BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283F17
Chromosome11 (Build37)
Map Location 25,407,133 - 25,499,906
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042282
Downstream gene5730522E02Rik, LOC100042328, LOC100042345, Fancl, Vrk2, EG628586
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283F17.bB6Ng01-283F17.g
ACCGA082339GA082340
length1,099487
definitionB6Ng01-283F17.b B6Ng01-283F17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,498,796 - 25,499,906)(25,407,133 - 25,407,624)
sequence
gaattcacaatgccacattcaccagccagcttactctccctgattcagtt
ccccactgatgtgcagcctcatgccagtcgttcatttccttcctactcac
aggaagcctggcaaacagtccctttataaagaacagaggggaaaacgttg
ttcccggagattctgccttggaccaaatgccccaggatagaggcaggtag
agcacttcattttagaggctttgtcctgatatttcttccctcttgtcttt
tctaattcttaatagttccttagaaggaatttccctacataagatgaatt
tctccgtttctctcttgacaatgcttagtaaatcagcatatggaatatta
cccatgcaacccacatgcaacccactctctgacagggattgctgactgaa
gccatgctgtttatacactgctctgtgcccaataactgaattgattttac
ctgaccaaagacaaaggaacctcaggcagctttctgcattattacattct
caggttatttggctttgaatagtaagagctcaactagaattctgggtcac
atttaccttgctttatgaagaaacctttattggggaactatagtaaattt
tgagatgttactgatgtgtctgtctacataaatatatatgtctgtgtctg
tttgtacatgtatgcacacatgtgtatgtctgtgtgaatatatgtgtatg
gatttgtatatatctatatctatctatgtatgtatgtatgtatgtatgta
tgtatgtatgtagctagctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctgcatgagtgtgtatgtgtgtgcacatgtgtgtt
gtgtttaagtaaatgagtcaaataacacgagcaagacattgtttctgggt
ttcatgacttactttcattttttttaaaaggaatgcatttcataaagaat
taagctaaatgaaggggtctgtaacctatagtggaacacatatgactaca
gtacccagagttcatgtctctagctgcatatgttagcagagattgctagt
cgccatcatgaatgcaggtccttggtatgctactttatatgctcagtac

cactggtccagtgaagccctgattgtgtgagcagctcaacttttgctctg
tcaacctggaagacagatccactctccccaggctgtgctcacatcacagc
ttcctgggccatgaggaatacaccaccaatgtgtttactcgtgaatgctt
ttctgagagaagaaaggcttatgtgttttcattttccccttggacagaaa
ccaatggcaggggaaagagagagctcttatgtcatttgactagtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgttctttttaaatgtatatctttatttttactgtat
gaatgtcttgcctgaatgtatatctgtcctccgcataagtgcctggtttc
tgtggaggtcagaagaggtcatcaggttccatagaacagaaattgcaggt
agctctgagccactgtctgggtgctggaattcagacctcgcccctctgca
aaagcatccaatgttcttaaccactgtcgcatctctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_25498796_25499906
seq2: B6Ng01-283F17.b_44_1142 (reverse)

seq1  GTACTGAGGCATATAAAGTTTGCAATACCAAGGGGCCTCCCTTTCCAATG  50
      ||||||| |||||||||| | || ||||||| || ||| | ||    |||
seq2  GTACTGA-GCATATAAAG-TAGC-ATACCAA-GGACCTGCATT---CATG  43

seq1  ATGGCCGACTAGGCCATCTTCTGCT-ACATATGCAGCTAGAGACATGAAC  99
      |||| |||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGG-CGACTA-GCAATC-TCTGCTAACATATGCAGCTAGAGACATGAAC  90

seq1  TCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTACAG  149
      |||  ||||||||  ||| ||||||   ||||||| ||||| ||||||||
seq2  TCT--GGGTACTG--TAG-TCATAT--GTGTTCCA-CTATA-GGTTACAG  131

seq1  ACCCCTTCATTTAGCTTAATTCTTTATGAAATGCATTTCCTTTTAAAAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||
seq2  ACCCCTTCATTTAGCTTAATTCTTTATGAAATGCATTCCTTTTAAAAAAA  181

seq1  ATG-AAGTAAGTCATGAAA-CCAGAAACAATGTCTTGCTCGTGTTATTTG  247
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGTAAGTCATGAAACCCAGAAACAATGTCTTGCTCGTGTTATTTG  231

seq1  ACTCATTTACTTAAACACAACACACATGTGCACACACATACACACTCATG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTTACTTAAACACAACACACATGTGCACACACATACACACTCATG  281

seq1  C----AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  343
      |    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  331

seq1  GGTAGATACATACATACATACATACATACATACATACATACATAGATAGA  393
      | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTACATACATACATACATACATACATACATACATACATAGATAGA  381

seq1  TATAGATATATACAAATCCATACACATATATTCACACAGACATACACATG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATATATACAAATCCATACACATATATTCACACAGACATACACATG  431

seq1  TGTGCATACATGTACAAACAGACACAGACATATATATTTATGTAGACAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATACATGTACAAACAGACACAGACATATATATTTATGTAGACAGA  481

