BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302A05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 116,113,320 - 116,250,521
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSrp68, Galr2, Exoc7, Foxj1, LOC668255
Upstream geneGrin2c, Fdxr, Fads6, Otop2, Ush1g, Otop3, C630004H02Rik, Cdr2l, Ict1, Atp5h, Kctd2, 4933422H20Rik, Slc16a5, Armc7, Nt5c, Hn1, Sumo2, Nup85, Gga3, Mrps7, Mif4gd, Slc25a19, Grb2, LOC100043184, 2310067B10Rik, Caskin2, Tsen54, Llgl2, Recql5, 2210020M01Rik, Sap30bp, Itgb4, Galk1, H3f3b, Unk, Unc13d, Wbp2, Trim47, Trim65, Mrpl38, Fbf1, Acox1, 2310004N24Rik, Cdk3, Evpl
Downstream gene1110014K08Rik, Qrich2, Prpsap1, LOC629971, Sphk1, Ube2o, Aanat, Rhbdf2, Cygb, OTTMUSG00000003947, 1810032O08Rik, St6galnac2, LOC634720, BC018473, St6galnac1, Mxra7, Jmjd6, 1110005A03Rik, LOC100043293, Sfrs2, Mfsd11, Mgat5b, LOC100042036, Sec14l1, Sept9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302A05.bB6Ng01-302A05.g
ACCGA096179GA096180
length1,104771
definitionB6Ng01-302A05.b B6Ng01-302A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,113,320 - 116,114,436)(116,249,754 - 116,250,521)
sequence
gaattcaattgagctgaaatgattacgtgaaagtgacatgaactgcagag
ctcgggagctgtagggagtgagccctaggtcacagatgctccaaggtcac
tgccagaggctggctgtggtggctcatacctcaaattccaccatgctcaa
gaccgaggcacaaggagttataagagttagaggccagcctaggctagcag
tgagatcttgcacttgcacttgcacgcacgcacacgcagagagagagaga
gagaaacaaaaaccaaaagcaaggctgcagccaaggactggcttgagagg
agagactggcggggaaggcgctgccactcacctgggcacctcctgtagga
ggacatggcagagccaggaggatctctatgaatctgaagctagcctggtc
tacacaatgaatagccagggttatgtagagagactctgcctcaaataaac
aagcaaacaaaaaggaacagaagggctcaagagttagactggtgcttaag
agccctaggtgctctcgcagaagaccagggttagagtctcagcacccaca
tgacagctcacaaccatctgtaactcaagttccagggcacccaacaccct
cttctggcctccaggagcagcagggacacatgtggtgcacagatatgcat
gcaggcaactgtatatataaattaaaatttaaaaatgtaaatgcatataa
acacacacaaaagtcaaactcacctgtgcaggtactggagatttgacacc
ttcccagactctccatcaagggcatagtctctctgcttctgaaaaggtaa
aaaaggtataaagtaaaactcggccttggctctcagtgcccttccataca
atgggccataaagttctctccccagagccacaaagtctatcaagtgtctg
ccatgccaggcagcagtggtgcacacctttaatcccagcacttggagcag
agacaggtgcatttctgagttcgagccagcctgtctacagagttgacaga
gtgagtcatgacagccagggatacacagagaaatccctgtctcaaaaaac
aaaaacaaaactaaaaaactaaaaaactctaaaaaaagtctgtcatggcc
ccag
gaattcatggggagtgtgggccaaatagcaagttctaggccagtctgtgc
gtgcgtgtatttagatggcctcttctgcctgtaacgatgacttgaagaca
agcaaaagcgtcttgtatataggtgtacttatgatggcacactttccccc
aggtgagtcacctcggttacatctccgtgcaggaccctgcgtgactgagc
tcctcctgaattcctaggtagcagccttgaccttaactctgaggctcccc
acccccaccccggaggagtattcacattggtgttcttgttggtatgttgg
tttctgtagtacccatcgtgtgtgtttaatgctgaacagagatttattta
atgtatgagtacactgtagctgtcctcatacacaccttatttatggcatc
agatcccactacagatggttgtgagccaccatgaggttgctgggaattga
actcaggacctttggaagagccagtgctcttaacctctgagccatctctc
cagcccctagagattttttttctaaatcatattaagtcagctatggggtt
catgcctataatgtggtacttcagaagctgaggtgggagggggtcaagtc
tgaggccagtttgggttatgtggagacactttcaaaagccaaaataggcc
gggcggtggtggcgcacgtctttaatcacagcacttggggaggcagaggc
aggcggatttctgagtttgagaccagcctgatcttacagagtgagttcca
ggacagccagggctacacaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_116113320_116114436
seq2: B6Ng01-302A05.b_42_1145

