BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262D21
Chromosome11 (Build37)
Map Location 41,037,341 - 41,190,651
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039285
Upstream geneLOC100039241, LOC382508, LOC432549, Mat2b, Hmmr, Nudcd2, Ccng1, LOC100039256
Downstream geneHspd1, LOC100039292, Gabrg2, Gabra1, Gabra6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262D21.bB6Ng01-262D21.g
ACCGA066709GA066710
length1761,003
definitionB6Ng01-262D21.b B6Ng01-262D21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,190,476 - 41,190,651)(41,037,341 - 41,038,327)
sequence
tacagtatgtggctgggaaatgtttgcctccttgaaaaacgtgcaaaaat
aatattgctttaatctgaggcagagggctgctaccttcatcttccagtca
tgcaaaggaaaaagaaagaaagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagagagggagagaggg
gaattctaggcctttaggcccaggcttgggaatgtggcctttgtaaaggt
atgctaatcaaaaaagagagcaacattcctctacccacccgcttcctggg
ttcaaagagtgctcattcaaagaaagtcaccctggccattaccagaacct
gcaatgcaaatgtgctattgttagaggctcttagaagctgtcttgagagt
taacaattaccaggtattccttgtgactcttgtaactttacacttccttg
tgactcttaactggtatctttggtatcttccaacaatgccctccccactt
ccttaagtttcggtttcttcctttaaatacccccttacccagctactcgg
ggtgccacggtcctctacccctgtgtggtgtatgaccatgggcccgagag
cgctcttgaataaaaaatcctcttgcaatttgcagcaagacccgtttctt
gtgggtgattttggggtgtcgcctctcctgagtcagaacgtgggggagcc
ctcacattgtgggtctttcaatgtcaggtcacatgaccttggacctggtg
ttactttgcttatgtttaaagctgtgtggtatcatgtgaagtctttgcat
tatgaatgagtaagcaatgtttgcagtttgtgctattgaattattaaaat
gtatattgcagttagaagtactggcttgtctgctaagtattccccacatg
cctcctgggttgaggtagactaaggagaacataagttttaactcttgact
ttggggagagcacagtgaaaggaaggctgagttctggttgaaatctcagt
tttaggaaacgctccacaacccgtggctcagaaatatgggagaggggagg
agagagtgttaagacccagaggattagaacatctagaatgtgatagtgac
ttctatatgtgacagggaagtgcccccccagaaatctaacattcgcctaa
ataggcttgcacagtggaaacaccactgacattgcaatgtgttgggaaga
ttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_41190476_41190651
seq2: B6Ng01-262D21.b_48_223 (reverse)

seq1  CCCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  50

seq1  CTCTCTTTCTTTCTTTTTCCTTTGCATGACTGGAAGATGAAGGTAGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTCTTTCTTTTTCCTTTGCATGACTGGAAGATGAAGGTAGCAGC  100

seq1  CCTCTGCCTCAGATTAAAGCAATATTATTTTTGCACGTTTTTCAAGGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTCAGATTAAAGCAATATTATTTTTGCACGTTTTTCAAGGAGG  150

seq1  CAAACATTTCCCAGCCACATACTGTA  176
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATTTCCCAGCCACATACTGTA  176

seq1: chr11_41037341_41038327
seq2: B6Ng01-262D21.g_85_1067

seq1  CAGGCTTGGGAATGTGGCCTTTGTAAAGGTATGCTAATCAAAAAAGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGGGAATGTGGCCTTTGTAAAGGTATGCTAATCAAAAAAGAGAG  50

seq1  CAACATTCCTCTACCCACCCGCTTCCTGGGTTCAAAGAGTGCTCATTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTCCTCTACCCACCCGCTTCCTGGGTTCAAAGAGTGCTCATTCAA  100

seq1  AGAAAGTCACCCTGGCCATTACCAGAACCTGCAATGCAAATGTGCTATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTCACCCTGGCCATTACCAGAACCTGCAATGCAAATGTGCTATTG  150

seq1  TTAGAGGCTCTTAGAAGCTGTCTTGAGAGTTAACAATTACCAGGTATTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGCTCTTAGAAGCTGTCTTGAGAGTTAACAATTACCAGGTATTCC  200

seq1  TTGTGACTCTTGTAACTTTACACTTCCTTGTGACTCTTAACTGGTATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACTCTTGTAACTTTACACTTCCTTGTGACTCTTAACTGGTATCTT  250

seq1  TGGTATCTTCCAACAATGCCCTCCCCACTTCCTTAAGTTTCGGTTTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCTTCCAACAATGCCCTCCCCACTTCCTTAAGTTTCGGTTTCTTC  300

seq1  CTTTAAATACCCCCTTACCCAGCTACTCGGGGTGCCACGGTCCTCTACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAATACCCCCTTACCCAGCTACTCGGGGTGCCACGGTCCTCTACCC  350

seq1  CTGTGTGGTGTATGACCATGGGCCCGAGAGCGCTCTTGAATAAAAAATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGTGTATGACCATGGGCCCGAGAGCGCTCTTGAATAAAAAATCC  400

seq1  TCTTGCAATTTGCAGCAAGACCCGTTTCTTGTGGGTGATTTTGGGGTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAATTTGCAGCAAGACCCGTTTCTTGTGGGTGATTTTGGGGTGTC  450

seq1  GCCTCTCCTGAGTCAGAACGTGGGGGAGCCCTCACATTGTGGGTCTTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCCTGAGTCAGAACGTGGGGGAGCCCTCACATTGTGGGTCTTTCA  500

seq1  ATGTCAGGTCACATGACCTTGGACCTGGTGTTACTTTGCTTATGTTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGGTCACATGACCTTGGACCTGGTGTTACTTTGCTTATGTTTAAA  550

seq1  GCTGTGTGGTATCATGTGAAGTCTTTGCATTATGAATGAGTAAGCAATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTGGTATCATGTGAAGTCTTTGCATTATGAATGAGTAAGCAATGT  600

seq1  TTGCAGTTTGTGCTATTGAATTATTAAAATGTATATTGCAGTTAGAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTTTGTGCTATTGAATTATTAAAATGTATATTGCAGTTAGAAGTA  650

seq1  CTGGCTTGTCTGCTAAGTATTCCCCACATGCCTCCTGGGTTGAGGTAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTGTCTGCTAAGTATTCCCCACATGCCTCCTGGGTTGAGGTAGAC  700

seq1  TAAGGAGAACATAAGTTTTAACTCTTGACTTTGGGGAGAGCACAGTGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGAACATAAGTTTTAACTCTTGACTTTGGGGAGAGCACAGTGAAA  750

seq1  GGAAGGCTGAGTTCTGGTTGAAATCTCAGTTTTAGGAAACGCTCCACAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCTGAGTTCTGGTTGAAATCTCAGTTTTAGGAAACGCTCCACAAC  800

seq1  CCGTGGCTCAGGAAATATGGGAGAGGGGAGGAGAGAGTG-TAAGAACCAG  849
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  CCGTGGCTCA-GAAATATGGGAGAGGGGAGGAGAGAGTGTTAAGACCCAG  849

seq1  AGGATTAGAACATCTAGAATGTGATAGTGACTTCTATATGTGACAGGGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTAGAACATCTAGAATGTGATAGTGACTTCTATATGTGACAGGGAA  899

seq1  GTTGCCCCCCCAGAAATCCTAACATTCGCCTAAATAGGCTTGCACAGTGG  949
      | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TGCCCCCCCAGAAAT-CTAACATTCGCCTAAATAGGCTTGCACAGTGG  947

seq1  AAACACCACCTGACATTGCAATGTGGTTGGGAAGATTT  987
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAACACCA-CTGACATTGCAATGT-GTTGGGAAGATTT  983