BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252D23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 18,299,576 - 18,501,001
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665796
Upstream geneEG665748, Etaa1, LOC327871, LOC627696, LOC627716
Downstream geneMeis1, LOC635455
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252D23.bB6Ng01-252D23.g
ACCGA059293GA059294
length1,1151,004
definitionB6Ng01-252D23.b B6Ng01-252D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,499,886 - 18,501,001)(18,299,576 - 18,300,539)
sequence
gaattctttacacctgtttgtagttcatgtagtcctgacaaagtgaaatt
gatggctgttaaaataaatagaagtaatctattctctatatcttactggg
tctggggagtagttgttgtgtagttataaagactttctccggatacagtc
tgacagtaacaatatttaatcattaagaaagccttcttgagtcattccat
ttgtgacttgacctatctgaacctttgctgtgtttctcccaaggtcctat
agtagacttactggaaaagcatgaccctttgttggagcccttgtctgatg
ccttcagtcccattgttcactgactcttcgtttcttggagtggtttccct
ttagttattgattatggtggtttgattgggacaggtcagatgtgttttac
atgtgaggttcttagatacacataaagaagagtcttcttacccccactaa
acaaccccttcaggaaggtggggttttgaacaaaggcttctgattttttt
cttgcattcttctaggatggcataattttaacatcttgtcctcttaatct
cttccccagatcaagtatttcaactgttgacatcagtcattcattttcag
tgtatatgtgtattaaatttattaatttctattatcatatcttcatttaa
ttgctatgggcaaagtgctgtgaaaaacaatgtttctggagacaaagaat
tataatctctgtattgtctgcaggcagtggtcacacctcacacataaact
tggatatgataagcgctgtacacacaacacagaagaagttatcatgcaat
gctgcaaaggcctttgttctttatgactcaagtatgaatgcagactttag
atagctttgctaaccatgatacttgttttctgtcacttcccagacctcct
caccctcaggccagatgccaatcctgtaagacactgatcatcagaaagga
tatcatggccacacaaggataacaatgcaagtaatttcaacaagttgggt
tttatcaacgggcatgatgctctcactttgttgctcaccagttaccctgt
ttagttacattaggatgctgtttgtttgttttgtttgcaacaatgtagct
ggaatttacttgggg

gaattctcttgcttctggaatgccttatgctaaagggctgtgtctaagag
ccagccagacaaatctaatgccgcaccaaacaccttgaacagttagcaat
tgctttgagacaggcatgcaaaaactacaactgattgctctggcttgaag
gtgctgccccagccagaagcctgggtgaatatttccatcttgaccagagg
gggcgacccttccctcatggaggaaatgttatgacctgtgaccaaggcac
aaccattagtgactatgattatcgaaaaagaatgcttgctcttcaccaag
caaattgtgatggatccatacaccccgtttgagaactatgtaagctgctg
ttagaagcagtagaaatgcccctagctcactggcctgccatttcaatagc
aggtccgatgaagacttctttgcaaaggtatttccttgcctttgttcagt
aatatggactgagctggaaacagaaatggcaggagtagcaaatgctagaa
gtaacctggtggcctagaaatccctgccccaggcttggcatctatggggg
ctgtcgatcccaaatatggcacatcatctgctgatctaatagctgcagac
actgtgggcaccaggggagtggatactgcctgattttcgcagggctccag
ccaaacccaatgctgtccagagtcagatttccatgctggactgatgtgct
ttctttggtcctgggtcctgggtcctgggtcctgggtcctgggtcctggt
cctgggtcctgggtcctggtcctggtcctggtcctggtcctgggtcctgg
gtcctggtcctggtcctgggtcctggtcctgggtcctgggtcctggtttt
agctctaacagctatgatcccagcttgatggagaagttctggaatgtttc
aaggcgatctcagcagctagtgcaggctcttgatccaaattctgatactt
ctctgtgtgctctgctgcaaatgctgtcctgacagagaggtacaacgagt
cttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_18499886_18501001
seq2: B6Ng01-252D23.b_48_1162 (reverse)

seq1  -CCCCAGTAAATTCCAGCTCACTCTGTTGCAAACAAAACAAAACAAAACA  49
       ||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||    |
seq2  CCCCAAGTAAATTCCAGCT-ACATTGTTGCAAACAAAAC-AAACA----A  44

seq1  AAACCATCCTAATGTAACTAAACAGGGTAAACTTGTGGAGCA--CAAGTG  97
      | | |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||   |||||
seq2  ACAGCATCCTAATGTAACTAAACAGGGT-AACTGGT-GAGCAACAAAGTG  92

