BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242D08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 114,457,442 - 114,588,359
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRpl38, Ttyh2
Upstream geneSstr2, Cog1, D11Wsu99e, D11Wsu47e, D11Ertd636e, Cdc42ep4, Sdk2, LOC100041739, LOC634710, 4932435O22Rik
Downstream geneDnaic2, Kif19a, 1500005I02Rik, Gpr142, Gprc5c, Cd300a, Cd300lb, Cd300c, 4732429D16Rik, Cd300d, LOC629970, LOC100043123, LOC100043125, Clm3, Cd300e, Cd300lf, Rab37, Slc9a3r1, Nat9, Tmem104, Grin2c, Fdxr, Fads6, Otop2, Ush1g, Otop3, C630004H02Rik, Cdr2l, Ict1, Atp5h, Kctd2, 4933422H20Rik, Slc16a5, Armc7, Nt5c, Hn1, Sumo2, Nup85, Gga3, Mrps7, Mif4gd, Slc25a19, Grb2, LOC100043184
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242D08.bB6Ng01-242D08.g
ACCGA051914GA051915
length1,0831,048
definitionB6Ng01-242D08.b B6Ng01-242D08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,457,442 - 114,458,520)(114,587,317 - 114,588,359)
sequence
gggaattcaccaccaaaatagattatcttctacagcacgggttttgatag
atttcagtcattggactattgcagtgtgctttctgatgaattagaaatat
ctacgttggcatctagatatctcccaaatatttataaattaacagaacgc
ttctcactcagaggggaacggaaaacatgagttaaatgatgatgaaaatg
tatcaaaatctgtggaacatactctctttctgagaattaactgttgtaag
aatcgcctgggggtggaggaatgtagaggtggctttgtggataagagcac
ttgctgtgtaaagatgaggatctgagttcaaccctccagaacccttgtaa
aagccacacatggctccagagacaggtgggcttcaggaactcgctagcca
gataggccagtagaaatggtgaactttcagttcagtgagagacactgtct
caagggagtaaggcagagagcaatagaagatacccagcatcctcctctgg
cttccatatgcctacacacacagagagacagagagacagacagagagaca
gaggcatacacacatacatatacacaaagagacagagagatagatagata
gacaggcagagacagacacatacacagagagaggcagagacagagataga
cagagacagacacacacacgcagagacatacatattcgtaggcagagaaa
cggagacagagagacagatagatagacatatatacaaagagagagagaga
gagaaacacacacacacaggaaagagaaatgagacagacagacagacaga
cagacagacagatagaattatccagtgttatacaacatttatagccaggc
atgatgacatacacgtttaacactcagcaggtggatctctttgcgttaaa
gccaggtctacatagaaagtcccagacccatctagagctatgttgtaaga
cctgtctcaaataagcaaatagatagaatgggtggatagactgaacagac
agagatatttctcttctgccccaattccttggcgcagagtctctagaact
tcttgtagatgaagggaattctggggacttttg
gaattcatctctggaatggaaattccttgagggtcaggctcaatgcatgc
aagcatggcttagctatgcggctggcacgttgtaaatatggtttcattgc
atgaatgaatgagctagctgatggacacatgaatgacacaaagagagatg
tgtttctcatgagcttgaggcaaggaagtgagaaaatgtgggagggattg
atggacaggctgagtacaaggcactttgttgggtaagcctgacaagcaga
gttcacatcctagaacccacataaaaatgggggaaaaaatggattccaca
aagttgtcctctgatctgtgtcatgtagcacacccacaatcatcatcatc
atcaataatttaaaaagaattaaagaagggaggtagagtcctatatctag
gactggtgagatggctcagtagagaaaggggcttgctaccacttctatga
cctagggttgagccccagacacacatggtgaaggagagaactgaattctc
taagttgtcctctgacctccatacttgtgctatgtaagacacacacaaac
acacacatacacaatatgatttttaaaaaaagatttatttatttatttag
taccgtgttctgtcagcatgccagaagagggtaccaagattccattacag
atggttgtgagccaccatgtggttgctgggaattgacctcaggacctctg
gaagcacagtcagtgtatttaacctctgagccatctctccagcccacaat
ataattttttaaagagaaagaaaactacagaaccgtatatactttcccag
aggtgttccttaagagcatttgggacccgaggttggttctttatttatca
tgggattttagcaaggcactctctctgccatcccctgtgaggtttgaatg
agatcaccctcatagctcatatatttgtatgcttagttcccagatggaac
aagctttttggaaaagattagaaccttgttgggagaggtatgtcactggg
gagtggggcttggagcctttaaaaggctcacaccagggcccagtctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_114457442_114458520
seq2: B6Ng01-242D08.b_54_1134

seq1  GAATTCACCACCAAAATAGATTATCTTCTACAGCACGGGTTTTGATAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCACCAAAATAGATTATCTTCTACAGCACGGGTTTTGATAGAT  50

seq1  TTCAGTCATTGGACTATTGCAGTGTGCTTTCTGATGAATTAGAAATATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCATTGGACTATTGCAGTGTGCTTTCTGATGAATTAGAAATATCT  100

seq1  ACGTTGGCATCTAGATATCTCCCAAATATTTATAAATTAACAGAACGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGGCATCTAGATATCTCCCAAATATTTATAAATTAACAGAACGCTT  150

seq1  CTCACTCAGAGGGGAACGGAAAACATGAGTTAAATGATGATGAAAATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCAGAGGGGAACGGAAAACATGAGTTAAATGATGATGAAAATGTA  200

seq1  TCAAAATCTGTGGAACATACTCTCTTTCTGAGAATTAACTGTTGTAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATCTGTGGAACATACTCTCTTTCTGAGAATTAACTGTTGTAAGAA  250

seq1  TCGCCTGGGGGTGGAGGAATGTAGAGGTGGCTTTGTGGATAAGAGCACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCTGGGGGTGGAGGAATGTAGAGGTGGCTTTGTGGATAAGAGCACTT  300

seq1  GCTGTGTAAAGATGAGGATCTGAGTTCAACCCTCCAGAACCCTTGTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTAAAGATGAGGATCTGAGTTCAACCCTCCAGAACCCTTGTAAAA  350

seq1  GCCACACATGGCTCCAGAGACAGGTGGGCTTCAGGAACTCGCTAGCCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACATGGCTCCAGAGACAGGTGGGCTTCAGGAACTCGCTAGCCAGA  400

seq1  TAGGCCAGTAGAAATGGTGAACTTTCAGTTCAGTGAGAGACACTGTCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAGTAGAAATGGTGAACTTTCAGTTCAGTGAGAGACACTGTCTCA  450

seq1  AGGGAGTAAGGCAGAGAGCAATAGAAGATACCCAGCATCCTCCTCTGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTAAGGCAGAGAGCAATAGAAGATACCCAGCATCCTCCTCTGGCT  500

seq1  TCCATATGCCTACACACACAGAGAGACAGAGAGACAGACAGAGAGACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATGCCTACACACACAGAGAGACAGAGAGACAGACAGAGAGACAGA  550

seq1  GGCATACACACATACATATACACAAAGAGACAGAGAGATAGATAGATAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATACACACATACATATACACAAAGAGACAGAGAGATAGATAGATAGA  600

seq1  CAGGCAGAGACAGACACATACACAGAGAGAGGCAGAGACAGAGATAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGAGACAGACACATACACAGAGAGAGGCAGAGACAGAGATAGACA  650

seq1  GAGACAGACACACACACGCAGAGACATACATATTCGTAGGCAGAGAAACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGACACACACACGCAGAGACATACATATTCGTAGGCAGAGAAACG  700

seq1  GAGACAGAGAGACAGATAGATAGACATATATACAAAGAGAGAGAGAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAGAGACAGATAGATAGACATATATACAAAGAGAGAGAGAGAGA  750

seq1  GAAACACACACACACA-GAAAGAGAAATGAGACAGACAGACAGACAGACA  799
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACACACACACAGGAAAGAGAAATGAGACAGACAGACAGACAGACA  800

seq1  GACAGACAGATAGAATTATCCAGTGTTATACAACATTTATAGCCAGGCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACAGATAGAATTATCCAGTGTTATACAACATTTATAGCCAGGCAT  850

seq1  GATGACATACACGTTTAACACTCAGGCAGGTGGATCTCTTTGCGTTTAAA  899
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  GATGACATACACGTTTAACACTCA-GCAGGTGGATCTCTTTGCG-TTAAA  898

seq1  GCCAGGTCTACATAGAAAGTCCCAGACCCATCTAGAGCTATGTTGTAAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTCTACATAGAAAGTCCCAGACCCATCTAGAGCTATGTTGTAAGA  948

seq1  CCCTGTCTCAAAATAAAGCAAATAGATAG-ATGGGTGGATAGACTG-ACA  997
       |||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  -CCTGTCTCAAA--TAAGCAAATAGATAGAATGGGTGGATAGACTGAACA  995

seq1  GACAGAGATATTTCTC-TCTGCCCCAATTCCCTGGCGCAGAGTCCCTAGA  1046
      |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  GACAGAGATATTTCTCTTCTGCCCCAATTCCTTGGCGCAGAGTCTCTAGA  1045

seq1  AC-TCTTGTAGATG-AGGGAA-TCTGGGGACTTTTG  1079
      || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  ACTTCTTGTAGATGAAGGGAATTCTGGGGACTTTTG  1081

seq1: chr11_114587317_114588359
seq2: B6Ng01-242D08.g_65_1112 (reverse)

seq1  AGAGACTGGG-CCTGGTGTGAG-CTTTTAAAGCCTCCAAG-CCCACT-CC  46
      |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||
seq2  AGAGACTGGGCCCTGGTGTGAGCCTTTTAAAGGCTCCAAGCCCCACTCCC  50

seq1  CAGTGACATACCTTCTCCAACAAGGTTCTAATCTTTTCCAAAAAGCTTG-  95
      |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGTGACATACCTCTCCCAACAAGGTTCTAATCTTTTCCAAAAAGCTTGT  100

seq1  TCCATCTGGGAACTAAGCATACAAATATATGAGCTATGAGGGTGATCTCA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTGGGAACTAAGCATACAAATATATGAGCTATGAGGGTGATCTCA  150

seq1  TTCAAACCTCACAGGGGATGGCAGAGAGAGTGCCTTGCTAAAATCCCATG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACCTCACAGGGGATGGCAGAGAGAGTGCCTTGCTAAAATCCCATG  200

seq1  ATAAATAAAGAACCAACCTCGGGTCCCAAATGCTCTTAAGGAACACCTCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAAGAACCAACCTCGGGTCCCAAATGCTCTTAAGGAACACCTCT  250

seq1  GGGAAAGTATATACGGTTCTGTAGTTTTCTTTCTCTTTAAAAAATTATAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGTATATACGGTTCTGTAGTTTTCTTTCTCTTTAAAAAATTATAT  300

seq1  TGTGGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAATACACTGACTGTGCTTCCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAATACACTGACTGTGCTTCCA  350

seq1  GAGGTCCTGAGGTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCTGAGGTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCT  400

seq1  GTAATGGAATCTTGGTACCCTCTTCTGGCATGCTGACAGAACACGGTACT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGGAATCTTGGTACCCTCTTCTGGCATGCTGACAGAACACGGTACT  450

seq1  AAATAAATAAATAAATCTTTTTTTAAAAATCATATTGTGTATGTGTGTGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAATAAATCTTTTTTTAAAAATCATATTGTGTATGTGTGTGT  500

seq1  TTGTGTGTGTCTTACATAGCACAAGTATGGAGGTCAGAGGACAACTTAGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTGTCTTACATAGCACAAGTATGGAGGTCAGAGGACAACTTAGA  550

seq1  GAATTCAGTTCTCTCCTTCACCATGTGTGTCTGGGGCTCAACCCTAGGTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCTCTCCTTCACCATGTGTGTCTGGGGCTCAACCCTAGGTC  600

seq1  ATAGAAGTGGTAGCAAGCCCCTTTCTCTACTGAGCCATCTCACCAGTCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGTGGTAGCAAGCCCCTTTCTCTACTGAGCCATCTCACCAGTCCT  650

seq1  AGATATAGGACTCTACCTCCCTTCTTTAATTCTTTTTAAATTATTGATGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAGGACTCTACCTCCCTTCTTTAATTCTTTTTAAATTATTGATGA  700

seq1  TGATGATGATTGTGGGTGTGCTACATGACACAGATCAGAGGACAACTTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGATTGTGGGTGTGCTACATGACACAGATCAGAGGACAACTTTG  750

seq1  TGGAATCCATTTTTTCCCCCATTTTTATGTGGGTTCTAGGATGTGAACTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATCCATTTTTTCCCCCATTTTTATGTGGGTTCTAGGATGTGAACTC  800

seq1  TGCTTGTCAGGCTTACCCAACAAAGTGCCTTGTACTCAGCCTGTCCATCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTCAGGCTTACCCAACAAAGTGCCTTGTACTCAGCCTGTCCATCA  850

seq1  ATCCCTCCCACATTTTCTCACTTCCTTGCCTCAAGCTCATGAGAAACACA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCCCACATTTTCTCACTTCCTTGCCTCAAGCTCATGAGAAACACA  900

seq1  TCTCTCTTTGTGTCATTCATGTGTCCATCAGCTAGCTCATTCATTCATGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTTGTGTCATTCATGTGTCCATCAGCTAGCTCATTCATTCATGC  950

seq1  AATGAAACCATATTTACAACGTGCCAGCCGCATAGCTAAGCCATGCTTGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAACCATATTTACAACGTGCCAGCCGCATAGCTAAGCCATGCTTGC  1000

seq1  ATGCATTGAGCCTGACCCTCAAGGAATTTCCATTCCAGAGATGAATTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTGAGCCTGACCCTCAAGGAATTTCCATTCCAGAGATGAATTC  1048