seq1  GAATTCAATTGAGCTGAAATGATTACGTGAAAGTGACATGAACTGCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTGAGCTGAAATGATTACGTGAAAGTGACATGAACTGCAGAG  50

seq1  CTCGGGAGCTGTAGGGAGTGAGCCCTAGGTCACAGATGCTCCAAGGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGAGCTGTAGGGAGTGAGCCCTAGGTCACAGATGCTCCAAGGTCAC  100

seq1  TGCCAGAGGCTGGCTGTGGTGGCTCATACCTCAAATTCCACCATGCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGAGGCTGGCTGTGGTGGCTCATACCTCAAATTCCACCATGCTCAA  150

seq1  GACCGAGGCACAAGGAGTTATAAGAGTTAGAGGCCAGCCTAGGCTAGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGAGGCACAAGGAGTTATAAGAGTTAGAGGCCAGCCTAGGCTAGCAG  200

seq1  TGAGATCTTGCACTTGCACTTGCACGCACGCACACGCAGAGAGAGAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCTTGCACTTGCACTTGCACGCACGCACACGCAGAGAGAGAGAGA  250

seq1  GAGAAACAAAAACCAAAAGCAAGGCTGCAGCCAAGGACTGGCTTGAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACAAAAACCAAAAGCAAGGCTGCAGCCAAGGACTGGCTTGAGAGG  300

seq1  AGAGACTGGCGGGGAAGGCGCTGCCACTCACCTGGGCACCTCCTGTAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTGGCGGGGAAGGCGCTGCCACTCACCTGGGCACCTCCTGTAGGA  350

seq1  GGACATGGCAGAGCCAGGAGGATCTCTATGAATCTGAAGCTAGCCTGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGGCAGAGCCAGGAGGATCTCTATGAATCTGAAGCTAGCCTGGTC  400

seq1  TACACAATGAATAGCCAGGGTTATGTAGAGAGACTCTGCCTCAAATAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAATGAATAGCCAGGGTTATGTAGAGAGACTCTGCCTCAAATAAAC  450

seq1  AAGCAAACAAAAAGGAACAGAAGGGCTCAAGAGTTAGACTGGTGCTTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAACAAAAAGGAACAGAAGGGCTCAAGAGTTAGACTGGTGCTTAAG  500

seq1  AGCCCTAGGTGCTCTCGCAGAAGACCAGGGTTAGAGTCTCAGCACCCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTAGGTGCTCTCGCAGAAGACCAGGGTTAGAGTCTCAGCACCCACA  550

seq1  TGACAGCTCACAACCATCTGTAACTCAAGTTCCAGGGCACCCAACACCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGCTCACAACCATCTGTAACTCAAGTTCCAGGGCACCCAACACCCT  600

seq1  CTTCTGGCCTCCAGGAGCAGCAGGGACACATGTGGTGCACAGATATGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGCCTCCAGGAGCAGCAGGGACACATGTGGTGCACAGATATGCAT  650

seq1  GCAGGCAACTGTATATATAAATTAAAATTTAAAAATGTAAATGCATATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCAACTGTATATATAAATTAAAATTTAAAAATGTAAATGCATATAA  700

seq1  ACACACACAAAAGTCAAACTCACCTGTGCAGGTACTGGAGATTTGACACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAAAAGTCAAACTCACCTGTGCAGGTACTGGAGATTTGACACC  750

seq1  TTCCCAGACTCTCCATCAAGGGCATAGTCTCTCTGCTTCTGAAAAGGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGACTCTCCATCAAGGGCATAGTCTCTCTGCTTCTGAAAAGGTAA  800

seq1  AAAAGGTATAAAGTAAAACTCGGCCTTGGCTCTCAGTGCCCTTCCATACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGTATAAAGTAAAACTCGGCCTTGGCTCTCAGTGCCCTTCCATACA  850

seq1  ATGGGCCATAAAGTTCTCTCCCCAGAGCCACAAAGTCTATCAAGTGTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCATAAAGTTCTCTCCCCAGAGCCACAAAGTCTATCAAGTGTCTG  900