seq1  AGAGCATCATGCCCGTTGAT-AAACCCAACTTGTTG-AATTACTTGCATT  145
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAGCATCATGCCCGTTGATAAAACCCAACTTGTTGAAATTACTTGCATT  142

seq1  GTTATCCTTGTGTGGCCATGATATCC-TTCTGATGATCAGTGTCTTACAG  194
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCCTTGTGTGGCCATGATATCCTTTCTGATGATCAGTGTCTTACAG  192

seq1  GATTGGCATCTGGCCTGAGGGTGAGGAGGTCTGGGAAGTGACAG-AAACA  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GATTGGCATCTGGCCTGAGGGTGAGGAGGTCTGGGAAGTGACAGAAAACA  242

seq1  AGTATCATGGTTAGCAAAGCTATCTAAAGTCTGCATTCATACTTGAGTCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCATGGTTAGCAAAGCTATCTAAAGTCTGCATTCATACTTGAGTCA  292

seq1  TAAAGAACAAAGGCCTTTGCAGCATTGCATGATAACTTCTTCTGTGTTGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAACAAAGGCCTTTGCAGCATTGCATGATAACTTCTTCTGTGTTGT  342

seq1  GTGTACAGCGCTTATCATATCCAAGTTTATGTGTGAGGTGTGACCACTGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACAGCGCTTATCATATCCAAGTTTATGTGTGAGGTGTGACCACTGC  392

seq1  CTGCAGACAATACAGAGATTATAATTCTTTGTCTCCAGAAACATTGTTTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGACAATACAGAGATTATAATTCTTTGTCTCCAGAAACATTGTTTT  442

seq1  TCACAGCACTTTGCCCATAGCAATTAAATGAAGATATGATAATAGAAATT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCACTTTGCCCATAGCAATTAAATGAAGATATGATAATAGAAATT  492

seq1  AATAAATTTAATACACATATACACTGAAAATGAATGACTGATGTCAACAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTTAATACACATATACACTGAAAATGAATGACTGATGTCAACAG  542

seq1  TTGAAATACTTGATCTGGGGAAGAGATTAAGAGGACAAGATGTTAAAATT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATACTTGATCTGGGGAAGAGATTAAGAGGACAAGATGTTAAAATT  592

seq1  ATGCCATCCTAGAAGAATGCAAGAAAAAAATCAGAAGCCTTTGTTCAAAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATCCTAGAAGAATGCAAGAAAAAAATCAGAAGCCTTTGTTCAAAA  642

seq1  CCCCACCTTCCTGAAGGGGTTGTTTAGTGGGGGTAAGAAGACTCTTCTTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTTCCTGAAGGGGTTGTTTAGTGGGGGTAAGAAGACTCTTCTTT  692

seq1  ATGTGTATCTAAGAACCTCACATGTAAAACACATCTGACCTGTCCCAATC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATCTAAGAACCTCACATGTAAAACACATCTGACCTGTCCCAATC  742

seq1  AAACCACCATAATCAATAACTAAAGGGAAACCACTCCAAGAAACGAAGAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACCATAATCAATAACTAAAGGGAAACCACTCCAAGAAACGAAGAG  792

seq1  TCAGTGAACAATGGGACTGAAGGCATCAGACAAGGGCTCCAACAAAGGGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAACAATGGGACTGAAGGCATCAGACAAGGGCTCCAACAAAGGGT  842

seq1  CATGCTTTTCCAGTAAGTCTACTATAGGACCTTGGGAGAAACACAGCAAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTTTCCAGTAAGTCTACTATAGGACCTTGGGAGAAACACAGCAAA  892

seq1  GGTTCAGATAGGTCAAGTCACAAATGGAATGACTCAAGAAGGCTTTCTTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGATAGGTCAAGTCACAAATGGAATGACTCAAGAAGGCTTTCTTA  942

seq1  ATGATTAAATATTGTTACTGTCAGACTGTATCCGGAGAAAGTCTTTATAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTAAATATTGTTACTGTCAGACTGTATCCGGAGAAAGTCTTTATAA  992

seq1  CTACACAACAACTACTCCCCAGACCCAGTAAGATATAGAGAATAGATTAC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAACAACTACTCCCCAGACCCAGTAAGATATAGAGAATAGATTAC  1042

seq1  TTCTATTTATTTTAACAGCCATCAATTTCACTTTGTCAGGACTACATGAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTATTTTAACAGCCATCAATTTCACTTTGTCAGGACTACATGAA  1092

seq1  CTACAAACAGGTGTAAAGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAACAGGTGTAAAGAATTC  1115


seq1: chr11_18299576_18300539
seq2: B6Ng01-252D23.g_69_1072

seq1  GAATTCTCTTGCTTCTGGAATGCCTTATGCTAAAGGGCTGTGTCTAAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGCTTCTGGAATGCCTTATGCTAAAGGGCTGTGTCTAAGAG  50

seq1  CCAGCCAGACAAATCTAATGCCGCACCAAACACCTTGAACAGTTAGCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCAGACAAATCTAATGCCGCACCAAACACCTTGAACAGTTAGCAAT  100

seq1  TGCTTTGAGACAGGCATGCAAAAACTACAACTGATTGCTCTGGCTTGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGAGACAGGCATGCAAAAACTACAACTGATTGCTCTGGCTTGAAG  150

seq1  GTGCTGCCCCAGCCAGAAGCCTGGGTGAATATTTCCATCTTGACCAGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCCCCAGCCAGAAGCCTGGGTGAATATTTCCATCTTGACCAGAGG  200

seq1  GGGCGACCCTTCCCTCATGGAGGAAATGTTATGACCTGTGACCAAGGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGACCCTTCCCTCATGGAGGAAATGTTATGACCTGTGACCAAGGCAC  250

seq1  AACCATTAGTGACTATGATTATCGAAAAAGAATGCTTGCTCTTCACCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTAGTGACTATGATTATCGAAAAAGAATGCTTGCTCTTCACCAAG  300

seq1  CAAATTGTGATGGATCCATACACCCCGTTTGAGAACTATGTAAGCTGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGTGATGGATCCATACACCCCGTTTGAGAACTATGTAAGCTGCTG  350

seq1  TTAGAAGCAGTAGAAATGCCCCTAGCTCACTGGCCTGCCATTTCAATAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGCAGTAGAAATGCCCCTAGCTCACTGGCCTGCCATTTCAATAGC  400

seq1  AGGTCCGATGAAGACTTCTTTGCAAAGGTATTTCCTTGCCTTTGTTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCGATGAAGACTTCTTTGCAAAGGTATTTCCTTGCCTTTGTTCAGT  450

seq1  AATATGGACTGAGCTGGAAACAGAAATGGCAGGAGTAGCAAATGCTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGACTGAGCTGGAAACAGAAATGGCAGGAGTAGCAAATGCTAGAA  500

seq1  GTAACCTGGTGGCCTAGAAATCCCTGCCCCAGGCTTGGCATCTATGGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCTGGTGGCCTAGAAATCCCTGCCCCAGGCTTGGCATCTATGGGGG  550

seq1  CTGTCGATCCCAAATATGGCACATCATCTGCTGATCTAATAGCTGCAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCGATCCCAAATATGGCACATCATCTGCTGATCTAATAGCTGCAGAC  600

seq1  ACTGTGGGCACCAGGGGAGTGGATACTGCCTGATTTTCGCAGGGCTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGGCACCAGGGGAGTGGATACTGCCTGATTTTCGCAGGGCTCCAG  650

seq1  CCAAACCCAATGCTGTCCAGAGTCAGATTTCCATGCTGGACTGATGTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCCAATGCTGTCCAGAGTCAGATTTCCATGCTGGACTGATGTGCT  700

seq1  TTCTTTGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTG--  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TTCTTTGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGT  750

seq1  -----------------------------------GGTCCTGGGTCCTGG  763
                                         |||||||||||||||
seq2  CCTGGGTCCTGGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGTCCTGGGTCCTGG  800

seq1  GTCCTG-----GGTCCTG------GGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGTTTT  802
      ||||||     |||||||      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGGTCCTGGTCCTGGGTCCTGGTCCTGGGTCCTGGGTCCTGGTTTT  850

seq1  AGCTCTAAACAGCTATGATCCCAGCTTGATGGAGAAGTTCTGGAATGTTT  852
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCT-AACAGCTATGATCCCAGCTTGATGGAGAAGTTCTGGAATGTTT  899

seq1  CAAGGCGATCTCAGCAGCTAGTGCCAGGCTCTTGATCCAAATTCCTGAAT  902
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  CAAGGCGATCTCAGCAGCTAGTG-CAGGCTCTTGATCCAAATT-CTG-AT  946

seq1  ACTTCTCTGTGTGCCTCTGCTGCCAAATGCTGTCCTGACAGGAGAAGGTA  952
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  ACTTCTCTGTGTG-CTCTGCTG-CAAATGCTGTCCTGACA-GAG-AGGTA  992

seq1  CCACGAGTCTTC  964
      | ||||||||||
seq2  CAACGAGTCTTC  1004


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |