BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275K18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 78,921,326 - 79,060,735
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKsr1, LOC100042697, Wsb1
Upstream geneBC017647, LOC100043525, Traf4, Nek8, Tlcd1, Rpl23a, Rab34, 4933404M19Rik, Supt6h, Sdf2, 2610507B11Rik, BC030499, LOC100043544, LOC100042648, Spag5, Aldoc, Pigs, Unc119, Foxn1, OTTMUSG00000000132, Slc13a2, Slc46a1, A830091I15Rik, Vtn, Og9x, AI316787, Poldip2, Tnfaip1, Ift20, Tmem97, Nlk, LOC100043570, LOC100042674, 1810009O10Rik, 1810012P15Rik, Nos2, Lgals9
Downstream geneNf1, Omg, Evi2b, Evi2a, Rab11fip4, OTTMUSG00000000185, LOC432584, Utp6, ENSMUSG00000072631, Suz12, Crlf3, Atad5, 1110002N22Rik, Centa2, Rnf135, Rhot1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275K18.bB6Ng01-275K18.g
ACCGA076645GA076646
length1,1171,189
definitionB6Ng01-275K18.b B6Ng01-275K18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,059,627 - 79,060,735)(78,921,326 - 78,922,513)
sequence
gaattctttgaacaagtaagtattcaaggtggtagcagatgcctttgatt
aaagcacttgggaagcggaggtaggtggatgtctgtttggggccagctcc
tgtctacatagtgagttctaggtcagctagtgctatgtagagagaccctg
taacaacaacaacaacaaaaaaaagcaagtatataaatgttcaaactggg
catggtgatacataggtgtgtgacctcaacactgagatgtttgagtggcc
agcctgatattgcttcaaacctgaggttcagtgaccagcaatgcaagaaa
agaaaaaagtgctgggcagtggtggcgcacacctttaatcccagcacttg
ggaggcagaggcagggggaaaaaagagtttagattttgttctagttctta
gcatattctgtttgttcacaaatataaaataattttagtgagcataaaag
caagatgtaccccaggacatagacagtaataatggcattgacttgaggac
aaggaatcaaagtttgattggcttattgaggggaaaaattaaggtgacca
cagatttttctagaaaacaaaacttccagtaactggtaattgtttgtttg
tttgttttgtttagataatgtttatggagcatttgatggtccaaggtcaa
agagaaaagttgatactttgatattgtacaaatgaaaagtcagtggtgtg
gggctttcttaatgctaatttggtctaggagttttcttacattgcagtca
tttcttttatagttttctaatacatggagggtttgttatcttgggaagaa
tttctgagttgtagattctcacagctaacgatagccactagttaataaat
taaacaatttgtttcataaaacaagaaagtacccaagaatgtctgtttat
tttttttcttctccttttcaatcacatttaaggaaaactcctcctttaat
ttgggtagaccacaattgaaatgggttagagatttaaacttttgctccag
atggggagcttacttccttgtatcagctttcagagacaaaaactcctaga
gtgtgggacttgaaagatgattgtatggtatggcttttgtctttccttgc
tggtgtcaaagggtgag
gaattctcctgctcggccccaagtgcggagcaagaagagatggggatttc
tatcctctgagaaaccagctgggcccaaggccatcctttctgctgggtgg
gaatccaaggctggaatgttcgaggagttgcctggtgttccaatgattaa
agtcaaatcaacatctgggtagcaattctgccaaccaaaggacgcaggtc
caggaatgtgctgaggctcccacgtgggcaagcatggaaagacaaacaag
tatctgcccagggaagggctcacacaaggcactcggccatccacgatcct
gcagtgaccgctgcgaggtggcacgtgaccagagaccaccctccatccca
agcaccccactctctaacctcttcctgactgcacatgctgatgtgcatat
gataacaccactctacctcggatccggaataagcagacctgctttcagat
tccatctctgccatgttctacctatgtggctttagccaagcacttgactt
caacgctgtccccggcacttgtccagtttgtacccaccattaagatggtg
gcatgaaagcaagaacttaattcacacaggtttcaccaaactggcgtccc
acatggtctatgctaagagacatttttagttgctggaataatgctgaccc
acctgatcctcaacccctgtatctaaaaccatcaaaggaattatggaagt
catagtttttattgacttaaaagcttcagacatgccagagaagagagact
ctcagttggggaatttcgtcagactggcctacgggcatatctatgaggta
ttttcttgatcgctgattgtgggaggagccagtctactatgaattgtacc
atccctgggcaggttggcaggctgagcaagtcaagggaagtaagccagtc
agcagtgttcctccacggcctctgcatcagttcctacctcctgggttcct
gcttgaggtcctgccctggcttctctgaaggatggcctctagtctgtagc
tgaatgactctttcctcctcaagctggtttcatcacggtgtctgtcaata
ccgaaagcaactaatggacagtggatcatgttgccacaaggttccttcac
ttgcctcctaccgccatccactggtcgagcttgttccctaatgggacggt
gacttgaatatagcttgattgccatcctgccctccaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_79059627_79060735
seq2: B6Ng01-275K18.b_49_1165 (reverse)

seq1  CTCACCCTTTGACA-CAGCTAGGGAAAAGACAAAAGGCATA-CATACCAT  48
      |||||||||||||| |||| |||  ||||||||||| |||| ||||| ||
seq2  CTCACCCTTTGACACCAGCAAGG--AAAGACAAAAGCCATACCATACAAT  48

seq1  CATCTTTCAGGTCCCACACTCTTAGAG-TTTTGTCTCTTGAAGCTGATAC  97
      ||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||  ||||||||||
seq2  CATCTTTCAAGTCCCACACTCTAGGAGTTTTTGTCTCTGAAAGCTGATAC  98

seq1  AAGG-AGTAAGCT-CCCATCTGGAGCAAAAG-TTAAATCTCTAA-CCATT  143
      |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  AAGGAAGTAAGCTCCCCATCTGGAGCAAAAGTTTAAATCTCTAACCCATT  148

seq1  TCAA-TGTGGTCTA-CCAAATT-AAGGAGGAGTTTTCC-TAAATGTGATT  189
      |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAATTGTGGTCTACCCAAATTAAAGGAGGAGTTTTCCTTAAATGTGATT  198

seq1  G-AAAGGAGAAGAAAAAAAAATTAAACAGACATTCTTGGGTACTTTCTTG  238
      | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGAGAAGAAAAAAAA--TAAACAGACATTCTTGGGTACTTTCTTG  246

seq1  TTTTATGAAACAAATTGTTTAATTTATTAACTAGTGGCTATCGTTAGCTG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGAAACAAATTGTTTAATTTATTAACTAGTGGCTATCGTTAGCTG  296

seq1  TGAGAATCTACAACTCAGAAATTCTTCCCAAGATAACAAACCCTCCATGT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATCTACAACTCAGAAATTCTTCCCAAGATAACAAACCCTCCATGT  346

seq1  ATTAGAAAACTATAAAAGAAATGACTGCAATGTAAGAAAACTCCTAGACC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAAAACTATAAAAGAAATGACTGCAATGTAAGAAAACTCCTAGACC  396

seq1  AAATTAGCATTAAGAAAGCCCCACACCACTGACTTTTCATTTGTACAATA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGCATTAAGAAAGCCCCACACCACTGACTTTTCATTTGTACAATA  446

seq1  TCAAAGTATCAACTTTTCTCTTTGACCTTGGACCATCAAATGCTCCATAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTATCAACTTTTCTCTTTGACCTTGGACCATCAAATGCTCCATAA  496

seq1  ACATTATCTAAACAAAACAAACAAACAAACAATTACCAGTTACTGGAAGT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATCTAAACAAAACAAACAAACAAACAATTACCAGTTACTGGAAGT  546

seq1  TTTGTTTTCTAGAAAAATCTGTGGTCACCTTAATTTTTCCCCTCAATAAG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTCTAGAAAAATCTGTGGTCACCTTAATTTTTCCCCTCAATAAG  596

seq1  CCAATCAAACTTTGATTCCTTGTCCTCAAGTCAATGCCATTATTACTGTC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCAAACTTTGATTCCTTGTCCTCAAGTCAATGCCATTATTACTGTC  646

seq1  TATGTCCTGGGGTACATCTTGCTTTTATGCTCACTAAAATTATTTTATAT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCCTGGGGTACATCTTGCTTTTATGCTCACTAAAATTATTTTATAT  696

seq1  TTGTGAACAAACAGAATATGCTAAGAACTAGAACAAAATCTAAACTCTTT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACAAACAGAATATGCTAAGAACTAGAACAAAATCTAAACTCTTT  746

seq1  TTTCCCCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCAC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCAC  796

seq1  CACTGCCCAGCACTTTTTTCTTTTCTTGCATTGCTGGTCACTGAACCTCA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCCAGCACTTTTTTCTTTTCTTGCATTGCTGGTCACTGAACCTCA  846

seq1  GGTTTGAAGCAATATCAGGCTGGCCACTCAAACATCTCAGTGTTGAGGTC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGAAGCAATATCAGGCTGGCCACTCAAACATCTCAGTGTTGAGGTC  896

seq1  ACACACCTATGTATCACCATGCCCAGTTTGAACATTTATATACTTGCTTT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCTATGTATCACCATGCCCAGTTTGAACATTTATATACTTGCTTT  946

seq1  TTTTTGTTGTTGTTGTTGTTACAGGGTCTCTCTACATAGCACTAGCTGAC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTGTTGTTGTTGTTACAGGGTCTCTCTACATAGCACTAGCTGAC  996

seq1  CTAGAACTCACTATGTAGACAGGAGCTGGCCCCAAACAGACATCCACCTA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACTCACTATGTAGACAGGAGCTGGCCCCAAACAGACATCCACCTA  1046

seq1  CCTCCGCTTCCCAAGTGCTTTAATCAAAGGCATCTGCTACCACCTTGAAT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCGCTTCCCAAGTGCTTTAATCAAAGGCATCTGCTACCACCTTGAAT  1096

seq1  ACTTACTTGTTCAAAGAATTC  1109
      |||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTGTTCAAAGAATTC  1117

seq1: chr11_78921326_78922513
seq2: B6Ng01-275K18.g_37_1225

seq1  GAATTCTCCTGCT-GGCCCCAAGTGCGGAGCAAGAAGAGATGGGGATTTC  49
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGCTCGGCCCCAAGTGCGGAGCAAGAAGAGATGGGGATTTC  50

seq1  TATCCTCTGAGAAACCAGCTGGGCCCAAGGCCATCCTTTCTGCTGGGTGG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTCTGAGAAACCAGCTGGGCCCAAGGCCATCCTTTCTGCTGGGTGG  100

seq1  GAATCCAAGGCTGGAATGTTCGAGGAGTTGCCTGGTGTTCCAATGATTAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAAGGCTGGAATGTTCGAGGAGTTGCCTGGTGTTCCAATGATTAA  150

seq1  AGTCAAATCAACATCTGGGTAGCAATTCTGCCAACCAAAGGACGCAGGTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAATCAACATCTGGGTAGCAATTCTGCCAACCAAAGGACGCAGGTC  200

seq1  CAGGAATGTGCTGAGGCTCCCACGTGGGCAAGCATGGAAAGACAAACAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATGTGCTGAGGCTCCCACGTGGGCAAGCATGGAAAGACAAACAAG  250

seq1  TATCTGCCCAGGGAAGGGCTCACACAAGGCACTCGGCCATCCACGATCCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCCCAGGGAAGGGCTCACACAAGGCACTCGGCCATCCACGATCCT  300

seq1  GCAGTGACCGCTGCGAGGTGGCACGTGACCAGAGACCACCCTCCATCCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGACCGCTGCGAGGTGGCACGTGACCAGAGACCACCCTCCATCCCA  350

seq1  AGCACCCCACTCTCTAACCTCTTCCTGACTGCACATGCTGATGTGCATAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCCACTCTCTAACCTCTTCCTGACTGCACATGCTGATGTGCATAT  400

seq1  GATAACACCACTCTACCTCGGATCCGGAATAAGCAGACCTGCTTTCAGAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACACCACTCTACCTCGGATCCGGAATAAGCAGACCTGCTTTCAGAT  450

seq1  TCCATCTCTGCCATGTTCTACCTATGTGGCTTTAGCCAAGCACTTGACTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTCTGCCATGTTCTACCTATGTGGCTTTAGCCAAGCACTTGACTT  500

seq1  CAACGCTGTCCCCGGCACTTGTCCAGTTTGTACCCACCATTAAGATGGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGCTGTCCCCGGCACTTGTCCAGTTTGTACCCACCATTAAGATGGTG  550

seq1  GCATGAAAGCAAGAACTTAATTCACACAGGTTTCACCAAACTGGCGTCCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAAGCAAGAACTTAATTCACACAGGTTTCACCAAACTGGCGTCCC  600

seq1  ACATGGTCTATGCTAAGAGACATTTTTAGTTGCTGGAATAATGCTGACCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTCTATGCTAAGAGACATTTTTAGTTGCTGGAATAATGCTGACCC  650

seq1  ACCTGATCCTCAACCCCTGTATCTAAAACCATCAAAGGAATTATGGAAGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATCCTCAACCCCTGTATCTAAAACCATCAAAGGAATTATGGAAGT  700

seq1  CATAGTTTTTATTGACTTAAAAGCTTCAGACATGCCAGAGAAGAGAGACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTTTTATTGACTTAAAAGCTTCAGACATGCCAGAGAAGAGAGACT  750

seq1  CTCAGTTGGGGAATTTCGTCAGACTGGCCTACGGGCATATCTATGAGGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTGGGGAATTTCGTCAGACTGGCCTACGGGCATATCTATGAGGTA  800

seq1  TTTTCTTGATCGCTGATTGTGGGAGGAGCCAGTCTACTATGAATTGTACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGATCGCTGATTGTGGGAGGAGCCAGTCTACTATGAATTGTACC  850

seq1  ATCCCTGGGCAGGTTGGCAGGCTGAGCAAGTCAAGGGAAGTAAGCCAGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGGGCAGGTTGGCAGGCTGAGCAAGTCAAGGGAAGTAAGCCAGTC  900

seq1  AGCAGTGTTCCTCCACGGCCTCTGCATCAGTTCCTACCTCCT-GGTTCCT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCAGTGTTCCTCCACGGCCTCTGCATCAGTTCCTACCTCCTGGGTTCCT  950

seq1  GCTTGAGGTCCTGCCCTGGCTTCTCTGAAGGATGGCCTCTAGTCTGTAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTTGAGGTCCTGCCCTGGCTTCTCTGAAGGATGGCCTCTAGTCTGT-AG  999

seq1  CTGAAATGAACTCTTTCCTCTCCAAGCTGGTTTTCATCACGGTGTCTGTC  1048
      ||| |||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTG-AATG-ACTCTTTCCTCCTCAAGCTGG-TTTCATCACGGTGTCTGTC  1046

seq1  ATAACCGAAAGCAAACTAT-GACAGT-GATCATG-TGCACAAAGTTTTCC  1095
      |  |||||||||||   || |||||| ||||||| |||   ||| || | 
seq2  AATACCGAAAGCAACTAATGGACAGTGGATCATGTTGCCACAAGGTTCCT  1096

seq1  TCAC-TGCCTCCTACGGCAAT-CACTGGCCGAGGCTTGTTCCCTATGGTG  1143
      |||| |||||||||| || || |||||| ||| ||||||||||||  | |
seq2  TCACTTGCCTCCTACCGCCATCCACTGGTCGA-GCTTGTTCCCTAATGGG  1145

seq1  ACAGTGACTAGATATATAGCCTTGGTTGACATCCTG-CCTCCAAAG  1188
      || |||||| || |||||| |||| ||| ||||||| |||||||||
seq2  ACGGTGACTTGA-ATATAG-CTTGATTGCCATCCTGCCCTCCAAAG  1189