BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294D04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 44,850,732 - 44,978,824
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIl12b, Ublcp1, 3732413I11Rik, Ebf1
Downstream geneLOC382510, LOC633082, Clint1, Lsm11, Thg1l, Sox30, LOC667037, LOC100039624, Adam19, 9530066K23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294D04.bB6Ng01-294D04.g
ACCGA090387GA090388
length1,049671
definitionB6Ng01-294D04.b B6Ng01-294D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,977,774 - 44,978,824)(44,850,732 - 44,851,402)
sequence
gaattcatgccatcagactcagagcaggtacacttaaccattaagtgatt
atgtctatattttaaccatcactgacaatacaatttcaatgccatacaat
atatatgcagttcaatagtttgtagctcattcagtgctctgtgaatatta
atacaattttctccaagttatttttatcactaccaaagaagtgctttagg
gctaaggccagagctcagtggtaaatgtgtttgccttaaaagcacagaac
ctgagtccaaatccgcagaccatgttaaataataataataataaataata
ataataataataataataataataataataataaaatgctcggcaaggtg
atttgggcctgtattattactgctgtaaagggaaagacagacagattctt
gtactgggctcccagccattctaatctactcaccaagatccaggctagta
acagaaactgtatctaaaagcaaacaaacaaacaaacaaacaaacaggta
aacatcacctacagtgatgcttgagagtcacctctgacctcccctcacag
gtagacacagacaggttcacatgtccccctccccccatcactttccattt
tcctccaacttactttcactctaacattcccttcctggggcagaaattaa
tcgactccaactctggcatctcctctacattttacggacatagatatcca
ttttatgcaggtagacatggatattaaaaagccttgtgtacctggcttca
tttcctgattatcatgtgtttgcattcctccttgttggattaagcatcaa
cacttagttctttttcatcagtaatattctatttttatgagtatgtcgta
atctacttatccattcacaaattggtgaatatctgcattacgtctgcttt
attacagtagtgttgcagcggtcactcatggataagtgtttttacctgca
taacttttaatttctctaagtacagacctagtggttgaattgttcattaa
tacaaacatcctgtgttggatatttcaaggcattgtgttttttgatcta

gaattcttcagacttggaagtaggaccctaaatgagtttctatttcctaa
ttctaaattatttcctatggaattgttatgggacttatttatatagagca
cacaagtgggagattttatatgcaaggttctaccatgttttagtaggaga
aagaaaaaaaaagcagtatacaatagctatgctcttatgcatctctgtca
tcatttggcatttagtgttactggtacatcaattccatgtctgtagctgc
tgctttatgaaatagtgtttaaagccatgtcaaagtaaagaagcataagt
aataaatgtttatgttttctttaaatttatatgggtggttatcttttctg
gtgctataagttggaccctgatttagctgtctcttgtgaggctaggccag
tgcctggcaaatacagaagtggatgctcacaatcatctattggatgggac
acagtacccaaggagctgaaggggtctacaatcctataggtggaacaaca
atatgaactaaccagtacccccagagctcgtgtctctagctgcatatgta
gcagaagatggccaagtcggccatcattgggaagagaggccccttggtct
tgcaaactttatatgccccagtacaggggaaggccagggccaagaagtgg
gagtgggtgggtaggggagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_44977774_44978824
seq2: B6Ng01-294D04.b_47_1095 (reverse)

seq1  TAGATC-AAAAACACAATGCCTTGAAATATCCAACACAGGATGTTTGTAT  49
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCAAAAAACACAATGCCTTGAAATATCCAACACAGGATGTTTGTAT  50

seq1  TAATGAACAATTCAACCACTAGGTCTGTACCTTAGAGAAATTAAAAGTTA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAACAATTCAACCACTAGGTCTGTA-CTTAGAGAAATTAAAAGTTA  99

seq1  TGCAGGTAAAAACACCTTATCCATGAGTGACCGCTGCAACACTACTGTAA  149
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTAAAAACA-CTTATCCATGAGTGACCGCTGCAACACTACTGTAA  148

seq1  TAAAGCAGACGTAATGCAGATATTCACCAATTTGTGAATGGATAAGTAGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCAGACGTAATGCAGATATTCACCAATTTGTGAATGGATAAGTAGA  198

seq1  TTACGACATACTCATAAAAATAGAATATTACCTGATGAAAAAGAACTAAG  249
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTACGACATACTCATAAAAATAGAATATTA-CTGATGAAAAAGAACTAAG  247

seq1  TGTTGATGCTTAATCCAACAAGGAGGAATGCAAACACATGATAATCAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATGCTTAATCCAACAAGGAGGAATGCAAACACATGATAATCAGGA  297

seq1  AATGAAGCCAGGTACACAAGGCTTTTTAATATCCATGTCTACCTGCATAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCCAGGTACACAAGGCTTTTTAATATCCATGTCTACCTGCATAA  347

seq1  AATGGATATCTATGTCCGTAAAATGTAGAGGAGATGCCAGAGTTGGAGTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATATCTATGTCCGTAAAATGTAGAGGAGATGCCAGAGTTGGAGTC  397

