BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258E18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 66,989,090 - 67,176,489
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyh2, Myh1, Myh4, Myh8, Myh13
Upstream geneGm879, LOC668323, A530088H08Rik, 9130409J20Rik, A730055C05Rik, 2310004I24Rik, Sco1, Myh3
Downstream geneGas7, Rcvrn, Glp2r, LOC544792, Dhrs7c, LOC100041899, Usp43, Wdr16, Stx8, Ntn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258E18.bB6Ng01-258E18.g
ACCGA063772GA063773
length9421,182
definitionB6Ng01-258E18.b B6Ng01-258E18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,989,090 - 66,990,030)(67,175,316 - 67,176,489)
sequence
gaattcttcaggctgagcgagacatcacagctcttgctttcccttaaaag
tatgatgaagccatgtgtactgccaacacttccaccttcccaccctttaa
gactcctcatgcatcaaaatgtttccaatgtcccagcaggcatttgtcct
tttgcccaccatgaatgtgtcactgatttaaattgtcatcaaaatgggat
gggcaagccaagtctagtttagatattgatttagcagtagaatattagaa
agaaagccttatgcttcaggaaaacagtgtagtctcccttctaccaaggc
ttttaggcaatttcttcatcataggatttcccccattgaatggaatgttc
tgggaagacatgagtggttgtccttggtttaaatgggtgtatgtgcacca
agtatggggagagaagaaagggaagatgttatgtcactgtgcactaggtg
ctaagactgctaaacagagaaatagaaatctcatgccccgattcctttct
agccatttacaagtgggtttgaaacaacattaagtgcttgcaatttctct
ttgcagacagggagaatcagtcaatcctgatcacgtaagtagggtttgat
gttttcttttcatggctatggaagatgctaggtgtggggcctcctctgat
tgttttgacttaacagcggagaatccggggccgggaagactgtgaacacg
aagcgtgtcatccagtactttgcaacaattgcagtcactggggacaagaa
gaaggaggaggcaacttctggcaaaatgcaggtgagagtgactgtcacag
agtccagactgagagagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtatgattccta
gcaggaatccctggatcctgataagcatgttctgattctatt
gaattctttatgaccttacgtacacacatcatgaaggaccagaaaactca
gactctgagtctttcacaatcagcagagacttaggggaacctggatgctg
tctaattttatcgatcagaagcctgaagttattaagagctctagtaatgt
gctcaaggacgcaaggtcacttgaagactagaatccctgaagtctctttt
attgtaagagcagttcactaggtagctccagtcctcaagagaagaatcag
gggccattgcatgaagaagagggtctgagccttagggaacactagtaaat
ttgaggtttgatggatgaggatgttataaggtcatgggaagctgtgtcta
gtcggggctggagttggcaggagaaaggagagcagtataacccagctatg
ccccggagggagctcaccttgcaggtttttattctcccgtctcagtgtct
ctaactgatccaccacctcctcataggcattcctcatcttgaagatttca
gtactgagagacctggactctttctgggcagcttccagctcagcttggct
ctcatccagtttttgtttccactctgcaaggacctgcaatgaggggatgg
gaaacatgggaaacagaagagatgaggagggggcttgggagagaccatcc
aaacacaggcagtgagcaatgttaaggtttcaccttcccatccttgagga
ccaacagaagaaggctggctctactctagaccagggactccaaacccaga
tgtctctacaggtgccctgctgagttcttaaacataatacaggctgagca
ttactgatccaacaggtaatttttctcagatttcagaatatctggagaat
ttgtgtagacataggagacctttagagatgagactacattacggccataa
gaaatagtactttgagcatgtttgtgtgcatgaggcttgtatgtgagtat
atgatgtgcatgtgtgtgtttacatgtacaatatgtttgtgaggacattt
gtattgtgcatgtaggtgtgagcatgcaaaggtcagaggacagccctgga
tattagtcttcaccttcccaccttgtggagatgcttaagtctgcttagac
tagctagccaggcaaggttccctatccttttggccctccatcatcggtag
gagcgcataggatcatgtctgtgtatttccgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_66989090_66990030
seq2: B6Ng01-258E18.b_46_987

seq1  GAATTCTTCAGGCTGAGCGAGACATCACAGCTCTTGCTTTCCCTTAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGGCTGAGCGAGACATCACAGCTCTTGCTTTCCCTTAAAAG  50

seq1  TATGATGAAGCCATGTGTACTGCCAACACTTCCACCTTCCCACCCTTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGAAGCCATGTGTACTGCCAACACTTCCACCTTCCCACCCTTTAA  100

