BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257J14
Chromosome11 (Build37)
Map Location 28,215,368 - 28,315,672
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG626571, Ccdc85a
Upstream geneLOC100042377
Downstream geneEfemp1, LOC382504, Pnpt1, A630052C17Rik, Smek2, LOC100042972, Ccdc104, LOC672637, LOC100042985, A430106J12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257J14.bB6Ng01-257J14.g
ACCGA063255GA063256
length1,1981,120
definitionB6Ng01-257J14.b B6Ng01-257J14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,314,459 - 28,315,672)(28,215,368 - 28,216,491)
sequence
gaattccattgattagggaaaccaggtctgctcgggttttggagctttga
atgtggcaaagttagataaggatggcatggatacaaatattccttagtaa
aagtggatcctgctcagaatcttgacactgacaatgttcattagactcag
acttggaaatattgtaagacatttttccatttatgtaagtttttcacgct
gaatacttatgactataaacaattttaattttataaactcaaactatctt
aattattttgaaaaattctatattttagtaccttattgcaatgtctagca
gtgttttttttaacatgtatttttgttttgcatttttgaggcataaactt
tagttggtattgtctgtgttcaaaattaagacttttgggccaggagagac
tttctaggtacaacagtacttaattcctttatttttcatcatggaatgga
cttgagaaggttttctagattatacataattaaaaaataatctgaaatca
tttaaggtagatctacctttgcttggagttggtacaccggatggactgga
gagatacacactctattctgcatggctcagcctcaggcactaaccattgt
agtctctcatcgcagccccacattagagtccatcttgataagttcaattc
tcaccttggcttccatgattatctccattttgtggataagaaattttcta
gtaatagaaagaagcaagttccacatttagaatttctgttagcactagtt
tagtgtccttcccatctgctcacagttgtgttttatatggcacatgtctc
atttctcttgaaacagtttatctatgaaaacagcattaatagtctcatct
aaagtacagtgctaccactgggaagcttagagttagctgagagttagctg
ggtcttgttgagggtctatcaactttgatattgtctgtgagatttttttt
atgctcacaattaatcttacaatgattgggtttcatccttaggaagaaat
aagggcattgttactcgccaaataagttgttccttagagaagatctctca
tcctccctggtttatcagctcttttaaattctgctgttttcagaaacttc
tcaatatacactaacaggcttctttatctataggacctcacaacttaagt
ggagatccagtcgtaaaattttagttttgtcattacctgtggtgcaat

gaattctttgttcagctctgagccccattttttaatcgggttatttgatt
ttctggagtccaccttcttgagttctttatatatattggatattagtccc
ctatccgatttgggataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggcct
ttttgtcttattgacggtgtcttttgcttttcagaagctttgcaatttta
tgaggtcccatttattgattcttgatcttacagcacaagccattgctgtt
ctattcaggaatttttccctgtacccatatcttctgggacttttttctgt
ggatctttaatcatcatacaaatatcttgaacacaatctaagactataga
aaaataaatggagttctccagttcagttacatagaaaatatgtcagtgat
cctttaaagacactgtacattcaaatagtgttaattaaggtgtaggcaga
attatgccttatgattagtttaaaaataatgacacaaattaatggttaaa
actatttctggtgaatttcataaactattatgttgatggcttttttgttc
tgatggttcgttattatatcttacacattttcttttgtttaatggttgga
gtttctggcttttcctataattaaaacagccataatcagtgatttcataa
atgctgttttcttctttgaagcataatatagcacctaatggaacttacat
tttagttaagagataagacagtaaataggtaggtagcagttcctatagca
gttggactgtgtgccagtcaggatggtgaattccttatgggcagaatgtt
ttatatgttgtgttatatgtgcatattgatgcatttatacacacatacat
atgcttatgtattctagtaacttctactattatgtataactacaagtaac
tgtggaggatggtcaggtacagtgctaaaattgagaaccagaagatgaaa
aggcaatgtccattctaaaagctgagttttgattgttgtcagcaatggga
catattgaaagactgtagaagacacaagatgttaccaacaattttgacta
taatgctgtggcttcagtcttgacaaaagtctcacttaccactgatgtta
gagagtctggaaataatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_28314459_28315672
seq2: B6Ng01-257J14.b_46_1243 (reverse)

seq1  ATTGCACCACATGTAATGACAAAAATTTAAAAATATTTAACGACTGGATC  50
      ||||||||||| |||||||||||| |     || |||| |||||||||||
seq2  ATTGCACCACAGGTAATGACAAAACT-----AAAATTTTACGACTGGATC  45

seq1  TTCACTTTAAAAGGTTGTGAGTTCCTATAGATAAAGAAG-CTGTTAAGTT  99
      | |||||    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| 
seq2  TCCACTT----AAGTTGTGAGGTCCTATAGATAAAGAAGCCTGTT-AGT-  89

seq1  GTTATAATGAGAAGTTTCTGAAAACAAGCAAGAATTTAAAAAGAAGCTGA  149
        |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||   ||||||
seq2  -GTATATTGAGAAGTTTCTGAAAAC-AGC-AGAATTTAAAA--GAGCTGA  134

seq1  TTAAACCAGGGAGGAATGAGAAGATCTTCTCTAAGGAACAACTTATTTGG  199
       ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAAACCAGGGAGG-ATGAG-AGATCTTCTCTAAGGAACAACTTATTTGG  181

seq1  CGAGTAACAATGCCCTTATTTCTTCCTAAGGATGAAA-CCAATCATTGTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CGAGTAACAATGCCCTTATTTCTTCCTAAGGATGAAACCCAATCATTGTA  231

seq1  AGATTAATTGTGAGCAT-AAAAAAATCTCACAGACAATATCAAAGTTGAT  297
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAATTGTGAGCATAAAAAAAATCTCACAGACAATATCAAAGTTGAT  281

seq1  AGACCCTCAACAAGACCCAGCTAACTCTCAGCTAACTCTAAGCTTCCCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTCAACAAGACCCAGCTAACTCTCAGCTAACTCTAAGCTTCCCAG  331

seq1  TGGTAGCACTGTACTTTAGATGAGACTATTAATGCTGTTTTCATAGATAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGCACTGTACTTTAGATGAGACTATTAATGCTGTTTTCATAGATAA  381

seq1  ACTGTTTCAAGAGAAATGAGACATGTGCCATATAAAACACAACTGTGAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTCAAGAGAAATGAGACATGTGCCATATAAAACACAACTGTGAGC  431

seq1  AGATGGGAAGGACACTAAACTAGTGCTAACAGAAATTCTAAATGTGGAAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGAAGGACACTAAACTAGTGCTAACAGAAATTCTAAATGTGGAAC  481

seq1  TTGCTTCTTTCTATTACTAGAAAATTTCTTATCCACAAAATGGAGATAAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTTTCTATTACTAGAAAATTTCTTATCCACAAAATGGAGATAAT  531

seq1  CATGGAAGCCAAGGTGAGAATTGAACTTATCAAGATGGACTCTAATGTGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAGCCAAGGTGAGAATTGAACTTATCAAGATGGACTCTAATGTGG  581

seq1  GGCTGCGATGAGAGACTACAATGGTTAGTGCCTGAGGCTGAGCCATGCAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCGATGAGAGACTACAATGGTTAGTGCCTGAGGCTGAGCCATGCAG  631

seq1  AATAGAGTGTGTATCTCTCCAGTCCATCCGGTGTACCAACTCCAAGCAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGTGTGTATCTCTCCAGTCCATCCGGTGTACCAACTCCAAGCAAA  681

seq1  GGTAGATCTACCTTAAATGATTTCAGATTATTTTTTAATTATGTATAATC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGATCTACCTTAAATGATTTCAGATTATTTTTTAATTATGTATAATC  731

seq1  TAGAAAACCTTCTCAAGTCCATTCCATGATGAAAAATAAAGGAATTAAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAACCTTCTCAAGTCCATTCCATGATGAAAAATAAAGGAATTAAGT  781

seq1  ACTGTTGTACCTAGAAAGTCTCTCCTGGCCCAAAAGTCTTAATTTTGAAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGTACCTAGAAAGTCTCTCCTGGCCCAAAAGTCTTAATTTTGAAC  831

seq1  ACAGACAATACCAACTAAAGTTTATGCCTCAAAAATGCAAAACAAAAATA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAATACCAACTAAAGTTTATGCCTCAAAAATGCAAAACAAAAATA  881

seq1  CATGTTAAAAAAAACACTGCTAGACATTGCAATAAGGTACTAAAATATAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTAAAAAAAACACTGCTAGACATTGCAATAAGGTACTAAAATATAG  931

seq1  AATTTTTCAAAATAATTAAGATAGTTTGAGTTTATAAAATTAAAATTGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTCAAAATAATTAAGATAGTTTGAGTTTATAAAATTAAAATTGTT  981

seq1  TATAGTCATAAGTATTCAGCGTGAAAAACTTACATAAATGGAAAAATGTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTCATAAGTATTCAGCGTGAAAAACTTACATAAATGGAAAAATGTC  1031

seq1  TTACAATATTTCCAAGTCTGAGTCTAATGAACATTGTCAGTGTCAAGATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATATTTCCAAGTCTGAGTCTAATGAACATTGTCAGTGTCAAGATT  1081

seq1  CTGAGCAGGATCCACTTTTACTAAGGAATATTTGTATCCATGCCATCCTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCAGGATCCACTTTTACTAAGGAATATTTGTATCCATGCCATCCTT  1131

seq1  ATCTAACTTTGCCACATTCAAAGCTCCAAAACCCGAGCAGACCTGGTTTC  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACTTTGCCACATTCAAAGCTCCAAAACCCGAGCAGACCTGGTTTC  1181

seq1  CCTAATCAATGGAATTC  1214
      |||||||||||||||||
seq2  CCTAATCAATGGAATTC  1198


seq1: chr11_28215368_28216491
seq2: B6Ng01-257J14.g_68_1187

seq1  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATCGGGTTATTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATCGGGTTATTTGATT  50

seq1  TTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CTATCCGATTTGGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCGATTTGGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCT  150

seq1  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCTTTTCAGAAGCTTTGCAATTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTATTGACGGTGTCTTTTGCTTTTCAGAAGCTTTGCAATTTTA  200

seq1  TGAGGTCCCATTTATTGATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCCCATTTATTGATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTT  250

seq1  CTATTCAGGAATTTTTCCCTGTACCCATATCTTCTGGGACTTTTTTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCAGGAATTTTTCCCTGTACCCATATCTTCTGGGACTTTTTTCTGT  300

seq1  GGATCTTTAATCATCATACAAATATCTTGAACACAATCTAAGACTATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTTTAATCATCATACAAATATCTTGAACACAATCTAAGACTATAGA  350

seq1  AAAATAAATGGAGTTCTCCAGTTCAGTTACATAGAAAATATGTCAGTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAATGGAGTTCTCCAGTTCAGTTACATAGAAAATATGTCAGTGAT  400

seq1  CCTTTAAAGACACTGTACATTCAAATAGTGTTAATTAAGGTGTAGGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAAGACACTGTACATTCAAATAGTGTTAATTAAGGTGTAGGCAGA  450

seq1  ATTATGCCTTATGATTAGTTTAAAAATAATGACACAAATTAATGGTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCCTTATGATTAGTTTAAAAATAATGACACAAATTAATGGTTAAA  500

seq1  ACTATTTCTGGTGAATTTCATAAACTATTATGTTGATGGCTTTTTTGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTCTGGTGAATTTCATAAACTATTATGTTGATGGCTTTTTTGTTC  550

seq1  TGATGGTTCGTTATTATATCTTACACATTTTCTTTTGTTTAATGGTTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTTCGTTATTATATCTTACACATTTTCTTTTGTTTAATGGTTGGA  600

seq1  GTTTCTGGCTTTTCCTATAATTAAAACAGCCATAATCAGTGATTTCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGGCTTTTCCTATAATTAAAACAGCCATAATCAGTGATTTCATAA  650

seq1  ATGCTGTTTTCTTCTTTGAAGCATAATATAGCACCTAATGGAACTTACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTTTCTTCTTTGAAGCATAATATAGCACCTAATGGAACTTACAT  700

seq1  TTTAGTTAAGAGATAAGACAGTAAATAGGTAGGTAGCAGTTCCTATAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTAAGAGATAAGACAGTAAATAGGTAGGTAGCAGTTCCTATAGCA  750

seq1  GTTGGACTGTGTGCCAGTCAGGATGGTGAATTCCTTATGGGCAGAATGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACTGTGTGCCAGTCAGGATGGTGAATTCCTTATGGGCAGAATGTT  800

seq1  TTATATGTTGTGTTATATGTGCATATTGATGCATTTATACACACATACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTTGTGTTATATGTGCATATTGATGCATTTATACACACATACAT  850

seq1  ATGCTTATGTATTCTAGTAACTTCTACTATTATGTATAACTACAAGTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATGTATTCTAGTAACTTCTACTATTATGTATAACTACAAGTAAC  900

seq1  TGTGGAGGATGGTCAGGTACAGTGCTAAAATTGAGAACCAGAAGATGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGGATGGTCAGGTACAGTGCTAAAATTGAGAACCAGAAGATGAAA  950

seq1  AGGCAATGTCCCATCTTAAAAGCTGAGTTTTGATTG-TGTCAGCAAT-GG  998
      ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  AGGCAATGT-CCATTCTAAAAGCTGAGTTTTGATTGTTGTCAGCAATGGG  999

seq1  ACATATTGAAAGACTGTAAGAAGACACAAGATG-TACC-ACAATTTTGAC  1046
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  ACATATTGAAAGACTGT-AGAAGACACAAGATGTTACCAACAATTTTGAC  1048

seq1  TATAATGCTGTGCTTTCCAGTCTTGACAAAAAGTTCCTCACTTACCAACT  1096
      ||||||||||||  || |||||||||| ||||||  |||||||||| |||
seq2  TATAATGCTGTGGCTT-CAGTCTTGAC-AAAAGT--CTCACTTACC-ACT  1093

seq1  GATGTTAGAGAGGTCTGAAATAAATGAA  1124
      ||||||||||| ||||| ||  ||||||
seq2  GATGTTAGAGA-GTCTGGAAATAATGAA  1120


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |