BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242I13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 66,985,178 - 67,176,489
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyh2, Myh1, Myh4, Myh8, Myh13
Upstream geneGm879, LOC668323, A530088H08Rik, 9130409J20Rik, A730055C05Rik, 2310004I24Rik, Sco1, Myh3
Downstream geneGas7, Rcvrn, Glp2r, LOC544792, Dhrs7c, LOC100041899, Usp43, Wdr16, Stx8, Ntn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242I13.bB6Ng01-242I13.g
ACCGA052152GA052153
length9911,094
definitionB6Ng01-242I13.b B6Ng01-242I13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,985,178 - 66,986,158)(67,175,414 - 67,176,489)
sequence
gaattcagcagccccattactgctgcatgctgcatctccgtagagggaga
tggggagagacgatttaaaggagtttcaagcattcgatcctgcagtgact
gtactggataacttccccaccttgtattgttctgccacctgtaccttgaa
gcagtgtggaacaagctgccaggtttcactttctgtacaaggaagcttag
acctctgggagtcctgccatgtagaagcacaaagatgggcgtgggtgtgt
gggttatctccttcatgagttagcttggtttagtgtgcaaagataccatg
ttagaataattgcccagcatccaactttaaaagggggggggggaggtgac
aaacagaaacacaattaaaattcttcccaaactactttgggtaaatttgg
ccaaatatctaaacatgaaaataaagtggtcttactttatatggccagaa
agatgtgagacattaaagtaaatgacattttctatgcaaataatttcctg
aacctgttccaattacttagtagtcattttaaaacattttcccaaatatc
accctatcccaagggcttcaaagtgaaaagaagctagtactatcatcctt
gccctaaagatggagttactgaggctcaacataatcaagagacttaccca
aggtcacacaatccttggcaacatcactctacctataacctagtttccca
actgggatgccagtctcagaggatgggagatactagatgcctaatcctaa
gcacacatcactgcaacctcttgaacttctgttctttgtgatgtctgctt
tcagcaactgcagcctggtagtagtagaaattgcctattgtaatttgcaa
ctgggggcccctgcagtaagacatcgtaacagtggttctcaaccctccta
atgttgctacccctgtaaaacagtccctcattgctggtggtgaccttcat
tgacagaaatgatttcattgctacttcataagtgtactttt
gaattctttatgaccttacgtacacacatcatgaaggaccagaaaactca
gactctgagtctttcacaatcagcagagacttaggggaacctggatgctg
tctaattttatcgatcagaagcctgaagttattaagagctctagtaatgt
gctcaaggacgcaaggtcacttgaagactagaatccctgaagtctctttt
attgtaagagcagttcactaggtagctccagtcctcaagagaagaatcag
gggccattgcatgaagaagagggtctgagccttagggaacactagtaaat
ttgaggtttgatggatgaggatgttataaggtcatgggaagctgtgtcta
gtcggggctggagttggcaggagaaaggagagcagtataacccagctatg
ccccggagggagctcaccttgcaggtttttattctcccgtctcagtgtct
ctaactgatccaccacctcctcataggcattcctcatcttgaagatttca
gtactgagagacctggactctttctgggcagcttccagctcagcttggct
ctcatccagtttttgtttccactctgcaaggacctgcaatgaggggatgg
gaaacatgggaaacagaagagatgaggagggggcttgggagagaccatcc
aaacacaggcagtgagcaatgttaaggtttcaccttcccatccttgagga
ccaacagaagaaggctggctctactctagaccagggactccaaaacccag
atgtctctacaggtgccctgctgagttcttaaacataatacaggctgagc
attactgatccaacaggtaattttctcagatttcagaatatctggagaat
ttgtgtagacataggagacctttagagatgagactacattacggccataa
gaaatagtactttgagcatgtttgtgtgcatgaaggctgtatgtgagtaa
tatgatgtgccatgtggtgtgtttacaatgtaccaatatgtttgtggagg
gacaatttggtatgtgcatgtaaggtggtgaagcagtgcaagggtcagaa
gacagtcctgggaatatttaagtcttcacctctcatcttgaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_66985178_66986158
seq2: B6Ng01-242I13.b_45_1035

seq1  GAATTCAGCAGCCCCATTACTGCTGCATGCTGCATCTCCGTAGAGGGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGCCCCATTACTGCTGCATGCTGCATCTCCGTAGAGGGAGA  50

seq1  TGGGGAGAGACGATTTAAAGGAGTTTCAAGCATTCGATCCTGCAGTGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGAGACGATTTAAAGGAGTTTCAAGCATTCGATCCTGCAGTGACT  100

seq1  GTACTGGATAACTTCCCCACCTTGTATTGTTCTGCCACCTGTACCTTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGATAACTTCCCCACCTTGTATTGTTCTGCCACCTGTACCTTGAA  150

seq1  GCAGTGTGGAACAAGCTGCCAGGTTTCACTTTCTGTACAAGGAAGCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTGGAACAAGCTGCCAGGTTTCACTTTCTGTACAAGGAAGCTTAG  200

seq1  ACCTCTGGGAGTCCTGCCATGTAGAAGCACAAAGATGGGCGTGGGTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGGGAGTCCTGCCATGTAGAAGCACAAAGATGGGCGTGGGTGTGT  250

seq1  GGGTTATCTCCTTCATGAGTTAGCTTGGTTTAGTGTGCAAAGATACCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTATCTCCTTCATGAGTTAGCTTGGTTTAGTGTGCAAAGATACCATG  300

seq1  TTAGAATAATTGCCCAGCATCCAACTTTAAAAGGGGGGGGGGGAGGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATAATTGCCCAGCATCCAACTTTAAAAGGGGGGGGGGGAGGTGAC  350

seq1  AAACAGAAACACAATTAAAATTCTTCCCAAACTACTTTGGGTAAATTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAACACAATTAAAATTCTTCCCAAACTACTTTGGGTAAATTTGG  400

seq1  CCAAATATCTAAACATGAAAATAAAGTGGTCTTACTTTATATGGCCAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATATCTAAACATGAAAATAAAGTGGTCTTACTTTATATGGCCAGAA  450

seq1  AGATGTGAGACATTAAAGTAAATGACATTTTCTATGCAAATAATTTCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGAGACATTAAAGTAAATGACATTTTCTATGCAAATAATTTCCTG  500

seq1  AACCTGTTCCAATTACTTAGTAGTCATTTTAAAACATTTTCCCAAATATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTTCCAATTACTTAGTAGTCATTTTAAAACATTTTCCCAAATATC  550

seq1  ACCCTATCCCAAGGGCTTCAAAGTGAAAAGAAGCTAGTACTATCATCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTATCCCAAGGGCTTCAAAGTGAAAAGAAGCTAGTACTATCATCCTT  600

seq1  GCCCTAAAGATGGAGTTACTGAGGCTCAACATAATCAAGAGACTTACCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAAGATGGAGTTACTGAGGCTCAACATAATCAAGAGACTTACCCA  650

seq1  AGGTCACACAATCCTTGGCAACATCACTCTACCTATAACCTAGTTTCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACACAATCCTTGGCAACATCACTCTACCTATAACCTAGTTTCCCA  700

seq1  ACTGGGATGCCAGTCTCAGAGGATGGGAGATACTAGATGCCTAATCCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGATGCCAGTCTCAGAGGATGGGAGATACTAGATGCCTAATCCTAA  750

seq1  GCACACATCACTGCAACCTCTTGAACTTCTGTTC-TTGTGATGTCTGC-T  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  GCACACATCACTGCAACCTCTTGAACTTCTGTTCTTTGTGATGTCTGCTT  800

seq1  TCAGCAACTGCAGCCTGGTAGTAGTAG-AATTGCCTAGTGTAATTTGCAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TCAGCAACTGCAGCCTGGTAGTAGTAGAAATTGCCTATTGTAATTTGCAA  850

seq1  CT-GGGGCCCCTGCAGT-AGACATCGTAACAGTGGTTCTCAACCCTCCTA  895
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGGCCCCTGCAGTAAGACATCGTAACAGTGGTTCTCAACCCTCCTA  900

seq1  ATGTTGCTA-CCCTGTAAAACAGTTCCTCAT--GTTGTGGTGACC-TCAA  941
      ||||||||| |||||||||||||| ||||||   | ||||||||| ||| 
seq2  ATGTTGCTACCCCTGTAAAACAGTCCCTCATTGCTGGTGGTGACCTTCAT  950

seq1  TGACAG-AATGATTTCATTGCTACTTCATAAGTGTACTTTT  981
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGAAATGATTTCATTGCTACTTCATAAGTGTACTTTT  991

seq1: chr11_67175414_67176489
seq2: B6Ng01-242I13.g_70_1163 (reverse)

seq1  CCTTCAAGGTGGGAGGTGAAGACT--AATAT--CCAGGGCTGTCCTCTGA  46
      |||||||| || ||||||||||||  |||||  ||||| ||||| |||||
seq2  CCTTCAAGATGAGAGGTGAAGACTTAAATATTCCCAGGACTGTCTTCTGA  50

seq1  CCTTTGCA-TGC-TCA-CACC-TACATGCACATA-CAAATTGTCCCT-CA  90
      || ||||| ||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  CCCTTGCACTGCTTCACCACCTTACATGCACATACCAAATTGTCCCTCCA  100

