BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257F23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 111,007,525 - 111,202,153
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667003, LOC100041539
Upstream geneAbca9, Abca6, Abca5, Map2k6, LOC100041523, Kcnj16, Kcnj2
Downstream geneLOC100041559, EG629966, LOC629967, LOC100041589, LOC100043020
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257F23.bB6Ng01-257F23.g
ACCGA063090GA063091
length1,0481,151
definitionB6Ng01-257F23.b B6Ng01-257F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,201,104 - 111,202,153)(111,007,525 - 111,008,657)
sequence
gaattctccatctatgcagcaagccaaaggtcatcactcactctagggtt
gtactttccaatgaggtatttgtttaggggtcacccatactcctgtaaat
cagctacatagactccatgactcactatggtaggtttggcaggaagtggt
tctttggtctactcttgatgccagatctgcatccaacagacaatggcgta
agcctcccccaagaaaattaccataataaatggtgtgaatttgaaatgtc
cctcacagaataacgaatgttctcaccttgtcacactattttaaaaagtt
gctgtgcgacttttagaagatccatgattgacagtactagatcggggtgg
gtctttgacagttatattcactcctgattcttctttattcatgtggagca
agtttcctcaacaggttcctgtactgtgggttttaccatagccttccctg
ctatgatgtacagaaatcactccgaccaaaggaaccctgactccttgaat
ttgatgcgcccaggtattaggagcacagtcatcaagtcagttttctaccc
taagctcctgcttttgtatctgaagaccagatgtatccccttagttatca
agacacaccaagctcaaaacctgaagctgttattgaactccgtattgtct
cttcttcacctcctcacaatatgttcttagtaaggctagaaatcaggcta
gactatggcttggcgcgtcatgagctgcagcatgctccttcctctggtgg
ttcacacaggcatcctactgagagcattgtctgtaaggctataaagaaca
catttccaggagccagaatttctcacataggggattgagttgacatcaaa
gagatatttcctggggatatatcctgcttcctacctgttctatggctgtt
tccttagcattaaaacagtctctctgggagggggagagttaggagaccca
ggagtaaggaaaacattacatatctgggaaactggaaatatacagattct
aagcagcccttcttccagtcctatagaacagaagactttgctaaagaa

gaattccaagagagctaatattttgaccaagagaaacagactttaaagta
ataaagcatctatcaaggcaagtcagtaaggagctattcagtggcactgt
ggcattacaggtgtgacattagttggttaggaaatttccttttgagtgtg
tgaatagtagggccacttttatgtggtcagtagaatagtaactctatact
ccatcccaagatggctacaccccagtcgctacaatatgaatctcactctg
gaatctggcttctgaggaacacatacagtttgcagataagatcaaactaa
aggcatagatcagggagattattctgagtgtctggatggcctcaatctaa
tcacatacattctcagaatcattgtcctttcttgctctcttggtgacaaa
ggaaacaacataaatgacattggagataggaaggaatatgaacagccttt
tgaaggacaaaaagtaagaaaatgggttcactttcagagcttccagaaaa
gactccacctcaagggctagattttgtcccagcaaactgtgtcaagatgt
ttagcctatacaaatagaaaataataaatttgtgtcattttgaaatgctg
aatttggtttgttacaaatacaataggccacactgaggcacaaatgatga
gaacaaaaattaacaaaatttaaaagcacaacctttgcagtgggaatagc
catggataaatcaaaatagctgtagagggtattaagagaggaatgaagtt
agtcccatgtgccccctgggcaataatggcatgattgtttgggagtaacc
aactgatttgggattggatttgaggcctaatttttcagaagaaatatatc
cctggtgctctgaaccaagtttaaaaacttgtggcaagaagaggcccaca
ggctctagtgtggggggatttactactgaatattacactaaatggctgtg
taaaccaaattattcctctaggtacttatgtttatgccccttatactagt
tttcctctcaatcctggtccagaactttttcttttttgccacttgagctg
tgctttaaatacagagagactcatgactggtcaagagggatacaaaacag
ttattcttagaattgaacataagctgatgtcattatgaaacacagagcag
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_111201104_111202153
seq2: B6Ng01-257F23.b_46_1093 (reverse)

seq1  TTCTCTAGCATAGTCTTCCTGTTTCTATAGGACTGG-AGAAGGGCTACTT  49
      |||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TTCTTTAGCAAAGTCTT-CTG-TTCTATAGGACTGGAAGAAGGGCTGCTT  48

seq1  AGAATCTTGTATATTTCCACTTTCCCAGATATGTAATGTTTTCCTTACCT  99
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGAATC-TGTATATTTCCAGTTTCCCAGATATGTAATGTTTTCCTTA-CT  96

seq1  CCTGGGTCTCCTAACTCTCCCCCTCCCAGAGAGACTGTTTTAATGCTAAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTCTCCTAACTCTCCCCCTCCCAGAGAGACTGTTTTAATGCTAAG  146

seq1  GAAACAGCCATAGAACAGGTAGGAAGCAGGATATATCCCCAGG-AATATC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAAACAGCCATAGAACAGGTAGGAAGCAGGATATATCCCCAGGAAATATC  196

seq1  TCTTTGATGTCAACTCAATCCCCTATGTGAGAAATTCTGGCTCCTGGAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGATGTCAACTCAATCCCCTATGTGAGAAATTCTGGCTCCTGGAAA  246

seq1  TGTGTTCTTTATAGCCTTACAGACAATGCTCTCAGTAGGATGCCTGTGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTTTATAGCCTTACAGACAATGCTCTCAGTAGGATGCCTGTGTG  296

seq1  AACCACCAGAGGAAGGAGCATGCTGCAGCTCATGACGCGCCAAGCCATAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCAGAGGAAGGAGCATGCTGCAGCTCATGACGCGCCAAGCCATAG  346

seq1  TCTAGCCTGATTTCTAGCCTTACTAAGAACATATTGTGAGGAGGTGAAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCTGATTTCTAGCCTTACTAAGAACATATTGTGAGGAGGTGAAGA  396

seq1  AGAGACAATACGGAGTTCAATAACAGCTTCAGGTTTTGAGCTTGGTGTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAATACGGAGTTCAATAACAGCTTCAGGTTTTGAGCTTGGTGTGT  446

seq1  CTTGATAACTAAGGGGATACATCTGGTCTTCAGATACAAAAGCAGGAGCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATAACTAAGGGGATACATCTGGTCTTCAGATACAAAAGCAGGAGCT  496

seq1  TAGGGTAGAAAACTGACTTGATGACTGTGCTCCTAATACCTGGGCGCATC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTAGAAAACTGACTTGATGACTGTGCTCCTAATACCTGGGCGCATC  546

seq1  AAATTCAAGGAGTCAGGGTTCCTTTGGTCGGAGTGATTTCTGTACATCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAAGGAGTCAGGGTTCCTTTGGTCGGAGTGATTTCTGTACATCAT  596

seq1  AGCAGGGAAGGCTATGGTAAAACCCACAGTACAGGAACCTGTTGAGGAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGAAGGCTATGGTAAAACCCACAGTACAGGAACCTGTTGAGGAAA  646

seq1  CTTGCTCCACATGAATAAAGAAGAATCAGGAGTGAATATAACTGTCAAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCCACATGAATAAAGAAGAATCAGGAGTGAATATAACTGTCAAAG  696

seq1  ACCCACCCCGATCTAGTACTGTCAATCATGGATCTTCTAAAAGTCGCACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCCCGATCTAGTACTGTCAATCATGGATCTTCTAAAAGTCGCACA  746

seq1  GCAACTTTTTAAAATAGTGTGACAAGGTGAGAACATTCGTTATTCTGTGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTTTTAAAATAGTGTGACAAGGTGAGAACATTCGTTATTCTGTGA  796

seq1  GGGACATTTCAAATTCACACCATTTATTATGGTAATTTTCTTGGGGGAGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATTTCAAATTCACACCATTTATTATGGTAATTTTCTTGGGGGAGG  846

seq1  CTTACGCCATTGTCTGTTGGATGCAGATCTGGCATCAAGAGTAGACCAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACGCCATTGTCTGTTGGATGCAGATCTGGCATCAAGAGTAGACCAAA  896

seq1  GAACCACTTCCTGCCAAACCTACCATAGTGAGTCATGGAGTCTATGTAGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTTCCTGCCAAACCTACCATAGTGAGTCATGGAGTCTATGTAGC  946

seq1  TGATTTACAGGAGTATGGGTGACCCCTAAACAAATACCTCATTGGAAAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTACAGGAGTATGGGTGACCCCTAAACAAATACCTCATTGGAAAGT  996

seq1  ACAACCCTAGAGTGAGTGATGACCTTTGGCTTGCTGCATAGATGGAGAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCTAGAGTGAGTGATGACCTTTGGCTTGCTGCATAGATGGAGAAT  1046

seq1  TC  1050
      ||
seq2  TC  1048


seq1: chr11_111007525_111008657
seq2: B6Ng01-257F23.g_69_1219

seq1  GAATTCCAAGAGAGCTAATATTTTGACCAAGAGAAACAGACTTTAAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGAGAGCTAATATTTTGACCAAGAGAAACAGACTTTAAAGTA  50

seq1  ATAAAGCATCTATCAAGGCAAGTCAGTAAGGAGCTATTCAGTGGCACTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCATCTATCAAGGCAAGTCAGTAAGGAGCTATTCAGTGGCACTGT  100

seq1  GGCATTACAGGTGTGACATTAGTTGGTTAGGAAATTTCCTTTTGAGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTACAGGTGTGACATTAGTTGGTTAGGAAATTTCCTTTTGAGTGTG  150

seq1  TGAATAGTAGGGCCACTTTTATGTGGTCAGTAGAATAGTAACTCTATACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGTAGGGCCACTTTTATGTGGTCAGTAGAATAGTAACTCTATACT  200

seq1  CCATCCCAAGATGGCTACACCCCAGTCGCTACAATATGAATCTCACTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCAAGATGGCTACACCCCAGTCGCTACAATATGAATCTCACTCTG  250

seq1  GAATCTGGCTTCTGAGGAACACATACAGTTTGCAGATAAGATCAAACTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGGCTTCTGAGGAACACATACAGTTTGCAGATAAGATCAAACTAA  300

seq1  AGGCATAGATCAGGGAGATTATTCTGAGTGTCTGGATGGCCTCAATCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATAGATCAGGGAGATTATTCTGAGTGTCTGGATGGCCTCAATCTAA  350

seq1  TCACATACATTCTCAGAATCATTGTCCTTTCTTGCTCTCTTGGTGACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATACATTCTCAGAATCATTGTCCTTTCTTGCTCTCTTGGTGACAAA  400

seq1  GGAAACAACATAAATGACATTGGAGATAGGAAGGAATATGAACAGCCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAACATAAATGACATTGGAGATAGGAAGGAATATGAACAGCCTTT  450

seq1  TGAAGGACAAAAAGTAAGAAAATGGGTTCACTTTCAGAGCTTCCAGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGACAAAAAGTAAGAAAATGGGTTCACTTTCAGAGCTTCCAGAAAA  500

seq1  GACTCCACCTCAAGGGCTAGATTTTGTCCCAGCAAACTGTGTCAAGATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCACCTCAAGGGCTAGATTTTGTCCCAGCAAACTGTGTCAAGATGT  550

seq1  TTAGCCTATACAAATAGAAAATAATAAATTTGTGTCATTTTGAAATGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCTATACAAATAGAAAATAATAAATTTGTGTCATTTTGAAATGCTG  600

seq1  AATTTGGTTTGTTACAAATACAATAGGCCACACTGAGGCACAAATGATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGTTTGTTACAAATACAATAGGCCACACTGAGGCACAAATGATGA  650

seq1  GAACAAAAATTAACAAAATTTAAAAGCACAACCTTTGCAGTGGGAATAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAAATTAACAAAATTTAAAAGCACAACCTTTGCAGTGGGAATAGC  700

seq1  CATGGATAAATCAAAATAGCTGTAGAGGGTATTAAGAGAGGAATGAAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATAAATCAAAATAGCTGTAGAGGGTATTAAGAGAGGAATGAAGTT  750

seq1  AGTCCCATGTGCCCCCTGGGCAATAATGGCATGATTGTTTGGGAGTAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCATGTGCCCCCTGGGCAATAATGGCATGATTGTTTGGGAGTAACC  800

seq1  AACTGATTTGGGATTGGATTTGAGGCCTAATTTTTCAGAAGAAATATATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATTTGGGATTGGATTTGAGGCCTAATTTTTCAGAAGAAATATATC  850

seq1  CCTGGTGCTCTGAACC-AGGTTAAAAACTTGTGGCAAGAAGAGG-CCACA  898
      |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTGGTGCTCTGAACCAAGTTTAAAAACTTGTGGCAAGAAGAGGCCCACA  900

seq1  GGCTCTAGTGT-GGGGGATTTACTACTG-ATATTACACTAAATGGCTGTG  946
      ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTAGTGTGGGGGGATTTACTACTGAATATTACACTAAATGGCTGTG  950

seq1  T-AACCAAATTA-TCCTCTAGGTACTTATGTTTATG-CCCTTATACTAGT  993
      | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAAACCAAATTATTCCTCTAGGTACTTATGTTTATGCCCCTTATACTAGT  1000

seq1  TTTCCTCTCAATCCT-GTCCAGAAACTTTTCTTTTTTG-CAC-TGAGCTG  1040
      ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||| |||||||
seq2  TTTCCTCTCAATCCTGGTCCAGAACTTTTTCTTTTTTGCCACTTGAGCTG  1050

seq1  TGCTT--AATAC--AGAGACTCATGACTGGTCAAAGAGGGATACAAAACA  1086
      |||||  |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAAATACAGAGAGACTCATGACTGGTC-AAGAGGGATACAAAACA  1099

seq1  G-TATTC-TAGATATG-ACAT-AGCTGATGTCATTATG-AACACAGAGCA  1131
      | ||||| ||||  || |||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTTATTCTTAGAATTGAACATAAGCTGATGTCATTATGAAACACAGAGCA  1149

seq1  GC  1133
      ||
seq2  GC  1151


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |