BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282M04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,459,624 - 65,663,454
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9
Upstream geneLOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
Downstream geneGm879, LOC668323
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282M04.bB6Ng01-282M04.g
ACCGA081893GA081894
length1,1671,143
definitionB6Ng01-282M04.b B6Ng01-282M04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,662,362 - 65,663,454)(65,459,624 - 65,460,771)
sequence
aatattgtgggccgttttttctactcttatggggagagtgatccgcggtt
ttttcggtcatagatgctaaaaggagagctcttttcctggccccggggtt
cccactcccaggaaacatggactacagtggctatcaccaggtaaggcact
gcattgcttacagcaatacgacagtcatggaggcaccaagaactcctcct
gtctggcctgcacagctcagcatgcacatgcccactctggaagccaggga
aggatgcccgagagctaagtctgagaatatttcaaccttgctctctgccc
caagattacttggctcaaccaaagaggcttaggatttccagcctcaaatt
aaagatgaaattgagcttggagacctctgtaaccttgatgctcaattcca
tagttggacttgtcaatcttccccacaaataacatctggggcagtgatct
acttgttttgagtcaagatgttgatgaaaacaatattaacggggggaggg
gggtaattctcacgtaaggacttagagacctctgcataaactttatcatt
atcttcattgaaagtgagcttgtagccagatcacttactgttcccatttc
ctgttgacagctgtagacagaggcatgcatacccacataagagaaaggca
ttctgggggaggaaaatactttagattattaagcattcttgaaagaacta
aaacttacctatgtttacagcaaatttaagaggaaagaattgtcatagaa
acttaagtttttaagtcataaaacttaagaatcataatcatagaagtcat
ttgatccagaagagtcatacctgtgataaagaattcaaaatgaggaaact
cttacaagaaatgagcaagttgtaacaccttgaaaggcttttgcccagga
tcccaatacatgagcatcccctggtgtctgtggaccactgacctaagcat
cctcgaggatgcttgctcagtctttgagtcccacagtaataggacttaca
cattttccaaagggctgagatgggaggccctttcctactactttcctctt
aagttctaccagatcagagatgggttcctagggcacctgccaaggatcca
ggaacagcttggagggattgcaaggctaagaacaacagattgaaaaagtg
agcagtatttaaactag
gaattcaagtacatctcagttaagctcagggcttctgggggctcctcctc
ctgcttgaaatcagtctccctcatacccccatccatcttcataatagggt
cacaatgttacaacatgcacagaatttatttcagttcattgcgctcttgg
gagaaggtctgagttttcttgctggacttcctgcagaagagaatctgaga
gggaaaaaaaaaagtctgcagaagtctgaactttatcagcagactgaagt
aaaacaactgtatgtacatgtgagtcttgggccaaaaatgaatgtaatgc
aaagcctgtccagatttcagacaaacccttgaaatttctagtagcatggc
ctgggcgtcattggaaaaggaagggagagggcccacagggtcaccacagg
tcagagtgaagtcaagttacacaggaggtactccaaggctgtggctccaa
gttgccggacttccaaaggaaaagcaagccatcccgccaagcagcccgat
attttgtctacccagtgcaagcatctagactgtgaaaaggtgattgaatt
gctctggcttcaggtcaagatctggcggtgctggggatgcaccatagccc
tcctgagaacttccagaaagtactgagattcagcttggcagtggagaccc
aggacaagtctatataactgtgactcagtttgctcggtgactccagggag
aaccctagctcccacaaaactaccgggtagagcaaataaaaacacagaat
gctcagtcagcccaaattccagataaaccacacataaattttcagtgtaa
gtgtgcctctgcttgattgaactgaacaccctgtcttgtacctgacatcc
ctaatcttttaggacacattaacccagttatgtgaatgtcactgtgctcc
atccgagaaataaaggcagactgagttcttctgtgtgtgcctagctgcat
gaaagaaaggaggagcgctgtgagcttctattacagctcatcactatcac
ctgtggtaggatagcattctgtgttcactgccatctctattaacatgggg
gtctatctgtcccaggcgagttcgcaaagtcctagcagcataatgtgcct
gaatcctacccagccagtggctagctgaaggatctatcatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65662362_65663454
seq2: B6Ng01-282M04.b_62_1167 (reverse)

seq1  CTAGTTTAAATACTGCTCACTTTTTCAATCTG-TGTTCTTAGCTTTGCAT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| 
seq2  CTAGTTTAAATACTGCTCACTTTTTCAATCTGTTGTTCTTAGCCTTGCAA  50

seq1  TCCCTCCAGCCTGTTCCTGGATCCTTGGCAGGTGCCCTAGGA--CCATCT  97
      ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  TCCCTCCAAGCTGTTCCTGGATCCTTGGCAGGTGCCCTAGGAACCCATCT  100

seq1  CTGATCTGGTAG-ACTTA--AGGGAAGTAGTAGGAA--GGGCTTCCATCT  142
      |||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||  || || ||||||
seq2  CTGATCTGGTAGAACTTAAGAGGAAAGTAGTAGGAAAGGGCCTCCCATCT  150

seq1  CAGCCCTTTGG-AAATGTGTAAGTCCTATTACTGTGGGACTCAAGACCTG  191
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  CAGCCCTTTGGAAAATGTGTAAGTCCTATTACTGTGGGACTCAAAGACTG  200

seq1  AGC-AGCATCCTCGAGGATGCTTAGGTCAGTGGTCCACAGACACCAGGGG  240
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCATCCTCGAGGATGCTTAGGTCAGTGGTCCACAGACACCAGGGG  250

seq1  ATGCTCATGTATTGGGATCCTGGGC-AAAGCCTTTCAAGGTGTTACAACT  289
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCATGTATTGGGATCCTGGGCAAAAGCCTTTCAAGGTGTTACAACT  300

seq1  TGCTCATTTCTTGTAAGAGTTTCCTCATTTTGAATTCTTTATCACAGGTA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATTTCTTGTAAGAGTTTCCTCATTTTGAATTCTTTATCACAGGTA  350

seq1  TGACTCTTCTGGATCAAATGACTTCTATGATTATGATTCTTAAGTTTTAT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTTCTGGATCAAATGACTTCTATGATTATGATTCTTAAGTTTTAT  400

seq1  GACTTAAAAACTTAAGTTTCTATGACAATTCTTTCCTCTTAAATTTGCTG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAAAACTTAAGTTTCTATGACAATTCTTTCCTCTTAAATTTGCTG  450

seq1  TAAACATAGGTAAGTTTTAGTTCTTTCAAGAATGCTTAATAATCTAAAGT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATAGGTAAGTTTTAGTTCTTTCAAGAATGCTTAATAATCTAAAGT  500

seq1  ATTTTCCTCCCCCAGAATGCCTTTCTCTTATGTGGGTATGCATGCCTCTG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTCCCCCAGAATGCCTTTCTCTTATGTGGGTATGCATGCCTCTG  550

seq1  TCTACAGCTGTCAACAGGAAATGGGAACAGTAAGTGATCTGGCTACAAGC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGCTGTCAACAGGAAATGGGAACAGTAAGTGATCTGGCTACAAGC  600

seq1  TCACTTTCAATGAAGATAATGATAAAGTTTATGCAGAGGTCTCTAAGTCC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTCAATGAAGATAATGATAAAGTTTATGCAGAGGTCTCTAAGTCC  650

seq1  TTACGTGAGAATTACCCCCCTCCCCCCGTTAATATTGTTTTCATCAACAT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGTGAGAATTACCCCCCTCCCCCCGTTAATATTGTTTTCATCAACAT  700

seq1  CTTGACTCAAAACAAGTAGATCACTGCCCCAGATGTTATTTGTGGGGAAG  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTCAAAACAAGTAGATCACTGCCCCAGATGTTATTTGTGGGGAAG  750

seq1  ATTGACAAGTCCAACTATGGAATTGAGCATCAAGGTTACAGAGGTCTCCA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAAGTCCAACTATGGAATTGAGCATCAAGGTTACAGAGGTCTCCA  800

seq1  AGCTCAATTTCATCTTTAATTTGAGGCTGGAAATCCTAAGCCTCTTTGGT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAATTTCATCTTTAATTTGAGGCTGGAAATCCTAAGCCTCTTTGGT  850

seq1  TGAGCCAAGTAATCTTGGGGCAGAGAGCAAGGTTGAAATATTCTCAGACT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAAGTAATCTTGGGGCAGAGAGCAAGGTTGAAATATTCTCAGACT  900

seq1  TAGCTCTCGGGCATCCTTCCCTGGCTTCCAGAGTGGGCATGTGCATGCTG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTCGGGCATCCTTCCCTGGCTTCCAGAGTGGGCATGTGCATGCTG  950

seq1  AGCTGTGCAGGCCAGACAGGAGGAGTTCTTGGTGCCTCCATGACTGTCGT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGCAGGCCAGACAGGAGGAGTTCTTGGTGCCTCCATGACTGTCGT  1000

seq1  ATTGCTGTAAGCAATGCAGTGCCTTACCTGGTGATAGCCACTGTAGTCCA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGTAAGCAATGCAGTGCCTTACCTGGTGATAGCCACTGTAGTCCA  1050

seq1  TGTTTCCTGGGAGTGGGAACCCCGGGGCCAGG--GAGAGCTCTCCTTCTA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||
seq2  TGTTTCCTGGGAGTGGGAACCCCGGGGCCAGGAAAAGAGCTCTCCTTTTA  1100

seq1  GCATCT  1093
      ||||||
seq2  GCATCT  1106

seq1: chr11_65459624_65460771
seq2: B6Ng01-282M04.g_70_1212

seq1  GAATTCAAGTACATCTCAGTTAAGCTCAGGGCTTCTGGGGGCTCCTCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTACATCTCAGTTAAGCTCAGGGCTTCTGGGGGCTCCTCCTC  50

seq1  CTGCTTGAAATCAGTCTCCCTCATACCCCCATCCATCTTCATAATAGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGAAATCAGTCTCCCTCATACCCCCATCCATCTTCATAATAGGGT  100

seq1  CACAATGTTACAACATGCACAGAATTTATTTCAGTTCATTGCGCTCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGTTACAACATGCACAGAATTTATTTCAGTTCATTGCGCTCTTGG  150

seq1  GAGAAGGTCTGAGTTTTCTTGCTGGACTTCCTGCAGAAGAGAATCTGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGTCTGAGTTTTCTTGCTGGACTTCCTGCAGAAGAGAATCTGAGA  200

seq1  GGGAAAAAAAAAAGTCTGCAGAAGTCTGAACTTTATCAGCAGACTGAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAAAAAAGTCTGCAGAAGTCTGAACTTTATCAGCAGACTGAAGT  250

seq1  AAAACAACTGTATGTACATGTGAGTCTTGGGCCAAAAATGAATGTAATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACTGTATGTACATGTGAGTCTTGGGCCAAAAATGAATGTAATGC  300

seq1  AAAGCCTGTCCAGATTTCAGACAAACCCTTGAAATTTCTAGTAGCATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTGTCCAGATTTCAGACAAACCCTTGAAATTTCTAGTAGCATGGC  350

seq1  CTGGGCGTCATTGGAAAAGGAAGGGAGAGGGCCCACAGGGTCACCACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCGTCATTGGAAAAGGAAGGGAGAGGGCCCACAGGGTCACCACAGG  400

seq1  TCAGAGTGAAGTCAAGTTACACAGGAGGTACTCCAAGGCTGTGGCTCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTGAAGTCAAGTTACACAGGAGGTACTCCAAGGCTGTGGCTCCAA  450

seq1  GTTGCCGGACTTCCAAAGGAAAAGCAAGCCATCCCGCCAAGCAGCCCGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCGGACTTCCAAAGGAAAAGCAAGCCATCCCGCCAAGCAGCCCGAT  500

seq1  ATTTTGTCTACCCAGTGCAAGCATCTAGACTGTGAAAAGGTGATTGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTCTACCCAGTGCAAGCATCTAGACTGTGAAAAGGTGATTGAATT  550

seq1  GCTCTGGCTTCAGGTCAAGATCTGGCGGTGCTGGGGATGCACCATAGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGCTTCAGGTCAAGATCTGGCGGTGCTGGGGATGCACCATAGCCC  600

seq1  TCCTGAGAACTTCCAGAAAGTACTGAGATTCAGCTTGGCAGTGGAGACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGAACTTCCAGAAAGTACTGAGATTCAGCTTGGCAGTGGAGACCC  650

seq1  AGGACAAGTCTATATAACTGTGACTCAGTTTGCTCGGTGACTCCAGGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAGTCTATATAACTGTGACTCAGTTTGCTCGGTGACTCCAGGGAG  700

seq1  AACCCTAGCTCCCACAAAACTACCGGGTAGAGCAAATAAAAACACAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTAGCTCCCACAAAACTACCGGGTAGAGCAAATAAAAACACAGAAT  750

seq1  GCTCAGGTCAGCCCAAATTCCAGATAAACCACACATAAATTTTCAGTGTA  800
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCA-GTCAGCCCAAATTCCAGATAAACCACACATAAATTTTCAGTGTA  799

seq1  AGTGTGCCTCTGCTTGATTGAACTGAACACCCTGTCTTGTACCTGACATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGCCTCTGCTTGATTGAACTGAACACCCTGTCTTGTACCTGACATC  849

seq1  CCTAATCTTTTAGGACACATTAACCCAGTTATGTGAATGTCACTGTGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATCTTTTAGGACACATTAACCCAGTTATGTGAATGTCACTGTGCTC  899

seq1  CATCCGAGAAATAAAGGCAGACTGAGTTCTTTCTGTGTGTGCCTAGCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATCCGAGAAATAAAGGCAGACTGAGTTC-TTCTGTGTGTGCCTAGCTGC  948

seq1  ATGAAAGAAAGGA-GAGCGCTGTGAGC-TCTATTACAGCCTCATCACTAA  998
      ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |
seq2  ATGAAAGAAAGGAGGAGCGCTGTGAGCTTCTATTACAG-CTCATCACT-A  996

seq1  TCACCTGT-GTAGGATAGCCATCCTGTGTTCACTGGCATCTCTATT-ACA  1046
      |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||
seq2  TCACCTGTGGTAGGATAG-CATTCTGTGTTCACTGCCATCTCTATTAACA  1045

seq1  T-GGGGTCTATCTGTCCCAGCCGAG-TCGCAGAG-CCAGCCAGCATTACA  1093
      | |||||||||||||||||| |||| ||||| || ||   ||||||   |
seq2  TGGGGGTCTATCTGTCCCAGGCGAGTTCGCAAAGTCCTAGCAGCAT--AA  1093

seq1  TGTGGCCTTGGATCCCTCACCCCAGCCAGTGGCTAGCCTGAAAGGTC-AT  1142
      ||||  | || |||   |  |||||||||||||||| ||||| | || ||
seq2  TGTG--CCTGAATC---CTACCCAGCCAGTGGCTAG-CTGAAGGATCTAT  1137

seq1  CATGAT  1148
      ||||||
seq2  CATGAT  1143