BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-301E09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 72,607,365 - 72,789,647
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyb5d2, Zzef1, LOC627119, Atp2a3
Upstream geneAipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5, Fbxo39, LOC628100, Tekt1, D130058I21Rik, Ggt6, Mybbp1a, 9830002I17Rik, LOC432577, Ube2g1, Ankfy1
Downstream geneP2rx1, LOC100043309, Camkk1, 1200014J11Rik, Itgae, Gsg2, P2rx5, Tmem93, Tax1bp3, Ctns, Carkl, Trpv1, Trpv3, Aspa, Spata22, Olfr20, Olfr376, Olfr377-ps1, Olfr1, Olfr75-ps1, Olfr378, Olfr379-ps1, Olfr380, Olfr381, Olfr382, Olfr383-ps1, Olfr385, Olfr386, Olfr387-ps1, 1700012C15Rik, Olfr388-ps1, Olfr389, Olfr390, Olfr391-ps1, Olfr392, Olfr393, Olfr394, Olfr395, Olfr396-ps1, Olfr23, Olfr22-ps1, Olfr397
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-301E09.bB6Ng01-301E09.g
ACCGA095626GA095627
length1,0351,102
definitionB6Ng01-301E09.b B6Ng01-301E09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,788,613 - 72,789,647)(72,607,365 - 72,608,449)
sequence
gaattccagccagaatccctgaacacatggacagtggacccgggatgtgg
gatcaagtgcccaggaataaataattgctgccctatagtccttcctaggt
cactggagccagcctatctggtgacaggcatcaggtgtacagacaagcca
gagcaggatagaatctgggtccaatgacatgagggctgcacttgacttgc
tcttggatccttaaggtagtcacctggcagggctcagatgtaggtttcag
atgaggagactaaggtccaagactggaaatgacctgccctggataccgca
gtgacacagagactcagggatatagcaaggcaagcactgatgcagtgttt
atacacatggaagacctcatctgctgctccccactgccaactgggagacg
gagcacaggttctccatcctttacccctcaaaaaggtcaggcagcccaac
attacctgactccagcaggccccacccaccccagctgccactcaccctgc
agacagacatctgattggtggtgagcgtccccgtcttgtcagagcagatg
accgaggtgcagcccagcgtctccacagaaggcaggctccgcacaatggc
attcttacgtgccatacgtcttgtgcccagggccaggcatgtagtgatga
ctgctgggagaccctcggggatagcagccacagccagggccacagcgatc
ttgaagtagtagactgcaccacggagccaggatccaccgtgggccgggtc
agcaaagtggcccgatgttgatgacccacacagccacacagatcacagag
atggcatgggacagctgcctcccaaattcatccagcttgcgctgcaatgg
cgtccgctcaggctccacagccgccatctggctccgaatcttgcccagct
ctgtctgcaggcctgtagccacagccacaccagggctttgcctgatgcaa
tattggtgccctgaccaagagaaggacaaagtcgtttgcttggtctctgg
ccagggcctggaatccctgacttcaaccagagcag
gaattcccaagggttgtggggaggtagagaatggagaggagtggatgatg
ggtagtttcccttggggatgagcaaaatgttctgaaattaggtgatgata
atgtttgtttgtctctgtgcctttaacataaagacttttctgtgacttgt
gccttaataaaaataagtactgactatataaatgagtacatttgcttccc
taatagactgtgtgggcagtcagacacatcttggattcctcagcacctgg
ccaagggaggacccatggtagtagtcaataaatggagctcaaaaattata
tgcacagaacgcaaaagctactagagcatactagcccagaaatggaagca
tgtatgttcacacttgtgcatgcatccatgacagctataccagatgttag
tagtgtcctaaagtgcactcaagtggcaagaaaaaactcttgattccagt
ctagcattgcttctaactctccatgtccttgggtaggtcctatcccaggt
ttagactgtttgaaaagtctggagagaaggaagtgagtgatctgtattta
aaggtagcttcctaattctcctaaatgaccggtggactgcttgaaatttt
tgtcagtctagttaccagtcttgccctgcgatcttccttcccaaataaac
aaagagagaggtattctccttggctagaaaaacaacacctttaaaattgg
tagctgggaagctggcttactggttaagagcagtggatgctcctccagag
aagcaaagttcccagcacccagatcacaaccatgtttactagttacaggg
attttgaaaacctcttctggcttcgatgggcaccaagtacacaggtagtt
cagagttgtacaaggaagtaaaacactcataccacataaaataaaaaatt
aaagcctattagttgggtagttctcatatcttggttaaggcctttaagtc
caaattacatttttccgatcccctccgttgttaggggggtaaccgggaag
cccacagcaaaattggagttatttgaaataaattgttccttaggaagcct
atatataccaattttgtccaaaagttttgtttcaggttgttttaagccag
cc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_72788613_72789647
seq2: B6Ng01-301E09.b_46_1080 (reverse)

seq1  CTGCTCTGGTTTGAAGTCAGGGATTCCAGGCCCTGGCCAGAGGCCAAGCA  50
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGCTCTGG-TTGAAGTCAGGGATTCCAGGCCCTGGCCAGAGACCAAGCA  49

seq1  AACGACTTTGTCCTTCTC-TGGTCAGGGCACCAATATTGCATCAGGCAAA  99
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGACTTTGTCCTTCTCTTGGTCAGGGCACCAATATTGCATCAGGCAAA  99

seq1  GCCCTGGGTGTGGCTGTGGCTACAGGCCTGCAGACAGAGCTGGGCAAGAT  149
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCT-GGTGTGGCTGTGGCTACAGGCCTGCAGACAGAGCTGGGCAAGAT  148

seq1  TCGGAGCCAGATGGCGGCTGTGGAGCCTGAGCGGACGCCATTGCAGCGCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGAGCCAGATGGCGGCTGTGGAGCCTGAGCGGACGCCATTGCAGCGCA  198

seq1  AGCTGGATGAATTTGGGAGGCAGCTGTCCCATGCCATCTCTGTGATCTGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGATGAATTTGGGAGGCAGCTGTCCCATGCCATCTCTGTGATCTGT  248

seq1  GTGGCTGTGTGGGTCATCAACATC-GGCCACTTTGCTGACCCGGCCCACG  298
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGTGTGGGTCATCAACATCGGGCCACTTTGCTGACCCGGCCCACG  298

seq1  GTGGATCCTGGCTCCGTGGTGCAGTCTACTACTTCAAGATCGCTGTGGCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCCTGGCTCCGTGGTGCAGTCTACTACTTCAAGATCGCTGTGGCC  348

seq1  CTGGCTGTGGCTGCTATCCCCGAGGGTCTCCCAGCAGTCATCACTACATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGTGGCTGCTATCCCCGAGGGTCTCCCAGCAGTCATCACTACATG  398

seq1  CCTGGCCCTGGGCACAAGACGTATGGCACGTAAGAATGCCATTGTGCGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCCTGGGCACAAGACGTATGGCACGTAAGAATGCCATTGTGCGGA  448

seq1  GCCTGCCTTCTGTGGAGACGCTGGGCTGCACCTCGGTCATCTGCTCTGAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTTCTGTGGAGACGCTGGGCTGCACCTCGGTCATCTGCTCTGAC  498

seq1  AAGACGGGGACGCTCACCACCAATCAGATGTCTGTCTGCAGGGTGAGTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGGGGACGCTCACCACCAATCAGATGTCTGTCTGCAGGGTGAGTGG  548

seq1  CAGCTGGGGTGGGTGGGGCCTGCTGGAGTCAGGTAATGTTGGGCTGCCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGGTGGGTGGGGCCTGCTGGAGTCAGGTAATGTTGGGCTGCCTG  598

seq1  ACCTTTTTGAGGGGTAAAGGATGGAGAACCTGTGCTCCGTCTCCCAGTTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTTGAGGGGTAAAGGATGGAGAACCTGTGCTCCGTCTCCCAGTTG  648

seq1  GCAGTGGGGAGCAGCAGATGAGGTCTTCCATGTGTATAAACACTGCATCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGGGAGCAGCAGATGAGGTCTTCCATGTGTATAAACACTGCATCA  698

seq1  GTGCTTGCCTTGCTATATCCCTGAGTCTCTGTGTCACTGCGGTATCCAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGCCTTGCTATATCCCTGAGTCTCTGTGTCACTGCGGTATCCAGG  748

seq1  GCAGGTCATTTCCAGTCTTGGACCTTAGTCTCCTCATCTGAAACCTACAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTCATTTCCAGTCTTGGACCTTAGTCTCCTCATCTGAAACCTACAT  798

seq1  CTGAGCCCTGCCAGGTGACTACCTTAAGGATCCAAGAGCAAGTCAAGTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCCTGCCAGGTGACTACCTTAAGGATCCAAGAGCAAGTCAAGTGC  848

seq1  AGCCCTCATGTCATTGGACCCAGATTCTATCCTGCTCTGGCTTGTCTGTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCATGTCATTGGACCCAGATTCTATCCTGCTCTGGCTTGTCTGTA  898

seq1  CACCTGATGCCTGTCACCAGATAGGCTGGCTCCAGTGACCTAGGAAGGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGATGCCTGTCACCAGATAGGCTGGCTCCAGTGACCTAGGAAGGAC  948

seq1  TATAGGGCAGCAATTATTTATTCCTGGGCACTTGATCCCACATCCCGGGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGCAGCAATTATTTATTCCTGGGCACTTGATCCCACATCCCGGGT  998

seq1  CCACTGTCCATGTGTTCAGGGATTCTGGCTGGAATTC  1035
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTCCATGTGTTCAGGGATTCTGGCTGGAATTC  1035

seq1: chr11_72607365_72608449
seq2: B6Ng01-301E09.g_68_1169

seq1  GAATTCCCAAGGGTTGTGGGGAGGTAGAGAATGGAGAGGAGTGGATGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGGGTTGTGGGGAGGTAGAGAATGGAGAGGAGTGGATGATG  50

seq1  GGTAGTTTCCCTTGGGGATGAGCAAAATGTTCTGAAATTAGGTGATGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTTTCCCTTGGGGATGAGCAAAATGTTCTGAAATTAGGTGATGATA  100

seq1  ATGTTTGTTTGTCTCTGTGCCTTTAACATAAAGACTTTTCTGTGACTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGTTTGTCTCTGTGCCTTTAACATAAAGACTTTTCTGTGACTTGT  150

seq1  GCCTTAATAAAAATAAGTACTGACTATATAAATGAGTACATTTGCTTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAATAAAAATAAGTACTGACTATATAAATGAGTACATTTGCTTCCC  200

seq1  TAATAGACTGTGTGGGCAGTCAGACACATCTTGGATTCCTCAGCACCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGACTGTGTGGGCAGTCAGACACATCTTGGATTCCTCAGCACCTGG  250

seq1  CCAAGGGAGGACCCATGGTAGTAGTCAATAAATGGAGCTCAAAAATTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGAGGACCCATGGTAGTAGTCAATAAATGGAGCTCAAAAATTATA  300

seq1  TGCACAGAACGCAAAAGCTACTAGAGCATACTAGCCCAGAAATGGAAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGAACGCAAAAGCTACTAGAGCATACTAGCCCAGAAATGGAAGCA  350

seq1  TGTATGTTCACACTTGTGCATGCATCCATGACAGCTATACCAGATGTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTCACACTTGTGCATGCATCCATGACAGCTATACCAGATGTTAG  400

seq1  TAGTGTCCTAAAGTGCACTCAAGTGGCAAGAAAAAACTCTTGATTCCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTCCTAAAGTGCACTCAAGTGGCAAGAAAAAACTCTTGATTCCAGT  450

seq1  CTAGCATTGCTTCTAACTCTCCATGTCCTTGGGTAGGTCCTATCCCAGG-  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTAGCATTGCTTCTAACTCTCCATGTCCTTGGGTAGGTCCTATCCCAGGT  500

seq1  TTAGACTGTTTGAAAAGTCTGGAGAGAAGGAAGTGAGTGATCTGTATTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTGTTTGAAAAGTCTGGAGAGAAGGAAGTGAGTGATCTGTATTTA  550

seq1  AAGGTAGCTTCCTAATTCTCCTAAATGACCGGTGGACTGCTTGAAATTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGCTTCCTAATTCTCCTAAATGACCGGTGGACTGCTTGAAATTTT  600

seq1  TGTCAGTCTAGTTACCAGTCTTGCCCTGCGATCTTCCTTCCCAAATAAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTCTAGTTACCAGTCTTGCCCTGCGATCTTCCTTCCCAAATAAAC  650

seq1  AAAGAGAGAGGTATTCTCCTTGGCTAGAAAAACAACACCTTTAAAATTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGAGGTATTCTCCTTGGCTAGAAAAACAACACCTTTAAAATTGG  700

seq1  TAGCTGGGAAGCTGGCTTACTGGTTAAGAGCAGTGGATGCTCCTCCAGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGGAAGCTGGCTTACTGGTTAAGAGCAGTGGATGCTCCTCCAGAG  750

seq1  AAGCAAAGTTCCCAGCACCCAGATCACAACCATGTTTACTAGTTACAGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAGTTCCCAGCACCCAGATCACAACCATGTTTACTAGTTACAGGG  800

seq1  A-TTTGAAAACCTCTTCTGGCTTCGATGGGCACCAAGTACACAGGTAGTT  848
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAAACCTCTTCTGGCTTCGATGGGCACCAAGTACACAGGTAGTT  850

seq1  CAGAGTTGTACAAGGAAGTAAAACACTCATA-CACATAAAAT-AAAAATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  CAGAGTTGTACAAGGAAGTAAAACACTCATACCACATAAAATAAAAAATT  900

seq1  AAAAGCTATTAGGTTGGTAGTTCTCATATCTT-GTTAAGG-CTTTTAGT-  943
      |||  ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| 
seq2  AAAGCCTATTAGTTGGGTAGTTCTCATATCTTGGTTAAGGCCTTTAAGTC  950

seq1  CAAATTACA-TTTTCCGATCCCCTCCGTTGTTA-AGGGGTAA-CGGGA--  988
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||  
seq2  CAAATTACATTTTTCCGATCCCCTCCGTTGTTAGGGGGGTAACCGGGAAG  1000

seq1  -GCACAGCAGAA-TGGAGTTAATTTG--ATAAA-TGTT-CTTAGGAAGGC  1032
        ||||||| || ||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||| |
seq2  CCCACAGCAAAATTGGAGTT-ATTTGAAATAAATTGTTCCTTAGGAAGCC  1049

seq1  TA-ATATACCAAATTTTGT-CAGAAGTTTTGTTTCGTGTTGTTTTAGAGC  1080
      || ||||||| |||||||| || ||||||||||||  ||||||||| |||
seq2  TATATATACC-AATTTTGTCCAAAAGTTTTGTTTCAGGTTGTTTTA-AGC  1097

seq1  CAGCC  1085
      |||||
seq2  CAGCC  1102