BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279L10
Chromosome11 (Build37)
Map Location 71,312,710 - 71,429,533
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9230020A06Rik
Upstream geneTm4sf5, Vmo1, C730027E14Rik, Psmb6, Pld2, Mink1, Chrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11, Rnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3, A430084P05Rik, Rabep1, LOC668461, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik, LOC382536, Nlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c, LOC100043249
Downstream geneWscd1, Aipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5, Fbxo39, LOC628100, Tekt1, D130058I21Rik, Ggt6, Mybbp1a, 9830002I17Rik, LOC432577, Ube2g1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279L10.bB6Ng01-279L10.g
ACCGA079625GA079626
length1,1301,142
definitionB6Ng01-279L10.b B6Ng01-279L10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,312,710 - 71,313,838)(71,428,366 - 71,429,533)
sequence
gaattcttcttcatgcaaatgaagcattcaaaacacctcagcaccagcca
atatacactcatcctgagaaacctctacccactacctaaggtttatagag
tccttgttaccccaattaaggagatctgtttcactgaaacccataggtga
aggctgtttctaccttgcactcaagccagctgagttcctgcaaacctacc
tggccccagtaagcaataggcaaagtttccaggatacttagagggcagaa
gcagaactggaccagcaccacctccctcgcactcagtcaagatccctacc
cagcccaggctaacacggtgacgtcatactcagtcaagctccccagccca
ggctaacatggtgacgtcatactcagtcaagctcaccagcccaggctaac
acggtgacatcacactcagtcaagctccccagcccaggctaatacagtga
catctcactcagtcaagatccccacccagcccaggctaacccggtgacat
cacactcagtcaagctccccagccagactaacacagtgacatcacactca
cccaagctccccagcccagtctaacacagtgacatcacactcacacaagc
tccccagcccaggctaatacagtgacatctcactcagtcaagattcccac
ccagcccaggctaacacagtgacatcacactcacacaagctccccagccc
aggctaacacagtgacatcacattcacccaagctccccagcccaggctaa
cacagtgacatcacactcacccaagctccccagcccaggctaacacagtg
acatcacactcacacaagctccccacccagcccaggctaacacagtgatt
gatcttgtgatttccttgctctttattgctctaaggaaagatctaccatt
tatttaggacatctgctggtgcttgctccccattctttggaagtctttat
catgtcaaggtgtaaatcaccttaaacagagctagaggagacgagtccat
gtctttgtcttgtcccgctaataggatagttgtactggaatgaaatcaag
agaacaaagcatctcagaagccatgtcctataaatacctgatcactttcc
agcagcctgtgactggggtgggccactgtg
gaattctttggacaaaataaaaatgtaaggctcaacagtgattcagaatt
tccagagagctacaagagaacttaaatacaagcacatgctcctctaagtt
taagggcccatggccacccagattgctactctaggaagcagaagatgagg
ttaggcccagccttgatgatcggtccttcctgcacagtttggctttagca
aaatcagggagggagaagagacgacaaacgagggttgctcatatcaacca
ggtgcctggactacatgatccagtcctcaaaccttgctgatcatctgggg
agctgggcaacattcccatgttggggctgctatcaaacaaactaggtcaa
gatctccacaggcaggataaaggcaacagtatgatttttttaagcctccc
aggtgactccaatatgaaaccaagtttgagaggctcgagtctcagaggca
taaacttgaaagaaaggcatcatgagtgtggagacttcgaggttctagca
gccagtctctaatcccatcccaggagcagaggatcagaccaagtgcaacc
taattactgtctcctgttgttaacgctggcacagcccgtaccccggagat
ggctgaatacataaataaataggcttgagcccttcttagcttattcaggc
ttccctgataaatatgtatttgggaaaatttctaagaaatataatattgt
gtgtctctttagagtggttctggtctagtgggaaaagaaatgttgaagag
gttcatcagatgggctttccctccaggcttatcgttatgagaggttctaa
ctgtagcctgacctacagcccctcaccatggaagagaagcccttagcatg
gtggttctcaacctgggagtctggggtcacctaaaatcatcagaaagcac
agatattgacattataattcctaacagtagcaaattacagttatgaagta
gcgatgaaattgatgtatggtttgggtcactacagcattcggagctgtat
taagggtcgcagcatatgacgttgagagcacagggatttacaactgctac
atatgcctttgaaaggcaaggacaccctctgtgaccctcaccccagcctt
gttgcagactggtcgctcagcgtagctgtcaagccaatcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_71312710_71313838
seq2: B6Ng01-279L10.b_45_1174