seq1  CAAACATATT-GTACA-TGTAAACACA-CACAT-GCACATCATA-TACTC  135
      |||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||
seq2  CAAACATATTGGTACATTGTAAACACACCACATGGCACATCATATTACTC  150

seq1  ACATACAGCC-TCATGCACACAAACATGCTCAAAGTACTATTTCTTATGG  184
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGCCTTCATGCACACAAACATGCTCAAAGTACTATTTCTTATGG  200

seq1  CCGTAATGTAGTCTCATCTCT-AAGGTCTCCTATGTCTACACAAATTCTC  233
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTAATGTAGTCTCATCTCTAAAGGTCTCCTATGTCTACACAAATTCTC  250

seq1  CAGATATTCTGAAATCTGAGAAAATTACCTGTTGGATCAGTAATGCTCAG  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATTCTGAAATCTGAGAAAATTACCTGTTGGATCAGTAATGCTCAG  300

seq1  CCTGTATTATGTTTAAGAACTCAGCAGGGCACCTGTAGAGACATCTGGG-  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTGTATTATGTTTAAGAACTCAGCAGGGCACCTGTAGAGACATCTGGGT  350

seq1  TTTGGAGTCCCTGGTCTAGAGTAGAGCCAGCCTTCTTCTGTTGGTCCTCA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGTCCCTGGTCTAGAGTAGAGCCAGCCTTCTTCTGTTGGTCCTCA  400

seq1  AGGATGGGAAGGTGAAACCTTAACATTGCTCACTGCCTGTGTTTGGATGG  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGGAAGGTGAAACCTTAACATTGCTCACTGCCTGTGTTTGGATGG  450

seq1  TCTCTCCCAAGCCCCCTCCTCATCTCTTCTGTTTCCCATGTTTCCCATCC  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCCAAGCCCCCTCCTCATCTCTTCTGTTTCCCATGTTTCCCATCC  500

seq1  CCTCATTGCAGGTCCTTGCAGAGTGGAAACAAAAACTGGATGAGAGCCAA  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTGCAGGTCCTTGCAGAGTGGAAACAAAAACTGGATGAGAGCCAA  550

seq1  GCTGAGCTGGAAGCTGCCCAGAAAGAGTCCAGGTCTCTCAGTACTGAAAT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCTGGAAGCTGCCCAGAAAGAGTCCAGGTCTCTCAGTACTGAAAT  600

seq1  CTTCAAGATGAGGAATGCCTATGAGGAGGTGGTGGATCAGTTAGAGACAC  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGATGAGGAATGCCTATGAGGAGGTGGTGGATCAGTTAGAGACAC  650

seq1  TGAGACGGGAGAATAAAAACCTGCAAGGTGAGCTCCCTCCGGGGCATAGC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACGGGAGAATAAAAACCTGCAAGGTGAGCTCCCTCCGGGGCATAGC  700

seq1  TGGGTTATACTGCTCTCCTTTCTCCTGCCAACTCCAGCCCCGACTAGACA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTATACTGCTCTCCTTTCTCCTGCCAACTCCAGCCCCGACTAGACA  750

seq1  CAGCTTCCCATGACCTTATAACATCCTCATCCATCAAACCTCAAATTTAC  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCCATGACCTTATAACATCCTCATCCATCAAACCTCAAATTTAC  800

seq1  TAGTGTTCCCTAAGGCTCAGACCCTCTTCTTCATGCAATGGCCCCTGATT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTCCCTAAGGCTCAGACCCTCTTCTTCATGCAATGGCCCCTGATT  850

seq1  CTTCTCTTGAGGACTGGAGCTACCTAGTGAACTGCTCTTACAATAAAAGA  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTGAGGACTGGAGCTACCTAGTGAACTGCTCTTACAATAAAAGA  900

seq1  GACTTCAGGGATTCTAGTCTTCAAGTGACCTTGCGTCCTTGAGCACATTA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCAGGGATTCTAGTCTTCAAGTGACCTTGCGTCCTTGAGCACATTA  950

seq1  CTAGAGCTCTTAATAACTTCAGGCTTCTGATCGATAAAATTAGACAGCAT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCTCTTAATAACTTCAGGCTTCTGATCGATAAAATTAGACAGCAT  1000

seq1  CCAGGTTCCCCTAAGTCTCTGCTGATTGTGAAAGACTCAGAGTCTGAGTT  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTCCCCTAAGTCTCTGCTGATTGTGAAAGACTCAGAGTCTGAGTT  1050

seq1  TTCTGGTCCTTCATGATGTGTGTACGTAAGGTCATAAAGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTCCTTCATGATGTGTGTACGTAAGGTCATAAAGAATTC  1094