seq1  CCATGCCAGGCAGCAGTGGTGCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  CCATGCCAGGCAGCAGTGGTGCACACCTTTAATCCCAGCACTTGG--AGC  948

seq1  AGAGACAGGTGCATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAG-TGA  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||
seq2  AGAGACAGGTGCATTTCTGAGTTCGA-GCCAGCCT-GTCTACAGAGTTGA  996

seq1  CAGAGTGAGTTCAAGGACAGCCAGGGATACACAGAGAAA-CCCTGTCTCA  1048
      ||||||||||   | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  CAGAGTGAGT--CATGACAGCCAGGGATACACAGAGAAATCCCTGTCTC-  1043

seq1  AAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAAAAACAAAAAAAACTCAAAAAAAA  1098
       |||||||||||   | ||||| ||||||    ||||||||| |||||||
seq2  -AAAAAACAAAA---ACAAAACTAAAAAA--CTAAAAAACTCTAAAAAAA  1087

seq1  GGGTCTGTCATGCCCCCAG  1117
        |||||||||| ||||||
seq2  --GTCTGTCATGGCCCCAG  1104

seq1: chr11_116249754_116250521
seq2: B6Ng01-302A05.g_61_831 (reverse)

seq1  TCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGT-AGATCAGGCTGGT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAAGATCAGGCTGGT  50

seq1  CTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCT-CCCAAGTGCTGTGATTAA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCCAAGTGCTGTGATTAA  100

seq1  AGACGTGCGCCACCACCGCCCGGCCTATTTTGGCTTTTGAAAGTGTCTCC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTGCGCCACCACCGCCCGGCCTATTTTGGCTTTTGAAAGTGTCTCC  150

seq1  ACATAACCCAAACTGGCCTCAGACTTGACCCCCTCCCACCTCAGCTTCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACCCAAACTGGCCTCAGACTTGACCCCCTCCCACCTCAGCTTCTG  200

seq1  AAGTACCACATTATAGGCATGAACCCCATAGCTGACTTAATATGATTTAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCACATTATAGGCATGAACCCCATAGCTGACTTAATATGATTTAG  250

seq1  AAAAAAAATCTCTAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCACTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATCTCTAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCACTG  300

seq1  GCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCTCATGGTGGCTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCTCATGGTGGCTCA  350

seq1  CAACCATCTGTAGTGGGATCTGATGCCCT-CTTCTGGTGTGTATGAGGAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||| |   |  |||||||||||||||
seq2  CAACCATCTGTAGTGGGATCTGATGCCATAAATAAGGTGTGTATGAGGAC  400

seq1  AGCTACAGTGTACTCATACATTAAATAAATCTCTGTTCAGCATTAAACAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACAGTGTACTCATACATTAAATAAATCTCTGTTCAGCATTAAACAC  450

seq1  ACACGATGGGTACTACAGAAACCAACATACCAACAAGAACACCAATGTGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGATGGGTACTACAGAAACCAACATACCAACAAGAACACCAATGTGA  500

seq1  ATACTCCTCCGGGGTGGGGGTGGGGAGCCTCAGAGTTAAGGTCAAGGCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCCTCCGGGGTGGGGGTGGGGAGCCTCAGAGTTAAGGTCAAGGCTG  550

seq1  CTACCTAGGAATTCAGGAGGAGCTCAGTCACGCAGGGTCCTGCACGGAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTAGGAATTCAGGAGGAGCTCAGTCACGCAGGGTCCTGCACGGAGA  600

seq1  TGTAACCGAGGTGACTCACCTGGGGGAAAGTGTGCCATCATAAGTACACC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCGAGGTGACTCACCTGGGGGAAAGTGTGCCATCATAAGTACACC  650

seq1  TATATACAAGACGCTTTTGCTTGTCTTCAAGTCATCGTTACAGGCAGAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACAAGACGCTTTTGCTTGTCTTCAAGTCATCGTTACAGGCAGAAG  700

seq1  AGGCCATCTAAATACACGCACGCACAGACTGGCCTAGAACTTGCTATTTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATCTAAATACACGCACGCACAGACTGGCCTAGAACTTGCTATTTG  750

seq1  GCCCACACTCCCCATGAATTC  768
      |||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACACTCCCCATGAATTC  771