BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268L15
Chromosome11 (Build37)
Map Location 118,646,947 - 118,738,204
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD11Bwg0517e
Upstream geneTmc8, 6030468B19Rik, Syngr2, Tk1, Afmid, Birc5, LOC546519, Tha1, Socs3, Pgs1, Dnahc17, Pscd1, Usp36, Timp2, Ddc8, Lgals3bp, Cant1, C1qtnf1, D230014K01Rik
Downstream geneEnpp7, Cbx2, Cbx8, Cbx4, Tbc1d16, Ccdc40, Gaa, Eif4a3, Card14, Sgsh, Slc26a11, LOC672511, Rnf213, A730011L01Rik, Nptx1, 4932417H02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268L15.bB6Ng01-268L15.g
ACCGA071509GA071510
length1,0401,136
definitionB6Ng01-268L15.b B6Ng01-268L15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,737,169 - 118,738,204)(118,646,947 - 118,648,079)
sequence
gaattccttggctgtccctttgtttagttggtgtccatcagaatggtttt
ccctttgggcctgccctcttggggctgggtgtgctgaaaggggcaggtcc
cttattagccactgaagctaccatgcaaaggtagaagtcggtttcttgta
tcagatggtatcctgaagccagtgtgcccagtttgaattcaggcccctgt
ccttggcatgcgtgatctagagggggccctggctccccttctgctcaggg
ctgagcaccacaatgggagacttgagaaaaactcaggcccacgggtgcag
agctggatgtttgtgttcatttgatggtgtgtggtgttcttagctctagg
attccaggtttcccccttctctatgtgaatgattttaggaatctagggaa
gacacagcttcaactctgtcctctgctctgcccaacaagtgtgtcagtga
cagttgtgatagacaatccaatactgaaagacacggttgctgccaggaga
ggcagggtggcaggagcccacagaacaatggagcagtttgactccaaagg
aaagaactgacctcaaaatccaggaggaagaatgaagagcagcgcacggc
acatcctccttctctcgtgcacagaaaggaagccgatctcaccagtaatc
aaacccttagcaatttaaacaacgacacacccactcttccaaattgccag
caagaaatgccaacagaggggctaccagacaccctctaaggacccagaca
tcctgtaggtcaattgagtggtctgagtggtagctacccaggtttgcaga
ctaagggggtggggttcaaggcaatggggacagctgggcgctaaggcagt
gggggctggggcaggaggaggataggacagcggggatgtagatcaatggg
gtgctaaggaaatggggatctggaacaacaggggcttggaacagtggcat
tttagagcataaggaattggggcagtaaggttcagagccctgagggttgg
gggagagaggatcaggagcccttggggactgtgggactga
gaattctcttgtctctccatcccgtctcaaaacatgagcaatgggagtaa
agctggacatggccacacacatctatggtaagtggctttaactgcttagc
catctccctagaccacataccccttgaatcattgctaggacaccggtaag
tcctagtacaaggtagacaccgcatggagagctgcagtatctgtgcttgt
gcttgtgcttgtgcttgtgcttgtgcttgtgcttgtgcttgtgcttgtgc
tgggcagctttatgtcaatgtggcacaagctagagtcatctgagaggaga
gaaccacaattgagaaatcgtctccataagatcggactgtaggcaaacct
gtggagcactatcttaattagtgattgatgagggagatcccagcccattg
tgggtggtgccatccctaggctggtggtcctgggtcctataagaaagcag
gctaaacaagctatgaggagcaaacctgtaagtagtacgcctccatggcc
tctgcatcagctcctgcctccaggttcctgccctgctggagttcctgtcc
tgactgccttccattgatgaacaatgatctggaagtgtgagccaactaaa
ccatttcttttctcccccaagttgcgtttggttatggtgtctcatcacag
caagagtaaccctaaccaacacagtactttccatggagtaagaatggtgt
ctgcattgcactgtgctctgttgtttctatctgtggttggttgaattctc
tgacaaggaacacaggacacagagagatgttcagtcttgtgtggccactg
tgaccccaggtgatctgcctactatgaatggggtcacactttgcttcctg
agatggacccttgccatgtttctggaatgagtagaaggaggtagacctag
gctccttcagtgacagggacatcaccagagtccactacacaaaatgaata
gctgttccctaggtgagcattgtgtctccttgctggggtgtctgcaggca
ggggtgggtttgatatggctcctgaacagtggaactggccctttctatct
cacaatgtcatcaactttccagagagcttggtgaaattgtccactagaac
cacaccctcgctacctggccaaatcccgcccagcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_118737169_118738204
seq2: B6Ng01-268L15.b_45_1083 (reverse)

seq1  CAGTCCC-CAG--CCCCAGGGCTCCTGATCCTCTCT-CCCCAACCCTCAG  46
      ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAGTCCCACAGTCCCCAAGGGCTCCTGATCCTCTCTCCCCCAACCCTCAG  50

seq1  GGCTCCTGACCCTTACTGCCCCAATTCCTTATGCTCTAAAATGCCACTGT  96
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCT-CTGAACCTTACTGCCCCAATTCCTTATGCTCTAAAATGCCACTGT  99

seq1  TCCAAGCCCCTGTTGTTCCAGATCCCCATTTCCTTAGCACCCCATTGATC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCCCCTGTTGTTCCAGATCCCCATTTCCTTAGCACCCCATTGATC  149

seq1  TACATCCCCGCTGTCCTATCCTCCTCCTGCCCCAGCCCCCACTGCCTTAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCCCGCTGTCCTATCCTCCTCCTGCCCCAGCCCCCACTGCCTTAG  199

seq1  CGCCCAGCTGTCCCCATTGCCTTGAACCCCACCCCCTTAGTCTGCAAACC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCAGCTGTCCCCATTGCCTTGAACCCCACCCCCTTAGTCTGCAAACC  249

seq1  TGGGTAGCTACCACTCAGACCACTCAATTGACCTACAGGATGTCTGGGTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGCTACCACTCAGACCACTCAATTGACCTACAGGATGTCTGGGTC  299

seq1  CTTAGAGGGTGTCTGGTAGCCCCTCTGTTGGCATTTCTTGCTGGCAATTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGGGTGTCTGGTAGCCCCTCTGTTGGCATTTCTTGCTGGCAATTT  349

seq1  GGAAGAGTGGGTGTGTCGTTGTTTAAATTGCTAAGGGTTTGATTACTGGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGTGGGTGTGTCGTTGTTTAAATTGCTAAGGGTTTGATTACTGGT  399

seq1  GAGATCGGCTTCCTTTCTGTGCACGAGAGAAGGAGGATGTGCCGTGCGCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCGGCTTCCTTTCTGTGCACGAGAGAAGGAGGATGTGCCGTGCGCT  449

seq1  GCTCTTCATTCTTCCTCCTGGATTTTGAGGTCAGTTCTTTCCTTTGGAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCATTCTTCCTCCTGGATTTTGAGGTCAGTTCTTTCCTTTGGAGT  499

seq1  CAAACTGCTCCATTGTTCTGTGGGCTCCTGCCACCCTGCCTCTCCTGGCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGCTCCATTGTTCTGTGGGCTCCTGCCACCCTGCCTCTCCTGGCA  549

seq1  GCAACCGTGTCTTTCAGTATTGGATTGTCTATCACAACTGTCACTGACAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCGTGTCTTTCAGTATTGGATTGTCTATCACAACTGTCACTGACAC  599

seq1  ACTTGTTGGGCAGAGCAGAGGACAGAGTTGAAGCTGTGTCTTCCCTAGAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTGGGCAGAGCAGAGGACAGAGTTGAAGCTGTGTCTTCCCTAGAT  649

seq1  TCCTAAAATCATTCACATAGAGAAGGGGGAAACCTGGAATCCTAGAGCTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAATCATTCACATAGAGAAGGGGGAAACCTGGAATCCTAGAGCTA  699

seq1  AGAACACCACACACCATCAAATGAACACAAACATCCAGCTCTGCACCCGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACCACACACCATCAAATGAACACAAACATCCAGCTCTGCACCCGT  749

seq1  GGGCCTGAGTTTTTCTCAAGTCTCCCATTGTGGTGCTCAGCCCTGAGCAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGAGTTTTTCTCAAGTCTCCCATTGTGGTGCTCAGCCCTGAGCAG  799

seq1  AAGGGGAGCCAGGGCCCCCTCTAGATCACGCATGCCAAGGACAGGGGCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGAGCCAGGGCCCCCTCTAGATCACGCATGCCAAGGACAGGGGCCT  849

seq1  GAATTCAAACTGGGCACACTGGCTTCAGGATACCATCTGATACAAGAAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTGGGCACACTGGCTTCAGGATACCATCTGATACAAGAAAC  899

seq1  CGACTTCTACCTTTGCATGGTAGCTTCAGTGGCTAATAAGGGACCTGCCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTTCTACCTTTGCATGGTAGCTTCAGTGGCTAATAAGGGACCTGCCC  949

seq1  CTTTCAGCACACCCAGCCCCAAGAGGGCAGGCCCAAAGGGAAAACCATTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGCACACCCAGCCCCAAGAGGGCAGGCCCAAAGGGAAAACCATTC  999

seq1  TGATGGACACCAACTAAACAAAGGGACAGCCAAGGAATTC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGACACCAACTAAACAAAGGGACAGCCAAGGAATTC  1039

seq1: chr11_118646947_118648079
seq2: B6Ng01-268L15.g_68_1203

seq1  GAATTCTCTTGTCTCTCCATCCCGTCTCAAAACATGAGCAATGGGAGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGTCTCTCCATCCCGTCTCAAAACATGAGCAATGGGAGTAA  50

seq1  AGCTGGACATGGCCACACACATCTATGGTAAGTGGCTTTAACTGCTTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGACATGGCCACACACATCTATGGTAAGTGGCTTTAACTGCTTAGC  100

seq1  CATCTCCCTAGACCACATACCCCTTGAATCATTGCTAGGACACCGGTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCTAGACCACATACCCCTTGAATCATTGCTAGGACACCGGTAAG  150

seq1  TCCTAGTACAAGGTAGACACCGCATGGAGAGCTGCAGTATCTGTGCTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTACAAGGTAGACACCGCATGGAGAGCTGCAGTATCTGTGCTTGT  200

seq1  GCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGCTTGTGC  250

seq1  TGGGCAGCTTTATGTCAATGTGGCACAAGCTAGAGTCATCTGAGAGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGCTTTATGTCAATGTGGCACAAGCTAGAGTCATCTGAGAGGAGA  300

seq1  GAACCACAATTGAGAAATCGTCTCCATAAGATCGGACTGTAGGCAAACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACAATTGAGAAATCGTCTCCATAAGATCGGACTGTAGGCAAACCT  350

seq1  GTGGAGCACTATCTTAATTAGTGATTGATGAGGGAGATCCCAGCCCATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCACTATCTTAATTAGTGATTGATGAGGGAGATCCCAGCCCATTG  400

seq1  TGGGTGGTGCCATCCCTAGGCTGGTGGTCCTGGGTCCTATAAGAAAGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGTGCCATCCCTAGGCTGGTGGTCCTGGGTCCTATAAGAAAGCAG  450

seq1  GCTAAACAAGCTATGAGGAGCAAACCTGTAAGTAGTACGCCTCCATGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACAAGCTATGAGGAGCAAACCTGTAAGTAGTACGCCTCCATGGCC  500

seq1  TCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCTGCCCTGCTGGAGTTCCTGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCTGCCCTGCTGGAGTTCCTGTCC  550

seq1  TGACTGCCTTCCATTGATGAACAATGATCTGGAAGTGTGAGCCAACTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCCTTCCATTGATGAACAATGATCTGGAAGTGTGAGCCAACTAAA  600

seq1  CCATTTCTTTTCTCCCCCAAGTTGCGTTTGGTTATGGTGTCTCATCACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCTTTTCTCCCCCAAGTTGCGTTTGGTTATGGTGTCTCATCACAG  650

seq1  CAAGAGTAACCCTAACCAACACAGTACTTTCCATGGAGTAAGAATGGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTAACCCTAACCAACACAGTACTTTCCATGGAGTAAGAATGGTGT  700

seq1  CTGCATTGCACTGTGCTCTGTTGTTTCTATCTGTGGTTGGTTGAATTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTGCACTGTGCTCTGTTGTTTCTATCTGTGGTTGGTTGAATTCTC  750

seq1  TGACAAGGAACACAGGACACAGAGAGATGTTCAGTCTTGTGTGGCCACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGGAACACAGGACACAGAGAGATGTTCAGTCTTGTGTGGCCACTG  800

seq1  TGACCCCAGGTGATCTGCCTACTATGAATGGGGTCACAC-TTGCTTCCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGACCCCAGGTGATCTGCCTACTATGAATGGGGTCACACTTTGCTTCCTG  850

seq1  AGATGGACCCTTGCCATGTTTCTGGAATGAGTAGAAGGAGGTAGACCTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGACCCTTGCCATGTTTCTGGAATGAGTAGAAGGAGGTAGACCTAG  900

seq1  GCTCC-TCAGTGACAGGGACATCACCAGAGTCCACTACACAAAATGAATA  948
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTCAGTGACAGGGACATCACCAGAGTCCACTACACAAAATGAATA  950

seq1  GCTGTTCCCTAGGTGAGCATTGTGTCTCCTTGCTGGGGTGTCTGCAGGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCCCTAGGTGAGCATTGTGTCTCCTTGCTGGGGTGTCTGCAGGCA  1000

seq1  GGGGTGGGTTTGATATGGCTCCTG-ACAGTGG-ACTGG-CCTTTCTAATC  1045
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||
seq2  GGGGTGGGTTTGATATGGCTCCTGAACAGTGGAACTGGCCCTTTCT-ATC  1049

seq1  TCCACAAATGTCATCAAC-TTCCAGAGAGCT--GTGAAATTGTCCAACTA  1092
      | ||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||
seq2  T-CAC-AATGTCATCAACTTTCCAGAGAGCTTGGTGAAATTGTCC-ACTA  1096

seq1  -AGACACACACTCGCTAACTTGCCCAAAATCCCGCCCAGCAT  1133
       |  ||||| ||||||| || |||  ||||||||||||||||
seq2  GAACCACACCCTCGCTACCTGGCC--AAATCCCGCCCAGCAT  1136