seq1  GAATTCTTCTTCATGCAAATGAAGCATTCAAAACACCTCAGCACCAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTCATGCAAATGAAGCATTCAAAACACCTCAGCACCAGCCA  50

seq1  ATATACACTCATCCTGAGAAACCTCTACCCACTACCTAAGGTTTATAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACTCATCCTGAGAAACCTCTACCCACTACCTAAGGTTTATAGAG  100

seq1  TCCTTGTTACCCCAATTAAGGAGATCTGTTTCACTGAAACCCATAGGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTTACCCCAATTAAGGAGATCTGTTTCACTGAAACCCATAGGTGA  150

seq1  AGGCTGTTTCTACCTTGCACTCAAGCCAGCTGAGTTCCTGCAAACCTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTTTCTACCTTGCACTCAAGCCAGCTGAGTTCCTGCAAACCTACC  200

seq1  TGGCCCCAGTAAGCAATAGGCAAAGTTTCCAGGATACTTAGAGGGCAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCCAGTAAGCAATAGGCAAAGTTTCCAGGATACTTAGAGGGCAGAA  250

seq1  GCAGAACTGGACCAGCACCACCTCCCTCGCACTCAGTCAAGATCCCTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACTGGACCAGCACCACCTCCCTCGCACTCAGTCAAGATCCCTACC  300

seq1  CAGCCCAGGCTAACACGGTGACGTCATACTCAGTCAAGCTCCCCAGCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGGCTAACACGGTGACGTCATACTCAGTCAAGCTCCCCAGCCCA  350

seq1  GGCTAACATGGTGACGTCATACTCAGTCAAGCTCACCAGCCCAGGCTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAACATGGTGACGTCATACTCAGTCAAGCTCACCAGCCCAGGCTAAC  400

seq1  ACGGTGACATCACACTCAGTCAAGCTCCCCAGCCCAGGCTAATACAGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGACATCACACTCAGTCAAGCTCCCCAGCCCAGGCTAATACAGTGA  450

seq1  CATCTCACTCAGTCAAGATCCCCACCCAGCCCAGGCTAACCCGGTGACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCACTCAGTCAAGATCCCCACCCAGCCCAGGCTAACCCGGTGACAT  500

seq1  CACACTCAGTCAAGCTCCCCAGCCAGACTAACACAGTGACATCACACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCAGTCAAGCTCCCCAGCCAGACTAACACAGTGACATCACACTCA  550

seq1  CCCAAGCTCCCCAGCCCAGTCTAACACAGTGACATCACACTCACACAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCTCCCCAGCCCAGTCTAACACAGTGACATCACACTCACACAAGC  600

seq1  TCCCCAGCCCAGGCTAATACAGTGACATCTCACTCAGTCAAGATTCCCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGCCCAGGCTAATACAGTGACATCTCACTCAGTCAAGATTCCCAC  650

seq1  CCAGCCCAGGCTAACACAGTGACATCACACTCACACAAGCTCCCCAGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCAGGCTAACACAGTGACATCACACTCACACAAGCTCCCCAGCCC  700

seq1  AGGCTAACACAGTGACATCACATTCACCCAAGCTCCCCAGCCCAGGCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAACACAGTGACATCACATTCACCCAAGCTCCCCAGCCCAGGCTAA  750

seq1  CACAGTGACATCACACTCACCCAAGCTCCCCAGCCCAGGCTAACACAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGACATCACACTCACCCAAGCTCCCCAGCCCAGGCTAACACAGTG  800

seq1  ACATCACACTCACACAAGCTCCCCACCCAGCCCAGGCTAACACAGTGATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACACTCACACAAGCTCCCCACCCAGCCCAGGCTAACACAGTGATT  850

seq1  GATCTTGTGATTTCCTTGCTCTTTATTGCTCTAAGGGAAAGATCTACCAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GATCTTGTGATTTCCTTGCTCTTTATTGCTCTAA-GGAAAGATCTACCAT  899

seq1  TTATTTAGGACATCTGCTGGTGCTTGCTCCCCATTCTTTGGAAGTCTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAGGACATCTGCTGGTGCTTGCTCCCCATTCTTTGGAAGTCTTTA  949

seq1  TCATGTCAAGGTGTAAATCACCTTAAACAGAGCTAGAGGAGACGAGTCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCAAGGTGTAAATCACCTTAAACAGAGCTAGAGGAGACGAGTCCA  999

seq1  TGTCTTTGTCTTGTCCCGCT-ATAGGATAGTTGTACTGG-ATGAAATCAA  1048
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTCTTTGTCTTGTCCCGCTAATAGGATAGTTGTACTGGAATGAAATCAA  1049

seq1  GAGGACAAAGGCATCTCAGAGCCCATGTCCTATAATACCCTGTTCACTTC  1098
      ||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||   |||| |||||| 
seq2  GAGAACAAA-GCATCTCAGAAGCCATGTCCTATAAATACCTGATCACTTT  1098

seq1  CAAGGCAG-CTGTGACT-GGGTGGGGCACTGTG  1129
      | | |||| |||||||| ||||||| |||||||
seq2  CCA-GCAGCCTGTGACTGGGGTGGGCCACTGTG  1130

seq1: chr11_71428366_71429533
seq2: B6Ng01-279L10.g_64_1205 (reverse)

seq1  AAAGA-TGGGTTGACAGCTACCGCTTGAAGCAGACACAGCTCTGGCCACA  49
      ||||| ||| |||||||||| ||||   ||| ||| ||| ||| || |||
seq2  AAAGATTGGCTTGACAGCTA-CGCT--GAGC-GAC-CAG-TCT-GCAACA  43

seq1  CAGAGCCTGGGGGTGAAGGGGGTCACAGAGGGTGTCCCTGCCTCTCAAAG  99
         || || |||||||   |||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  ---AGGCT-GGGGTGA---GGGTCACAGAGGGTGTCCTTGCCTTTCAAAG  86

seq1  GCATATTTGTTAGGCAGGTGGTAAAATCCCCCTGTGCTTCTCAACCGTCA  149
      |||||| |     ||| || |||||    |||||||| |||||| |||||
seq2  GCATATGT----AGCA-GTTGTAAA---TCCCTGTGC-TCTCAA-CGTCA  126

seq1  TAATGCTGCGACCCTTTAATACAGCTCCGAATGCTGTAGTGACCC-AACC  198
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  T-ATGCTGCGACCC-TTAATACAGCTCCGAATGCTGTAGTGACCCAAACC  174

seq1  ATAACATCATTTTCATCGCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTACTGTTAG  248
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AT-ACATCAATTTCATCGCTACTTCATAACTGTAA-TTTGCTACTGTTAG  222

seq1  GAATTATAATGTCAATATCTGTGCTTTCTGATGATTTTAGGTGACCCCAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATAATGTCAATATCTGTGCTTTCTGATGATTTTAGGTGACCCCAG  272

seq1  ACTCCCAGGTTGAGAACCACCATGCTAAGGGCTTCTCTTCCATGGTGAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCAGGTTGAGAACCACCATGCTAAGGGCTTCTCTTCCATGGTGAGG  322

seq1  GGCTGTAGGTCAGGCTACAGTTAGAACCTCTCATAACGATAAGCCTGGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAGGTCAGGCTACAGTTAGAACCTCTCATAACGATAAGCCTGGAG  372

seq1  GGAAAGCCCATCTGATGAACCTCTTCAACATTTCTTTTCCCACTAGACCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCCCATCTGATGAACCTCTTCAACATTTCTTTTCCCACTAGACCA  422

seq1  GAACCACTCTAAAGAGACACACAATATTATATTTCTTAGAAATTTTCCCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTCTAAAGAGACACACAATATTATATTTCTTAGAAATTTTCCCA  472

seq1  AATACATATTTATCAGGGAAGCCTGAATAAGCTAAGAAGGGCTCAAGCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATATTTATCAGGGAAGCCTGAATAAGCTAAGAAGGGCTCAAGCCT  522

seq1  ATTTATTTATGTATTCAGCCATCTCCGGGGTACGGGCTGTGCCAGCGTTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTATGTATTCAGCCATCTCCGGGGTACGGGCTGTGCCAGCGTTA  572

seq1  ACAACAGGAGACAGTAATTAGGTTGCACTTGGTCTGATCCTCTGCTCCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGGAGACAGTAATTAGGTTGCACTTGGTCTGATCCTCTGCTCCTG  622

seq1  GGATGGGATTAGAGACTGGCTGCTAGAACCTCGAAGTCTCCACACTCATG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGATTAGAGACTGGCTGCTAGAACCTCGAAGTCTCCACACTCATG  672

seq1  ATGCCTTTCTTTCAAGTTTATGCCTCTGAGACTCGAGCCTCTCAAACTTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTTCTTTCAAGTTTATGCCTCTGAGACTCGAGCCTCTCAAACTTG  722

seq1  GTTTCATATTGGAGTCACCTGGGAGGCTTAAAAAAATCATACTGTTGCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATATTGGAGTCACCTGGGAGGCTTAAAAAAATCATACTGTTGCCT  772

seq1  TTATCCTGCCTGTGGAGATCTTGACCTAGTTTGTTTGATAGCAGCCCCAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTGCCTGTGGAGATCTTGACCTAGTTTGTTTGATAGCAGCCCCAA  822

seq1  CATGGGAATGTTGCCCAGCTCCCCAGATGATCAGCAAGGTTTGAGGACTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAATGTTGCCCAGCTCCCCAGATGATCAGCAAGGTTTGAGGACTG  872

seq1  GATCATGTAGTCCAGGCACCTGGTTGATATGAGCAACCCTCGTTTGTCGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATGTAGTCCAGGCACCTGGTTGATATGAGCAACCCTCGTTTGTCGT  922

seq1  CTCTTCTCCCTCCCTGATTTTGCTAAAGCCAAACTGTGCAGGAAGGACCG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTCCCTCCCTGATTTTGCTAAAGCCAAACTGTGCAGGAAGGACCG  972

seq1  ATCATCAAGGCTGGGCCTAACCTCATCTTCTGCTTCCTAGAGTAGCAATC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCAAGGCTGGGCCTAACCTCATCTTCTGCTTCCTAGAGTAGCAATC  1022

seq1  TGGGTGGCCATGGGCCCTTAAACTTAGAGGAGCATGTGCTTGTATTTAAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGCCATGGGCCCTTAAACTTAGAGGAGCATGTGCTTGTATTTAAG  1072

seq1  TTCTCTTGTAGCTCTCTGGAAATTCTGAATCACTGTTGAGCCTTACATTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTGTAGCTCTCTGGAAATTCTGAATCACTGTTGAGCCTTACATTT  1122

seq1  TTATTTTGTCCAAAGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGTCCAAAGAATTC  1142