BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290G04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 70,462,262 - 70,602,815
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3
Upstream geneFxr2, Sox15, Mpdu1, Cd68, Eif4a1, Senp3, Tnfsf12-tnfsf13, Tnfsf13, Tnfsf12, LOC100041994, Polr2a, Amac1, Zbtb4, Chrnb1, Fgf11, Tmem102, 4933402P03Rik, 1700095G12Rik, Nlgn2, 1810027O10Rik, Plscr3, Tnk1, LOC432576, Kctd11, Centb1, 2810408A11Rik, 0610025P10Rik, Gps2, Eif5a, Ybx2, Slc2a4, LOC668442, Cldn7, Rai12, Dullard, Gabarap, Phf23, Dvl2, Acadvl, Dlg4, Asgr1, Asgr2, Mgl2, Mgl1, Slc16a11, Slc16a13, Bcl6b, 0610010K14Rik, D11Bwg0434e, Alox12, Alox12e, Alox15, LOC668466, Pelp1, Arrb2, Med11, Cxcl16, Zmynd15, Tm4sf5, Vmo1, C730027E14Rik, Psmb6, Pld2, Mink1, Chrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11
Downstream geneA430084P05Rik, Rabep1, LOC668461, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik, LOC382536, Nlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c, LOC100043249, 9230020A06Rik, Wscd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290G04.bB6Ng01-290G04.g
ACCGA087540GA087541
length1,1321,123
definitionB6Ng01-290G04.b B6Ng01-290G04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,462,262 - 70,463,392)(70,601,702 - 70,602,815)
sequence
gaattcattcggccacagttagcagtagagttgtaagatggctaattgga
aaatgaaacttgttgaaaatgccatgaatgagtagcaaggtgaaccacta
tcggtgggaaacttaaaagcagaactaaactacgcttgagaagttaaggg
agcctctggtaagggatgtagtttactgtaactgcatcttcaagaaagct
gagagatcccttttcttttttcttttttttgagactggactctggaactc
tggctgtccccaactcacagtagtctcaagtgctgggattaaatgcatgt
atcaccatgtctgagttgtagattcagtgttgggtgggatgctcagacct
ccagaatgagcaatgatagagctgcagaatgcaggtagtatatagtgtta
tgtgtggtaggtcctgtggaagacagaactaaagatgaaaatgtttgcct
ttatccctcaggggttccttgtggaggcccacccagaaaatgcctgcggt
cctattgccccaccaccctcagccccggtcaatgggtcagtctttattgc
actgcttcgaagattcgactgcaactttgacctcaaggttgctgaatggg
gaatgggaggtggtaagcagggtacatgacaccaggaatgaagggcaagg
gttacagctctatccctcccgcttggcctccttaggtcctaaatgctcag
aaggctgggtatggtgcagctgtggtgcacaatgtgaattccaatgaact
gctgaacatggtgtggaacagcggtaaggaagaagcctgcactactgggt
gcaccgtggagttgagtgggagggcaattggttgagatctgcaaaaagtg
ccaaaagccagtttcaggaattgaggaacagaaggctaaatccctaatat
cctgctccttacagaggaaatccaacagcagatctggatcccatctgtat
tttattggagagagaagcgcagagtacctacgagccctttttttgtctta
cgaagaggggtaggacgcaatgctttctttcagttcttctcaatccactc
agctcagctctcctcgctgcttggactttctcctcaattatgccttgtcc
caagcagtaacctaatttaccctggccttgag
gaattccaggccctaaactttctgttctccctatactgggaggcccatgt
gttgatatgtgttgtccagctagtggttctattttgggagggcctagaaa
cattaaaaggtgaggtctaacaggaggaagtcggtagccagggtgtgtca
agggctgtgtcctgccctgggggttctcttgtctgtttctctctttcctt
ctgcttcctagctaccctgtgctgaagaaacttctcctatgcactcagac
ggcctccgtgttctgcctcacaacgggcccagaaacacaagccaggtagc
catgaactgaactcactggaaccacaagctgagatagaccctttctcaag
ctgttctctcaaatgagtccgggttgcagccatgtgaatatgaggctcct
taagggagagcttctattttcccagtgtccataataagcccccgcacaca
gaaggcacttaataaatatatttttgaatgccaaacacacagggaaatat
aacaaccagtttatttgccagcaaaaaagtagaataaaagtttttggaca
tttataaatttgttgtgagttgagctaggctcatgtactaagactgtgct
ttctactgccaatctgtgtgacaacattaaccatatcaagacgtcatagg
accttagtgtatattctagtcacacagcagagcccaagccaagtgaccag
ctacatagtcactgatttaaaagagtccagaaataagaaggtagggccca
tcctgagctcactccctggataactatggtaaccacaatagtgctgacat
atcattttgaaacagatcatggatggctgcctcaacagttttgaaaactc
atgcctcaaatcacagaacccatagttttctcctttttaaaaattatatc
tattttgtatgtatggatgttttgcctgcatgcataccatatgtgtgcag
tgtcttcagaagacagccgttaggtccccctgggactggagctacagaca
gctgtggaccctccatgtggctggtgggggattgaaactccgacctctgg
agtcagtgcttcatacctgctgagttcatctctcaggtaccctccatggg
tgcgccattgtaatagggttgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_70462262_70463392
seq2: B6Ng01-290G04.b_46_1177

