BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281K12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 88,067,278 - 88,265,598
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700106J16Rik, LOC668793, Msi2
Upstream genePpm1e, Rad51c, Tex14, Sept4, Mtmr4, Hsf5, Rnf43, Supt4h1, Bzrap1, Mpo, Lpo, Mks1, Epx, Olfr462, Olfr463, Olfr464, Dynll2, Sfrs1, Vezf1, Cuedc1, Mrps23
Downstream geneLOC100038945, Akap1, Scpep1, OTTMUSG00000001305, 2210409E12Rik, Coil, LOC100039051, Trim25, Dgke, A930013B10Rik, Gm525, LOC100039114, Nog, LOC100039047, 4932411E22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281K12.bB6Ng01-281K12.g
ACCGA081078GA081079
length939399
definitionB6Ng01-281K12.b B6Ng01-281K12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,264,666 - 88,265,598)(88,067,278 - 88,067,682)
sequence
gaattcatcctcttcctcagcagagccaggctgagggtggggggagggga
gctcgtgctttcttcatatgttccctctaggaagagggtaagagctgcta
actacattaattcagcttgccttttttgagaccagatatattacagggat
aaacaaaaaccaaagagtcaacaacaaagaaagcgaacaggagcattgag
ctattttcagggcatcatagtggagtcatggctctctgttttgggggcca
agcctccatctcacctaagattaacatggttggggattaattcagtaata
tcaacaccacccagctcacttctaagtcactttctgctccatatagactc
tgcctggcagggtgtgcacccaagcacaggctcactgtccccacagctct
tcactggtcgatccgctctaagacaaggccctgtggctcttatttctttc
cccccaaactgtgaacctctctccatttgcttggggaagcagaggactca
cagaagatctcaggggctgactaagaccccgattgtctgcatagattaag
gagaaacaaccacagagcacagttttggtcagttttcctggacactgaca
ttttttctaggtatttgctaagtcagcagataatcaacattctagagctg
gctccccatacaggccctggtaccccatgcaggccctagtactctacgca
ggagctccctctgccctcagcaccctctttatacatggtgcactttgtcg
ggaagaccaaagggtgtaacagtgggcatcctttcagagtaccctcctgt
gttccatgactgctggcagttgggcttgccttctgctggtatgggaactg
ataaaatgcttagatgacagagagaaagttctcatgggctatggttggac
attattcacccacctctaataatacacctagtcagcact
tgcagggctcagagccgcaggtgttccatccacccttcagctgcacttcc
tgtggatgagacccagagaaatgggaagatcaactgggcagcaagtgaca
atcacctactgaatgtaagaaatggagccctggaggggctttgtcctgtt
gctgaagagaggcaacctggattcatgggactccaggatgggggatgggc
agtttcagtgtcggtggaagagaggttggtttctctgtgatagaaatgca
tggctccagcagtggctgctgtcctgtcctgcttggctcaggggggctgc
actgctgcagtaggcatgggacagacactgtattccagtcgttccttgaa
ggcttgaatgcatcagatttggggtggcgggtgggagtggggggacagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_88264666_88265598
seq2: B6Ng01-281K12.b_46_984 (reverse)

seq1  AGTGCTGACTAGGTGTAATTATAGAGGT-GGTGAAT-ATGT-CAACCATA  47
      ||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||| |||| ||||||||
seq2  AGTGCTGACTAGGTGTATTATTAGAGGTGGGTGAATAATGTCCAACCATA  50

seq1  G-CCATGAGAACTTTCTCTCTGTCATCTAAGCATTTTATCAGTTCCCATA  96
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGAGAACTTTCTCTCTGTCATCTAAGCATTTTATCAGTTCCCATA  100

seq1  CCAGCAGAAGGCAAGCCCAACTGCCAGCAGTCATGGAACACAGGAGGGTA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGAAGGCAAGCCCAACTGCCAGCAGTCATGGAACACAGGAGGGTA  150

seq1  CTCTGAAAGGATGCCCACTGTTACACCC-TTGGTCTTCCCGACAAAGTGC  195
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAAGGATGCCCACTGTTACACCCTTTGGTCTTCCCGACAAAGTGC  200

seq1  ACCATGTAT-AAGAGGGTGCTGAGGGCAGAGGGAGCTCCTGCGTAGAGTA  244
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTATAAAGAGGGTGCTGAGGGCAGAGGGAGCTCCTGCGTAGAGTA  250

seq1  CTAGGGCCTGCATGGGGTACCAGGGCCTGTATGGGGAGCCAGCTCTAGAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGCCTGCATGGGGTACCAGGGCCTGTATGGGGAGCCAGCTCTAGAA  300

seq1  TGTTGATTATCTGCTGACTTAGCAAATACCTAGAAAAAATGTCAGTGTCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATTATCTGCTGACTTAGCAAATACCTAGAAAAAATGTCAGTGTCC  350

seq1  AGGAAAACTGACCAAAACTGTGCTCTGTGGTTGTTTCTCCTTAATCTATG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAACTGACCAAAACTGTGCTCTGTGGTTGTTTCTCCTTAATCTATG  400

seq1  CAGACAATCGGGGTCTTAGTCAGCCCCTGAGATCTTCTGTGAGTCCTCTG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAATCGGGGTCTTAGTCAGCCCCTGAGATCTTCTGTGAGTCCTCTG  450

seq1  CTTCCCCAAGCAAATGGAGAGAGGTTCACAGTTTGGGGGGAAAGAAATAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCAAGCAAATGGAGAGAGGTTCACAGTTTGGGGGGAAAGAAATAA  500

seq1  GAGCCACAGGGCCTTGTCTTAGAGCGGATCGACCAGTGAAGAGCTGTGGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACAGGGCCTTGTCTTAGAGCGGATCGACCAGTGAAGAGCTGTGGG  550

seq1  GACAGTGAGCCTGTGCTTGGGTGCACACCCTGCCAGGCAGAGTCTATATG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGAGCCTGTGCTTGGGTGCACACCCTGCCAGGCAGAGTCTATATG  600

seq1  GAGCAGAAAGTGACTTAGAAGTGAGCTGGGTGGTGTTGATATTACTGAAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAAAGTGACTTAGAAGTGAGCTGGGTGGTGTTGATATTACTGAAT  650

seq1  TAATCCCCAACCATGTTAATCTTAGGTGAGATGGAGGCTTGGCCCCCAAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCCAACCATGTTAATCTTAGGTGAGATGGAGGCTTGGCCCCCAAA  700

seq1  ACAGAGAGCCATGACTCCACTATGATGCCCTGAAAATAGCTCAATGCTCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGCCATGACTCCACTATGATGCCCTGAAAATAGCTCAATGCTCC  750

seq1  TGTTCGCTTTCTTTGTTGTTGACTCTTTGGTTTTTGTTTATCCCTGTAAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGCTTTCTTTGTTGTTGACTCTTTGGTTTTTGTTTATCCCTGTAAT  800

seq1  ATATCTGGTCTCAAAAAAGGCAAGCTGAATTAATGTAGTTAGCAGCTCTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGGTCTCAAAAAAGGCAAGCTGAATTAATGTAGTTAGCAGCTCTT  850

seq1  ACCCTCTTCCTAGAGGGAACATATGAAGAAAGCACGAGCTCCCCTCCCCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTTCCTAGAGGGAACATATGAAGAAAGCACGAGCTCCCCTCCCCC  900

seq1  CACCCTCAGCCTGGCTCTGCTGAGGAAGAGGATGAATTC  933
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCAGCCTGGCTCTGCTGAGGAAGAGGATGAATTC  939

seq1: chr11_88067278_88067682
seq2: B6Ng01-281K12.g_67_471

seq1  GAATTCTGCAGGGCTCAGAGCCGCAGGTGTTCCATCCACCCTTCAGCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAGGGCTCAGAGCCGCAGGTGTTCCATCCACCCTTCAGCTGC  50

seq1  ACTTCCTGTGGATGAGACCCAGAGAAATGGGAAGATCAACTGGGCAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGTGGATGAGACCCAGAGAAATGGGAAGATCAACTGGGCAGCAA  100

seq1  GTGACAATCACCTACTGAATGTAAGAAATGGAGCCCTGGAGGGGCTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAATCACCTACTGAATGTAAGAAATGGAGCCCTGGAGGGGCTTTGT  150

seq1  CCTGTTGCTGAAGAGAGGCAACCTGGATTCATGGGACTCCAGGATGGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGCTGAAGAGAGGCAACCTGGATTCATGGGACTCCAGGATGGGGG  200

seq1  ATGGGCAGTTTCAGTGTCGGTGGAAGAGAGGTTGGTTTCTCTGTGATAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAGTTTCAGTGTCGGTGGAAGAGAGGTTGGTTTCTCTGTGATAGA  250

seq1  AATGCATGGCTCCAGCAGTGGCTGCTGTCCTGTCCTGCTTGGCTCAGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATGGCTCCAGCAGTGGCTGCTGTCCTGTCCTGCTTGGCTCAGGGG  300

seq1  GGCTGCACTGCTGCAGTAGGCATGGGACAGACACTGTATTCCAGTCGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCACTGCTGCAGTAGGCATGGGACAGACACTGTATTCCAGTCGTTC  350

seq1  CTTGAAGGCTTGAATGCATCAGATTTGGGGTGGCGGGTGGGAGTGGGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGGCTTGAATGCATCAGATTTGGGGTGGCGGGTGGGAGTGGGGGG  400

seq1  ACAGT  405
      |||||
seq2  ACAGT  405