seq1  GATTAATTTCTGCCCCAGGAAGGGAATGTTAGAGTGAAAGTAAGTTGGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATTTCTGCCCCAGGAAGGGAATGTTAGAGTGAAAGTAAGTTGGAG  447

seq1  GAAAATGGAAAGTGATGGGGGGAGGGGGACATGTGAACCTGTCTGTGTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGGAAAGTGATGGGGGGAGGGGGACATGTGAACCTGTCTGTGTCT  497

seq1  ACCTGTGAGGGGAGGTCAGAGGTGACTCTCAAGCATCACTGTAGGTGATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGAGGGGAGGTCAGAGGTGACTCTCAAGCATCACTGTAGGTGATG  547

seq1  TTTACCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTTTAGATACAGTTTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCTTTTAGATACAGTTTCT  597

seq1  GTTACTAGCCTGGATCTTGGTGAGTAGATTAGAATGGCTGGGAGCCCAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTAGCCTGGATCTTGGTGAGTAGATTAGAATGGCTGGGAGCCCAGT  647

seq1  ACAAGAATCTGTCTGTCTTTCCCTTTACAGCAGTAATAATACAGGCCCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAATCTGTCTGTCTTTCCCTTTACAGCAGTAATAATACAGGCCCAA  697

seq1  ATCACCTTGCCGAGCATTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTTGCCGAGCATTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT  747

seq1  ATTATTATTTATTATTATTATTATTTAACATGGTCTGCGGATTTGGACTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTATTTATTATTATTATTATTTAACATGGTCTGCGGATTTGGACTC  797

seq1  AGGTTCTGTGCTTTTAAGGCAAACACATTTACCACTGAGCTCTGGCCTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTGTGCTTTTAAGGCAAACACATTTACCACTGAGCTCTGGCCTTA  847

seq1  GCCCTAAAGCACTTCTTTGGTAGTGATAAAAATAACTTGGAGAAAATTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAAGCACTTCTTTGGTAGTGATAAAAATAACTTGGAGAAAATTGT  897

seq1  ATTAATATTCACAGAGCACTGAATGAGCTACAAACTATTGAACTGCATAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATATTCACAGAGCACTGAATGAGCTACAAACTATTGAACTGCATAT  947

seq1  ATATTGTATGGCATTGAAATTGTATTGTCAGTGATGGTTAAAATATAGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTATGGCATTGAAATTGTATTGTCAGTGATGGTTAAAATATAGAC  997

seq1  ATAATCACTTAATGGTTAAGTGTACCTGCTCTGAGTCTGATGGCATGAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCACTTAATGGTTAAGTGTACCTGCTCTGAGTCTGATGGCATGAAT  1047

seq1  TC  1051
      ||
seq2  TC  1049


seq1: chr11_44850732_44851402
seq2: B6Ng01-294D04.g_68_738

seq1  GAATTCTTCAGACTTGGAAGTAGGACCCTAAATGAGTTTCTATTTCCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGACTTGGAAGTAGGACCCTAAATGAGTTTCTATTTCCTAA  50

seq1  TTCTAAATTATTTCCTATGGAATTGTTATGGGACTTATTTATATAGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATTATTTCCTATGGAATTGTTATGGGACTTATTTATATAGAGCA  100

seq1  CACAAGTGGGAGATTTTATATGCAAGGTTCTACCATGTTTTAGTAGGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTGGGAGATTTTATATGCAAGGTTCTACCATGTTTTAGTAGGAGA  150

seq1  AAGAAAAAAAAAGCAGTATACAATAGCTATGCTCTTATGCATCTCTGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAAAAAGCAGTATACAATAGCTATGCTCTTATGCATCTCTGTCA  200

seq1  TCATTTGGCATTTAGTGTTACTGGTACATCAATTCCATGTCTGTAGCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGGCATTTAGTGTTACTGGTACATCAATTCCATGTCTGTAGCTGC  250

seq1  TGCTTTATGAAATAGTGTTTAAAGCCATGTCAAAGTAAAGAAGCATAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTATGAAATAGTGTTTAAAGCCATGTCAAAGTAAAGAAGCATAAGT  300

seq1  AATAAATGTTTATGTTTTCTTTAAATTTATATGGGTGGTTATCTTTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGTTTATGTTTTCTTTAAATTTATATGGGTGGTTATCTTTTCTG  350

seq1  GTGCTATAAGTTGGACCCTGATTTAGCTGTCTCTTGTGAGGCTAGGCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTATAAGTTGGACCCTGATTTAGCTGTCTCTTGTGAGGCTAGGCCAG  400

seq1  TGCCTGGCAAATACAGAAGTGGATGCTCACAATCATCTATTGGATGGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGCAAATACAGAAGTGGATGCTCACAATCATCTATTGGATGGGAC  450

seq1  ACAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTACAATCCTATAGGTGGAACAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTACAATCCTATAGGTGGAACAACA  500

seq1  ATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTA  550

seq1  GCAGAAGATGGCCAAGTCGGCCATCATTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGATGGCCAAGTCGGCCATCATTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTCT  600

seq1  TGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAAGGCCAGGGCCAAGAAGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAAGGCCAGGGCCAAGAAGTGG  650

seq1  GAGTGGGTGGGTAGGGGAGCA  671
      |||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGTGGGTAGGGGAGCA  671


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |