BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256M13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,576,875 - 65,753,177
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9
Upstream geneLOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
Downstream geneGm879, LOC668323, A530088H08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256M13.bB6Ng01-256M13.g
ACCGA062654GA062655
length7871,068
definitionB6Ng01-256M13.b B6Ng01-256M13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,752,398 - 65,753,177)(65,576,875 - 65,577,938)
sequence
taaaaggattaggaattctttttttcctactggacttctcaggaacctta
ttatgaaataacgttaatcttaaaagtgacagacattatataaggaaaat
aaaacctctgattaatttatgatcagtctcatgaagcctgtgcaaaatgc
taatcacatgaatctaatcaaacacccatatgcaaacaaggagtacaaga
caataataaaccatttaaataaccatatccatcatattttgagaagaaaa
gctggaagtccctttgagaaatgacaaaatgactgtacttgctacttcac
tcttgttgtggcaatatgcctgacagaaacagcagaagggaggcaaatga
ttcacatctcagaaaagcccagcctcatagcccctggtagacagacatat
cagcagaagcatgcgatagagggaagttatttgatttatggtcaaacaga
aacagagaataagacaataaagaagcagggacaatatactcccaaggacc
caccaacaggggactgttatctctatcttgacttcacctcctaagattct
atagctttgacaaataacacaaatatctatggtctaagccttcaaatcat
gagcctttgtggtggttggggatggagggagatgggaacacgacattata
tagtcaaaacagtaacaatggtgttttaatacaattttaataaccattac
ttagcaaggtaggaatgacagagaatttgggatatattgctaaccagcag
acagctaaaccaaaacccaaggtaaaagaaccagacc

gaattcccccttaaacatgagagctgaaatcaggaaccatattatattta
cacagtagggtttttctatgagaggaccagggccagaagatgaaaatgtt
tcccaagcttactgacgtgagaacagacatgacacacacagccctagata
actcttcagctgctcaagtaactgtactggaaatgtgagtgtacactgca
cttgctagtgtgtgcatagaccagtgtctgtccttcccaagaattgttct
aggcaccacccctgctgaaaaaacaatgactaatttttttttctcctcat
gactctagaacgtaagaacatttgttaatactaaaaaaaattaaaccatg
actggcctatcagctggcctaggcagtttggcagccccagccccagcccg
aagacctcactctcaagagttttgttgttcaatctgtgtcaagagaatgc
cctaaactatctaaaatgagcttttactccgcctacacataatgttctcc
tcaaaattcccataaggcattgaggagtgtagagccgttaatgttacaaa
gaatcatgaatctgaaaattggagatccaggaggaatcagaaagggggga
aggggatatgattaaaatgcattaagtgtattatacagatatatgaaatt
ctcaaaaatgaaaaatatattgtaaaaaacccactgattctgaagatcca
gatttacccaagtggatccacagaagcatagaaacgctcttctctgtaat
tctgagcaattactgagaacactgaagatagaggggaaacaaaagccatc
cttacttagcttaagcaagaggataaagaaccctaaatagtctccctaaa
ctagctgctcaagcaacacaagcctttaacatcatgttcacaattagctt
cacctaccttactgtttggctttcctcaagaccccaatgcagaagctccc
aatggtgatagtgtcctactcatgtactgaatctaccggtccagtcatcc
aggcaactgaaaacagctctcacccacttcctaacaggtggagggaaaac
acttctcatgattcatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65752398_65753177
seq2: B6Ng01-256M13.b_57_843 (reverse)

seq1  GGTCTGGTTCTTTTACCTTGGGTTT--GGTTAGCTGTCTGCT-GTTAGCA  47
      |||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||
seq2  GGTCTGGTTCTTTTACCTTGGGTTTTGGTTTAGCTGTCTGCTGGTTAGCA  50

seq1  ATATAT-CCAAATTCTCTGTCATTCCTACCTTGCTAAGTAATGGTTATT-  95
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATATATCCCAAATTCTCTGTCATTCCTACCTTGCTAAGTAATGGTTATTA  100

seq1  AAATTGTATT-AAACACCATTGTTACTG-TTTGACTATATAATGTCGTGT  143
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTATTAAAACACCATTGTTACTGTTTTGACTATATAATGTCGTGT  150

seq1  TCCCATCTCCCTCCATCCCCAACCACCACAAAGGCTCATGATTTGAAGGC  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCTCCCTCCATCCCCAACCACCACAAAGGCTCATGATTTGAAGGC  200

seq1  TTAGACCATAGATATTTGTGTTATTTGTCAAAGCTATAGAATCTTAGGAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACCATAGATATTTGTGTTATTTGTCAAAGCTATAGAATCTTAGGAG  250

seq1  GTGAAGTCAAGATAGAGATAACAGTCCCCTGTTGGTGGGTCCTTGGGAGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTCAAGATAGAGATAACAGTCCCCTGTTGGTGGGTCCTTGGGAGT  300

seq1  ATATTGTCCCTGCTTCTTTATTGTCTTATTCTCTGTTTCTGTTTGACCAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTCCCTGCTTCTTTATTGTCTTATTCTCTGTTTCTGTTTGACCAT  350

seq1  AAATCAAATAACTTCCCTCTATCGCATGCTTCTGCTGATATGTCTGTCTA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAATAACTTCCCTCTATCGCATGCTTCTGCTGATATGTCTGTCTA  400

seq1  CCAGGGGCTATGAGGCTGGGCTTTTCTGAGATGTGAATCATTTGCCTCCC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGCTATGAGGCTGGGCTTTTCTGAGATGTGAATCATTTGCCTCCC  450

seq1  TTCTGCTGTTTCTGTCAGGCATATTGCCACAACAAGAGTGAAGTAGCAAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGTTTCTGTCAGGCATATTGCCACAACAAGAGTGAAGTAGCAAG  500

seq1  TACAGTCATTTTGTCATTTCTCAAAGGGACTTCCAGCTTTTCTTCTCAAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCATTTTGTCATTTCTCAAAGGGACTTCCAGCTTTTCTTCTCAAA  550

seq1  ATATGATGGATATGGTTATTTAAATGGTTTATTATTGTCTTGTACTCCTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATGGATATGGTTATTTAAATGGTTTATTATTGTCTTGTACTCCTT  600

seq1  GTTTGCATATGGGTGTTTGATTAGATTCATGTGATTAGCATTTTGCACAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCATATGGGTGTTTGATTAGATTCATGTGATTAGCATTTTGCACAG  650

seq1  GCTTCATGAGACTGATCATAAATTAATCAGAGGTTTTATTTTCCTTATAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATGAGACTGATCATAAATTAATCAGAGGTTTTATTTTCCTTATAT  700

seq1  AATGTCTGTCACTTTTAAGATTAACGTTATTTCATAATAAGGTTCCTGAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTGTCACTTTTAAGATTAACGTTATTTCATAATAAGGTTCCTGAG  750

seq1  AAGTCCAGTAGGAAAAAAAGAATTCCTAATCCTTTTA  780
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCAGTAGGAAAAAAAGAATTCCTAATCCTTTTA  787


seq1: chr11_65576875_65577938
seq2: B6Ng01-256M13.g_65_1132

seq1  GAATTCCCCCTTAAACATGAGAGCTGAAATCAGGAACCATATTATATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCTTAAACATGAGAGCTGAAATCAGGAACCATATTATATTTA  50

seq1  CACAGTAGGGTTTTTCTATGAGAGGACCAGGGCCAGAAGATGAAAATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTAGGGTTTTTCTATGAGAGGACCAGGGCCAGAAGATGAAAATGTT  100

seq1  TCCCAAGCTTACTGACGTGAGAACAGACATGACACACACAGCCCTAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGCTTACTGACGTGAGAACAGACATGACACACACAGCCCTAGATA  150

seq1  ACTCTTCAGCTGCTCAAGTAACTGTACTGGAAATGTGAGTGTACACTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCAGCTGCTCAAGTAACTGTACTGGAAATGTGAGTGTACACTGCA  200

seq1  CTTGCTAGTGTGTGCATAGACCAGTGTCTGTCCTTCCCAAGAATTGTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTAGTGTGTGCATAGACCAGTGTCTGTCCTTCCCAAGAATTGTTCT  250

seq1  AGGCACCACCCCTGCTGAAAAAACAATGACTAATTTTTTTTTCTCCTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACCACCCCTGCTGAAAAAACAATGACTAATTTTTTTTTCTCCTCAT  300

seq1  GACTCTAGAACGTAAGAACATTTGTTAATACTAAAAAAAATTAAACCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTAGAACGTAAGAACATTTGTTAATACTAAAAAAAATTAAACCATG  350

seq1  ACTGGCCTATCAGCTGGCCTAGGCAGTTTGGCAGCCCCAGCCCCAGCCCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCTATCAGCTGGCCTAGGCAGTTTGGCAGCCCCAGCCCCAGCCCG  400

seq1  AAGACCTCACTCTCAAGAGTTTTGTTGTTCAATCTGTGTCAAGAGAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTCACTCTCAAGAGTTTTGTTGTTCAATCTGTGTCAAGAGAATGC  450

seq1  CCTAAACTATCTAAAATGAGCTTTTACTCCGCCTACACATAATGTTCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAACTATCTAAAATGAGCTTTTACTCCGCCTACACATAATGTTCTCC  500

seq1  TCAAAATTCCCATAAGGCATTGAGGAGTGTAGAGCCGTTAATGTTACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTCCCATAAGGCATTGAGGAGTGTAGAGCCGTTAATGTTACAAA  550

seq1  GAATCATGAATCTGAAAATTGGAGATCCAGGAGGAATCAGAAAGGGGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATGAATCTGAAAATTGGAGATCCAGGAGGAATCAGAAAGGGGGGA  600

seq1  AGGGGATATGATTAAAATGCATTAAGTGTATTATACAGATATATGAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATATGATTAAAATGCATTAAGTGTATTATACAGATATATGAAATT  650

seq1  CTCAAAAATGAAAAATATATTGTAAAAAACCCACTGATTCTGAAGATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAATGAAAAATATATTGTAAAAAACCCACTGATTCTGAAGATCCA  700

seq1  GATTTACCCAAGTGGATCCACAGAAGCATAGAAACGCTCTTCTCTGTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACCCAAGTGGATCCACAGAAGCATAGAAACGCTCTTCTCTGTAAT  750

seq1  TCTGAGCAATTACTGAGAACACTGAAGATAGA-GGGAAACAAAAGCCATC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCAATTACTGAGAACACTGAAGATAGAGGGGAAACAAAAGCCATC  800

seq1  CTTACTTAGCTTAAGCAAGAGGATAAAGAACCCTAAATAGTCTCCCTAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTAGCTTAAGCAAGAGGATAAAGAACCCTAAATAGTCTCCCTAAA  850

seq1  CTAGCTGCTCAAGCAACACAAGCCTTTAACATCATGTTCACAATTAGCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGCTCAAGCAACACAAGCCTTTAACATCATGTTCACAATTAGCTT  900

seq1  CACCTACCTTACTGTTTGGCTTTCCTCAAGACCCCAATGCAGAAGCTCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACCTTACTGTTTGGCTTTCCTCAAGACCCCAATGCAGAAGCTCCC  950

seq1  AATGGTGATAGTGTCCTACTCATGTACTGAATCTACCGTCCCAGTCATCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  AATGGTGATAGTGTCCTACTCATGTACTGAATCTACCGGTCCAGTCATCC  1000

seq1  AGGCAACTGAAAACAGCTCTCACCCACCTTCT-ACAGGTG--AGGAAAAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||   |||||||
seq2  AGGCAACTGAAAACAGCTCTCACCCACTTCCTAACAGGTGGAGGGAAAAC  1050

seq1  ACTTCTCATGATTCATTA  1064
      ||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCATGATTCATTA  1068


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |