BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253M20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 118,017,352 - 118,178,683
singlet/doubletdoublet
Overlap genePscd1, Usp36, Timp2
Upstream geneSec14l1, Sept9, EG667423, Tnrc6c, Tmc6, Tmc8, 6030468B19Rik, Syngr2, Tk1, Afmid, Birc5, LOC546519, Tha1, Socs3, Pgs1, Dnahc17
Downstream geneDdc8, Lgals3bp, Cant1, C1qtnf1, D230014K01Rik, D11Bwg0517e, Enpp7, Cbx2, Cbx8, Cbx4, Tbc1d16, Ccdc40, Gaa, Eif4a3, Card14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253M20.bB6Ng01-253M20.g
ACCGA060434GA060435
length6701,077
definitionB6Ng01-253M20.b B6Ng01-253M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,017,352 - 118,018,017)(118,177,596 - 118,178,683)
sequence
caaagggcacacaatctcagaaactatctgcagttggcaaaaccatgcct
ctactagagcatgaggcaaatcacaatcagctgctgtggacagtttgagc
agcccacattccacacctgggattaaatcaacaccacattcttatagtat
tgccagtatgctgatgtggtagcaggcactctgtagatggggggtggtgg
tgatgagcccactgtggaaactacaagctgtatcatgctacagtgaggat
gggctttagggtcaaaagcaaagtcaaggttacagtgatgggaccaggaa
catgagggtgagagaagagcttggcatgagacagacagacagacagactg
acaaagaggagaaagaaccagtgttggcaggttggcagggccctgaagcc
ctggaacaccaacatgagtagcacactgttgccctgctatacatccttgt
ttctaatgtagcccaattgtagcaaactaagagaagatggtttctgagaa
ccccagcaggaggggttaaacaagggccacagcatcccagagggacccct
gtgctctcaagggaaaagacacctctcactaatttgagatggaggaagga
aaagcaaacttacttgtagcgggaagccacatgcgtcattagtttttaga
attaatttgtgctaaagtaa
gaattccagtgtcctggtccctaaggaacaaacttcccacactgccctct
agggacgaaagagcagaattgcattgggccagggactgctgatagcccat
gtacaggagacatgagtggcctttgttggaggcacccacctggccctcac
ctatacagaagccgtctgtattagcagcctctccagcaggccacattctt
gggaaggccagcagcaatctcttccctgggcactggctgggcgtttaggg
gctttcccatttccctacagagatcgcacaggtcctccactgtcatatta
taaaggtgttgccgtgatcccccagtgcagaagagggcttggccttgagc
atagtgattagcctggggtctgcttgcaacacctgccaagagccaatggt
tatatttcctatgagctgattgcgatcatagagcagcttaaaaccagaag
tggtagatagaggttcttaagaataggcttggagcacccctgctggctct
acccaaaaaacaggtttatttttatgtatcttgagtgttttgcctgcttc
gctagccaccaggattcttgtagcctgtatccagtccaagtcaaggagaa
gaatctggggcttgggtatctcctcaggagaatccatgtgtggttagggc
taagagccagtttctaactagaaccttccttgacaaaggccaggagttac
ggatagctggttagtacatactgggtggggtttacctcaggggccaggca
tgccatctcctgtgcacatggataccaggagtatttttttttttaacctc
ttggggccagacctgtcggtcagagctgcttatcacttggatatcccaaa
tatgggcactgctttctgttccgtgagataaaaaccagcccactgaacca
tttagaggcttcaaataggcaggcagcctacaaataggtaagccatgtct
tgctatcagagcctgacacacagtgactgctacagcagctcaaactcgtg
ctcatcctcgtgctcgatgtgtgagagctgcagatgctgagcaagtgggg
ggccggggggacatgggagagtcttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_118017352_118018017
seq2: B6Ng01-253M20.b_58_727

seq1  CAAAGGGCACACAATCTCAGAAACTATCTGCAGTTGGCAAAACCATGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGCACACAATCTCAGAAACTATCTGCAGTTGGCAAAACCATGCCT  50

seq1  CTACTAGAGCATGAGGCAAATCACAATCAGCTGCTGTGGACAGTTTGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGAGCATGAGGCAAATCACAATCAGCTGCTGTGGACAGTTTGAGC  100

seq1  AGCCCACATTCCACACCTGGGATTAAATCAACACCACATTCTTATAGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACATTCCACACCTGGGATTAAATCAACACCACATTCTTATAGTAT  150

seq1  TGCCAGTATGCTGATGTGGTAGCAGGCACTCTGTAGATGGGGGGTGGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTATGCTGATGTGGTAGCAGGCACTCTGTAGATGGGGGGTGGTGG  200

seq1  TGATGAGCCCACTGTGGAAACTACAAGCTGTATCATGCTACAGTGAGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGCCCACTGTGGAAACTACAAGCTGTATCATGCTACAGTGAGGAT  250

seq1  GGGCTTTAGGGTCAAAAGCAAAGTCAAGGTTACAGTGATGGGACCAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTAGGGTCAAAAGCAAAGTCAAGGTTACAGTGATGGGACCAGGAA  300

seq1  CATGAGGGTGAGAGAAGAGCTTGGCATGAGACAGACAGACAGACAGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGGTGAGAGAAGAGCTTGGCATGAGACAGACAGACAGACAGACTG  350

seq1  ACAAAGAGGAGAAAGAACCAGTGTTGGCAGGTTGGCAGGGCCCTGAAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAGGAGAAAGAACCAGTGTTGGCAGGTTGGCAGGGCCCTGAAGCC  400

seq1  CTGGAACACCAACATGAGTAGCACACTGTTGCCCTGCTATACATCCTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACACCAACATGAGTAGCACACTGTTGCCCTGCTATACATCCTTGT  450

seq1  TTCTAATGTAG-CCAATTGTAGCAAACTAAGAGAAGATGGTTTCTGAGAA  499
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGTAGCCCAATTGTAGCAAACTAAGAGAAGATGGTTTCTGAGAA  500

seq1  CCCCAGCAGGAGGGGTTAAACAAGGGCCACAGCATCCCAGAGGGACCCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCAGGAGGGGTTAAACAAGGGCCACAGCATCCCAGAGGGACCCCT  550

seq1  GTGCTCTCAAGGGAAAAGACACCTCTCACTAATTTGAGATGGAGGAAGG-  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGCTCTCAAGGGAAAAGACACCTCTCACTAATTTGAGATGGAGGAAGGA  600

seq1  AAAGCAAAACTAC-TGTAGCGGGAAGCCACATGCGTCATTAG-TTTTAGA  646
      ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAGCAAACTTACTTGTAGCGGGAAGCCACATGCGTCATTAGTTTTTAGA  650

seq1  A-TAATTTGTTGCTAAAGTAA  666
      | ||||||| |||||||||||
seq2  ATTAATTTG-TGCTAAAGTAA  670

seq1: chr11_118177596_118178683
seq2: B6Ng01-253M20.g_67_1143 (reverse)

seq1  GCAAGACTCTCCCATTGTCCCCCCCGCCCCCACTTTGCTCAGGCATCCTG  50
      |||||||||||||| ||||||||| ||||||   ||||||| |||| |||
seq2  GCAAGACTCTCCCA-TGTCCCCCCGGCCCCCCACTTGCTCA-GCAT-CTG  47

seq1  CAGCTTCCTCACACCATCGAGGCACGAGGAATGAGGCACGAGTTTGAGCC  100
      |||||  |||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |
seq2  CAGCT--CTCACA-CATCGA-GCACGAGG-ATGA-GCACGAGTTTGAG-C  90

seq1  TGCTTGTAGCAGTCACTGTGTGTCAGGCTCCTGATAGCAAGACATGGCTT  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGC-TGTAGCAGTCACTGTGTGTCAGGCT-CTGATAGCAAGACATGGCTT  138

seq1  ACCTATTTGTAGGCTGCCTGCCTATTTGAAGCCTCTAAATGGTTCAGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTTGTAGGCTGCCTGCCTATTTGAAGCCTCTAAATGGTTCAGTGG  188

seq1  GCTGGTTTTTATCTCACGGAACAGAAAGCAGTGCCCATATTTGGGATATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTTTTATCTCACGGAACAGAAAGCAGTGCCCATATTTGGGATATC  238

seq1  CAAGTGATAAGCAGCTCTGACCGACAGGTCTGGCCCCAAGAGGTT-AAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAAGTGATAAGCAGCTCTGACCGACAGGTCTGGCCCCAAGAGGTTAAAAA  288

seq1  AAAAAATACTCCTGGTATCCATGTGCACAGGAGATGGCATGCCTGGCCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATACTCCTGGTATCCATGTGCACAGGAGATGGCATGCCTGGCCCC  338

seq1  TGAGGTAAACCCCACCCAGTATGTACTAACCAGCTATCCGTAACTCCTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAAACCCCACCCAGTATGTACTAACCAGCTATCCGTAACTCCTGG  388

seq1  CCTTTGTCAAGGAAGGTTCTAGTTAGAAACTGGCTCTTAGCCCTAACCAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTCAAGGAAGGTTCTAGTTAGAAACTGGCTCTTAGCCCTAACCAC  438

seq1  ACATGGATTCTCCTGAGGAGATACCCAAGCCCCAGATTCTTCTCCTTGAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGATTCTCCTGAGGAGATACCCAAGCCCCAGATTCTTCTCCTTGAC  488

seq1  TTGGACTGGATACAGGCTACAAGAATCCTGGTGGCTAGCGAAGCAGGCAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACTGGATACAGGCTACAAGAATCCTGGTGGCTAGCGAAGCAGGCAA  538

seq1  AACACTCAAGATACATAAAAATAAACCTGTTTTTTGGGTAGAGCCAGCAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCAAGATACATAAAAATAAACCTGTTTTTTGGGTAGAGCCAGCAG  588

seq1  GGGTGCTCCAAGCCTATTCTTAAGAACCTCTATCTACCACTTCTGGTTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTCCAAGCCTATTCTTAAGAACCTCTATCTACCACTTCTGGTTTT  638

seq1  AAGCTGCTCTATGATCGCAATCAGCTCATAGGAAATATAACCATTGGCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCTCTATGATCGCAATCAGCTCATAGGAAATATAACCATTGGCTC  688

seq1  TTGGCAGGTGTTGCAAGCAGACCCCAGGCTAATCACTATGCTCAAGGCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGGTGTTGCAAGCAGACCCCAGGCTAATCACTATGCTCAAGGCCA  738

seq1  AGCCCTCTTCTGCACTGGGGGATCACGGCAACACCTTTATAATATGACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCTTCTGCACTGGGGGATCACGGCAACACCTTTATAATATGACAG  788

seq1  TGGAGGACCTGTGCGATCTCTGTAGGGAAATGGGAAAGCCCCTAAACGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGACCTGTGCGATCTCTGTAGGGAAATGGGAAAGCCCCTAAACGCC  838

seq1  CAGCCAGTGCCCAGGGAAGAGATTGCTGCTGGCCTTCCCAAGAATGTGGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGTGCCCAGGGAAGAGATTGCTGCTGGCCTTCCCAAGAATGTGGC  888

seq1  CTGCTGGAGAGGCTGCTAATACAGACGGCTTCTGTATAGGTGAGGGCCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGAGAGGCTGCTAATACAGACGGCTTCTGTATAGGTGAGGGCCAG  938

seq1  GTGGGTGCCTCCAACAAAGGCCACTCATGTCTCCTGTACATGGGCTATCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGCCTCCAACAAAGGCCACTCATGTCTCCTGTACATGGGCTATCA  988

seq1  GCAGTCCCTGGCCCAATGCAATTCTGCTCTTTCGTCCCTAGAGGGCAGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCCTGGCCCAATGCAATTCTGCTCTTTCGTCCCTAGAGGGCAGTG  1038

seq1  TGGGAAGTTTGTTCCTTAGGGACCAGGACACTGGAATTC  1088
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGTTTGTTCCTTAGGGACCAGGACACTGGAATTC  1077