seq1  CACATCAGTAACATCTCAAAATTTACTATAGTTCCCCAATAAAGGTTTCT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCAGTAACATCTCAAAATTTACTATAGTTCCCCAATAAAGGTTTCT  531

seq1  TCATAAAGCAAGGTAAATGTGACCCAGAATTCTAGTTGAGCTCTTACTAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAGCAAGGTAAATGTGACCCAGAATTCTAGTTGAGCTCTTACTAT  581

seq1  TCAAAGCCAAATAACCTGAGAATGTAATAATGCAGAAAGCTGCCTGAGGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCCAAATAACCTGAGAATGTAATAATGCAGAAAGCTGCCTGAGGT  631

seq1  TCCTTTGTCTTTGGTCAGGTAAAATCAATTCAGTTATTGGGCACAGAGCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTCTTTGGTCAGGTAAAATCAATTCAGTTATTGGGCACAGAGCA  681

seq1  GTGTATAAACAGCATGGCTTCAGTCAGCAATCCCTGTCAGAGAGTGGGTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATAAACAGCATGGCTTCAGTCAGCAATCCCTGTCAGAGAGTGGGTT  731

seq1  GCATGTGGGTTGCATGGGTAATATTCCATATGCTGATTTACTAAGCATTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGGGTTGCATGGGTAATATTCCATATGCTGATTTACTAAGCATTG  781

seq1  TCAAGAGAGAAACGGAGAAATTCATCTTATGTAGGGAAATTCCTTCTAAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGAGAAACGGAGAAATTCATCTTATGTAGGGAAATTCCTTCTAAG  831

seq1  GAACTATTAAGAATTAGAAAAGACAAGAGGGAAGAAATATCAGGACAAAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATTAAGAATTAGAAAAGACAAGAGGGAAGAAATATCAGGACAAAG  881

seq1  CCTCTAAAATGAAGTGCTCTACCTGCCTCTATCCTGGGGCATTTGGTCCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAAATGAAGTGCTCTACCTGCCTCTATCCTGGGGCATTTGGTCCA  931

seq1  AGGCAGAATCTCCGGGAACAACGTTTTCCCCTCTGTTCTTTATAAAGGGA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAATCTCCGGGAACAACGTTTTCCCCTCTGTTCTTTATAAAGGGA  981

seq1  CTGTTTGCCAGGCTTCCTGTGAGTAGGAAGGAAATGAACGACTGGCATGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGCCAGGCTTCCTGTGAGTAGGAAGGAAATGAACGACTGGCATGA  1031

seq1  GGCTGCACATCAGTGGGGAACTGAATCAGGGAGAGTAAGCTGGCTGGTGA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCACATCAGTGGGGAACTGAATCAGGGAGAGTAAGCTGGCTGGTGA  1081

seq1  ATGTGGCATTGTGAATTC  1111
      ||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCATTGTGAATTC  1099


seq1: chr11_25407133_25407624
seq2: B6Ng01-283F17.g_66_557

seq1  GAATTCCACTGGTCCAGTGAAGCCCTGATTGTGTGAGCAGCTCAACTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGGTCCAGTGAAGCCCTGATTGTGTGAGCAGCTCAACTTTT  50

seq1  GCTCTGTCAACCTGGAAGACAGATCCACTCTCCCCAGGCTGTGCTCACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTCAACCTGGAAGACAGATCCACTCTCCCCAGGCTGTGCTCACAT  100

seq1  CACAGCTTCCTGGGCCATGAGGAATACACCACCAATGTGTTTACTCGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTTCCTGGGCCATGAGGAATACACCACCAATGTGTTTACTCGTGA  150

seq1  ATGCTTTTCTGAGAGAAGAAAGGCTTATGTGTTTTCATTTTCCCCTTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTCTGAGAGAAGAAAGGCTTATGTGTTTTCATTTTCCCCTTGGA  200

seq1  CAGAAACCAATGGCAGGGGAAAGAGAGAGCTCTTATGTCATTTGACTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACCAATGGCAGGGGAAAGAGAGAGCTCTTATGTCATTTGACTAGT  250

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCTTTTTAAATGTATATCTTTATTTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCTTTTTAAATGTATATCTTTATTTTTA  300

seq1  CTGTATGAATGTCTTGCCTGAATGTATATCTGTCCTCCGCATAAGTGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGAATGTCTTGCCTGAATGTATATCTGTCCTCCGCATAAGTGCCT  350

seq1  GGTTTCTGTGGAGGTCAGAAGAGGTCATCAGGTTCCATAGAACAGAAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTGTGGAGGTCAGAAGAGGTCATCAGGTTCCATAGAACAGAAATT  400

seq1  GCAGGTAGCTCTGAGCCACTGTCTGGGTGCTGGAAATCAGACCTGGCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |
seq2  GCAGGTAGCTCTGAGCCACTGTCTGGGTGCTGGAATTCAGACCTCGCCCC  450

seq1  TCTGCAAGAGCTTCCAATGTTCTTAACCACTGTCGCATCTCT  492
      ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAAAGCATCCAATGTTCTTAACCACTGTCGCATCTCT  492


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |