BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237D19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 43,751,773 - 43,872,023
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAtp10b, EG544767, Pttg1, Slu7, LOC100039392, C1qtnf2, Ccnjl, Fabp6, LOC620562, 4631424J17Rik, Ttc1, Adra1b
Downstream geneIl12b, Ublcp1, 3732413I11Rik, Ebf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237D19.bB6Ng01-237D19.g
ACCGA048251GA048252
length1,1781,151
definitionB6Ng01-237D19.b B6Ng01-237D19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,751,773 - 43,752,938)(43,870,859 - 43,872,023)
sequence
gaattcactttgccctgagattttaattcttctctaatacatactaggta
ctctgagaacagagttggatggctcatgtaagttgtatgtgccggatatg
agttttctttttttaagacagggtttctttgtagccttggctattctgga
gctccctttgtagactggccttaacatcacagagatctgcctgcctctgc
ctcccaaatgatgggattaaaggcgtgtgccaccactgctcggttgagtg
taaggttttctagtgtcatagcacaagcaatagaatagagtgctttctta
aaatgccttgttccccattcctagaggtgaccttgtacaatttgtctatc
aggcagtttgtgagcagagagatatcctctctctggctattatgtttgat
ttttctctaagaattcctgccaagatctctatttacaatttatgtgtcta
ggcaagactgtggaattctgccatggcttcacagatgagcctatgagatt
tggacctagcatccatcctgtctgtagtggtaagttggggttaggcatgt
gacctatttctggccaaagaaaactggtttttctccccactgggctgaaa
gtgggaaggattaaggagaaagcacctttcctgacaccatgagaaggaag
aggggtggagtcagcaggtggagcagggtcaggttctgatggacatgaaa
tcatgactgcagttggcactttcacaggatcaggtacaggagccaacaca
cttagtgtgtggtgagacactgggaggagggattttagccacttgccaac
aagtgttcttgacggttacagtatgtgccatgggctatgcctctccatgt
gctgtatgacaatctcacttagctacgtaacacactccaaggccacagag
aactgagctcagagctggacctcattcttcccaagcacacccagaagacc
tctgcttaagacagaagtggaaaaggcaatttaaaaaggagaaggaagga
aggaggaagaaagaaagaatgacagtttgattttataacccttccagtat
ttgttcaaagctgctttaaaagatcttccaattgataatacacccattta
aacagaagtgaccagcattcaatgttgttagaatgaattggttgaaagtt
gcttgaagatgctgctattcagcttgga
gaattccaaactcctaagagctttcaggacttttatgaggaaagggggtg
agggaaagaaaggctaagaatgcatacagaaggtcttagcattctggaga
gagtgtctctaagctgagtaagagaacaaactgtttttaaaatgtcaatt
tgggcatttttagaagcatttatttacagacaatcccgttatgataatta
caagtgttctctattcatcaaaataaattccctagggctttctccctaca
gatatttattaaccttcttgcaattaacatttctacttaagaggagcgaa
actgcatttcccctaaaatatttcataattgatcatttactggttccagc
aagtccatcaatcctgcctcctttggtgccacgcccagatcaaggtcctg
cttgcctccaaaccttacaatttccactccttctggggaggacaccttcc
tctcctcccgtattcatgggaccattctttgtcatagctcaggagcaggt
tcattctttgtggagaattcttccaaaagagccctctccaccttacatga
ccttacatggcttggtttaagttcctttaggatgttcatgacagttggga
gctacagtggagccctgtggtcttatttaaggcggatctctgtcctctag
tcccagggcttccccagaggcattgtttctcttattctgctaacagtaag
gactcatgttatttgctgaatggagtgtgtgttctccagaccaatttgac
tgggttagaaagagctgcttagagagctatgcctgctagactcaaccaaa
tgaacagggagtctgtaagccccttagcaggagagatctctctcttttag
aagtagtatacagtttgagaatcttcaccgaaaacaatctgcaatattgg
caaacttctgggttgtcaggagatgaaaactacttaaatggttaagattg
actcatgctttaatgaacaatgcacataaaaccttcgctttcttccaccc
cccaccctccacacaagttccaccgtcttatggggagcttaactagaaac
acttgggactaagtacctgctttgtgaattatataagcccagaggagcag
caatgatgttgtttgtgtgccccgatctaggctcataatggtatcaatca
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_43751773_43752938
seq2: B6Ng01-237D19.b_44_1221

seq1  GAATTCACTTTGCCCTGAGATTTTAATTCTTCTCTAATACATACTAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGCCCTGAGATTTTAATTCTTCTCTAATACATACTAGGTA  50

seq1  CTCTGAGAACAGAGTTGGATGGCTCATGTAAGTTGTATGTGCCGGATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGAACAGAGTTGGATGGCTCATGTAAGTTGTATGTGCCGGATATG  100

seq1  AGTTTTCTTTTTTTAAGACAGGGTTTCTTTGTAGCCTTGGCTATTCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCTTTTTTTAAGACAGGGTTTCTTTGTAGCCTTGGCTATTCTGGA  150

seq1  GCTCCCTTTGTAGACTGGCCTTAACATCACAGAGATCTGCCTGCCTCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTTTGTAGACTGGCCTTAACATCACAGAGATCTGCCTGCCTCTGC  200

seq1  CTCCCAAATGATGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACTGCTCGGTTGAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAAATGATGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACTGCTCGGTTGAGTG  250

seq1  TAAGGTTTTCTAGTGTCATAGCACAAGCAATAGAATAGAGTGCTTTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTTTCTAGTGTCATAGCACAAGCAATAGAATAGAGTGCTTTCTTA  300

seq1  AAATGCCTTGTTCCCCATTCCTAGAGGTGACCTTGTACAATTTGTCTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCTTGTTCCCCATTCCTAGAGGTGACCTTGTACAATTTGTCTATC  350

seq1  AGGCAGTTTGTGAGCAGAGAGATATCCTCTCTCTGGCTATTATGTTTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTTTGTGAGCAGAGAGATATCCTCTCTCTGGCTATTATGTTTGAT  400

seq1  TTTTCTCTAAGAATTCCTGCCAAGATCTCTATTTACAATTTATGTGTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTAAGAATTCCTGCCAAGATCTCTATTTACAATTTATGTGTCTA  450

seq1  GGCAAGACTGTGGAATTCTGCCATGGCTTCACAGATGAGCCTATGAGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGACTGTGGAATTCTGCCATGGCTTCACAGATGAGCCTATGAGATT  500

seq1  TGGACCTAGCATCCATCCTGTCTGTAGTGGTAAGTTGGGGTTAGGCATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCTAGCATCCATCCTGTCTGTAGTGGTAAGTTGGGGTTAGGCATGT  550

seq1  GACCTATTTCTGGCCAAAGAAAACTGGTTTTTCTCCCCACTGGGCTGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTATTTCTGGCCAAAGAAAACTGGTTTTTCTCCCCACTGGGCTGAAA  600

seq1  GTGGGAAGGATTAAGGAGAAAGCACCTTTCCTGACACCATGAGAAGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAGGATTAAGGAGAAAGCACCTTTCCTGACACCATGAGAAGGAAG  650

seq1  AGGGGTGGAGTCAGCAGGTGGAGCAGGGTCAGGTTCTGATGGACATGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGGAGTCAGCAGGTGGAGCAGGGTCAGGTTCTGATGGACATGAAA  700

seq1  TCATGACTGCAGTTGGCACTTTCACAGGATCAGGTACAGGAGCCAACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACTGCAGTTGGCACTTTCACAGGATCAGGTACAGGAGCCAACACA  750

seq1  CTTAGTGTGTGGTGAGACACTGGGAGGAGGGATTTTAGCCACTTGCCAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGTGTGGTGAGACACTGGGAGGAGGGATTTTAGCCACTTGCCAAC  800

seq1  AAGTGTTCTTGACGGTTACAGTATGTGCCATGGGCTATGCCTCTCCATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTCTTGACGGTTACAGTATGTGCCATGGGCTATGCCTCTCCATGT  850

seq1  GCTGTATGACAATCTCACTTAGCTACGTAACACACTCCAA-GCCACAGAG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTGTATGACAATCTCACTTAGCTACGTAACACACTCCAAGGCCACAGAG  900

seq1  AACTGAGCTCAGAGCTGGACCTCATTCTTCCCAAGCACACCCAGAAGACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGCTCAGAGCTGGACCTCATTCTTCCCAAGCACACCCAGAAGACC  950

seq1  TCTGCTTAAGACAGAAGTGGAAAAGGCAATTAAAAAGGAAGAAGGAAAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||||
seq2  TCTGCTTAAGACAGAAGTGGAAAAGGCAATTTAAAAAGGAGAAGG-AAGG  999

seq1  AAGGAAGGAAGAAAGAAAAGAATGACAG-TTGATTTTATAA-CCTTCCAG  1047
      |||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  AAGG-AGGAAGAAAG-AAAGAATGACAGTTTGATTTTATAACCCTTCCAG  1047

seq1  TATT--GTCAAAGCCGCTTTAAAAGATCT--CCATTGAT-ATACACCCAT  1092
      ||||   ||||||| ||||||||||||||  | |||||| ||||||||||
seq2  TATTTGTTCAAAGCTGCTTTAAAAGATCTTCCAATTGATAATACACCCAT  1097

seq1  TTAAACAGAAGTGACCAGTAT--CATGTTG-TAG-ATGA--TGGGTGGAA  1136
      |||||||||||||||||| ||   |||||| ||| ||||  ||| || ||
seq2  TTAAACAGAAGTGACCAGCATTCAATGTTGTTAGAATGAATTGGTTGAAA  1147

seq1  G-TGC-TGAAGATGCTGGGCTA-TCAGCTTGGA  1166
      | ||| ||||||||||  |||| ||||||||||
seq2  GTTGCTTGAAGATGCT--GCTATTCAGCTTGGA  1178

seq1: chr11_43870859_43872023
seq2: B6Ng01-237D19.g_67_1217 (reverse)

seq1  ATGATTGATTTAACATTATTGAGCCTAGAATTTCTGGCACACAAACAACA  50
      ||||||||  || ||||| ||||||||||  |   |||||||||||||||
seq2  ATGATTGA--TACCATTA-TGAGCCTAGA--TCGGGGCACACAAACAACA  45

seq1  TCACTGCTGCCTTCCTCT-GGCTTATATTAATTTCACAAAGCAAGGTACT  99
      ||| ||||||  |||||| |||||||||  | |||||||||| |||||||
seq2  TCATTGCTGC--TCCTCTGGGCTTATAT--AATTCACAAAGC-AGGTACT  90

seq1  TAGTCCCAAGTGTTTCTAGGTTTAAGCTCCCATTAAGGACGGTGG-ACTT  148
      |||||||||||||||||||  ||||||||||  ||| |||||||| ||||
seq2  TAGTCCCAAGTGTTTCTAG--TTAAGCTCCCCATAA-GACGGTGGAACTT  137

seq1  GTGTGGGAGGGGTGGGGGTGGAAGAAAGCGAAGGTTTTATTGTGCATTGT  198
      |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  GTGT-GGAGGGTGGGGGGTGGAAGAAAGCGAAGGTTTTA-TGTGCATTG-  184

seq1  TTCATTAAAGCATGAGTCAATCTTAACCATTTAAGTAGTTTTCATCTCCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTCATTAAAGCATGAGTCAATCTTAACCATTTAAGTAGTTTTCATCT-CC  233

seq1  TGACAA-CCAGAAGTTTGCCAATATTGCAGATTGTTTTCGGTGAAGATTC  297
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACCCAGAAGTTTGCCAATATTGCAGATTGTTTTCGGTGAAGATTC  283

seq1  TCAAACTGTATACTACTTCTAAAAGAGAGAGATCTCTCCTGCTAAGGGGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTGTATACTACTTCTAAAAGAGAGAGATCTCTCCTGCTAAGGGGC  333

seq1  TTACAGACTCCCTGTTCATTTGGTTGAGTCTAGCAGGCATAGCTCTCTAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGACTCCCTGTTCATTTGGTTGAGTCTAGCAGGCATAGCTCTCTAA  383

seq1  GCAGCTCTTTCTAACCCAGTCAAATTGGTCTGGAGAACACACACTCCATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCTTTCTAACCCAGTCAAATTGGTCTGGAGAACACACACTCCATT  433

seq1  CAGCAAATAACATGAGTCCTTACTGTTAGCAGAATAAGAGAAACAATGCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAATAACATGAGTCCTTACTGTTAGCAGAATAAGAGAAACAATGCC  483

seq1  TCTGGGGAAGCCCTGGGACTAGAGGACAGAGATCCGCCTTAAATAAGACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGAAGCCCTGGGACTAGAGGACAGAGATCCGCCTTAAATAAGACC  533

seq1  ACAGGGCTCCACTGTAGCTCCCAACTGTCATGAACATCCTAAAGGAACTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCTCCACTGTAGCTCCCAACTGTCATGAACATCCTAAAGGAACTT  583

seq1  AAACCAAGCCATGTAAGGTCATGTAAGGTGGAGAGGGCTCTTTTGGAAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAGCCATGTAAGGTCATGTAAGGTGGAGAGGGCTCTTTTGGAAGA  633

seq1  ATTCTCCACAAAGAATGAACCTGCTCCTGAGCTATGACAAAGAATGGTCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCCACAAAGAATGAACCTGCTCCTGAGCTATGACAAAGAATGGTCC  683

seq1  CATGAATACGGGAGGAGAGGAAGGTGTCCTCCCCAGAAGGAGTGGAAATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATACGGGAGGAGAGGAAGGTGTCCTCCCCAGAAGGAGTGGAAATT  733

seq1  GTAAGGTTTGGAGGCAAGCAGGACCTTGATCTGGGCGTGGCACCAAAGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTTTGGAGGCAAGCAGGACCTTGATCTGGGCGTGGCACCAAAGGA  783

seq1  GGCAGGATTGATGGACTTGCTGGAACCAGTAAATGATCAATTATGAAATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGATTGATGGACTTGCTGGAACCAGTAAATGATCAATTATGAAATA  833

seq1  TTTTAGGGGAAATGCAGTTTCGCTCCTCTTAAGTAGAAATGTTAATTGCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGGGAAATGCAGTTTCGCTCCTCTTAAGTAGAAATGTTAATTGCA  883

seq1  AGAAGGTTAATAAATATCTGTAGGGAGAAAGCCCTAGGGAATTTATTTTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTTAATAAATATCTGTAGGGAGAAAGCCCTAGGGAATTTATTTTG  933

seq1  ATGAATAGAGAACACTTGTAATTATCATAACGGGATTGTCTGTAAATAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAGAGAACACTTGTAATTATCATAACGGGATTGTCTGTAAATAAA  983

seq1  TGCTTCTAAAAATGCCCAAATTGACATTTTAAAAACAGTTTGTTCTCTTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTAAAAATGCCCAAATTGACATTTTAAAAACAGTTTGTTCTCTTA  1033

seq1  CTCAGCTTAGAGACACTCTCTCCAGAATGCTAAGACCTTCTGTATGCATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTTAGAGACACTCTCTCCAGAATGCTAAGACCTTCTGTATGCATT  1083

seq1  CTTAGCCTTTCTTTCCCTCACCCCCTTTCCTCATAAAAGTCCTGAAAGCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCTTTCTTTCCCTCACCCCCTTTCCTCATAAAAGTCCTGAAAGCT  1133

seq1  CTTAGGAGTTTGGAATTC  1165
      ||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAGTTTGGAATTC  1151