BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278D08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 38,265,577 - 38,390,508
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039148, LOC276941
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278D08.bB6Ng01-278D08.g
ACCGA078513GA078514
length8841,120
definitionB6Ng01-278D08.b B6Ng01-278D08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,389,625 - 38,390,508)(38,265,577 - 38,266,709)
sequence
gaattcactgatgagctatagggaaatctttcacgcacaatagtttagat
acaatgtttttaaaattacacacattcatatatgacttatcatgcaaaat
ctaagcacgttccagaaacaagcccaactaattttctatttaagtccctt
cacattttccagtcaatattgagaattcttttcccagttcaggttgtcag
cctgaagtgcacttcaagtttgtatttgcttttccctttaactctcagtg
cacagaacagaatgagagcttgcataaaacaaggacaataagaagaatac
acaaatgttttggatgatgaacaatggtgtgtaataactgttttaatagc
actaaagactaaagtggaaagagaaaggctataatttatgctaataaaca
taactagaggactattgtaataaaagttgaggatctgtactacttaaagg
caaatgatcgttttgaaacacatgtgcttcatttgtcttgcctactagca
aacaaacaaacaaacaaacaaacagacagataaagaaagctagaagatgg
taacactttgtaagagtctactatgaggcaaggttaaagagtgctcccca
tgctcctggagagatgtctcagcagttaagagcaagaattaagagctttg
gcacaggatttgagtttggttcctaacacccatatcagcagactcacaac
tgactgtaactctagctccagaggatttaacacccccttttggcttctgt
aggtactgtacttgtatgcacattactctatacacacacttacaaacaca
tatacatatataatttaaatatatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatat

gaattcatggccatcagtgcagcagtgagcagagacaggtctgaaagaag
ctaagatgaggaatcacacagcacttgtcacattatttaaaacatggaga
aggaataatttatgtctttacataaccctcttttttatatacatatgtat
atggaatgcatacatacatgcctgcatacacacttgcaaaaacatgcaaa
cacacaaaaacacatgcatacatgtgcacagccaaaattcatacgagaac
aagaacatcatggtttggattattcctgagttcctggtgaaaggataatt
aatttttattctttaatgccctttctacatggaccctgtgtgttttattt
tcttctagatttcttctttgctcagtgtttcataacaacttcaaaggatc
ttgacatccatttaatttcttagcatctattttctactgactcagtaagg
acggtatattcattttctttctaagagttaaatcttagatctgtcactta
ttgtttgtatgaccttggaaaatgaacatatcagggactcataatctttg
tgcataatttggaaataaaaactaggacacacatagatgttgttgatgag
taaatggggttatttgtgtggagcacttggcagcatgcctggcatacagt
ttatcgatattagctgcaattattattaattataattagtcagatgactt
taaatacgtgcttgcaaccctggcacttatatttaacccaagctttatct
ccagcccctttctgattataatatacttttactgaatattcaacatttgt
taaactcagcttaccttgtttttaacttttcaaactaaatactttagcat
gtgtctccttttccctttgtgactatttagttactatgttctggaactac
tccttatgtcttggccattcctttctgctcatacacaaagtatccccagg
aaacactccaatttgctgtcacttcttcattattctctttatgtcacttc
tatggaaattccccattaatatatgaaagtggtggtgatgatcatgttac
ctttgctgaatagatccctaggagatttcggtgacatatctggggatagt
atgtgactgtagtttacctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_38389625_38390508
seq2: B6Ng01-278D08.b_46_929 (reverse)

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  50

seq1  ATATATATATATATATTTAAATTATATATGTATATGTGTTTGTAAGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATTTAAATTATATATGTATATGTGTTTGTAAGTGTG  100

seq1  TGTATAGAGTAATGTGCATACAAGTACAGTACCTACAGAAGCCAAAAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGAGTAATGTGCATACAAGTACAGTACCTACAGAAGCCAAAAGGG  150

seq1  GGTGTTAAATCCTCTGGAGCTAGAGTTACAGTCAGTTGTGAGTCTGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTAAATCCTCTGGAGCTAGAGTTACAGTCAGTTGTGAGTCTGCTGA  200

seq1  TATGGGTGTTAGGAACCAAACTCAAATCCTGTGCCAAAGCTCTTAATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTGTTAGGAACCAAACTCAAATCCTGTGCCAAAGCTCTTAATTCT  250

seq1  TGCTCTTAACTGCTGAGACATCTCTCCAGGAGCATGGGGAGCACTCTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTAACTGCTGAGACATCTCTCCAGGAGCATGGGGAGCACTCTTTA  300

seq1  ACCTTGCCTCATAGTAGACTCTTACAAAGTGTTACCATCTTCTAGCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCCTCATAGTAGACTCTTACAAAGTGTTACCATCTTCTAGCTTTC  350

seq1  TTTATCTGTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTAGTAGGCAAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTGTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTAGTAGGCAAGAC  400

seq1  AAATGAAGCACATGTGTTTCAAAACGATCATTTGCCTTTAAGTAGTACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGCACATGTGTTTCAAAACGATCATTTGCCTTTAAGTAGTACAG  450

seq1  ATCCTCAACTTTTATTACAATAGTCCTCTAGTTATGTTTATTAGCATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAACTTTTATTACAATAGTCCTCTAGTTATGTTTATTAGCATAAA  500

seq1  TTATAGCCTTTCTCTTTCCACTTTAGTCTTTAGTGCTATTAAAACAGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCCTTTCTCTTTCCACTTTAGTCTTTAGTGCTATTAAAACAGTTA  550

seq1  TTACACACCATTGTTCATCATCCAAAACATTTGTGTATTCTTCTTATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACACCATTGTTCATCATCCAAAACATTTGTGTATTCTTCTTATTGT  600

seq1  CCTTGTTTTATGCAAGCTCTCATTCTGTTCTGTGCACTGAGAGTTAAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTTTATGCAAGCTCTCATTCTGTTCTGTGCACTGAGAGTTAAAGG  650

seq1  GAAAAGCAAATACAAACTTGAAGTGCACTTCAGGCTGACAACCTGAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCAAATACAAACTTGAAGTGCACTTCAGGCTGACAACCTGAACTG  700

seq1  GGAAAAGAATTCTCAATATTGACTGGAAAATGTGAAGGGACTTAAATAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGAATTCTCAATATTGACTGGAAAATGTGAAGGGACTTAAATAGA  750

seq1  AAATTAGTTGGGCTTGTTTCTGGAACGTGCTTAGATTTTGCATGATAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGTTGGGCTTGTTTCTGGAACGTGCTTAGATTTTGCATGATAAGT  800

seq1  CATATATGAATGTGTGTAATTTTAAAAACATTGTATCTAAACTATTGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGAATGTGTGTAATTTTAAAAACATTGTATCTAAACTATTGTGC  850

seq1  GTGAAAGATTTCCCTATAGCTCATCAGTGAATTC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGATTTCCCTATAGCTCATCAGTGAATTC  884


seq1: chr11_38265577_38266709
seq2: B6Ng01-278D08.g_66_1185

seq1  GAATTCATGGCCATCAGTGCAGCAGTGAGCAGAGACAGGTCTGAAAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGCCATCAGTGCAGCAGTGAGCAGAGACAGGTCTGAAAGAAG  50

seq1  CTAAGATGAGGAATCACACAGCACTTGTCACATTATTTAAAACATGGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATGAGGAATCACACAGCACTTGTCACATTATTTAAAACATGGAGA  100

seq1  AGGAATAATTTATGTCTTTACATAACCCTCTTTTTTATATACATATGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATAATTTATGTCTTTACATAACCCTCTTTTTTATATACATATGTAT  150

seq1  ATGGAATGCATACATACATGCCTGCATACACACTTGCAAAAACATGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGCATACATACATGCCTGCATACACACTTGCAAAAACATGCAAA  200

seq1  CACACAAAAACACATGCATACATGTGCACAGCCAAAATTCATACGAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAAAACACATGCATACATGTGCACAGCCAAAATTCATACGAGAAC  250

seq1  AAGAACATCATGGTTTGGATTATTCCTGAGTTCCTGGTGAAAGGATAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACATCATGGTTTGGATTATTCCTGAGTTCCTGGTGAAAGGATAATT  300

seq1  AATTTTTATTCTTTAATGCCCTTTCTACATGGACCCTGTGTGTTTTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTATTCTTTAATGCCCTTTCTACATGGACCCTGTGTGTTTTATTT  350

seq1  TCTTCTAGATTTCTTCTTTGCTCAGTGTTTCATAACAACTTCAAAGGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAGATTTCTTCTTTGCTCAGTGTTTCATAACAACTTCAAAGGATC  400

seq1  TTGACATCCATTTAATTTCTTAGCATCTATTTTCTACTGACTCAGTAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATCCATTTAATTTCTTAGCATCTATTTTCTACTGACTCAGTAAGG  450

seq1  ACGGTATATTCATTTTCTTTCTAAGAGTTAAATCTTAGATCTGTCACTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTATATTCATTTTCTTTCTAAGAGTTAAATCTTAGATCTGTCACTTA  500

seq1  TTGTTTGTATGACCTTGGAAAATGAACATATCAGGGACTCATAATCTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTATGACCTTGGAAAATGAACATATCAGGGACTCATAATCTTTG  550

seq1  TGCATAATTTGGAAATAAAAACTAGGACACACATAGATGTTGTTGATGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAATTTGGAAATAAAAACTAGGACACACATAGATGTTGTTGATGAG  600

seq1  TAAATGGGGTTATTTGTGTGGAGCACTTGGCAGCATGCCTGGCATACAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGGGTTATTTGTGTGGAGCACTTGGCAGCATGCCTGGCATACAGT  650

seq1  TTATCGATATTAGCTGCAATTATTATTAATTATAATTAGTCAGATGACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCGATATTAGCTGCAATTATTATTAATTATAATTAGTCAGATGACTT  700

seq1  TAAATACGTGCTTGCAACCCTGGCACTTATATTTAACCCAAGCTTTATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACGTGCTTGCAACCCTGGCACTTATATTTAACCCAAGCTTTATCT  750

seq1  CCAGCCCCTTTCTGATTATAATATACTTTTACTGAATATTCAACATTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCTTTCTGATTATAATATACTTTTACTGAATATTCAACATTTGT  800

seq1  TAAACTCAGCTTACCTTGTTTTTAACTTTTCAAACTAAATACTTTAGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCAGCTTACCTTGTTTTTAACTTTTCAAACTAAATACTTTAGCAT  850

seq1  GTGTCTCCTTTTCCCTTTGTGACTATTTAGTTACTATGTTCTGGAACTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCCTTTTCCCTTTGTGACTATTTAGTTACTATGTTCTGGAACTAC  900

seq1  TCCTTATGTCTTGGCCATTCCTTTCTGCTCATACACAAAGTATCCCCAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATGTCTTGGCCATTCCTTTCTGCTCATACACAAAGTATCCCCAGG  950

seq1  AAACACTCCAATTTGCTGTCAACTTCTTCAATTATCTCTTTATGTCACTT  1000
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||
seq2  AAACACTCCAATTTGCTGTC-ACTTCTTCATTATTCTCTTTATGTCACTT  999

seq1  CTATGGAAAATTCCCCATTAAAATTATTATGAAAGTGGT-GTGATGAATC  1049
      |||||| |||||||||||||| |    |||||||||||| |||||| |||
seq2  CTATGG-AAATTCCCCATTAATA----TATGAAAGTGGTGGTGATG-ATC  1043

seq1  AATGTTACCTTTGCTGGATATAGAATCCCCTAGGAGAATTTCGTGACATA  1099
       ||||||||||||||| ||| |     |||||||||| ||  ||||||||
seq2  -ATGTTACCTTTGCTGAATAGA----TCCCTAGGAGATTTCGGTGACATA  1088

seq1  TCTGTGGATAAGTATGTGACATGTAGTTTACCTG  1133
      |||| |||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGGGGAT-AGTATGTGAC-TGTAGTTTACCTG  1120


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |