BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281E08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 109,254,221 - 109,399,004
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGna13, 9930022D16Rik, X83328, Slc16a6, Arsg
Upstream geneApoh, LOC100041381, Ccdc46, Olfr1397-ps1, LOC629945, Axin2, E030025P04Rik, LOC194985, Rgs9, 1700096J18Rik
Downstream geneWipi1, Prkar1a, BC029169, 1700012B07Rik, 1700023C21Rik, LOC100041492, Abca8b, Abca8a, Abca9, Abca6, Abca5, Map2k6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281E08.bB6Ng01-281E08.g
ACCGA080792GA080793
length1,0621,134
definitionB6Ng01-281E08.b B6Ng01-281E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,397,939 - 109,399,004)(109,254,221 - 109,255,336)
sequence
gaattcacataggtaacaaccagggaaccatgttttcttttgttttttaa
cattgtggttattgttatactgttatttgtttggctttttgagacagcct
ccttgcatatctcagactggctttgaactcactatgaagccaaggctgct
ctccaactggtagcaaaccttctgtctcagtgtcctgagtgctaaaatta
caagcactgtaccactgtgcccatctcggggagccatgggtccggagata
caaattataggttcaggtatcacagaccaccttgttctaagatggtggtt
ctcaaagtggccagtgatatcagcactgtcctggagtgccacagaaatgc
aaaactgccatcagcaattgatgaccgattaggttgaaacttcattttag
caagatcccccacaggatcttgtgtctactcaagccagcctgagaagtgt
tagtacaggcccggtttccttcaggtcagaggttttgttagtctttgtat
ccctggggggaaaatactgtttctgacatacagcagatgctcaataagta
ggtaggacagaaaacagcaggtgctgagcaaatgttcaggccaggaaaga
agggcagaacccggcttatttcttttttattgtggttttgagacagtgtt
acacatatcccagctggcctcgaacttactatatagggtcaagggtgacc
atgaacttctaatcctcctgcctccacctgagattacaggcacgcaccac
cactcttggtttatgtgatggagactgaacaaaagactgagctacatgtt
ggtcaagcaccctactaactgagctcatgctagtagcaccctactgatgg
agctacgtgctgggccagctctctagaggctgagctacagccccattcga
cgtcatacccacacagctttaatgtttatttttttcagtgctatatggca
aactcacattgctgagcaagcacgcttaaccccgagctacatctccaatc
cctcttttttttttttaattcttttatgaaacagtagcagtcaatcatgg
gagggaaggatt
gaattccaggtttcactgcttagagctcctgccccaggggtgtttgttag
tcgtgaatcccagtgccgctgcctttgcctcttagatgtgtcgtgttaga
cgagctgtggtgctgaggatggcacaggactgacctgctataagaaagga
agtcagatgccgccgtcttagggcactgtattattgtctctaccaagttc
atttttacattttgcttatgttttctaatagaatttgcctgctaggtgtg
atggacatctatagttctagcagtcaaaactgagacaggaggatcataag
tttaaggccagcctatttaaaaaaaaggaacctaaatttttaattgtatt
tgttgcctttcaaggaatatttttttttacctgcttcccgcaaatataat
tatctcttagaacttgagttctttataacttagtttgtcacataatacac
acggtcagagaaaagcagtgcgtacgaggggtgcatgtgcacacacatgt
gcacacactagtgcacagagtggctagggttgatgttgtatgtcttcctc
agttgtctcttgccttgtctgagacagggtctctccctgaactgggagca
cacacatttgtctagactgccgaccagcaagcctcctatctcctctcccc
agctctaggattataggtggtgctgttagcagccacctttttatgtgggt
gctgggtggggatgcagacttaggacctgaggctcacgctgtatgcatac
actttagtgagctcacctccccagccttgaacagtttttacatgtttatt
tctatttgctttgtatgggtgtgtgtgtgtgcactattgtgtatgtgcac
tatttgtgtgttgtgcactattgtgcttacttgggtgccctgggaaccca
gaagaaggatgttagttttcctggaactagagttctatctgccatgtgga
tgctgggaactctaaacctgttctctgcagacagcctctccgaccccaga
ccagctctgatgtttgttgttggagaccgggtcttatttcctagcctgga
atcttgctttttggtagacccaggcctggcttgtatactcactgatattc
tctcccgcctatatggtctggtccttccccactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_109397939_109399004
seq2: B6Ng01-281E08.b_46_1107 (reverse)

seq1  AATCCTTCCCTCCCATGATGGACTGCTACTGTTTCATAAAAAAGAAAATA  50
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |      |
seq2  AATCCTTCCCTCCCATGATTGACTGCTACTGTTTCATAAAAGA------A  44

seq1  AAAAAAAAAAAAAAGAGGGATTGGAGATGTAGCTCGGGGTT-AGCGTGCT  99
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTAAAAAAAAAAAAGAGGGATTGGAGATGTAGCTCGGGGTTAAGCGTGCT  94

seq1  TGCTCAGCAATGTGAGTTTGCCATATAGCACTG-AAAAAATAAACATTAA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGCAATGTGAGTTTGCCATATAGCACTGAAAAAAATAAACATTAA  144

seq1  AGCTGTGTGGGTATGACGTCGAATGGGGCTGTAGCTCAGCCTCTAGAGAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGTGGGTATGACGTCGAATGGGGCTGTAGCTCAGCCTCTAGAGAG  194

seq1  CTGGCCCAGCACGTAGCTCCATCAGTAGGGTGCTACTAGCATGAGCTCAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCAGCACGTAGCTCCATCAGTAGGGTGCTACTAGCATGAGCTCAG  244

seq1  TTAGTAGGGTGCTTGACCAACATGTAGCTCAGTCTTTTGTTCAGTCTCCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGGGTGCTTGACCAACATGTAGCTCAGTCTTTTGTTCAGTCTCCA  294

seq1  TCACATAAACCAAGAGTGGTGGTGCGTGCCTGTAATCTCAGGTGGAGGCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAAACCAAGAGTGGTGGTGCGTGCCTGTAATCTCAGGTGGAGGCA  344

seq1  GGAGGATTAGAAGTTCATGGTCACCCTTGACCCTATATAGTAAGTTCGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATTAGAAGTTCATGGTCACCCTTGACCCTATATAGTAAGTTCGAG  394

seq1  GCCAGCTGGGATATGTGTAACACTGTCTCAAAACCACAATAAAAAAGAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTGGGATATGTGTAACACTGTCTCAAAACCACAATAAAAAAGAAA  444

seq1  TAAGCCGGGTTCTGCCCTTCTTTCCTGGCCTGAACATTTGCTCAGCACCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCGGGTTCTGCCCTTCTTTCCTGGCCTGAACATTTGCTCAGCACCT  494

seq1  GCTGTTTTCTGTCCTACCTACTTATTGAGCATCTGCTGTATGTCAGAAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTCTGTCCTACCTACTTATTGAGCATCTGCTGTATGTCAGAAAC  544

seq1  AGTATTTTCCCCCCAGGGATACAAAGACTAACAAAACCTCTGACCTGAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTCCCCCCAGGGATACAAAGACTAACAAAACCTCTGACCTGAAG  594

seq1  GAAACCGGGCCTGTACTAACACTTCTCAGGCTGGCTTGAGTAGACACAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCGGGCCTGTACTAACACTTCTCAGGCTGGCTTGAGTAGACACAAG  644

seq1  ATCCTGTGGGGGATCTTGCTAAAATGAAGTTTCAACCTAATCGGTCATCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTGGGGGATCTTGCTAAAATGAAGTTTCAACCTAATCGGTCATCA  694

seq1  ATTGCTGATGGCAGTTTTGCATTTCTGTGGCACTCCAGGACAGTGCTGAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGATGGCAGTTTTGCATTTCTGTGGCACTCCAGGACAGTGCTGAT  744

seq1  ATCACTGGCCACTTTGAGAACCACCATCTTAGAACAAGGTGGTCTGTGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGGCCACTTTGAGAACCACCATCTTAGAACAAGGTGGTCTGTGAT  794

seq1  ACCTGAACCTATAATTTGTATCTCCGGACCCATGGCTCCCCGAGATGGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAACCTATAATTTGTATCTCCGGACCCATGGCTCCCCGAGATGGGC  844

seq1  ACAGTGGTACAGTGCTTGTAATTTTAGCACTCAGGACACTGAGACAGAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGTACAGTGCTTGTAATTTTAGCACTCAGGACACTGAGACAGAAG  894

seq1  GTTTGCTACCAGTTGGAGAGCAGCCTTGGCTTCATAGTGAGTTCAAAGCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTACCAGTTGGAGAGCAGCCTTGGCTTCATAGTGAGTTCAAAGCC  944

seq1  AGTCTGAGATATGCAAGGAGGCTGTCTCAAAAAGCCAAACAAATAACAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGAGATATGCAAGGAGGCTGTCTCAAAAAGCCAAACAAATAACAGT  994

seq1  ATAACAATAACCACAATGTTAAAAAACAAAAGAAAACATGGTTCCCTGGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAATAACCACAATGTTAAAAAACAAAAGAAAACATGGTTCCCTGGT  1044

seq1  TGTTACCTATGTGAATTC  1066
      ||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCTATGTGAATTC  1062

seq1: chr11_109254221_109255336
seq2: B6Ng01-281E08.g_65_1198

seq1  GAATTCCAGGTTTCACTGCTTAGAGCTCCTGCCCCAGGGGTGTTTGTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTTTCACTGCTTAGAGCTCCTGCCCCAGGGGTGTTTGTTAG  50

seq1  TCGTGAATCCCAGTGCCGCTGCCTTTGCCTCTTAGATGTGTCGTGTTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGAATCCCAGTGCCGCTGCCTTTGCCTCTTAGATGTGTCGTGTTAGA  100

seq1  CGAGCTGTGGTGCTGAGGATGGCACAGGACTGACCTGCTATAAGAAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTGTGGTGCTGAGGATGGCACAGGACTGACCTGCTATAAGAAAGGA  150

seq1  AGTCAGATGCCGCCGTCTTAGGGCACTGTATTATTGTCTCTACCAAGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGATGCCGCCGTCTTAGGGCACTGTATTATTGTCTCTACCAAGTTC  200

seq1  ATTTTTACATTTTGCTTATGTTTTCTAATAGAATTTGCCTGCTAGGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTACATTTTGCTTATGTTTTCTAATAGAATTTGCCTGCTAGGTGTG  250

seq1  ATGGACATCTATAGTTCTAGCAGTCAAAACTGAGACAGGAGGATCATAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACATCTATAGTTCTAGCAGTCAAAACTGAGACAGGAGGATCATAAG  300

seq1  TTTAAGGCCAGCCTATTTAAAAAAAAGGAACCTAAATTTTTAATTGTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGCCAGCCTATTTAAAAAAAAGGAACCTAAATTTTTAATTGTATT  350

seq1  TGTTGCCTTTCAAGGAATATTTTTTTTTACCTGCTTCCCGCAAATATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCTTTCAAGGAATATTTTTTTTTACCTGCTTCCCGCAAATATAAT  400

seq1  TATCTCTTAGAACTTGAGTTCTTTATAACTTAGTTTGTCACATAATACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTTAGAACTTGAGTTCTTTATAACTTAGTTTGTCACATAATACAC  450

seq1  ACGGTCAGAGAAAAGCAGTGCGTACGAGGGGTGCATGTGCACACACATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTCAGAGAAAAGCAGTGCGTACGAGGGGTGCATGTGCACACACATGT  500

seq1  GCACACACTAGTGCACAGAGTGGCTAGGGTTGATGTTGTATGTCTTCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACTAGTGCACAGAGTGGCTAGGGTTGATGTTGTATGTCTTCCTC  550

seq1  AGTTGTCTCTTGCCTTGTCTGAGACAGGGTCTCTCCCTGAACTGGGAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTCTCTTGCCTTGTCTGAGACAGGGTCTCTCCCTGAACTGGGAGCA  600

seq1  CACACATTTGTCTAGACTGCCGACCAGCAAGCCTCCTATCTCCTCTCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATTTGTCTAGACTGCCGACCAGCAAGCCTCCTATCTCCTCTCCCC  650

seq1  AGCTCTAGGATTATAGGTGGTGCTGTTAGCAGCCACCTTTTTATGTGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGGATTATAGGTGGTGCTGTTAGCAGCCACCTTTTTATGTGGGT  700

seq1  GCTGGGTGGGGATGCAGACTTAGGACCTGAGGCTCACGCTGTATGCATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTGGGGATGCAGACTTAGGACCTGAGGCTCACGCTGTATGCATAC  750

seq1  ACTTTAGTGAGCTCACCTCCCCAGCCTTGAACAGTTTTTACATGTTTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGTGAGCTCACCTCCCCAGCCTTGAACAGTTTTTACATGTTTATT  800

seq1  TCTATTTGCTTTGTATGGGTGTGTGTGTGTGCACTATTGTGTATGTGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGCTTTGTATGGGTGTGTGTGTGTGCACTATTGTGTATGTGCAC  850

seq1  TA-TTGTGTG-TGTGCACTATTGTGCTTACTT-GGTGCCCTGGGAACCCA  897
      || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TATTTGTGTGTTGTGCACTATTGTGCTTACTTGGGTGCCCTGGGAACCCA  900

seq1  GAA-AAGGATGTTAG-TTTCCTGGAACTAGAGTTCTATCTGCCATGTGGA  945
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGATGTTAGTTTTCCTGGAACTAGAGTTCTATCTGCCATGTGGA  950

seq1  TGCTGGGAACTCTAAACCCTGTCCTCTGCAAGAGCAGCCTCTCCAGACCC  995
      |||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||| |||||
seq2  TGCTGGGAACTCTAAA-CCTGTTCTCTGC-AGA-CAGCCTCTCC-GACCC  996

seq1  CAGACCAGCTCTGATGTTTGTTGTTTGAGACCGGGTCTTATTCCGTAGGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||
seq2  CAGACCAGCTCTGATGTTTGTTGTTGGAGACCGGGTCTTATTTCCTA-GC  1045

seq1  CTGGAA-CCTGCTTT---GTAGA-CCAGG-CTGGCCTGGA-ACTCACTGA  1088
      |||||| | ||||||   ||||| ||||| ||||| || | |||||||||
seq2  CTGGAATCTTGCTTTTTGGTAGACCCAGGCCTGGCTTGTATACTCACTGA  1095

seq1  GA---TCT-CCGCCTAT---GTCTG--CCT--CCCACTG  1116
       |   ||| ||||||||   |||||  |||  |||||||
seq2  TATTCTCTCCCGCCTATATGGTCTGGTCCTTCCCCACTG  1134