seq1  GAATTCATTCGGCCACAGTTAGCAGTAGAGTTGTAAGATGGCTAATTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCGGCCACAGTTAGCAGTAGAGTTGTAAGATGGCTAATTGGA  50

seq1  AAATGAAACTTGTTGAAAATGCCATGAATGAGTAGCAAGGTGAACCACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAACTTGTTGAAAATGCCATGAATGAGTAGCAAGGTGAACCACTA  100

seq1  TCGGTGGGAAACTTAAAAGCAGAACTAAACTACGCTTGAGAAGTTAAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGGGAAACTTAAAAGCAGAACTAAACTACGCTTGAGAAGTTAAGGG  150

seq1  AGCCTCTGGTAAGGGATGTAGTTTACTGTAACTGCATCTTCAAGAAAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTGGTAAGGGATGTAGTTTACTGTAACTGCATCTTCAAGAAAGCT  200

seq1  GAGAGATCCCTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTGAGACTGGACTCTGGAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATCCCTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTGAGACTGGACTCTGGAACTC  250

seq1  TGGCTGTCCCCAACTCACAGTAGTCTCAAGTGCTGGGATTAAATGCATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTCCCCAACTCACAGTAGTCTCAAGTGCTGGGATTAAATGCATGT  300

seq1  ATCACCATGTCTGAGTTGTAGATTCAGTGTTGGGTGGGATGCTCAGACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCATGTCTGAGTTGTAGATTCAGTGTTGGGTGGGATGCTCAGACCT  350

seq1  CCAGAATGAGCAATGATAGAGCTGCAGAATGCAGGTAGTATATAGTGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATGAGCAATGATAGAGCTGCAGAATGCAGGTAGTATATAGTGTTA  400

seq1  TGTGTGGTAGGTCCTGTGGAAGACAGAACTAAAGATGAAAATGTTTGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGTAGGTCCTGTGGAAGACAGAACTAAAGATGAAAATGTTTGCCT  450

seq1  TTATCCCTCAGGGGTTCCTTGTGGAGGCCCACCCAGAAAATGCCTGCGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCTCAGGGGTTCCTTGTGGAGGCCCACCCAGAAAATGCCTGCGGT  500

seq1  CCTATTGCCCCACCACCCTCAGCCCCGGTCAATGGGTCAGTCTTTATTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGCCCCACCACCCTCAGCCCCGGTCAATGGGTCAGTCTTTATTGC  550

seq1  ACTGCTTCGAAGATTCGACTGCAACTTTGACCTCAAGGTTGCTGAATGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCGAAGATTCGACTGCAACTTTGACCTCAAGGTTGCTGAATGGG  600

seq1  GAATGGGAGGTGGTAAGCAGGGTACATGACACCAGGAATGAAGGGCAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGAGGTGGTAAGCAGGGTACATGACACCAGGAATGAAGGGCAAGG  650

seq1  GTTACAGCTCTATCCCTCCCGCTTGGCCTCCTTAGGTCCTAAATGCTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAGCTCTATCCCTCCCGCTTGGCCTCCTTAGGTCCTAAATGCTCAG  700

seq1  AAGGCTGGGTATGGTGCAGCTGTGGTGCACAATGTGAATTCCAATGAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGGGTATGGTGCAGCTGTGGTGCACAATGTGAATTCCAATGAACT  750

seq1  GCTGAACATGGTGTGGAACAGCGGTAAGGAAGAAGCCTGCACTACTGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACATGGTGTGGAACAGCGGTAAGGAAGAAGCCTGCACTACTGGGT  800

seq1  GCACCGTGGAGTTGAGTGGGAGGGCAATTGGTTGAGATCTGCAAAAAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCGTGGAGTTGAGTGGGAGGGCAATTGGTTGAGATCTGCAAAAAGTG  850

seq1  CCAAAAGCCAGTTTCAGGGAATTGAGGAACAGAAGGCTAAATCCCTAATA  900
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAGCCAGTTTCA-GGAATTGAGGAACAGAAGGCTAAATCCCTAATA  899

seq1  TCCTGCTCCTTACAGAGGAAATCCAACAGCAGATCTGGATCCCATCTGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCCTTACAGAGGAAATCCAACAGCAGATCTGGATCCCATCTGTA  949

seq1  -TTTATTGGAGAGAGAAGCGCAGAGTACCTACGAGCCC--TTTTTGTC-T  996
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |
seq2  TTTTATTGGAGAGAGAAGCGCAGAGTACCTACGAGCCCTTTTTTTGTCTT  999

seq1  ACGAGAAGGGGTAGGACGC-ATGCTTTCTTCCAGTTCTTCTCAATCCACT  1045
      ||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGAGGGGTAGGACGCAATGCTTTCTTTCAGTTCTTCTCAATCCACT  1049

seq1  CAGGCTCAGGCTCTTCCTCGGCTGCCTTGACTTTCTCCTC-ATTATGCCT  1094
      || ||||| |||| ||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||
seq2  CA-GCTCA-GCTC-TCCTC-GCTGCTTGGACTTTCTCCTCAATTATGCCT  1095

seq1  TGTCCCAAGCCAGTAACCCTATTTTACCTGG-CTTGAG  1131
      ||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||
seq2  TGTCCCAAG-CAGTAACCTAATTTACCCTGGCCTTGAG  1132

seq1: chr11_70601702_70602815
seq2: B6Ng01-290G04.g_66_1188 (reverse)

seq1  TGCAA--CTATTACCAAGGGCGCA-CCATGGA-GGTACTGGAGAGATG-A  45
      |||||  |||||| ||| |||||| ||||||| |||||  |||||||| |
seq2  TGCAACCCTATTA-CAATGGCGCACCCATGGAGGGTACCTGAGAGATGAA  49

seq1  CTCAGCAGTTATG-AGCACTGACTTCCAGAGGTTCCGAG-TTCAAT-CCC  92
      |||||||| |||| ||||||||| |||||||| || ||| |||||| |||
seq2  CTCAGCAGGTATGAAGCACTGAC-TCCAGAGG-TCGGAGTTTCAATCCCC  97

seq1  CACCAGCCACATGGA-GGTCCACAGCTGTCTGTAGCTCCAGTCCCA-GGG  140
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACCAGCCACATGGAGGGTCCACAGCTGTCTGTAGCTCCAGTCCCAGGGG  147

seq1  GACCTAAC-GCTGTCTTCTGAAGACACTGCACACATATGGTATGCATGCA  189
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAACGGCTGTCTTCTGAAGACACTGCACACATATGGTATGCATGCA  197

seq1  GGCAAAACATCCATACATACAAAATAGATATAATTTTTAAAAAGGAGAAA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAACATCCATACATACAAAATAGATATAATTTTTAAAAAGGAGAAA  247

seq1  ACTAT-GGTTCTGTGATTTGAGGCATGAGTTTTCAAAACTGTTGAGGCAG  288
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGGTTCTGTGATTTGAGGCATGAGTTTTCAAAACTGTTGAGGCAG  297

seq1  CCATCCATGATCTGTTTCAAAATGATATGTCAGCACTATTGTGGTTACCA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCATGATCTGTTTCAAAATGATATGTCAGCACTATTGTGGTTACCA  347

seq1  TAGTTATCCAGGGAGTGAGCTCAGGATGGGCCCTACCTTCTTATTTCTGG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATCCAGGGAGTGAGCTCAGGATGGGCCCTACCTTCTTATTTCTGG  397

seq1  ACTCTTTTAAATCAGTGACTATGTAGCTGGTCACTTGGCTTGGGCTCTGC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTTAAATCAGTGACTATGTAGCTGGTCACTTGGCTTGGGCTCTGC  447

seq1  TGTGTGACTAGAATATACACTAAGGTCCTATGACGTCTTGATATGGTTAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGACTAGAATATACACTAAGGTCCTATGACGTCTTGATATGGTTAA  497

seq1  TGTTGTCACACAGATTGGCAGTAGAAAGCACAGTCTTAGTACATGAGCCT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCACACAGATTGGCAGTAGAAAGCACAGTCTTAGTACATGAGCCT  547

seq1  AGCTCAACTCACAACAAATTTATAAATGTCCAAAAACTTTTATTCTACTT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAACTCACAACAAATTTATAAATGTCCAAAAACTTTTATTCTACTT  597

seq1  TTTTGCTGGCAAATAAACTGGTTGTTATATTTCCCTGTGTGTTTGGCATT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGGCAAATAAACTGGTTGTTATATTTCCCTGTGTGTTTGGCATT  647

seq1  CAAAAATATATTTATTAAGTGCCTTCTGTGTGCGGGGGCTTATTATGGAC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATATATTTATTAAGTGCCTTCTGTGTGCGGGGGCTTATTATGGAC  697

seq1  ACTGGGAAAATAGAAGCTCTCCCTTAAGGAGCCTCATATTCACATGGCTG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGAAAATAGAAGCTCTCCCTTAAGGAGCCTCATATTCACATGGCTG  747

seq1  CAACCCGGACTCATTTGAGAGAACAGCTTGAGAAAGGGTCTATCTCAGCT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCGGACTCATTTGAGAGAACAGCTTGAGAAAGGGTCTATCTCAGCT  797

seq1  TGTGGTTCCAGTGAGTTCAGTTCATGGCTACCTGGCTTGTGTTTCTGGGC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTCCAGTGAGTTCAGTTCATGGCTACCTGGCTTGTGTTTCTGGGC  847

seq1  CCGTTGTGAGGCAGAACACGGAGGCCGTCTGAGTGCATAGGAGAAGTTTC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGTGAGGCAGAACACGGAGGCCGTCTGAGTGCATAGGAGAAGTTTC  897

seq1  TTCAGCACAGGGTAGCTAGGAAGCAGAAGGAAAGAGAGAAACAGACAAGA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCACAGGGTAGCTAGGAAGCAGAAGGAAAGAGAGAAACAGACAAGA  947

seq1  GAACCCCCAGGGCAGGACACAGCCCTTGACACACCCTGGCTACCGACTTC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCCAGGGCAGGACACAGCCCTTGACACACCCTGGCTACCGACTTC  997

seq1  CTCCTGTTAGACCTCACCTTTTAATGTTTCTAGGCCCTCCCAAAATAGAA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTTAGACCTCACCTTTTAATGTTTCTAGGCCCTCCCAAAATAGAA  1047

seq1  CCACTAGCTGGACAACACATATCAACACATGGGCCTCCCAGTATAGGGAG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGCTGGACAACACATATCAACACATGGGCCTCCCAGTATAGGGAG  1097

seq1  AACAGAAAGTTTAGGGCCTGGAATTC  1114
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAAGTTTAGGGCCTGGAATTC  1123