BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282J20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 3,687,109 - 3,876,106
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOsbp2, LOC664920, 4921536K21Rik, Dusp18, Slc35e4, Tcn2, LOC100041720, Pes1
Upstream geneLOC236604, Sfi1, LOC623257, Eif4enif1, Drg1, Patz1, Pik3ip1, Limk2, Rnf185, 8430429K09Rik, LOC100041573, Pla2g3, Pib5pa, Selm, Smtn, Map1lc3-5, LOC625608, Tug1, Morc2a, LOC664900
Downstream geneGal3st1, Sec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2, Mtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065, Ascc2, 1110020P15Rik, Zmat5, Cabp7, Nf2, Nipsnap1, Thoc5, Nefh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282J20.bB6Ng01-282J20.g
ACCGA081786GA081787
length897143
definitionB6Ng01-282J20.b B6Ng01-282J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,687,109 - 3,688,043)(3,875,964 - 3,876,106)
sequence
gaattcatgtaccatgtggatgcagtgcctgcagaggctagaatagggta
ctggatcccctaggacagttgtaggtggtagtgagctgccatccaggtgc
tgggaattgaaccacagagctctctccccctcaaaataaaaaaaatgtaa
agtgatgccaccactccctaccagcccttttccgaacagcatgaaggatg
cttcactggcaaccaaactttccaccaaaggcatcgtcgctgtagtttgt
tttggacactgtgggacaggcatggtgctgctgacaccgaacagcatgaa
ggatgcttcactggcaaccaaactttccaccaaaggcatcgtcgctgtag
tttgttatggacactgtgggacaggcatggtgctgctgacaccttacata
tctttgcaacaatccagttcttcaaataaaggaactgagccagtcagctt
gaggagggttcacatggcaacagagtgacatggctaagagctttgggaac
tcacttgggagttcatgtggagcaaactagacacagagcttggttctact
ccctgggactgtccctctccactgatactgccatccatcatcagacacca
ctgtcctgcttagctctgaacaaagctaagactgaagctgtcccattctg
gttagtctctaactctgcaggtggccacgctggctcctctccaacaccag
ccccaacccacctcttcttagtggtgggcaggatcacttagtggtgggca
ggatcacttagtggtgggcaggatcacttagtggtgggtaggatcgctta
gtggtgggtaggatcgcttagtggtgggcaggatcgcttagtggtgggca
ggatcacttagtggtgggtaggatcgctttagtggttgggtaggatc
atcagcctcagcctcctctatagcaggcaccaccactcgggccaggctgg
cactgagggcagccagtttctgtagggagagagtagaattgcaaggaggc
ctgcttgcaggcagggaacctcatctgggggtggggtgggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_3687109_3688043
seq2: B6Ng01-282J20.b_45_941

seq1  GAATTCATGTACCATGTGGATGCAGTGCCTGCAGAGGCTAGAATAGGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTACCATGTGGATGCAGTGCCTGCAGAGGCTAGAATAGGGTA  50

seq1  CTGGATCCCCTAGGACAGTTGTAGGTGGTAGTGAGCTGCCATCCAGGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCCCCTAGGACAGTTGTAGGTGGTAGTGAGCTGCCATCCAGGTGC  100

seq1  TGGGAATTGAACCACAGAGCTCTCTCCCCCTCAAAATAAAAAAAATGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATTGAACCACAGAGCTCTCTCCCCCTCAAAATAAAAAAAATGTAA  150

seq1  AGTGATGCCACCACTCCCTACCAGCCCTTTTCCGAACAGCATGAAGGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGCCACCACTCCCTACCAGCCCTTTTCCGAACAGCATGAAGGATG  200

seq1  CTTCACTGGCAACCAAACTTTCCACCAAAGGCATCGTCGCTGTAGTTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTGGCAACCAAACTTTCCACCAAAGGCATCGTCGCTGTAGTTTGT  250

seq1  TTTGGACACTGTGGGACAGGCATGGTGCTGCTGACACCGAACAGCATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACACTGTGGGACAGGCATGGTGCTGCTGACACCGAACAGCATGAA  300

seq1  GGATGCTTCACTGGCAACCAAACTTTCCACCAAAGGCATCGTCGCTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTTCACTGGCAACCAAACTTTCCACCAAAGGCATCGTCGCTGTAG  350

seq1  TTTGTTATGGACACTGTGGGACAGGCATGGTGCTGCTGACACCTTACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTATGGACACTGTGGGACAGGCATGGTGCTGCTGACACCTTACATA  400

seq1  TCTTTGCAACAATCCAGTTCTTCAAATAAAGGAACTGAGCCAGTCAGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCAACAATCCAGTTCTTCAAATAAAGGAACTGAGCCAGTCAGCTT  450

seq1  GAGGAGGGTTCACATGGCAACAGAGTGACATGGCTAAGAGCTTTGGGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGGTTCACATGGCAACAGAGTGACATGGCTAAGAGCTTTGGGAAC  500

seq1  TCACTTGGGAGTTCATGTGGAGCAAACTAGACACAGAGCTTGGTTCTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGGGAGTTCATGTGGAGCAAACTAGACACAGAGCTTGGTTCTACT  550

seq1  CCCTGGGACTGTCCCTCTCCACTGATACTGCCATCCATCATCAGACACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGACTGTCCCTCTCCACTGATACTGCCATCCATCATCAGACACCA  600

seq1  CTGTCCTGCTTAGCTCTGAACAAAGCTAAGACTGAAGCTGTCCCATTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGCTTAGCTCTGAACAAAGCTAAGACTGAAGCTGTCCCATTCTG  650

seq1  GTTAGTCTCTAACTCTGCAGGTGGCCACGCTGGCTCCTCTCCAACACCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTCTCTAACTCTGCAGGTGGCCACGCTGGCTCCTCTCCAACACCAG  700

seq1  CCCCAACCCACCTCTTCTTAGTGGTGGGCAGGATCACTTAGTGGTGGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACCCACCTCTTCTTAGTGGTGGGCAGGATCACTTAGTGGTGGGCA  750

seq1  GGATCACTTAGTGGTGGGCAGGATCACTTAGTGGTGGGTAGGATCGCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCACTTAGTGGTGGGCAGGATCACTTAGTGGTGGGTAGGATCGCTTA  800

seq1  GTGGTGGGTAGGATCGCTTAGTGGTGGGTAGGATCGCTTAGTGGTGGGTA  850
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  GTGGTGGGTAGGATCGCTTAGTGGTGGGCAGGATCGCTTAGTGGTGGGCA  850

seq1  GGATCGCTTAGTGGTGGGCAGGATCGC-TTAGTGG-TGGGTAGGATCACT  898
      ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||   
seq2  GGATCACTTAGTGGTGGGTAGGATCGCTTTAGTGGTTGGGTAGGATC---  897

seq1  TAGTGGTGGGTAGGATCACTTAGTGGTGGGTAGGATC  935
                                           
seq2  -------------------------------------  897

seq1: chr11_3875964_3876106
seq2: B6Ng01-282J20.g_74_216 (reverse)

seq1  CCACCCACCCCACCCCCAGATGAGGTTCCCTGCCTGCAAGCAGGCCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCACCCCACCCCCAGATGAGGTTCCCTGCCTGCAAGCAGGCCTCCT  50

seq1  TGCAATTCTACTCTCTCCCTACAGAAACTGGCTGCCCTCAGTGCCAGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTCTACTCTCTCCCTACAGAAACTGGCTGCCCTCAGTGCCAGCCT  100

seq1  GGCCCGAGTGGTGGTGCCTGCTATAGAGGAGGCTGAGGCTGAT  143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCGAGTGGTGGTGCCTGCTATAGAGGAGGCTGAGGCTGAT  143