seq1  GACTCCTCATGCATCAAAATGTTTCCAATGTCCCAGCAGGCATTTGTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTCATGCATCAAAATGTTTCCAATGTCCCAGCAGGCATTTGTCCT  150

seq1  TTTGCCCACCATGAATGTGTCACTGATTTAAATTGTCATCAAAATGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCCACCATGAATGTGTCACTGATTTAAATTGTCATCAAAATGGGAT  200

seq1  GGGCAAGCCAAGTCTAGTTTAGATATTGATTTAGCAGTAGAATATTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGCCAAGTCTAGTTTAGATATTGATTTAGCAGTAGAATATTAGAA  250

seq1  AGAAAGCCTTATGCTTCAGGAAAACAGTGTAGTCTCCCTTCTACCAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCTTATGCTTCAGGAAAACAGTGTAGTCTCCCTTCTACCAAGGC  300

seq1  TTTTAGGCAATTTCTTCATCATAGGATTTCCCCCATTGAATGGAATGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGCAATTTCTTCATCATAGGATTTCCCCCATTGAATGGAATGTTC  350

seq1  TGGGAAGACATGAGTGGTTGTCCTTGGTTTAAATGGGTGTATGTGCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGACATGAGTGGTTGTCCTTGGTTTAAATGGGTGTATGTGCACCA  400

seq1  AGTATGGGGAGAGAAGAAAGGGAAGATGTTATGTCACTGTGCACTAGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGGGAGAGAAGAAAGGGAAGATGTTATGTCACTGTGCACTAGGTG  450

seq1  CTAAGACTGCTAAACAGAGAAATAGAAATCTCATGCCCCGATTCCTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACTGCTAAACAGAGAAATAGAAATCTCATGCCCCGATTCCTTTCT  500

seq1  AGCCATTTACAAGTGGGTTTGAAACAACATTAAGTGCTTGCAATTTCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTACAAGTGGGTTTGAAACAACATTAAGTGCTTGCAATTTCTCT  550

seq1  TTGCAGACAGGGAGAATCAGTCAATCCTGATCACGTAAGTAGGGTTTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGACAGGGAGAATCAGTCAATCCTGATCACGTAAGTAGGGTTTGAT  600

seq1  GTTTTCTTTTCATGGCTATGGAAGATGCTAGGTGTGGGGCCTCCTCTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTTTTCATGGCTATGGAAGATGCTAGGTGTGGGGCCTCCTCTGAT  650

seq1  TGTTTTGACTTAACAGCGGAGAATCCGGGGCCGGGAAGACTGTGAACACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGACTTAACAGCGGAGAATCCGGGGCCGGGAAGACTGTGAACACG  700

seq1  AAGCGTGTCATCCAGTACTTTGCAACAATTGCAGTCACTGGGGACAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGTGTCATCCAGTACTTTGCAACAATTGCAGTCACTGGGGACAAGAA  750

seq1  GAAGGAGGAGGCAACTTCTGGCAAAATGCAGGTGAGAGTGACTGTCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGGAGGCAACTTCTGGCAAAATGCAGGTGAGAGTGACTGTCACAG  800

seq1  AGTCCAGACTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGACTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  850

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTATGATTCCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTATGATTCCTA  900

seq1  GCAAGGAATCCCT-GAGCCTGATAAGCAAGGTCTGA-TCTATT  941
      || |||||||||| || ||||||||||| | ||||| ||||||
seq2  GC-AGGAATCCCTGGATCCTGATAAGCATGTTCTGATTCTATT  942

seq1: chr11_67175316_67176489
seq2: B6Ng01-258E18.g_69_1250 (reverse)

seq1  GCGG-AATACACAG-CATGATCATA-GCGCTCCTACCGGATGATGGGAGG  47
      |||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||  ||
seq2  GCGGAAATACACAGACATGATCCTATGCGCTCCTACC-GATGATGGAGGG  49

seq1  C---AAAGACAGGGAAAACCT--GCTTGCTAGCTAGTCT-AGCAGACTT-  90
      |   || || ||||  |||||   || |||||||||||| ||||||||| 
seq2  CCAAAAGGATAGGG--AACCTTGCCTGGCTAGCTAGTCTAAGCAGACTTA  97

seq1  AGCATCTCCCTTCAAGGTGGG-AGGTGAAGACTAATATCCAGGGCTGTCC  139
      |||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTCC--ACAAGGTGGGAAGGTGAAGACTAATATCCAGGGCTGTCC  145

seq1  TCTGACCTTTGCATGCTCACACCTACATGCAC-ATACAAATTGTCCCTCA  188
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||
seq2  TCTGACCTTTGCATGCTCACACCTACATGCACAATACAAA-TGT-CCTCA  193

seq1  CAAACATATTGTACATGTAAACACACACATGCACATCATATACTCACATA  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATATTGTACATGTAAACACACACATGCACATCATATACTCACATA  243

seq1  C-AGCCTCATGCACACAAACATGCTCAAAGTACTATTTCTTATGGCCGTA  287
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTCATGCACACAAACATGCTCAAAGTACTATTTCTTATGGCCGTA  293

seq1  ATGTAGTCTCATCTCT-AAGGTCTCCTATGTCTACACAAATTCTCCAGAT  336
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTCTCATCTCTAAAGGTCTCCTATGTCTACACAAATTCTCCAGAT  343

seq1  ATTCTGAAATCTGAG-AAAATTACCTGTTGGATCAGTAATGCTCAGCCTG  385
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAAATCTGAGAAAAATTACCTGTTGGATCAGTAATGCTCAGCCTG  393

seq1  TATTATGTTTAAGAACTCAGCAGGGCACCTGTAGAGACATCTGGGTTTGG  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGTTTAAGAACTCAGCAGGGCACCTGTAGAGACATCTGGGTTTGG  443

seq1  AGTCCCTGGTCTAGAGTAGAGCCAGCCTTCTTCTGTTGGTCCTCAAGGAT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTGGTCTAGAGTAGAGCCAGCCTTCTTCTGTTGGTCCTCAAGGAT  493

seq1  GGGAAGGTGAAACCTTAACATTGCTCACTGCCTGTGTTTGGATGGTCTCT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGTGAAACCTTAACATTGCTCACTGCCTGTGTTTGGATGGTCTCT  543

seq1  CCCAAGCCCCCTCCTCATCTCTTCTGTTTCCCATGTTTCCCATCCCCTCA  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCCCCCTCCTCATCTCTTCTGTTTCCCATGTTTCCCATCCCCTCA  593

seq1  TTGCAGGTCCTTGCAGAGTGGAAACAAAAACTGGATGAGAGCCAAGCTGA  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGTCCTTGCAGAGTGGAAACAAAAACTGGATGAGAGCCAAGCTGA  643

seq1  GCTGGAAGCTGCCCAGAAAGAGTCCAGGTCTCTCAGTACTGAAATCTTCA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAGCTGCCCAGAAAGAGTCCAGGTCTCTCAGTACTGAAATCTTCA  693

seq1  AGATGAGGAATGCCTATGAGGAGGTGGTGGATCAGTTAGAGACACTGAGA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGGAATGCCTATGAGGAGGTGGTGGATCAGTTAGAGACACTGAGA  743

seq1  CGGGAGAATAAAAACCTGCAAGGTGAGCTCCCTCCGGGGCATAGCTGGGT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGAATAAAAACCTGCAAGGTGAGCTCCCTCCGGGGCATAGCTGGGT  793

seq1  TATACTGCTCTCCTTTCTCCTGCCAACTCCAGCCCCGACTAGACACAGCT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGCTCTCCTTTCTCCTGCCAACTCCAGCCCCGACTAGACACAGCT  843

seq1  TCCCATGACCTTATAACATCCTCATCCATCAAACCTCAAATTTACTAGTG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGACCTTATAACATCCTCATCCATCAAACCTCAAATTTACTAGTG  893

seq1  TTCCCTAAGGCTCAGACCCTCTTCTTCATGCAATGGCCCCTGATTCTTCT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTAAGGCTCAGACCCTCTTCTTCATGCAATGGCCCCTGATTCTTCT  943

seq1  CTTGAGGACTGGAGCTACCTAGTGAACTGCTCTTACAATAAAAGAGACTT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGACTGGAGCTACCTAGTGAACTGCTCTTACAATAAAAGAGACTT  993

seq1  CAGGGATTCTAGTCTTCAAGTGACCTTGCGTCCTTGAGCACATTACTAGA  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATTCTAGTCTTCAAGTGACCTTGCGTCCTTGAGCACATTACTAGA  1043

seq1  GCTCTTAATAACTTCAGGCTTCTGATCGATAAAATTAGACAGCATCCAGG  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTAATAACTTCAGGCTTCTGATCGATAAAATTAGACAGCATCCAGG  1093

seq1  TTCCCCTAAGTCTCTGCTGATTGTGAAAGACTCAGAGTCTGAGTTTTCTG  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTAAGTCTCTGCTGATTGTGAAAGACTCAGAGTCTGAGTTTTCTG  1143

seq1  GTCCTTCATGATGTGTGTACGTAAGGTCATAAAGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCATGATGTGTGTACGTAAGGTCATAAAGAATTC  1182