAATGATAAAATACATACTTTAGCTTTGTTTTTCATTTTTCGTC  350

seq1  CTTTCCTTTTCTTCCCTCCAACCTCCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTTTCTTCCCTCCAACCTCCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCC  400

seq1  CTGGCTGTCCTGGAAACCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAATTCACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGTCCTGGAAACCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAATTCACA  450

seq1  GAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTATGCCCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTATGCCCA  500

seq1  TGCATTTCTGCTTTTTACAAGGTTCTAGAATTAAAGTCTGTGAACTTTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTCTGCTTTTTACAAGGTTCTAGAATTAAAGTCTGTGAACTTTGT  550

seq1  ATATCTTAATTCATCCTGGCTGATGTTCTGAGGATGATGGATGGAGTGAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTAATTCATCCTGGCTGATGTTCTGAGGATGATGGATGGAGTGAT  600

seq1  ATAGCTACCCATGGACTTATGCCCAGAGCCCTTTCACCTCTGCTTTCTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTACCCATGGACTTATGCCCAGAGCCCTTTCACCTCTGCTTTCTTT  650

seq1  GTCTCTCTCTGTGTCTCTCTGTTTTCTCTCTGTGTCTCTCTCTGTGTCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCTCTGTGTCTCTCTGTTTTCTCTCTGTGTCTCTCTCTGTGTCTC  700

seq1  TCTGTCTCTCTCTCTGTGTCTCTGTCTCTGTCTGTCTCTCTCTCTGTCTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTCTCTCTGTGTCTCTGTCTCTGTCTGTCTCTCTCTCTGTCTC  750

seq1  TCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  800

seq1  TCCTCTCTCTCTCTCACCAAACCTGTTTGAATGTGGATTTTCTATTAAGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTCTCTCTCACCAAACCTGTTTGAATGTGGATTTTCTATTAAGT  850

seq1  GTATCCAATAGAATTC  864
      ||||||||||||||||
seq2  GTATCCAATAGAATTC  866

seq1: chr11_66208404_66209533
seq2: B6Ng01-235J22.g_68_1199

seq1  GAATTCCACAGCCATTATGCTAGGGGGAGAGCTTAGTGGTAGAGAGTGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGCCATTATGCTAGGGGGAGAGCTTAGTGGTAGAGAGTGCG  50

seq1  CTTCTCATGCATGAGGCTATGGGTTCGAGGCCCCAGCGCTGTGAAGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCATGCATGAGGCTATGGGTTCGAGGCCCCAGCGCTGTGAAGCCTG  100

seq1  TATTCAGGGATACAAGCCAAATAGTCCTTTATTCACTTGCTTAGCAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGGGATACAAGCCAAATAGTCCTTTATTCACTTGCTTAGCAAAAT  150

seq1  GCTGAGTGGAGATTAACTTTGTATGTCCTTTGTTTAATAACAAAGAGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTGGAGATTAACTTTGTATGTCCTTTGTTTAATAACAAAGAGGCT  200

seq1  CAAGTTTTCAGAGCCCATGCTATTTTTATAAAGAAAATGTCAGGGGGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTTCAGAGCCCATGCTATTTTTATAAAGAAAATGTCAGGGGGTGG  250

seq1  AGAGACAGCTCAGAAGTTTAACTCACTTTTTGCCAAGTTTGACTCCTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGCTCAGAAGTTTAACTCACTTTTTGCCAAGTTTGACTCCTGGC  300

seq1  ATCATCAAGGTAGCTCACAACCATCCCTAACTTCAAATTTCCAGGGAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCAAGGTAGCTCACAACCATCCCTAACTTCAAATTTCCAGGGAACC  350

seq1  AGATGCACTCTTCTCTCCTCCTCATGTATCAGGCATGCGTGTAGCACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCACTCTTCTCTCCTCCTCATGTATCAGGCATGCGTGTAGCACACA  400

seq1  TACATACATACATACATACATACATACATACATACAGGCAAAACATTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACATACATACATACATACATACATACAGGCAAAACATTCAA  450

seq1  ATGCATAAAATAAAATAACCTTAAAATAGAAAACTTTAAAATGACTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAAAATAAAATAACCTTAAAATAGAAAACTTTAAAATGACTTTTT  500

seq1  ATTCAAAAATAAATAGAAAGAAAGTTTATAAGTTGTAATTTTCCTTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAAATAAATAGAAAGAAAGTTTATAAGTTGTAATTTTCCTTAAAA  550

seq1  ACTAATGAAACTTTGATTAATTTCAAGACAATTCTTATAAGAAAAATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGAAACTTTGATTAATTTCAAGACAATTCTTATAAGAAAAATGTA  600

seq1  TATGAACTGAAGGATAAAAAGACTCCATCAAAAGTTGAAGTGGAATGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACTGAAGGATAAAAAGACTCCATCAAAAGTTGAAGTGGAATGAGG  650

seq1  CTGGAGAGGTGACTCTATAGTTAAGAGTACTGGCTGTTCTGCCAAAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAGGTGACTCTATAGTTAAGAGTACTGGCTGTTCTGCCAAAGAAC  700

seq1  CAGTGTTCAATTCCAGCACCCAAATGGAGTTCACAACTACCTAGAACTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTCAATTCCAGCACCCAAATGGAGTTCACAACTACCTAGAACTCC  750

seq1  AGTCCC-AAGGGATTTGACATTCTCTTCTGACCACTGCACACGCAGGGTG  799
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCAAAGGGATTTGACATTCTCTTCTGACCACTGCACACGCAGGGTG  800

seq1  AACAGACATATGTACTGAGCACTCTCACACAGAAAAATAATAGTCTTTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACATATGTACTGAGCACTCTCACACAGAAAAATAATAGTCTTTTA  850

seq1  AGTTGTTGTGAAAAACAAACCAAAACCAACCAGCCAACCAAACACCTGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTGTGAAAAACAAACCAAAACCAACCAGCCAACCAAACACCTGGG  900

seq1  TGTCAGAAAGAAGTAAGTAATTTGGAAGAGAATGTAATCAGGTCTTGCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGAAAGAAGTAAGTAATTTGGAAGAGAATGTAATCAGGTCTTGCAC  950

seq1  CAGGGAACATGAATTATAAAAAGCAGAGTGGTATGGGTGCAATAATAGGT  999
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAGGGAACATGAATTAT-AAAAGCAGAGTGGTATGGGTGC-ATAATAGGT  998

seq1  AAAT-GGAAG-AAAACAGATAAGGCAGGGAAGAGATGTTAGTAAGCTTAA  1047
      |||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||   |||| |||||||
seq2  AAATGGGAAGAAAAACAGA-ATAGCAGGGAAGAGAATGTAGT-AGCTTAA  1046

seq1  GGAGTGAACATAGAGTAAAGATAT-CACTGAGGTCAAAG-ATAGAGGGAA  1095
       |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| || |
seq2  AGAGTGACCATAGAGTAAAGATATCCACTGAGGTCCAAGAATAGAAGGTA  1096

seq1  AAAATGGAT-AAGAGCTAACTGATTAGGCCATAAAA  1130
      ||||||  | |||||||| |||| |  || ||||||
seq2  AAAATGATTAAAGAGCTACCTGAATTAGCAATAAAA  1132